genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.239.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81554553

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77472032--77472104	18	4.0	18	76	13	69	63	10	5	20	1.47
77476117--77476183	13	5.2	13	80	1	82	35	8	7	47	1.63
77477701--77477731	14	2.2	14	94	0	53	70	12	3	12	1.27
77483842--77483891	19	2.6	19	83	3	55	18	4	6	72	1.22
77496805--77497013	78	2.7	78	97	0	391	31	11	19	37	1.88
77497593--77497630	18	2.1	18	100	0	76	31	5	15	47	1.68
77498698--77498731	15	2.2	16	89	5	52	32	0	0	67	0.91
77498962--77499004	19	2.2	18	84	15	59	53	0	2	44	1.13
77502895--77503022	64	2.0	65	86	4	179	36	12	11	39	1.80
77504657--77504707	17	3.1	17	91	2	77	21	7	3	66	1.34
77508127--77508174	19	2.6	19	76	3	53	33	0	0	66	0.92
77508291--77508328	20	1.9	20	94	0	67	28	0	5	65	1.14
77513148--77513180	16	2.1	16	88	11	50	21	6	12	60	1.53
77514860--77514911	26	2.0	26	96	0	95	28	34	23	13	1.92
77514964--77515014	26	2.0	26	96	0	93	29	35	23	11	1.90
77514828--77515196	103	3.6	103	94	2	632	30	30	20	18	1.96
77515068--77515118	26	2.0	26	96	0	93	29	35	23	11	1.90
77515524--77515587	30	2.2	29	81	10	76	29	28	6	35	1.82
77515531--77515587	30	1.9	30	85	3	80	29	24	7	38	1.82
77517365--77517410	23	2.0	23	88	12	69	47	10	6	34	1.64
77525116--77525161	23	2.0	23	84	12	60	45	10	6	36	1.65
77525123--77525167	23	2.0	23	82	8	56	40	13	8	37	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77532633--77532665	16	2.1	16	88	11	50	21	6	12	60	1.53
77536150--77536210	25	2.6	25	82	12	76	70	1	8	19	1.21
77536366--77536404	20	1.9	21	84	5	53	51	0	17	30	1.46
77536546--77536598	3	17.7	3	100	0	106	66	0	0	33	0.92
77536675--77536738	18	3.5	19	75	14	62	64	4	3	28	1.29
77537526--77537557	11	2.8	12	86	13	50	15	0	3	81	0.82
77537597--77537635	15	2.5	15	88	12	53	79	2	15	2	0.95
77540073--77540131	30	2.0	30	100	0	118	47	10	18	23	1.79
77540205--77540256	24	2.2	24	100	0	104	38	5	11	44	1.65
77540281--77540377	26	3.6	27	74	13	85	58	4	5	31	1.39
77540277--77540377	54	1.9	52	85	4	139	58	4	4	31	1.41
77540277--77540359	26	3.1	26	77	10	87	59	4	6	30	1.43
77540418--77540497	26	3.0	27	75	12	76	62	6	5	26	1.40
77541891--77542183	33	8.8	33	74	10	211	24	15	25	34	1.94
77544575--77544613	21	1.9	21	94	5	71	33	10	25	30	1.89
77550712--77550777	24	2.7	26	77	15	79	27	6	6	60	1.44
77550713--77550870	3	52.7	3	67	16	60	28	8	3	58	1.46
77551027--77551088	26	2.3	26	77	2	70	30	8	8	53	1.59
77557243--77557609	46	8.0	46	89	1	495	21	24	14	39	1.91
77559749--77559800	11	4.7	11	76	9	52	63	3	0	32	1.12
77568271--77568867	87	6.8	85	86	4	708	34	21	23	21	1.97
77568271--77568867	174	3.4	171	85	3	782	34	21	23	21	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77568342--77568824	44	11.0	44	65	11	231	34	20	24	20	1.97
77568455--77568873	44	9.6	43	67	8	213	35	21	23	20	1.96
77568879--77568991	45	2.5	45	91	2	174	27	20	23	29	1.99
77570490--77570555	24	2.7	26	77	15	79	27	6	6	60	1.44
77570491--77570648	3	52.7	3	66	16	51	28	9	3	58	1.47
77573283--77573343	23	2.7	22	76	16	61	16	9	3	70	1.27
77574787--77574925	60	2.3	59	85	8	174	28	20	25	25	1.99
77576390--77576606	33	6.6	32	71	8	114	24	14	25	35	1.94
77576410--77576606	99	2.0	99	84	2	261	24	14	25	35	1.94
77576529--77576687	81	2.0	81	87	0	228	24	16	25	32	1.96
77576620--77576764	33	4.4	33	77	10	134	26	16	24	33	1.96
77576777--77576968	33	5.8	33	73	6	129	22	14	25	38	1.92
77576775--77577041	99	2.7	99	80	1	293	23	14	24	37	1.92
