genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.86.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81554553

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26488328--26488376	14	3.4	14	84	13	64	4	20	0	75	0.96
26500180--26500282	40	2.6	40	79	0	116	21	17	27	33	1.96
26500290--26500344	28	2.0	28	88	0	83	29	14	27	29	1.95
26503298--26503336	20	1.9	21	89	5	62	15	23	17	43	1.87
26504955--26505058	53	2.0	53	100	0	208	30	5	23	40	1.78
26507764--26507935	46	3.7	45	80	6	150	22	27	19	29	1.98
26508716--26508778	30	2.1	30	96	0	117	25	22	15	36	1.94
26514156--26514195	21	2.0	21	85	5	55	22	27	37	12	1.90
26515490--26515610	46	2.6	46	85	7	147	21	30	19	28	1.97
26515490--26515652	46	3.5	45	80	8	134	23	28	19	29	1.98
26527304--26527429	46	2.8	45	84	4	146	27	20	30	21	1.98
26528905--26528944	21	2.0	21	90	5	64	12	40	27	20	1.88
26530300--26530467	46	3.6	46	78	16	193	29	29	20	20	1.98
26530299--26530470	93	1.8	93	93	0	299	28	30	20	20	1.98
26530292--26530479	46	4.1	45	72	17	145	29	30	19	20	1.97
26532507--26532764	48	5.4	48	74	1	185	27	29	16	26	1.97
26532505--26532735	96	2.4	96	79	1	248	26	29	16	26	1.97
26532552--26532764	96	2.2	96	78	0	219	27	30	15	26	1.96
26536186--26536257	22	3.1	22	64	24	58	33	13	29	23	1.93
26536157--26536352	47	4.1	47	86	2	266	33	10	29	26	1.90
26536556--26536663	36	2.9	38	89	6	168	23	19	29	27	1.98
26537914--26538380	40	11.8	40	88	2	649	24	21	27	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26542534--26542727	47	4.1	47	90	0	289	32	11	28	26	1.91
26542563--26542634	22	3.1	22	64	24	58	33	13	29	23	1.93
26542608--26542683	23	3.2	25	62	24	63	28	13	34	23	1.92
26542936--26543040	37	2.8	37	94	0	174	23	17	31	27	1.97
26554508--26554740	48	4.9	47	79	7	247	23	30	18	27	1.98
26554509--26554740	96	2.4	94	85	8	290	23	31	18	27	1.97
26554558--26554827	48	5.7	47	74	12	162	24	29	17	28	1.97
26554719--26554837	44	2.6	44	82	5	121	26	27	15	29	1.96
26562088--26562186	40	2.5	40	75	6	101	35	21	20	23	1.96
26562687--26562744	17	3.4	17	69	21	57	53	1	5	39	1.33
26562675--26562780	35	3.1	35	94	2	180	54	3	4	36	1.39
26562706--26562764	18	3.3	18	69	21	61	57	3	5	33	1.37
26565946--26566008	26	2.4	26	86	5	83	41	12	11	34	1.79
26566589--26566647	25	2.4	25	82	0	73	44	25	18	11	1.84
26572105--26572182	37	2.1	37	97	0	147	32	15	25	26	1.95
26574598--26574765	40	4.2	40	83	4	106	25	27	23	23	2.00
26574621--26574765	40	3.6	40	85	4	193	23	26	24	25	2.00
26575951--26575986	17	2.1	17	100	0	72	16	33	5	44	1.71
26582629--26582796	40	4.2	40	83	4	106	25	27	23	23	2.00
26582652--26582796	40	3.6	40	85	4	193	23	26	24	25	2.00
26583984--26584059	38	2.0	38	100	0	152	31	23	13	31	1.93
26589279--26589335	6	9.5	6	96	0	96	17	1	0	80	0.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26589279--26589342	18	3.6	18	91	0	92	18	3	0	78	0.89
26601350--26601394	11	3.8	11	88	11	63	80	0	4	15	0.87
26607237--26607265	13	2.2	13	100	0	58	31	0	13	55	1.39
26614852--26614975	46	2.6	47	82	7	153	28	16	30	24	1.97
26617056--26617145	40	2.2	40	86	0	126	24	22	11	42	1.86
26617482--26617564	26	3.2	26	82	1	94	31	20	13	34	1.91
26619972--26620242	48	5.6	48	79	3	285	22	30	19	26	1.98
26619972--26620242	96	2.8	96	92	0	425	22	30	19	26	1.98
26623495--26623653	69	2.3	68	83	3	203	35	19	5	39	1.74
26623667--26623904	94	2.6	94	82	2	311	36	17	7	38	1.78
26624354--26624542	67	2.8	64	80	11	202	39	16	5	38	1.72
26631486--26631615	55	2.4	55	76	0	134	23	31	22	22	1.98
26632373--26632691	47	6.8	46	75	10	220	25	28	19	26	1.99
26632425--26632692	94	2.9	93	75	10	262	25	29	18	26	1.98
26636738--26636789	27	2.0	26	88	3	77	17	25	21	36	1.94
26647142--26647227	44	2.0	43	90	6	138	38	25	16	19	1.92
