genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.64.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81554553

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18256107--18256282	79	2.2	80	81	4	196	26	22	27	24	2.00
18263908--18264131	40	5.7	39	81	8	222	25	21	28	25	1.99
18263988--18264164	78	2.3	79	83	3	205	25	22	28	23	1.99
18268346--18268458	39	3.0	39	88	6	153	26	23	25	24	2.00
18272921--18273104	40	4.6	41	84	8	222	23	22	28	25	1.99
18272921--18273102	79	2.3	80	83	6	219	24	22	28	25	2.00
18272973--18273137	79	2.1	79	84	6	210	25	21	27	25	1.99
18275694--18275745	26	2.0	26	92	0	86	36	21	21	21	1.95
18282527--18282659	69	1.9	70	90	1	214	33	13	16	36	1.88
18283418--18283767	40	8.9	39	85	3	380	21	22	28	28	1.99
18283416--18283728	119	2.6	119	90	2	477	21	22	28	27	1.99
18283699--18283799	39	2.6	38	88	4	139	20	22	25	30	1.98
18283422--18283803	79	4.8	79	79	4	385	21	22	28	28	1.99
18287069--18287191	47	2.6	47	84	1	149	34	27	16	21	1.95
18290209--18290413	40	5.2	40	91	4	276	23	21	27	26	1.99
18293922--18294104	79	2.3	81	83	7	223	25	27	22	24	2.00
18293901--18294104	40	5.1	40	81	8	229	25	27	22	25	2.00
18300851--18301033	39	4.6	39	83	6	201	25	27	22	24	2.00
18300851--18301033	79	2.3	79	81	8	212	25	27	22	24	2.00
18308004--18308188	40	4.7	40	81	11	211	26	27	21	24	1.99
18315665--18315789	40	3.2	40	87	5	157	25	21	27	25	1.99
18317873--18317919	11	4.6	10	80	12	51	51	27	4	17	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18318674--18318813	42	3.3	42	77	7	122	30	25	18	25	1.98
18318662--18318813	43	3.5	42	79	5	144	30	25	19	25	1.98
18320395--18320425	13	2.4	13	94	0	53	19	35	19	25	1.95
18322039--18322196	41	3.8	42	82	2	183	31	22	13	32	1.93
18326341--18326534	40	4.9	40	92	0	318	22	27	23	26	1.99
18326314--18326534	80	2.8	80	88	2	322	21	27	23	27	1.99
18334379--18334572	40	4.9	40	94	0	327	22	27	23	26	1.99
18334352--18334572	80	2.8	80	88	2	331	21	27	23	27	1.99
18343982--18344164	79	2.3	81	84	7	232	25	27	22	24	2.00
18343961--18344164	40	5.1	40	82	8	238	25	27	22	24	2.00
18351532--18351735	40	5.1	40	81	8	175	25	27	22	24	1.99
18351551--18351733	40	4.6	39	81	8	201	25	28	21	24	1.99
18351553--18351733	79	2.3	80	82	8	217	25	28	22	24	1.99
18357304--18357343	15	2.7	15	96	0	71	47	7	22	22	1.76
18357693--18357828	50	2.7	50	82	11	172	24	16	29	30	1.96
18372129--18372193	12	5.3	12	71	14	53	55	15	12	16	1.69
18372138--18372247	6	17.8	6	71	15	64	50	11	18	20	1.78
18372143--18372225	31	2.7	31	86	0	112	49	14	18	18	1.80
18372183--18372247	25	2.6	25	85	0	85	46	10	20	23	1.81
18373138--18373229	27	3.4	27	84	3	114	25	17	20	36	1.94
18373138--18373256	54	2.2	54	80	5	125	26	14	20	39	1.90
18373180--18373334	27	5.7	27	84	6	154	25	7	22	44	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18373180--18373334	54	2.9	53	83	3	177	25	7	22	44	1.78
18381899--18381926	8	3.5	8	100	0	56	42	21	25	10	1.85
18383413--18383506	46	2.0	46	97	0	179	40	12	19	27	1.88
18383463--18383495	18	1.9	17	88	11	50	45	12	15	27	1.81
18389459--18389768	97	3.3	94	75	10	299	29	19	27	23	1.98
18389496--18389724	49	4.8	48	78	6	198	30	18	27	22	1.98
18389459--18389766	98	3.2	94	76	9	286	29	19	27	23	1.98
18392131--18392474	32	11.1	31	71	16	198	63	3	1	31	1.20
18392136--18392188	22	2.5	21	84	9	63	64	5	1	28	1.27
18392136--18392478	10	34.6	10	67	22	67	63	3	1	31	1.19
18392330--18392422	22	4.3	22	72	10	75	63	3	0	33	1.10
18392289--18392490	90	2.3	88	77	10	193	63	3	0	32	1.15
18392176--18392486	9	34.8	9	66	21	106	63	3	1	31	1.18
18395086--18395123	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
18395353--18395523	93	1.8	93	93	0	297	28	28	21	21	1.98
