genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.26.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81554553

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7194835--7195242	219	1.9	219	84	2	525	33	18	16	30	1.94
7195730--7195776	18	2.4	21	83	13	57	42	2	0	55	1.12
7195730--7195771	20	2.0	21	86	13	61	40	2	0	57	1.12
7198150--7198196	19	2.6	18	76	6	51	40	10	6	42	1.65
7204865--7204929	13	5.2	12	74	22	55	80	0	16	3	0.85
7204877--7204936	6	9.5	6	81	12	59	81	0	16	1	0.77
7204877--7204936	20	3.2	18	80	15	59	81	0	16	1	0.77
7204865--7204936	7	10.1	7	77	19	69	80	0	16	2	0.83
7206108--7206337	43	5.3	43	71	10	144	27	17	28	26	1.98
7206412--7206572	88	1.8	87	81	4	198	27	17	27	27	1.98
7205865--7206548	131	5.2	131	88	1	1003	28	16	28	26	1.97
7207077--7207204	19	6.9	19	89	7	201	36	10	15	37	1.81
7207077--7207192	35	3.2	36	95	3	189	36	10	16	37	1.83
7211211--7211244	18	1.9	18	88	5	52	38	0	5	55	1.24
7211211--7211253	17	2.5	17	82	10	52	34	2	4	58	1.32
7217902--7218159	41	6.3	41	90	0	408	22	28	20	29	1.98
7217908--7218159	82	3.1	82	99	0	495	22	28	19	28	1.98
7218371--7218407	19	1.9	19	94	0	65	45	18	0	35	1.50
7219676--7219717	21	2.0	21	86	9	59	35	4	2	57	1.33
7223311--7223344	18	1.9	18	88	5	52	38	0	5	55	1.24
7223311--7223353	17	2.5	17	82	10	52	34	2	4	58	1.32
7230003--7230260	41	6.3	41	90	0	408	22	28	20	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7230009--7230260	82	3.1	82	99	0	495	22	28	19	28	1.98
7230472--7230508	19	1.9	19	94	0	65	45	18	0	35	1.50
7231778--7231819	21	2.0	21	86	9	59	35	4	2	57	1.33
7235414--7235447	18	1.9	18	88	5	52	38	0	5	55	1.24
7235414--7235456	17	2.5	17	82	10	52	34	2	4	58	1.32
7248806--7248840	15	2.3	15	95	0	61	42	8	25	22	1.82
7249763--7249815	26	2.0	28	88	7	83	16	24	9	49	1.76
7263839--7263868	15	2.0	15	93	0	51	73	3	10	13	1.21
7273327--7273487	87	1.9	87	80	6	193	32	16	15	35	1.90
7274401--7274425	12	2.1	12	100	0	50	44	8	16	32	1.76
7275342--7275391	24	2.2	24	85	7	77	28	0	4	68	1.08
7279290--7279498	105	2.0	105	82	1	258	33	14	24	27	1.94
7281951--7282261	46	6.7	46	91	0	426	21	22	14	41	1.89
7290326--7290368	22	2.0	22	85	0	59	55	2	13	27	1.51
7290552--7290643	43	2.1	43	97	0	175	38	9	11	40	1.75
7291752--7291805	23	2.3	25	75	12	60	40	0	1	57	1.09
7291759--7291815	23	2.6	22	81	8	62	42	0	1	56	1.10
7291930--7291965	18	2.0	18	88	0	54	58	5	2	33	1.36
7294293--7294320	14	2.0	14	100	0	56	35	14	0	50	1.43
7294715--7294750	2	18.0	2	88	0	54	50	0	0	50	1.00
7297841--7297893	15	3.5	15	100	0	106	7	0	45	47	1.31
7297843--7297885	8	5.6	8	78	10	54	4	0	48	46	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7299044--7299102	31	2.0	30	86	6	84	47	6	11	33	1.67
7303983--7304022	21	1.9	21	84	0	53	75	10	5	10	1.19
7306073--7306115	16	2.6	17	89	7	63	55	2	0	41	1.12
7310227--7310253	12	2.2	12	100	0	54	7	14	29	48	1.71
7310281--7310474	40	4.8	40	88	7	270	32	24	24	18	1.97
7310281--7310474	81	2.4	82	86	9	283	32	24	24	18	1.97
7310478--7310605	47	2.7	46	77	7	132	48	28	0	21	1.56
7310741--7310775	15	2.3	15	90	0	52	20	0	31	48	1.50
7310867--7310960	37	2.5	37	89	0	152	10	50	15	23	1.76
7311274--7311310	7	5.0	7	87	12	56	70	2	0	27	1.01
7314355--7314379	12	2.1	12	100	0	50	32	0	16	52	1.44
7315636--7315664	15	1.9	15	100	0	58	27	10	13	48	1.75
7316374--7316445	31	2.3	32	84	13	89	25	2	2	69	1.15
7316398--7316444	19	2.5	19	76	10	51	21	2	4	72	1.12
7316554--7316587	18	1.9	18	88	5	52	26	0	0	73	0.83
7316502--7316595	46	2.0	48	81	10	113	30	4	4	60	1.35
