genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.230.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81554553

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75087837--75087895	21	2.8	22	80	7	61	22	0	8	69	1.15
75087866--75087915	26	2.0	24	88	7	73	30	0	6	64	1.18
75092210--75092235	6	4.3	6	100	0	52	50	15	15	19	1.79
75092364--75092444	25	3.5	22	75	16	74	51	1	2	44	1.22
75092486--75092547	23	2.7	23	82	14	65	50	1	4	43	1.33
75093067--75093096	14	2.2	14	94	5	53	3	20	6	70	1.25
75093160--75093199	17	2.3	18	87	12	66	37	5	17	40	1.72
75101024--75101077	5	10.2	5	80	7	54	18	0	3	77	0.91
75101022--75101076	23	2.4	23	81	6	67	20	0	3	76	0.94
75102983--75103090	55	2.0	55	81	0	126	28	30	25	15	1.96
75106869--75106909	20	2.0	21	86	9	59	17	12	0	70	1.16
75118574--75118609	7	5.0	7	89	3	54	80	0	16	2	0.83
75119460--75119729	73	3.7	73	86	4	346	27	16	23	32	1.96
75119703--75119861	53	3.0	53	94	0	273	27	13	18	39	1.89
75122067--75122111	21	2.1	21	84	8	56	33	2	4	60	1.29
75122131--75122171	20	2.0	21	86	9	59	17	12	0	70	1.16
75127804--75127864	23	2.8	21	78	11	70	37	21	22	18	1.94
75131830--75131873	15	2.8	16	86	3	54	43	0	0	56	0.99
75132534--75132575	17	2.4	18	88	11	70	33	4	21	40	1.74
75135360--75135445	45	1.9	45	85	0	118	37	1	16	45	1.55
75136320--75136400	37	2.2	37	88	0	117	40	7	17	34	1.77
75138822--75138872	26	2.0	26	85	7	70	27	11	15	45	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75140817--75140850	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
75141388--75141426	18	2.2	18	86	9	53	46	7	10	35	1.67
75143067--75143091	6	4.2	6	100	0	50	36	16	0	48	1.46
75144352--75144402	22	2.3	22	83	10	59	41	0	1	56	1.10
75144984--75145020	19	1.9	20	94	5	67	37	24	8	29	1.84
75146247--75146302	3	18.7	3	96	0	94	62	0	3	33	1.12
75146723--75146760	19	2.0	20	85	15	53	65	10	0	23	1.23
75155325--75155379	27	2.0	27	96	0	101	23	18	18	40	1.91
75158429--75158459	15	2.1	15	100	0	62	12	25	12	48	1.77
75162753--75162835	31	3.0	26	83	13	89	62	12	2	22	1.41
75164679--75164711	15	2.1	16	88	5	50	45	18	21	15	1.85
75167610--75167643	18	1.9	18	94	5	61	73	0	5	20	1.04
75167900--75167941	14	2.8	15	85	7	50	33	2	0	64	1.07
75169883--75169945	21	2.9	22	76	7	74	46	0	1	52	1.10
75169962--75169994	15	2.1	16	88	5	50	39	9	0	51	1.34
75173869--75173931	28	2.2	28	91	0	99	31	30	6	31	1.83
75174052--75174092	14	3.1	14	76	20	52	17	36	0	46	1.48
75179290--75179352	28	2.2	28	89	10	94	30	28	7	33	1.86
75179472--75179512	14	3.1	14	76	20	52	17	36	0	46	1.48
75180936--75180967	15	2.1	15	100	0	64	75	6	0	18	1.01
75182559--75182594	16	2.2	17	90	9	58	36	0	2	61	1.11
75182554--75182600	13	3.3	14	80	14	51	46	0	2	51	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75185068--75185135	22	3.0	22	78	2	64	50	7	8	33	1.61
75185737--75185769	9	3.7	9	91	0	57	66	3	0	30	1.06
75185737--75185788	15	3.2	16	83	10	61	63	1	0	34	1.06
75185737--75185786	18	2.8	18	82	8	57	64	2	0	34	1.05
75185792--75185831	19	2.0	19	85	9	53	60	5	15	20	1.53
75185805--75185857	17	2.9	19	80	11	65	58	7	13	20	1.59
75186221--75186281	17	3.6	17	71	8	61	75	16	4	3	1.11
75187084--75187126	11	3.9	11	81	0	50	34	0	4	60	1.17
75187084--75187215	24	5.8	24	68	23	63	33	6	5	55	1.47
75187312--75187357	17	2.6	17	86	6	65	30	6	4	58	1.43
75198973--75199241	62	3.9	67	78	10	251	27	17	25	28	1.98
75199246--75199688	79	5.8	76	82	7	526	32	15	19	32	1.93
75200953--75201004	22	2.4	22	86	0	68	0	40	0	59	0.97
75201301--75201336	9	4.0	9	88	0	54	38	0	5	55	1.23
75201300--75201338	16	2.5	15	84	15	53	38	0	7	53	1.30
75201320--75201430	23	4.6	24	69	20	63	33	6	5	54	1.48
