genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.36.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81554553

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9261035--9261332	109	2.7	109	87	3	388	32	20	16	31	1.94
9261348--9261473	57	2.2	56	91	2	209	30	22	19	27	1.97
9261348--9261687	161	2.1	162	81	4	391	32	18	18	30	1.95
9262865--9262939	39	1.9	38	84	7	98	57	1	1	40	1.16
9262872--9262930	30	2.0	30	83	6	75	59	1	0	38	1.08
9265276--9265321	23	2.0	23	100	0	92	17	30	26	26	1.97
9281266--9281306	20	2.0	20	90	0	64	41	4	24	29	1.75
9282417--9282513	41	2.4	41	83	0	104	22	25	34	17	1.96
9282438--9282693	41	6.2	41	71	5	158	22	19	33	23	1.97
9282597--9282752	82	1.9	81	84	3	206	23	17	32	26	1.96
9287824--9287883	26	2.6	22	78	19	61	16	13	6	63	1.50
9290662--9290722	31	2.0	31	86	0	86	45	9	11	32	1.73
9291042--9291101	31	2.0	31	87	9	88	50	0	0	50	1.00
9291056--9291096	19	2.1	20	86	4	57	43	0	0	56	0.99
9295360--9295446	30	2.9	30	75	11	88	51	0	3	44	1.18
9295421--9295450	15	2.0	15	93	0	51	70	0	3	26	1.03
9296884--9296986	8	11.9	8	68	19	55	66	2	0	30	1.13
9296891--9297068	20	9.4	18	68	15	67	61	3	1	33	1.23
9296875--9296977	26	3.9	25	80	13	100	63	2	0	33	1.16
9296877--9297068	9	20.4	9	68	16	97	61	3	1	32	1.22
9297006--9297067	30	2.1	30	85	11	83	59	3	0	37	1.13
9296877--9297069	10	20.4	10	66	18	53	62	3	1	32	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9300431--9300480	21	2.4	21	83	9	59	38	0	14	48	1.44
9301056--9301172	25	4.7	24	69	16	69	17	23	24	34	1.96
9301067--9301137	25	2.8	25	77	8	74	16	26	21	35	1.95
9303461--9303612	10	15.1	10	70	15	64	32	0	5	61	1.25
9303480--9303524	19	2.2	21	84	11	67	22	0	11	66	1.22
9303481--9303608	20	6.4	20	76	16	88	33	0	4	60	1.23
9303495--9303633	20	6.9	21	72	15	80	35	1	3	59	1.24
9303482--9303608	39	3.2	38	76	16	107	33	0	4	60	1.23
9309187--9309224	5	7.2	5	88	11	58	73	2	21	2	1.07
9312749--9312925	50	3.5	50	90	0	282	36	15	22	25	1.94
9312901--9313049	31	4.8	31	87	0	217	27	18	26	26	1.98
9313067--9313289	47	4.8	48	82	8	216	28	15	26	29	1.96
9313161--9313324	42	3.7	43	83	9	172	29	14	27	28	1.95
9313067--9313289	91	2.4	93	81	8	244	28	15	26	29	1.96
9318693--9318751	30	2.0	30	93	0	100	33	16	27	22	1.95
9320088--9320127	21	1.9	21	89	0	62	47	5	7	40	1.54
9323448--9323517	29	2.3	30	87	4	97	41	2	4	51	1.36
9325699--9325737	19	2.0	20	90	5	62	58	0	20	20	1.39
9327183--9327534	131	2.7	130	77	6	327	34	18	20	26	1.95
9330606--9330630	12	2.1	12	100	0	50	0	8	0	92	0.40
9332257--9332317	27	2.2	27	80	11	70	40	32	6	19	1.77
9332260--9332316	28	2.0	28	83	6	71	40	35	5	19	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9332828--9332858	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
9334243--9334291	24	2.0	25	84	8	64	69	8	0	22	1.14
9336370--9336428	30	2.0	30	83	6	75	42	3	25	28	1.71
9338864--9339027	82	2.0	82	100	0	328	39	15	15	29	1.89
9342124--9342158	16	2.1	16	89	10	52	51	0	0	48	1.00
9342380--9342436	27	2.2	26	83	3	69	22	1	29	45	1.63
9345344--9345403	30	2.0	30	93	0	102	58	15	1	25	1.46
9348121--9348159	20	1.9	20	89	5	60	66	0	0	33	0.92
9348666--9348741	39	1.9	39	81	5	91	46	0	5	48	1.24
9350020--9350053	14	2.3	15	90	5	52	55	8	8	26	1.59
9357380--9357432	26	2.0	26	82	7	63	26	15	20	37	1.92
9358921--9358976	26	2.2	26	96	0	103	37	26	7	28	1.83
9360271--9360306	18	2.0	18	94	0	63	30	16	25	27	1.97
9364466--9364520	27	2.0	27	100	0	110	27	29	10	32	1.91
9367851--9367896	23	2.0	23	100	0	92	21	8	39	30	1.84
9369854--9369908	8	6.6	9	83	6	55	43	1	0	54	1.10
