genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.21.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81554553

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5751511--5751554	23	2.0	22	86	4	61	40	2	15	40	1.60
5751583--5751635	25	2.1	26	86	10	74	56	7	3	32	1.45
5751600--5751641	22	1.9	22	90	0	66	64	7	0	28	1.20
5751622--5751697	27	2.7	29	70	13	68	63	3	5	27	1.34
5751657--5751780	23	5.2	25	75	10	100	54	3	6	35	1.42
5752064--5752102	16	2.4	16	91	0	60	46	28	5	20	1.72
5760740--5760764	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90
5762841--5762898	30	1.9	30	85	0	80	53	8	8	29	1.61
5762880--5762908	12	2.5	12	94	5	51	68	0	0	31	0.89
5762932--5762974	22	2.0	22	85	0	59	58	11	11	18	1.63
5762939--5762979	11	3.7	11	80	0	55	56	9	14	19	1.66
5768753--5768827	35	2.1	35	100	0	150	42	9	13	34	1.76
5770836--5770904	36	1.9	37	82	5	88	31	7	5	55	1.51
5771102--5771201	37	2.6	37	74	21	91	32	5	5	58	1.41
5774862--5774897	12	3.0	12	83	0	54	30	22	2	44	1.67
5783292--5783489	53	3.5	53	70	17	166	26	15	21	37	1.92
5783205--5783510	116	2.6	116	92	1	508	25	14	22	37	1.92
5783447--5783630	72	2.5	73	80	4	212	25	13	26	34	1.93
5783964--5784021	30	1.9	30	89	6	91	20	8	27	43	1.81
5786777--5786801	12	2.1	12	100	0	50	36	0	0	64	0.94
5787916--5788015	49	2.0	49	98	0	191	33	10	22	35	1.87
5792012--5792047	3	12.0	3	87	0	54	66	0	2	30	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5792338--5792395	21	2.7	22	78	5	64	65	6	6	20	1.40
5792583--5792697	12	9.2	12	68	20	51	57	1	11	29	1.44
5792585--5792642	24	2.4	23	83	8	71	56	0	10	32	1.33
5792773--5792834	28	2.2	28	82	5	72	58	1	6	33	1.34
5792845--5792904	30	2.0	30	83	6	77	55	5	11	28	1.57
5803939--5803981	20	2.2	20	100	0	86	37	9	0	53	1.33
5804410--5804572	82	2.0	81	91	3	265	34	15	10	39	1.81
5810035--5810068	17	1.9	18	94	5	61	14	41	26	17	1.88
5810054--5810123	33	2.1	33	89	0	104	20	34	24	21	1.97
5812744--5812778	2	18.0	2	88	5	54	45	0	0	54	0.99
5813116--5813184	21	3.3	21	68	11	70	53	2	13	30	1.54
5813117--5813202	41	2.1	41	100	0	172	56	2	11	29	1.47
5813861--5813911	23	2.2	23	96	0	93	50	3	5	39	1.45
5815709--5815776	20	3.1	23	91	8	92	4	1	23	70	1.13
5816705--5816769	34	1.9	33	93	3	112	41	15	18	24	1.89
5816738--5816976	68	3.5	68	88	7	353	34	20	17	28	1.95
5817055--5817244	70	2.9	66	78	18	227	28	24	17	28	1.98
5825443--5825478	12	3.0	12	95	0	63	41	5	25	27	1.77
5827966--5828020	25	2.2	25	90	0	83	3	3	20	72	1.15
5827962--5828036	19	3.5	20	80	19	89	4	2	22	70	1.16
5834245--5834316	32	2.2	32	87	0	99	47	5	5	41	1.50
5838772--5838811	21	1.9	21	94	0	71	37	27	15	20	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5841131--5841169	6	6.0	6	88	8	51	0	20	2	76	0.90
5846960--5847037	40	2.0	40	92	5	131	14	11	34	39	1.82
5846962--5847055	40	2.4	39	84	8	120	12	10	38	38	1.78
5855686--5855736	17	3.0	17	80	8	59	41	5	1	50	1.37
5858424--5858464	21	2.0	21	90	0	64	60	4	0	34	1.18
5871967--5872024	28	2.1	28	100	0	116	37	10	17	34	1.84
5881812--5881847	17	2.1	17	100	0	72	30	11	25	33	1.90
5885419--5885498	27	3.0	27	88	3	99	38	11	23	26	1.88
5885434--5885498	27	2.4	27	92	0	103	33	12	24	29	1.92
5888042--5888120	6	13.2	6	97	0	149	82	0	1	16	0.74
5895772--5895893	42	2.9	42	86	7	124	23	34	9	31	1.88
5896014--5896114	42	2.4	44	78	9	120	21	40	10	26	1.86
5896056--5896174	54	2.2	54	84	0	166	21	36	13	28	1.91
5901142--5901225	38	2.2	38	85	4	116	20	16	27	35	1.94
5901615--5901722	45	2.5	42	85	8	128	25	23	25	25	2.00
5920048--5920081	3	11.3	3	100	0	68	32	0	0	67	0.91