18395348--18395520	46	3.7	46	79	10	208	29	27	20	21	1.98
18395942--18396001	30	2.0	30	86	0	84	33	25	5	36	1.78
18398306--18398555	10	26.2	10	68	13	52	36	3	3	57	1.32
18398305--18398524	10	23.3	10	68	22	86	36	2	3	57	1.29
18398357--18398454	37	2.6	37	77	17	96	33	3	2	61	1.23
18398497--18398550	20	2.8	19	81	10	65	31	3	3	61	1.31
18398585--18398660	29	2.6	29	81	10	75	31	1	3	63	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18398261--18398720	9	48.8	9	68	17	145	34	3	3	58	1.32
18408149--18408234	27	3.2	27	66	18	79	33	18	27	19	1.96
18408161--18408246	25	3.3	25	67	17	75	33	18	26	20	1.96
18408138--18408398	54	4.8	54	80	1	254	37	18	23	20	1.94
18408176--18408261	27	3.2	27	66	18	79	37	16	25	20	1.93
18415615--18415818	53	3.8	52	76	5	192	36	19	22	21	1.95
18428525--18428633	51	2.1	51	96	0	200	38	6	23	31	1.80
18429633--18429715	41	2.0	41	92	0	139	48	12	13	26	1.77
18430816--18430927	27	4.2	26	84	7	134	37	22	24	16	1.93
18430816--18430927	54	2.1	54	86	3	154	37	22	24	16	1.93
18434845--18435025	40	4.6	40	83	6	217	25	27	22	24	2.00
18434847--18435025	79	2.2	80	82	7	213	25	27	22	24	2.00
18437045--18437216	93	1.8	93	95	2	310	28	29	20	20	1.98
18437038--18437213	46	3.8	46	79	14	209	29	29	20	20	1.98
18440601--18440728	29	4.5	28	88	2	175	32	25	12	28	1.92
18440600--18440728	57	2.3	57	87	2	188	32	26	12	28	1.92
18445855--18446023	91	1.8	93	91	5	281	21	21	28	28	1.98
18445859--18446028	46	3.7	45	75	17	172	21	21	28	28	1.99
18449250--18449816	277	2.0	279	87	9	822	32	13	17	36	1.89
18450527--18450702	46	3.8	46	76	12	198	21	20	28	29	1.98
18450524--18450695	93	1.8	93	93	0	299	21	20	29	28	1.98
18455248--18455418	93	1.8	93	87	0	252	28	26	21	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18469849--18470021	46	3.7	46	80	13	219	21	21	28	28	1.98
18469846--18470016	93	1.8	93	96	0	315	21	21	29	28	1.98
18474612--18474783	93	1.8	93	94	0	308	28	29	20	20	1.98
18474605--18474780	46	3.8	46	78	12	207	29	29	20	20	1.98
18481312--18481346	10	3.4	10	84	7	52	54	8	8	28	1.60
18482406--18482510	27	3.9	27	75	14	101	37	20	21	20	1.95
18485399--18485436	20	1.9	20	89	10	60	18	18	5	57	1.58
18485403--18485445	20	2.1	21	83	12	54	18	18	4	58	1.56
18487609--18487676	21	3.2	21	78	12	68	2	50	17	29	1.61
18493209--18493315	9	11.7	9	75	13	94	40	1	14	43	1.55
18493209--18493309	18	5.5	18	76	13	107	39	1	13	44	1.56
18493508--18493552	5	9.0	5	100	0	90	80	0	0	20	0.72
18493587--18493914	43	7.3	43	64	19	138	54	4	7	33	1.48
18493528--18494157	91	6.9	94	89	8	966	54	4	6	34	1.47
18493715--18493739	5	5.0	5	100	0	50	80	0	0	20	0.72
18493895--18493919	5	5.0	5	100	0	50	80	0	0	20	0.72
18493985--18494009	5	5.0	5	100	0	50	80	0	0	20	0.72
18494076--18494100	5	5.0	5	100	0	50	80	0	0	20	0.72
18494121--18494404	99	2.9	99	92	4	443	42	4	8	44	1.55
18495067--18495154	8	11.0	8	82	12	92	32	27	1	38	1.64
18495063--18495154	31	2.8	32	76	15	100	32	27	1	39	1.64
18496351--18496391	14	2.9	14	85	3	55	39	46	0	14	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18496991--18497086	41	2.4	40	84	5	122	22	27	20	29	1.99
18497075--18497162	41	2.2	40	83	6	106	17	20	22	39	1.92
18497804--18497995	25	7.8	25	82	2	226	29	22	21	26	1.99
18501030--18501076	19	2.5	18	83	10	58	68	0	25	6	1.13
18501030--18501070	20	2.0	20	86	9	57	68	0	24	7	1.15
18535804--18535858	24	2.2	25	81	9	69	30	14	25	29	1.95
18543398--18543427	15	2.0	15	93	0	51	23	10	6	60	1.52
18545076--18545100	13	1.9	13	100	0	50	48	16	0	36	1.46
18551141--18551194	28	1.9	29	85	7	76	33	5	7	53	1.52
18552830--18552876	23	2.1	21	81	14	51	12	17	4	65	1.40

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
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