genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.224.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81554553

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73357827--73357863	16	2.2	17	90	4	58	62	0	13	24	1.31
73357827--73357889	16	4.1	16	76	15	51	53	0	14	31	1.41
73378771--73378809	20	2.0	20	89	0	60	15	5	2	76	1.06
73383371--73383494	43	2.9	43	86	1	160	22	29	21	26	1.99
73393080--73393113	16	2.1	17	94	5	61	73	0	26	0	0.83
73394726--73394874	53	3.0	50	85	11	207	18	18	23	39	1.92
73394726--73394885	47	3.3	47	86	7	196	18	19	22	39	1.93
73395014--73395284	18	14.6	18	72	14	158	34	12	16	36	1.86
73395225--73395293	36	1.9	36	84	0	93	36	10	15	37	1.82
73400983--73401365	175	2.2	175	91	0	615	33	19	19	26	1.96
73401101--73401404	87	3.5	87	68	16	250	32	17	20	28	1.96
73404726--73404783	29	2.0	29	100	0	116	48	17	3	31	1.64
73406148--73406209	31	1.9	32	84	12	83	40	6	0	53	1.27
73406395--73406424	15	2.1	15	93	6	53	36	26	6	30	1.82
73411233--73411723	249	2.0	249	96	0	901	35	13	16	33	1.88
73414132--73414168	16	2.2	17	86	13	51	40	0	2	56	1.13
73414223--73414462	122	1.9	126	87	3	353	32	1	14	51	1.52
73416371--73416409	16	2.4	16	100	0	78	30	28	20	20	1.98
73419608--73419650	21	2.0	21	86	0	59	48	9	4	37	1.56
73419871--73419933	28	2.2	29	78	18	71	17	19	7	55	1.66
73424840--73425220	119	3.2	119	82	3	455	34	14	24	25	1.94
73425053--73425220	29	5.7	29	71	8	106	33	17	26	22	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73433967--73434068	51	2.0	51	92	3	170	30	36	4	28	1.78
73434870--73434916	21	2.2	22	85	11	62	63	21	0	14	1.30
73436578--73436838	124	2.1	122	89	3	398	34	18	8	37	1.82
73437696--73437736	21	2.0	21	85	9	57	36	14	21	26	1.93
73443178--73443205	3	9.3	3	100	0	56	32	0	0	67	0.91
73446253--73446295	20	2.2	20	100	0	86	41	9	16	32	1.80
73460792--73461106	47	6.7	46	70	16	168	28	19	28	23	1.98
73460797--73461112	94	3.4	94	79	5	291	28	19	28	23	1.98
73460941--73461106	44	3.6	45	79	12	167	27	18	27	26	1.98
73464266--73464300	18	1.9	18	94	0	61	22	14	25	37	1.92
73468805--73468837	12	2.8	12	95	0	57	75	0	3	21	0.93
73471198--73471407	110	1.9	110	91	0	339	20	27	24	27	1.99
73477692--73477724	16	2.0	17	88	5	50	33	15	0	51	1.43
73479488--73479523	13	2.8	13	100	0	72	52	0	0	47	1.00
73479812--73479873	28	2.2	28	85	5	81	75	3	19	1	1.02
73479799--73479876	6	12.2	6	75	16	59	75	2	17	3	1.07
73480283--73480323	19	2.1	20	90	4	66	60	0	7	31	1.24
73482664--73482729	25	2.7	25	81	6	73	34	21	24	19	1.96
73482678--73482729	25	2.1	25	89	7	79	34	23	23	19	1.96
73482762--73482817	25	2.2	26	78	6	62	37	23	21	17	1.94
73482886--73482955	24	2.9	24	73	12	63	35	15	30	18	1.92
73485296--73485326	16	1.9	16	100	0	62	51	0	9	38	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73485299--73485340	20	2.2	18	91	8	66	52	0	4	42	1.22
73487728--73487796	34	2.0	34	97	0	129	31	14	13	40	1.84
73495469--73495494	5	5.2	5	100	0	52	61	0	0	38	0.96
73495661--73495720	11	5.5	11	73	15	61	45	0	33	21	1.52
73495687--73495735	22	2.3	21	86	6	64	36	0	34	28	1.58
73504871--73504935	30	2.2	30	82	0	76	18	15	26	40	1.90
73506566--73506643	39	2.0	40	87	5	113	28	23	17	30	1.97
73514551--73514590	20	2.0	20	85	0	53	5	37	10	47	1.59
73517382--73517439	30	1.9	30	89	0	89	41	3	24	31	1.71
73517651--73517682	13	2.5	13	94	0	55	31	0	12	56	1.37
73517777--73518018	50	4.7	50	86	4	297	26	24	29	19	1.99
73517777--73518026	100	2.4	103	88	6	364	26	24	29	20	1.99
73521048--73521104	30	1.9	30	85	0	78	28	35	26	10	1.89
73528180--73528218	21	1.9	21	89	5	62	51	5	0	43	1.24
73534118--73534147	11	2.8	11	95	5	53	70	6	16	6	1.31