5920072--5920478	171	2.4	168	81	6	466	33	19	11	35	1.88
5930322--5930378	25	2.3	25	90	0	87	29	14	17	38	1.89
5930342--5930390	25	2.0	25	83	0	62	32	14	14	38	1.86
5943063--5943101	20	1.9	21	84	5	53	17	23	5	53	1.63
5946790--5946839	25	2.0	25	84	0	64	52	0	2	46	1.12
5947375--5947431	6	8.8	6	74	14	51	75	3	8	12	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5948308--5948401	23	4.1	23	85	0	134	22	25	4	47	1.69
5952813--5952906	23	4.1	23	85	0	134	22	25	4	47	1.69
5955323--5955369	21	2.2	22	92	3	78	21	38	19	21	1.94
5978239--5978558	43	7.4	43	94	0	559	30	33	25	10	1.90
5978580--5978664	38	2.2	38	91	0	134	24	27	24	23	2.00
5981638--5981803	82	2.0	82	100	0	332	47	14	9	28	1.75
5982373--5982496	12	10.5	12	68	19	82	62	1	4	31	1.23
5982402--5982495	16	5.9	15	74	12	55	63	1	4	30	1.20
5982446--5982495	17	2.8	17	80	14	57	68	0	4	28	1.08
5982404--5982496	34	2.8	32	77	12	82	62	1	4	32	1.22
5982573--5982617	24	1.9	24	82	13	58	51	0	4	44	1.21
5982601--5982651	20	2.7	18	84	9	57	74	0	1	23	0.92
5990860--5990956	51	1.9	51	85	8	135	37	18	17	26	1.93
5991333--5991494	82	2.0	81	85	1	216	22	25	10	41	1.86
5991799--5992043	103	2.4	104	80	7	266	32	15	20	31	1.94
5995061--5995269	76	2.7	78	84	6	268	54	2	14	28	1.53
5995259--5995364	48	2.2	47	78	6	124	62	1	10	25	1.38
5995345--5995434	22	4.2	21	70	9	65	63	0	8	27	1.24
5995393--5995429	17	2.2	18	85	9	51	64	0	5	29	1.15
5995299--5995430	44	2.9	44	77	5	131	62	0	8	28	1.30
5995425--5995522	5	18.2	5	81	10	88	58	0	20	21	1.40
5995425--5995522	11	9.1	10	77	12	88	58	0	20	21	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5995425--5995522	16	6.1	15	77	12	88	58	0	20	21	1.40
5995427--5995521	6	17.3	6	78	12	55	60	0	20	20	1.37
5995964--5996108	25	5.5	24	75	21	123	64	0	11	24	1.31
5995981--5996080	14	7.2	14	69	20	68	67	0	10	23	1.21
5995964--5996112	56	2.8	54	87	8	209	65	0	10	23	1.29
5998571--5998721	5	30.2	5	68	14	55	23	11	0	64	1.27
5998581--5998776	25	7.8	26	82	14	121	23	10	0	65	1.28
5998566--5998626	16	3.9	16	78	8	63	24	11	0	63	1.27
5998627--5998758	14	10.2	14	67	30	89	21	9	0	68	1.23
5998592--5998776	49	3.9	48	71	24	142	22	10	0	65	1.27
5998641--5998776	25	5.4	25	87	9	177	22	10	0	66	1.26
5998611--5998744	64	2.1	63	87	10	193	22	10	0	67	1.21
5998716--5998756	12	3.2	12	89	6	55	19	7	2	70	1.22
5998888--5998972	22	3.6	22	78	17	91	48	11	2	37	1.53
5998969--5999052	44	2.0	41	84	11	107	32	4	1	61	1.24
5999534--5999776	107	2.3	107	75	5	258	29	19	16	34	1.94
6003099--6003237	58	2.3	58	80	8	147	43	10	8	37	1.71
6004700--6004740	18	2.3	19	80	20	52	31	12	0	56	1.36
6019829--6019863	14	2.5	14	90	0	52	22	11	2	62	1.41
6019770--6020421	89	7.5	87	83	6	734	29	16	18	35	1.93
6020366--6020477	55	2.0	56	89	3	174	28	16	16	38	1.90
6024532--6024677	44	3.3	44	90	0	211	49	10	2	38	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6024732--6024953	26	9.4	24	66	23	107	62	1	12	23	1.37
6024748--6024814	21	3.1	21	74	16	73	64	0	10	25	1.25
6024746--6024951	72	2.9	68	68	13	164	61	1	11	25	1.38
6024715--6024951	95	2.5	94	86	8	331	62	1	12	23	1.38
6024853--6024946	21	4.3	21	71	21	68	59	2	13	24	1.46
6024941--6024997	5	10.6	5	83	7	60	64	1	15	17	1.37
6024941--6024997	22	2.6	22	88	0	87	64	1	15	17	1.37
6024941--6024997	11	5.3	11	82	15	66	64	1	15	17	1.37
6024957--6025009	22	2.4	22	84	6	63	71	1	11	15	1.22
6028184--6028244	29	2.1	31	82	17	78	68	0	4	26	1.09

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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