7322413--7322443	3	10.3	3	100	0	62	32	0	0	67	0.91
7323026--7323057	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
7323393--7323436	19	2.3	19	80	7	54	29	0	4	65	1.12
7324768--7325189	210	2.0	210	87	0	601	30	13	25	30	1.94
7335742--7335772	15	2.1	15	100	0	62	25	0	41	32	1.56
7337293--7337345	26	2.0	26	85	7	72	37	22	15	24	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7339566--7339608	20	2.2	20	86	0	59	41	2	0	55	1.12
7339893--7339924	17	1.9	16	93	6	55	56	0	6	37	1.25
7344095--7344126	13	2.5	13	94	0	55	81	0	18	0	0.70
7344201--7344253	13	4.0	13	78	11	63	0	24	0	75	0.80
7344202--7344251	21	2.3	21	79	3	55	0	24	0	76	0.80
7344205--7344253	18	2.7	18	78	12	55	0	24	0	75	0.80
7347001--7347054	20	2.6	21	79	5	74	50	11	11	27	1.72
7351792--7351832	11	3.7	11	90	0	64	43	19	0	36	1.51
7351784--7351829	22	2.1	21	88	4	65	43	19	0	36	1.51
7351969--7352100	47	2.8	47	81	12	155	30	8	5	56	1.51
7354090--7354260	93	1.8	93	94	0	306	28	28	21	22	1.99
7354082--7354257	46	3.8	46	78	12	207	28	27	21	22	1.99
7356754--7356804	3	17.0	3	100	0	102	66	0	0	33	0.92
7359198--7359235	19	2.1	18	90	5	58	42	0	13	44	1.43
7359198--7359237	20	2.1	18	86	9	53	42	0	12	45	1.42
7373272--7373338	34	1.9	35	87	3	100	32	8	13	44	1.75
7373287--7373325	20	2.0	20	84	0	51	28	12	12	46	1.79
7374681--7374750	27	2.6	27	80	8	79	51	20	2	25	1.61
7377618--7377642	8	3.1	8	100	0	50	60	24	16	0	1.36
7378310--7378346	18	2.1	18	90	5	58	40	0	10	48	1.38
7380240--7380312	24	3.0	24	89	0	119	36	4	46	12	1.61
7382145--7382222	25	3.1	26	77	15	74	48	0	1	50	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7382199--7382255	15	3.5	15	71	17	51	50	3	0	45	1.18
7382697--7382738	19	2.1	20	86	8	59	21	2	0	76	0.90
7382742--7382813	22	3.1	22	77	11	72	45	0	1	52	1.09
7382778--7382820	21	2.0	22	90	4	70	41	0	2	55	1.12
7382810--7382889	21	3.8	19	81	15	56	38	2	2	56	1.26
7383003--7383062	23	2.5	24	79	17	72	41	0	0	58	0.98
7383012--7383111	35	2.9	35	82	13	125	40	1	0	59	1.04
7382719--7383220	234	2.1	237	86	6	709	40	2	2	54	1.27
7383173--7383234	31	2.1	28	88	8	88	35	0	3	61	1.12
7383181--7383222	21	2.0	21	81	9	50	35	0	2	61	1.09
7383547--7383577	15	2.1	15	100	0	62	32	25	12	29	1.93
7389736--7389949	105	2.0	105	82	1	259	31	14	25	28	1.94
7393066--7393118	21	2.5	20	76	11	54	24	28	33	13	1.93
7394708--7394841	3	45.3	3	71	7	87	26	5	3	64	1.32
7397548--7397634	25	3.5	25	79	7	97	28	24	24	22	1.99
7397548--7397642	50	1.9	50	85	8	131	29	23	25	22	1.99
7399139--7399172	2	17.0	2	93	0	59	2	0	47	50	1.16
7400599--7400647	25	1.9	26	84	12	66	71	2	16	10	1.22
7402349--7402444	21	4.5	21	89	2	129	13	22	27	36	1.92
7402336--7402444	42	2.5	42	85	2	137	15	22	25	35	1.94
7407788--7407845	21	2.8	22	73	19	54	39	12	5	43	1.64
7410403--7410607	105	2.0	105	84	3	270	33	13	25	27	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7410452--7411209	378	2.0	378	94	0	1329	33	17	23	25	1.96
7413841--7413898	21	2.8	22	73	19	54	39	12	5	43	1.64
7415723--7415768	16	2.5	19	78	21	53	54	10	8	26	1.64
7415862--7416062	23	8.2	25	70	15	111	60	5	3	29	1.38
7415975--7416088	46	2.5	43	80	10	113	62	7	1	28	1.31
7416102--7416189	33	2.6	35	76	7	90	63	2	5	28	1.29
7416076--7416189	33	3.3	34	72	7	86	63	1	7	28	1.30
7416365--7416420	26	2.2	26	84	12	71	57	5	5	32	1.44
7420595--7420691	46	2.1	48	86	3	135	35	14	22	27	1.93
7425241--7425290	26	1.9	26	91	0	82	46	22	14	18	1.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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