genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.168.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81554553

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54604382--54604460	37	2.1	37	88	4	115	25	18	30	25	1.98
54606308--54606410	43	2.4	43	100	0	206	22	15	35	26	1.94
54606392--54606465	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
54606854--54607130	40	6.9	40	95	0	482	25	23	27	23	2.00
54606775--54607130	80	4.4	80	89	2	477	25	23	27	23	2.00
54606775--54607125	120	2.9	120	89	3	503	25	23	26	23	2.00
54610500--54610835	47	7.3	47	86	6	456	32	8	29	29	1.88
54610584--54610748	85	1.9	85	97	0	312	34	7	27	30	1.85
54610537--54610784	132	1.9	132	96	0	460	33	7	28	31	1.85
54610500--54610835	179	1.9	179	91	0	546	32	8	29	29	1.88
54610954--54611032	37	2.1	37	88	4	115	25	18	30	25	1.98
54653465--54653843	48	7.9	48	73	11	249	26	27	18	26	1.98
54653460--54653843	96	4.0	96	80	6	341	27	27	18	26	1.98
54663489--54663691	53	3.8	54	78	1	210	38	19	23	18	1.93
54667985--54668070	40	2.2	40	89	0	127	32	17	31	18	1.94
54668007--54668071	20	3.2	20	72	8	69	29	16	35	18	1.93
54679012--54679245	39	5.7	39	85	9	236	29	27	23	18	1.98
54679087--54679221	47	3.0	46	86	10	176	27	28	25	18	1.98
54679087--54679246	86	1.9	86	94	0	284	27	28	24	20	1.99
54685175--54685206	14	2.3	14	100	0	64	46	18	6	28	1.73
54685469--54685733	39	6.5	39	89	5	361	29	27	23	19	1.98
54688727--54688902	40	4.4	40	89	2	250	21	28	23	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54691474--54691509	18	2.0	18	100	0	72	27	5	27	38	1.79
54695535--54695639	43	2.5	43	84	7	142	31	25	18	24	1.97
54695535--54695690	43	3.6	43	82	10	140	33	26	16	23	1.96
54696998--54697042	18	2.5	17	75	10	54	20	35	2	42	1.64
54717818--54717945	28	4.5	28	88	2	175	28	12	25	32	1.92
54717818--54717945	57	2.2	57	88	2	186	28	12	25	32	1.92
54722298--54722390	42	2.2	42	80	1	96	33	25	15	25	1.95
54724195--54724276	42	2.0	42	90	0	128	47	14	3	34	1.62
54724299--54724338	19	2.2	18	95	4	71	42	15	2	40	1.60
54729349--54729405	27	2.1	27	100	0	114	29	15	14	40	1.87
54734936--54735061	42	2.9	42	79	3	108	31	26	19	22	1.98
54755553--54755727	48	3.7	47	76	12	144	23	28	18	29	1.98
54755592--54755767	46	3.8	45	78	8	167	22	27	21	28	1.99
54755590--54755767	94	1.9	94	82	6	227	22	26	21	29	1.99
54758410--54758698	40	7.3	40	88	5	360	24	27	23	24	2.00
54758410--54758694	39	7.2	39	90	5	364	24	28	23	24	2.00
54763260--54763310	21	2.4	21	96	0	93	23	27	13	35	1.93
54766759--54767020	40	6.6	40	88	6	358	25	28	22	24	1.99
54766759--54767020	78	3.3	80	90	5	401	25	28	22	24	1.99
54774063--54774096	18	1.9	17	94	5	59	29	0	5	64	1.17
54774107--54774192	36	2.4	35	81	9	102	32	2	5	59	1.34
54774607--54774658	27	1.9	27	88	0	77	36	11	1	50	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54786123--54786199	38	2.0	39	82	7	95	51	12	18	16	1.75
54787090--54787408	79	4.0	78	75	14	297	27	17	20	34	1.95
54787247--54787786	178	3.0	178	90	3	800	26	17	18	37	1.93
54787434--54787582	79	1.9	79	97	0	280	29	18	20	31	1.96
54787591--54787825	86	2.8	86	87	3	334	26	16	18	38	1.92
54787758--54787786	13	2.2	13	100	0	58	13	13	6	65	1.45
54787770--54788097	55	6.0	55	92	1	489	29	12	17	39	1.87
54789917--54789950	18	1.9	17	94	5	59	29	0	5	64	1.17
54790468--54790519	27	1.9	27	84	0	68	36	9	1	51	1.46
54792240--54792281	22	1.9	22	90	0	66	47	2	16	33	1.60
54793259--54793291	16	2.1	16	88	11	50	36	3	0	60	1.12
54794116--54794179	19	3.4	19	75	8	60	29	7	0	62	1.23
54794088--54794177	9	9.7	9	71	14	58	28	5	3	62	1.34
54794570--54794603	17	2.0	17	88	0	50	58	5	0	35	1.22
54799762--54799872	28	3.6	29	74	16	75	25	8	2	63	1.35