26648903--26649023	55	2.2	55	77	0	134	25	33	20	19	1.97
26650858--26651127	40	6.8	40	90	0	409	22	21	27	27	1.99
26658894--26659185	39	7.4	39	90	6	391	24	21	27	26	1.99
26727024--26727097	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
26736759--26736797	20	2.0	20	85	10	53	43	20	28	7	1.79
26736803--26736879	20	3.8	20	70	13	59	38	18	29	12	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26736790--26736866	40	1.9	40	81	0	91	38	16	29	14	1.88
26741187--26741298	27	4.1	27	76	7	102	17	23	20	38	1.93
26741187--26741298	54	2.1	54	81	3	127	17	23	20	38	1.93
26746597--26746642	22	2.1	22	100	0	92	41	8	13	36	1.75
26748931--26748999	25	2.8	25	88	0	111	26	23	21	28	1.99
26750238--26750313	38	2.0	38	100	0	152	31	13	23	31	1.93
26751500--26751644	40	3.6	40	85	4	193	25	24	26	23	2.00
26783393--26783509	62	1.9	61	82	5	148	49	4	4	41	1.42
26789137--26789214	29	2.7	29	86	7	113	19	28	14	38	1.90
26789196--26789324	29	4.4	30	78	10	133	27	25	9	37	1.87
26789196--26789324	58	2.2	59	81	4	154	27	25	9	37	1.87
26793898--26794313	40	10.4	40	89	4	619	27	27	21	23	1.99
26802176--26802557	40	9.6	40	92	2	608	28	26	22	23	1.99
26805155--26805326	93	1.8	93	92	0	290	28	29	20	20	1.98
26805148--26805317	46	3.7	46	78	13	195	29	30	20	20	1.97
26805199--26805342	46	3.1	44	72	15	114	29	29	19	21	1.98
26816965--26817138	46	3.8	46	84	10	230	29	28	18	22	1.98
26819059--26819108	15	3.4	15	86	2	66	60	12	18	10	1.59
26819070--26819117	15	3.2	15	79	5	53	56	14	16	12	1.68
26826934--26827192	29	8.9	29	78	6	238	40	11	23	23	1.88
26826934--26827189	87	2.9	86	85	2	307	41	11	23	23	1.87
26829806--26829835	15	2.0	15	93	0	51	46	16	3	33	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26836697--26836725	14	2.0	15	93	6	51	27	0	20	51	1.47
26838606--26838630	13	1.9	13	100	0	50	48	8	0	44	1.32
26846945--26846969	13	1.9	13	100	0	50	48	8	0	44	1.32
26847401--26847427	14	1.9	14	100	0	54	62	7	7	22	1.46
26851250--26851574	178	1.8	179	89	0	517	34	19	8	37	1.83
26851906--26851937	16	2.0	16	93	0	55	34	18	0	46	1.49
26852147--26852475	50	6.5	50	85	2	374	30	27	16	26	1.97
26852147--26852475	151	2.2	151	84	1	408	30	27	16	26	1.97
26853097--26853155	30	2.0	30	82	0	73	25	27	6	40	1.80
26856435--26856485	25	2.0	25	81	7	59	31	17	19	31	1.95
26856529--26856563	10	3.4	10	92	7	61	34	17	17	31	1.93
26856524--26856563	21	1.9	21	94	0	71	37	17	15	30	1.90
26856608--26856676	25	2.8	25	88	0	102	26	26	21	26	2.00
26856897--26856980	31	2.7	30	90	5	125	33	15	26	25	1.95
26864347--26864397	25	2.0	25	85	7	68	29	17	19	33	1.95
26864436--26864475	21	1.9	21	84	0	53	35	17	12	35	1.88
26864446--26864475	11	2.9	10	90	9	51	33	20	16	30	1.94
26864520--26864588	25	2.8	25	88	0	93	28	24	21	24	1.99
26864809--26864892	31	2.7	31	87	1	125	30	16	26	26	1.97
26869017--26869061	15	3.0	15	90	0	72	55	13	17	13	1.69
26871683--26872040	180	2.0	181	87	2	515	32	19	10	37	1.85
26872370--26872400	16	1.9	16	93	0	53	35	19	0	45	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26872611--26872857	50	4.9	50	76	8	225	30	27	14	27	1.95
26875777--26875810	7	4.9	7	92	0	59	55	11	0	32	1.36
26887746--26887934	50	3.7	50	78	4	166	32	25	15	26	1.95
26888548--26888605	29	2.0	30	82	3	73	24	24	10	41	1.86
26889903--26889963	27	2.3	27	88	8	90	24	18	19	37	1.94
26897188--26897263	37	2.1	37	97	0	143	40	3	5	50	1.44
26907344--26907604	40	6.6	40	85	4	298	24	19	28	26	1.99
26907344--26907604	78	3.3	78	84	4	310	24	19	28	26	1.99
26907383--26907639	78	3.3	80	82	4	220	26	19	28	25	1.99
26907374--26907639	118	2.2	117	79	6	277	26	19	28	25	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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