genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.183.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81554553

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59616735--59616770	8	4.5	8	89	0	54	52	19	22	5	1.66
59627173--59627246	21	3.6	21	75	1	78	20	20	18	40	1.92
59627258--59627313	21	2.7	21	80	0	76	19	23	14	42	1.88
59628299--59628390	47	2.0	44	93	6	157	39	14	13	33	1.84
59638137--59638406	47	5.8	47	75	8	216	24	30	17	27	1.97
59638138--59638406	94	2.9	94	73	14	252	24	30	17	27	1.97
59652960--59653006	22	2.1	22	88	0	67	51	23	6	19	1.70
59653576--59653657	40	2.0	40	95	0	146	20	14	17	47	1.82
59655749--59655782	4	8.5	4	86	0	50	70	5	0	23	1.09
59664129--59664179	25	2.0	25	100	0	102	19	19	7	52	1.70
59664387--59664436	18	2.7	18	78	12	57	8	20	0	72	1.10
59672433--59672495	31	2.1	28	82	8	72	42	0	6	50	1.27
59674383--59674449	33	2.0	33	100	0	134	44	2	11	40	1.56
59674492--59674538	18	2.7	18	90	9	71	82	8	0	8	0.83
59677154--59677516	131	2.8	130	79	3	354	27	19	19	34	1.95
59683770--59683919	27	5.5	27	92	3	228	31	28	14	26	1.94
59683770--59683919	55	2.7	55	93	0	246	31	28	14	26	1.94
59691593--59691742	27	5.5	27	92	3	228	31	28	14	26	1.94
59691593--59691742	55	2.7	55	93	0	246	31	28	14	26	1.94
59696821--59696847	14	1.9	14	100	0	54	22	3	0	74	0.98
59696862--59696899	18	2.2	18	85	4	51	50	2	0	47	1.15
59696869--59696916	18	2.6	18	80	9	53	50	6	0	43	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59704363--59704419	9	6.6	9	82	11	66	75	0	22	1	0.90
59704569--59704692	60	2.1	60	92	3	205	33	1	12	52	1.48
59704891--59704920	15	1.9	16	93	6	53	40	0	6	53	1.27
59706968--59707038	33	2.2	33	89	5	108	12	45	14	28	1.81
59707232--59707465	79	3.1	76	84	9	321	28	7	9	54	1.60
59709132--59709383	68	3.8	65	79	9	212	24	29	16	29	1.96
59713377--59713442	23	2.9	23	90	0	105	51	36	3	9	1.49
59713588--59713646	24	2.5	24	80	17	63	28	23	0	47	1.52
59714280--59714599	46	7.0	46	91	0	444	21	24	15	39	1.92
59716757--59716793	20	1.9	20	88	5	58	51	8	0	40	1.32
59717287--59717412	63	2.0	63	100	0	252	31	19	1	47	1.59
59718079--59718111	16	2.1	16	94	0	57	3	15	6	75	1.11
59718136--59718183	3	16.0	3	79	16	55	62	2	0	35	1.07
59718136--59718183	21	2.3	21	85	7	62	62	2	0	35	1.07
59723775--59723834	29	2.1	29	87	6	86	66	6	0	26	1.16
59728998--59729052	5	10.8	5	76	18	51	43	1	3	50	1.30
59731672--59731711	20	2.0	20	85	9	55	62	0	2	35	1.09
59732073--59732125	26	2.0	26	100	0	106	18	35	18	26	1.95
59734974--59735018	22	2.0	22	83	8	56	40	4	0	55	1.20
59739763--59739810	23	2.1	23	100	0	96	41	8	16	33	1.78
59740365--59740465	42	2.4	43	79	1	114	31	10	22	34	1.89
59752364--59752492	46	2.8	47	92	2	208	31	29	20	19	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59754731--59754787	13	4.4	13	78	13	55	17	1	7	73	1.14
59754750--59754797	15	3.2	15	83	13	55	18	0	8	72	1.08
59768908--59768947	20	2.0	21	85	14	57	35	0	17	47	1.48
59771715--59771882	40	4.2	40	83	4	106	25	27	23	23	2.00
59771738--59771882	40	3.6	40	85	4	193	23	26	24	25	2.00
59773069--59773142	37	2.0	37	97	0	139	32	22	13	31	1.93
59779753--59779931	39	4.6	39	82	2	110	23	26	24	25	2.00
59779788--59779931	39	3.6	40	85	5	184	22	26	25	25	2.00
59781978--59782106	47	2.8	46	91	4	199	30	29	20	19	1.97
59789073--59789111	20	2.0	20	100	0	78	35	25	2	35	1.70
59789672--59789847	46	3.8	46	78	16	202	30	27	19	21	1.98
59789680--59789850	92	1.8	93	92	5	292	29	28	20	21	1.98
59797945--59798020	34	2.2	34	92	2	125	44	0	6	48	1.28
59798547--59798582	12	3.0	12	83	0	54	27	22	2	47	1.65
59800588--59800710	41	3.0	41	86	1	147	21	18	24	34	1.96
59800588--59800730	41	3.5	40	83	4	117	22	19	23	34	1.96