54799791--54799863	28	2.7	28	81	12	82	24	6	2	65	1.30
54799783--54799863	15	5.6	15	71	10	53	24	6	2	66	1.27
54799814--54799863	15	3.4	16	73	18	54	28	6	2	64	1.28
54800100--54800172	33	2.2	33	79	9	78	31	1	4	63	1.22
54805570--54805667	27	3.5	28	90	2	135	26	13	28	31	1.94
54805598--54805680	27	3.0	27	87	5	96	30	12	25	32	1.92
54805570--54805681	28	4.0	27	83	6	98	28	12	25	33	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54813693--54813790	27	3.5	28	87	2	126	25	14	28	31	1.95
54813721--54813803	27	3.0	27	85	5	87	28	13	25	32	1.93
54813693--54813804	28	4.0	27	81	6	89	27	13	25	33	1.93
54819155--54819388	116	2.0	116	98	0	452	32	19	5	41	1.76
54819540--54819575	18	2.0	18	94	0	63	30	0	5	63	1.17
54819543--54819583	18	2.2	18	86	4	55	34	2	4	58	1.32
54823209--54823260	20	2.5	20	81	3	68	51	7	11	28	1.65
54823334--54823359	13	2.0	13	100	0	52	30	7	30	30	1.85
54823492--54823548	29	2.0	29	85	0	78	54	0	0	45	0.99
54825098--54825136	11	3.6	11	93	3	62	35	25	0	38	1.56
54825098--54825143	21	2.1	22	84	4	58	30	28	2	39	1.69
54826805--54826861	30	1.9	30	96	0	105	31	42	15	10	1.81
54826926--54826968	18	2.4	18	92	0	68	20	27	9	41	1.83
54827208--54827264	21	2.7	21	76	10	64	36	42	10	10	1.74
54830526--54830792	126	2.1	126	86	0	363	30	16	16	36	1.91
54830871--54830988	61	1.9	61	84	6	159	38	12	2	46	1.56
54830990--54831044	16	3.7	15	76	11	51	50	27	0	21	1.49
54834381--54836213	624	2.9	625	97	0	3391	35	20	12	32	1.89
54851877--54851956	40	2.0	40	97	0	151	32	26	22	18	1.97
54855331--54855488	39	4.1	39	93	0	262	25	29	23	21	1.99
54863187--54863297	45	2.5	45	85	2	143	45	15	18	20	1.86
54863180--54863307	45	2.8	45	80	4	132	42	14	21	21	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54870109--54870133	11	2.3	11	100	0	50	28	24	0	48	1.52
54870548--54870619	37	1.9	37	91	0	117	33	16	4	45	1.67
54879223--54880042	410	2.0	410	86	3	1159	47	12	17	21	1.81
54886720--54886758	19	2.1	19	95	0	69	51	5	12	30	1.62
54886836--54886916	32	2.6	32	81	9	96	55	4	1	38	1.29
54887142--54887281	3	47.0	3	68	13	58	61	2	5	30	1.32
54887199--54887258	27	2.2	27	84	0	75	60	5	3	31	1.35
54887241--54887303	27	2.2	29	80	8	76	61	1	6	30	1.30
54889000--54889134	72	1.9	72	81	6	166	37	22	14	26	1.92
54888922--54889384	161	2.9	160	86	1	622	34	19	16	28	1.94
54889388--54889609	74	3.0	73	86	4	313	34	22	15	27	1.94
54890403--54890515	44	2.6	44	81	2	120	17	21	13	47	1.81
54901721--54901759	17	2.3	17	81	0	51	58	2	0	38	1.12
54901813--54901881	22	3.2	21	80	13	63	57	0	11	30	1.34
54902219--54902257	19	2.1	19	95	0	69	51	5	12	30	1.62
54902649--54902786	3	45.0	3	73	11	84	61	1	5	31	1.26
54902746--54902808	27	2.2	29	80	8	76	61	1	6	30	1.30
54903668--54903716	13	3.7	13	76	15	55	16	8	57	18	1.63
54903850--54903918	34	2.0	35	91	2	113	33	14	24	27	1.94
54915950--54916005	5	11.2	5	84	7	60	73	0	0	26	0.84
54917360--54917403	23	1.9	23	100	0	88	40	9	13	36	1.76
54921712--54921831	47	2.5	46	81	2	141	33	6	30	30	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54936385--54936479	39	2.5	39	80	1	111	43	22	6	28	1.77
54938599--54938640	21	2.0	20	86	4	57	38	21	19	21	1.94
54949231--54949357	42	3.0	42	84	6	152	30	25	12	30	1.93
54949464--54949581	31	3.8	30	86	8	150	25	28	20	25	1.99
54949464--54949581	62	1.9	62	87	6	177	25	28	20	25	1.99
54949557--54949685	50	2.5	51	88	7	192	25	23	16	34	1.95
54954027--54954141	42	2.7	42	86	4	151	26	25	15	32	1.96
54954112--54954235	47	2.7	46	84	2	158	29	25	16	29	1.96
54954260--54954377	31	3.8	31	89	2	175	24	28	19	27	1.99
54954367--54954481	50	2.3	51	90	6	189	25	22	14	37	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
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