77580568--77580624	23	2.5	23	86	8	73	14	7	40	38	1.73
77581105--77581162	19	3.1	19	82	9	66	56	6	0	36	1.26
77583704--77583747	22	2.0	22	100	0	88	50	9	18	22	1.75
77584008--77584061	17	3.3	15	80	19	56	37	11	14	37	1.82
77584014--77584077	17	3.6	17	85	8	83	40	12	10	35	1.78
77584006--77584084	35	2.2	37	84	13	112	40	10	13	35	1.79
77584556--77584621	16	3.9	16	79	20	73	36	1	0	62	1.05
77584598--77584647	26	1.9	26	83	0	64	36	4	0	60	1.16
77586567--77586609	22	2.0	22	81	9	52	46	4	16	32	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77588275--77588365	19	4.9	19	89	8	152	37	9	15	37	1.81
77588275--77588388	19	5.8	22	84	14	87	36	8	15	38	1.79
77589762--77589788	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
77592298--77592436	39	3.6	39	87	5	210	14	25	22	38	1.92
77594766--77594884	33	3.6	33	81	4	123	21	14	25	38	1.91
77594786--77595043	84	3.1	84	80	0	255	20	19	27	32	1.97
77595162--77595328	51	3.3	51	82	3	185	23	20	24	31	1.98
77595258--77595313	18	3.3	17	75	9	53	25	19	25	30	1.98
77595912--77595959	19	2.5	19	83	16	55	60	2	0	37	1.09
77596624--77596668	20	2.3	20	80	3	56	20	15	4	60	1.52
77596679--77596763	20	4.4	19	75	10	75	23	8	3	64	1.36
77596656--77596763	38	2.8	38	79	9	110	23	10	4	62	1.46
77596663--77596763	20	5.2	18	69	16	60	22	8	3	64	1.39
77598207--77598241	13	2.7	13	100	0	70	20	8	28	42	1.81
77599170--77599212	7	6.1	7	82	17	54	41	2	2	53	1.26
77601041--77601300	33	7.9	33	74	0	169	21	15	26	36	1.93
77601050--77601239	99	1.9	99	83	2	247	21	13	26	38	1.90
77601251--77601348	51	1.9	51	85	4	135	20	19	25	34	1.96
77601287--77601636	33	10.6	32	80	6	254	21	19	26	31	1.98
77601169--77601390	117	1.9	117	80	1	257	20	17	26	36	1.94
77601287--77601636	66	5.3	66	77	2	328	21	19	26	31	1.98
77601383--77601447	18	3.8	18	74	13	66	18	20	32	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77601452--77601509	18	3.4	18	72	13	68	25	24	24	25	2.00
77601518--77601582	18	3.8	17	76	12	62	23	13	27	35	1.93
77601296--77601639	99	3.5	99	80	2	341	21	19	27	31	1.98
77601286--77601636	132	2.7	131	84	3	470	21	19	26	31	1.97
77601455--77601674	99	2.2	99	85	0	296	23	18	26	31	1.97
77601707--77601855	51	2.9	51	82	0	181	25	20	24	28	1.99
77601823--77601903	33	2.5	33	85	0	99	22	18	25	33	1.97
77604375--77604495	47	2.6	47	86	1	172	18	23	14	44	1.85
77607491--77607539	25	2.0	25	84	4	64	63	8	0	28	1.23
77607503--77607567	25	2.9	23	82	15	75	66	9	0	24	1.21
77607529--77607578	19	2.7	20	85	14	72	76	8	0	16	1.02
77608904--77608945	21	2.0	21	85	0	57	76	16	0	7	1.00
77612478--77612623	48	3.0	48	89	0	229	36	6	25	31	1.82
77612764--77612873	37	3.0	37	94	0	193	23	19	31	25	1.98
77614497--77614613	50	2.3	49	73	15	114	31	6	5	56	1.48
77617186--77617253	21	3.3	20	74	8	57	44	2	1	51	1.25
77617209--77617252	16	2.6	16	85	10	52	45	2	0	52	1.13
77618251--77618284	13	2.6	13	85	0	50	47	0	2	50	1.16
77619642--77619925	33	8.6	33	77	0	253	21	15	25	37	1.93
77619906--77620198	18	17.6	18	66	16	85	21	18	27	32	1.97
77619915--77620207	33	8.9	32	76	5	208	22	18	27	32	1.97
77619830--77620003	84	2.1	84	86	2	242	21	17	24	36	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77619764--77620042	150	1.9	150	82	0	360	21	16	25	36	1.94
77619873--77620027	84	1.9	83	83	4	197	22	16	25	35	1.94
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Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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