75212680--75212704	6	4.2	6	100	0	50	16	0	0	84	0.63
75224393--75224451	19	3.3	19	68	22	63	40	6	10	42	1.65
75224381--75224451	35	2.0	35	100	0	142	42	5	8	43	1.58
75225374--75225444	28	2.5	28	90	0	115	49	29	0	21	1.50
75237260--75237319	30	2.0	30	83	6	77	25	33	23	18	1.97
75244930--75244989	31	1.9	31	86	3	84	43	3	5	48	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75244930--75245007	31	2.5	32	79	12	81	43	3	5	47	1.43
75245825--75245864	19	2.1	19	85	0	53	7	30	10	52	1.62
75250762--75250884	64	1.9	64	88	0	183	30	20	14	34	1.92
75251171--75251258	45	2.0	45	95	0	158	31	18	19	30	1.95
75250955--75251389	177	2.5	177	90	0	674	31	19	22	26	1.98
75251216--75251521	132	2.3	132	88	1	452	31	19	22	25	1.98
75251358--75252051	177	3.9	176	92	1	1113	29	20	23	25	1.99
75251051--75251698	309	2.1	309	92	1	1075	30	20	23	26	1.98
75250957--75251875	486	1.9	486	91	0	1509	30	20	23	26	1.98
75251890--75252158	131	2.0	132	90	0	423	30	21	22	25	1.99
75258041--75258071	15	2.1	15	100	0	62	74	0	25	0	0.82
75266221--75266268	21	2.2	22	82	10	64	58	0	0	41	0.98
75266289--75266321	12	2.6	13	85	9	50	66	3	0	30	1.06
75271377--75271437	31	1.9	31	96	3	113	55	3	13	27	1.53
75274252--75274567	162	2.0	162	92	2	528	30	25	14	30	1.95
75274820--75274867	24	2.0	24	83	0	60	31	0	27	41	1.56
75274869--75274914	11	4.2	11	81	15	51	52	2	0	45	1.13
75274874--75274915	11	3.9	10	87	12	57	54	2	0	42	1.13
75276762--75276834	17	3.9	18	76	13	67	57	1	1	39	1.16
75280897--75281037	43	3.3	41	75	11	106	26	18	21	32	1.97
75280946--75281061	43	2.7	42	76	7	126	25	18	24	31	1.97
75281839--75281902	32	2.0	32	87	0	92	39	0	21	39	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75284974--75285161	89	2.1	89	85	4	245	34	18	9	38	1.83
75284974--75285174	90	2.2	90	84	6	246	33	17	9	38	1.83
75285298--75285433	10	14.4	9	69	17	80	65	2	1	30	1.13
75285311--75285414	19	5.3	20	76	10	81	63	1	1	32	1.16
75285727--75285808	38	2.1	39	84	6	105	34	3	2	59	1.28
75285746--75285814	19	3.6	18	74	16	59	42	2	1	53	1.24
75289180--75289215	18	2.0	18	94	0	63	63	5	0	30	1.17
75290235--75290295	31	2.0	31	87	6	88	45	9	3	40	1.53
75291212--75291279	34	2.0	34	100	0	136	47	8	11	32	1.71
75291261--75292125	152	5.8	152	85	5	1135	32	21	20	24	1.98
75291261--75292080	299	2.7	298	87	5	1160	32	21	20	25	1.97
75294419--75294473	25	2.2	25	100	0	110	27	3	5	63	1.33
75294419--75294483	25	2.6	25	90	2	78	29	4	4	61	1.36
75295321--75295367	19	2.4	19	82	3	58	19	4	10	65	1.39
75295595--75295662	33	2.1	33	100	0	136	39	11	8	39	1.73
75302861--75302935	26	2.9	26	76	9	82	57	0	1	41	1.07
75302880--75302925	18	2.6	17	86	6	65	67	0	0	32	0.91
75303165--75303239	35	2.1	35	97	0	141	42	5	21	30	1.75
75304379--75304417	21	1.9	20	94	5	69	35	0	17	46	1.49
75306360--75306422	33	1.9	33	83	6	83	15	28	28	26	1.96
75307493--75307519	5	5.4	5	100	0	54	81	0	0	18	0.69
75307584--75307619	9	4.0	9	96	0	63	69	0	8	22	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75309235--75309709	44	10.6	43	70	12	224	29	21	17	31	1.96
75309235--75309661	133	3.2	130	75	12	371	29	22	16	32	1.95
75316155--75316221	33	2.0	33	97	0	125	31	22	8	37	1.85
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75318878--75319049	93	1.8	93	95	2	310	20	20	29	28	1.98
75326450--75326625	46	3.8	46	79	14	209	20	20	29	29	1.98
75326447--75326618	93	1.8	93	95	2	310	20	20	29	28	1.98
75341868--75341961	47	2.0	47	97	0	179	42	19	9	28	1.82
75342742--75342847	55	1.9	55	98	0	203	48	3	10	37	1.56
75347773--75347851	32	2.5	32	85	6	99	41	17	10	30	1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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