59804950--59805014	33	2.0	33	93	0	112	21	16	24	36	1.94
59808457--59808486	14	2.1	14	93	0	51	26	0	16	56	1.40
59808941--59809123	96	1.9	96	86	6	264	18	22	7	51	1.71
59809812--59809839	13	2.2	13	100	0	56	50	0	0	50	1.00
59813898--59814179	48	5.9	48	81	3	282	26	16	27	29	1.97
59828807--59829220	137	3.0	137	97	0	774	28	20	19	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59830653--59830885	48	4.9	48	83	2	247	25	17	28	28	1.97
59833071--59833101	15	2.1	15	100	0	62	25	6	25	41	1.79
59837635--59837670	13	2.8	13	100	0	72	11	0	25	63	1.27
59842614--59842658	20	2.4	18	82	13	63	48	0	2	48	1.13
59842762--59842788	14	1.9	14	100	0	54	33	22	0	44	1.53
59845474--59845602	46	2.8	46	91	0	204	18	20	31	29	1.97
59853006--59853130	46	2.7	46	97	0	232	19	24	29	27	1.98
59856211--59856289	38	2.1	37	97	2	149	34	27	12	25	1.92
59857051--59857198	42	3.5	42	81	9	149	31	14	24	29	1.95
59863517--59863665	42	3.6	41	82	5	183	30	14	26	28	1.95
59865523--59865561	21	1.9	21	89	5	62	20	28	38	12	1.89
59866601--59866862	47	5.6	48	82	7	265	21	30	20	27	1.98
59866605--59866862	140	1.8	140	85	4	369	21	30	20	27	1.98
59871889--59871925	18	2.1	18	90	10	58	5	13	5	75	1.15
59872333--59872382	23	2.3	22	79	6	57	52	8	6	34	1.55
59880788--59880835	24	2.0	26	84	12	66	8	31	8	52	1.61
59885692--59886395	362	1.9	362	94	0	1230	25	21	16	35	1.95
59887224--59887404	81	2.2	80	84	5	231	41	19	7	30	1.80
59887224--59887443	27	8.1	27	81	3	192	43	19	6	30	1.77
59887483--59887680	27	7.3	27	88	0	252	28	23	8	39	1.83
59887463--59887637	81	2.2	81	90	0	269	30	21	9	38	1.85
59887483--59887680	81	2.4	81	88	0	288	28	23	8	39	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59887693--59888149	27	16.9	27	85	0	497	36	19	17	26	1.94
59888603--59888667	22	3.0	22	84	8	87	20	21	23	35	1.96
59888833--59888927	27	3.5	26	82	5	109	21	23	18	36	1.95
59889087--59889255	6	27.8	6	83	9	200	18	16	15	49	1.81
59895232--59895264	17	1.9	17	93	0	57	24	21	30	24	1.99
59895740--59895780	20	2.0	20	95	0	73	24	21	14	39	1.91
59897295--59897345	13	3.8	13	78	14	59	56	3	0	39	1.18
59899165--59899199	16	2.2	16	94	0	61	25	5	22	45	1.74
59900732--59900834	33	3.1	33	98	0	197	31	5	13	49	1.66
59902672--59902732	10	6.0	10	79	9	61	67	8	0	24	1.18
59902675--59902732	21	2.8	20	82	7	71	68	6	0	24	1.13
59902767--59902837	20	3.6	19	76	22	67	50	2	4	42	1.36
59905932--59906015	26	3.2	26	96	0	150	33	4	25	36	1.77
59907447--59907498	25	2.0	26	85	3	70	38	23	13	25	1.91
59911648--59911731	26	3.2	26	93	3	134	34	4	23	36	1.76
59915612--59915656	22	2.0	22	100	0	90	17	26	22	33	1.96
59923294--59923358	28	2.2	30	81	13	73	52	1	1	44	1.19
59927240--59927507	46	5.7	46	78	12	271	27	18	30	23	1.98
59929269--59929864	296	2.0	296	97	0	1129	32	16	22	29	1.95
59930500--59930532	17	1.9	17	88	11	50	54	3	9	33	1.47
59930758--59930791	16	2.2	16	89	5	52	32	11	5	50	1.63
59931334--59931376	15	2.8	16	96	3	79	11	6	18	62	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59931588--59931675	30	3.0	28	75	17	79	40	2	22	34	1.67
59931603--59931690	31	3.0	29	78	8	81	43	3	22	30	1.70
59931941--59932787	75	10.9	75	84	7	991	32	18	17	31	1.94
59931898--59932794	388	2.3	378	83	8	1076	33	18	17	31	1.94
59932566--59932794	73	3.1	73	84	3	314	32	20	18	29	1.96
59939446--59939487	20	2.1	20	100	0	84	23	14	26	35	1.93
59943871--59944464	296	2.0	296	97	0	1125	32	15	22	29	1.95
59945101--59945148	19	2.5	19	76	6	53	54	2	6	37	1.38
59945374--59945407	16	2.2	16	89	5	52	29	11	8	50	1.69
59945945--59945987	15	2.8	16	96	3	79	11	6	18	62	1.50

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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