73534832--73534989	31	5.2	31	69	17	132	23	5	27	43	1.76
73534794--73535041	61	4.1	61	92	1	374	22	6	25	45	1.75
73571522--73571879	180	2.0	180	98	0	698	27	22	29	19	1.98
73571974--73572010	19	1.9	19	89	10	58	24	5	2	67	1.25
73571942--73572033	41	2.2	41	83	9	107	25	4	2	68	1.19
73571944--73572018	22	3.6	21	75	21	68	25	5	2	66	1.26
73572018--73572089	15	4.6	16	75	14	71	18	2	0	79	0.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73572018--73572065	8	6.1	8	79	11	55	22	0	0	77	0.78
73571979--73572102	6	19.7	6	69	18	56	18	4	1	75	1.07
73572021--73572089	8	9.0	7	73	20	50	17	2	0	79	0.85
73572048--73572102	18	3.1	18	81	0	65	10	5	1	81	0.92
73574380--73574427	24	2.0	24	95	0	87	31	12	18	37	1.88
73578238--73578403	43	3.9	42	77	6	165	26	15	24	33	1.95
73589940--73590060	43	2.8	42	78	7	129	28	16	23	31	1.96
73593821--73593860	21	1.9	21	85	10	55	37	10	0	52	1.35
73596656--73596680	11	2.3	11	100	0	50	0	8	0	92	0.40
73597719--73597750	13	2.4	14	85	15	50	50	6	3	40	1.43
73597717--73597750	12	2.7	13	86	9	52	47	5	5	41	1.52
73599395--73599452	2	29.0	2	92	0	98	0	3	50	46	1.18
73605730--73605756	14	1.9	14	100	0	54	44	14	0	40	1.46
73607710--73607762	21	2.7	19	80	13	54	64	1	3	30	1.22
73607748--73607784	15	2.6	14	87	8	56	72	2	0	24	0.97
73609554--73609590	8	4.6	8	87	12	58	27	0	0	72	0.84
73609541--73609585	23	2.0	23	86	0	63	31	0	0	68	0.89
73609554--73609590	15	2.3	17	90	9	60	27	0	0	72	0.84
73618740--73618785	18	2.5	19	72	10	51	26	23	0	50	1.50
73619951--73619986	18	2.0	18	100	0	72	50	11	5	33	1.61
73620096--73620141	5	9.0	5	92	2	74	58	4	0	36	1.18
73626786--73626819	14	2.3	15	90	5	52	55	5	14	23	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73627386--73627441	17	3.1	17	74	20	51	28	3	1	66	1.19
73628530--73628594	31	2.1	31	91	0	103	44	10	10	33	1.74
73630898--73631010	54	2.1	54	98	0	217	36	7	27	29	1.83
73636613--73636659	21	2.2	22	92	3	78	21	38	19	21	1.94
73640440--73640473	17	2.0	17	88	11	52	44	14	17	23	1.86
73643286--73643331	24	1.9	24	95	0	83	30	13	17	39	1.87
73649372--73649446	37	2.0	37	97	0	141	32	17	13	37	1.88
73655712--73655939	42	5.1	42	80	14	235	27	14	27	29	1.96
73655745--73655849	55	1.9	55	96	0	192	26	13	29	30	1.94
73655712--73655891	97	1.9	97	92	0	306	27	14	27	30	1.95
73655794--73655983	84	2.3	84	84	8	237	27	13	28	30	1.94
73657784--73658048	91	2.9	90	73	6	230	33	6	19	41	1.77
73665049--73665090	22	2.0	21	85	4	57	28	9	0	61	1.27
73665064--73665102	14	2.8	14	84	0	51	25	5	0	69	1.09
73673723--73673761	12	3.1	12	85	7	51	30	0	0	69	0.89
73673990--73674022	15	2.3	15	89	5	50	18	6	0	75	1.00
73677728--73677791	32	2.0	31	88	8	94	71	9	9	9	1.30
73678288--73678328	3	13.7	3	100	0	82	31	0	0	68	0.90
73678423--73678480	27	2.1	27	81	6	64	34	3	3	58	1.32
73686753--73687021	46	5.6	46	90	5	358	34	14	22	28	1.93
73686753--73687058	98	3.3	92	81	14	351	35	14	21	27	1.93
73686813--73687021	52	4.1	51	87	9	293	35	14	22	27	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73686985--73687130	37	4.0	37	93	1	242	36	16	21	24	1.94
73688995--73689047	26	2.0	27	85	7	74	24	15	22	37	1.92
73690527--73690584	26	2.2	26	96	0	107	37	24	3	34	1.72
73696291--73696374	26	3.2	26	96	0	150	36	25	4	33	1.77
73697552--73697734	46	4.0	46	92	2	278	22	24	14	38	1.91
73700159--73700226	30	2.3	30	84	5	84	27	19	5	47	1.72
73704172--73704200	15	1.9	15	100	0	58	65	6	6	20	1.40
73704290--73704319	15	2.0	15	100	0	60	20	26	6	46	1.75
73711290--73711335	16	2.9	15	81	9	56	76	0	8	15	1.02
73711971--73712025	26	2.2	26	83	3	67	43	0	0	56	0.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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