9374883--9374912	15	2.0	15	93	0	51	50	0	10	40	1.36
9374920--9374944	13	1.9	13	100	0	50	32	0	12	56	1.36
9380249--9380304	26	2.2	24	81	9	67	32	5	3	58	1.37
9388298--9388360	29	2.2	29	91	0	99	46	4	19	30	1.70
9388305--9388361	29	2.0	29	96	0	105	47	3	19	29	1.66
9390203--9390986	209	3.7	209	83	2	910	32	15	14	37	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9390203--9390986	105	7.5	105	82	3	898	32	15	14	37	1.89
9396139--9396220	26	3.2	26	100	0	164	30	7	26	35	1.84
9401095--9401157	27	2.2	29	83	8	85	46	4	7	41	1.54
9401454--9401493	21	1.9	21	85	10	55	47	10	7	35	1.65
9401552--9401661	3	36.7	3	75	15	86	63	3	1	30	1.22
9401576--9401615	14	2.7	15	84	11	55	62	7	0	30	1.23
9405014--9405048	18	2.0	18	88	5	54	20	20	5	54	1.64
9410487--9410533	22	2.2	20	82	17	51	36	4	6	53	1.46
9412402--9412883	133	3.6	131	77	3	421	33	18	19	28	1.96
9415849--9415895	24	2.0	24	91	0	76	8	19	27	44	1.79
9417722--9417884	25	6.6	24	68	11	80	19	25	19	36	1.95
9434844--9434902	6	9.5	6	78	7	55	33	15	13	37	1.86
9434851--9434912	19	3.3	19	86	0	79	38	14	14	32	1.86
9434849--9434902	25	2.2	25	86	6	74	35	14	12	37	1.85
9437694--9437734	21	2.0	21	90	9	66	36	4	0	58	1.20
9440256--9440307	26	2.0	26	88	0	77	50	0	9	40	1.35
9441315--9441586	136	2.0	135	94	2	483	27	14	23	34	1.94
9444281--9444316	19	1.9	19	88	5	56	36	19	8	36	1.82
9458030--9458673	47	13.6	47	93	1	965	27	29	9	33	1.88
9460119--9460238	56	2.1	56	98	0	231	22	23	9	45	1.81
9469285--9475321	862	7.0	862	99	0	11849	26	14	20	37	1.92
9475769--9475831	24	2.6	23	90	5	90	17	34	1	46	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9483674--9483721	16	3.0	16	93	0	78	29	0	37	33	1.58
9483674--9483727	16	3.4	16	92	0	72	29	1	35	33	1.69
9483706--9483800	45	2.1	44	90	1	145	34	6	27	31	1.82
9483956--9483990	18	2.0	17	94	5	61	51	0	0	48	1.00
9483881--9484149	147	1.9	143	92	4	459	47	3	2	46	1.32
9484103--9484137	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
9484123--9484301	55	3.1	54	64	22	128	49	7	2	41	1.43
9484086--9484378	120	2.4	120	92	2	482	50	5	2	42	1.36
9484223--9484257	18	2.0	17	88	5	52	60	0	0	40	0.97
9484333--9484364	16	1.9	17	93	6	57	46	0	0	53	1.00
9484389--9484601	91	2.3	91	83	4	241	46	3	4	44	1.42
9485115--9485144	12	2.5	12	94	0	51	43	20	23	13	1.86
9490618--9490779	81	2.0	81	98	0	315	49	18	8	24	1.74
9491921--9491952	17	1.9	17	93	6	57	40	0	0	59	0.97
9501041--9501077	19	1.9	19	88	0	56	48	5	5	40	1.49
9501211--9501239	14	2.1	14	100	0	58	79	0	6	13	0.93
9501819--9501851	9	3.7	9	91	0	57	66	3	0	30	1.06
9501819--9501870	15	3.2	16	83	10	61	63	1	0	34	1.06
9501819--9501868	18	2.8	18	82	8	57	64	2	0	34	1.05
9506644--9506682	16	2.5	15	84	12	51	43	0	28	28	1.55
9507208--9507294	45	1.9	45	90	0	138	19	32	10	37	1.86
9508709--9508736	11	2.5	11	100	0	56	35	7	0	57	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9508739--9508795	28	2.1	26	81	15	62	12	12	0	75	1.05
9509064--9509104	21	2.0	21	90	0	64	31	2	2	63	1.20
9513117--9513287	93	1.8	93	87	0	252	29	27	21	21	1.98
9513112--9513284	46	3.7	46	73	10	163	30	26	20	21	1.98
9523888--9523968	40	2.0	40	95	0	144	32	3	20	43	1.70
9524343--9524405	12	4.8	12	77	12	63	12	11	0	76	1.03
9538284--9538324	17	2.3	17	87	8	55	14	7	0	78	0.96
9541486--9541514	3	9.7	3	100	0	58	31	0	34	34	1.58
9547860--9547905	23	1.9	24	82	8	58	65	2	15	17	1.37
9551955--9552121	43	3.9	44	81	7	182	28	14	25	31	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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