genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.80.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81554553

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24040945--24041068	29	4.3	30	83	7	125	29	30	12	27	1.92
24050012--24050078	30	2.3	29	97	2	125	34	25	16	23	1.95
24054835--24054974	29	4.9	28	77	10	124	27	32	12	26	1.93
24054835--24054975	57	2.5	56	80	9	151	28	32	12	26	1.93
24060936--24061076	22	6.4	22	89	0	183	28	14	21	36	1.92
24060969--24061091	44	2.8	44	86	2	131	27	15	21	35	1.93
24063204--24063229	12	2.2	12	100	0	52	50	7	0	42	1.31
24063676--24063770	28	3.4	28	86	2	120	28	12	27	31	1.93
24070556--24070733	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
24070557--24070712	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
24070553--24070733	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
24078535--24078712	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
24078536--24078691	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
24078532--24078712	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
24080711--24080939	47	4.8	46	71	14	155	25	20	31	21	1.98
24080711--24081030	94	3.4	95	79	4	319	25	18	30	24	1.98
24082797--24082884	44	2.0	44	100	0	176	40	11	27	20	1.86
24089011--24089043	17	2.0	17	88	5	50	36	12	0	51	1.39
24089339--24089618	46	6.1	45	86	3	344	21	22	13	42	1.88
24089339--24089618	92	3.1	91	87	1	389	21	22	13	42	1.88
24109650--24109713	33	1.9	33	96	0	119	32	23	18	25	1.97
24115302--24115479	27	6.6	27	82	3	187	29	27	15	27	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24115323--24115478	82	1.9	81	85	3	215	28	27	16	27	1.97
24118426--24118547	47	2.6	47	93	0	199	36	14	23	25	1.93
24118515--24118732	54	4.0	54	77	7	201	35	14	24	24	1.93
24121522--24121743	77	2.8	80	77	11	226	25	20	26	27	1.99
24121522--24121743	40	5.7	40	82	9	244	25	20	26	27	1.99
24128749--24128972	40	5.7	40	81	5	242	25	20	26	26	1.99
24128749--24128972	79	2.8	78	78	8	238	25	20	26	26	1.99
24128802--24128995	39	4.9	39	79	7	187	27	19	25	27	1.99
24134095--24134216	47	2.6	47	90	0	190	36	13	22	27	1.91
24134195--24134402	53	3.9	54	75	4	186	36	16	24	23	1.94
24140974--24141063	33	2.7	33	92	0	162	33	24	17	24	1.96
24149890--24150064	47	3.7	47	75	10	160	21	29	18	30	1.97
24149745--24150082	94	3.6	94	73	7	251	21	26	21	29	1.99
24149887--24150082	47	4.2	46	73	13	139	22	27	20	30	1.98
24150788--24150851	31	2.1	31	87	0	92	26	20	15	37	1.92
24151045--24151210	24	7.0	24	88	4	239	26	21	22	28	1.99
24151044--24151210	47	3.5	48	89	4	241	26	21	22	29	1.99
24151045--24151210	71	2.3	71	91	3	262	26	21	22	28	1.99
24151260--24151340	20	4.1	20	96	0	144	33	19	12	34	1.89
24151260--24151335	11	7.5	11	69	16	65	31	19	13	35	1.90
24152360--24152437	27	2.9	27	79	11	88	20	20	21	37	1.95
24152468--24152520	27	2.0	27	84	0	70	35	15	15	33	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24152478--24152529	27	1.9	27	88	7	79	36	13	11	38	1.81
24152541--24152672	27	4.9	26	73	13	90	29	8	20	41	1.81
24152566--24152760	81	2.4	81	90	2	295	31	7	20	41	1.80
24152568--24152746	27	6.7	27	79	8	186	30	7	18	43	1.78
24152739--24152942	27	7.6	27	89	0	264	40	9	21	28	1.85
24152739--24152976	54	4.4	54	83	0	233	38	9	23	28	1.86
24154355--24154412	30	1.9	30	89	0	89	27	24	13	34	1.93
24155236--24155381	27	5.4	27	79	8	118	23	17	19	39	1.92
24162768--24162955	100	1.9	100	94	0	331	27	19	25	28	1.99
24162773--24162960	49	3.8	49	82	2	259	28	18	25	28	1.98
24165400--24165497	27	3.5	28	88	5	128	32	28	13	25	1.93
24173686--24173783	27	3.5	28	88	5	128	32	28	13	25	1.93
24176460--24176519	28	2.2	29	85	8	81	28	21	23	26	1.99
24176881--24176991	27	4.1	27	88	0	141	27	18	18	36	1.93
24176881--24177005	54	2.3	54	84	2	162	28	16	19	36	1.93
24176969--24177074	27	3.9	27	82	4	83	32	9	20	37	1.85
24176985--24177135	54	2.8	54	79	0	185	33	11	19	36	1.87
24176985--24177136	27	5.7	27	82	3	155	32	11	19	36	1.87
24180227--24180305	31	2.5	31	85	0	104	20	16	13	49	1.79
24181472--24181590	27	4.4	27	85	0	166	35	20	21	23	1.96
24182242--24182293	27	2.0	26	84	3	68	21	26	17	34	1.95
24183028--24183080	18	3.1	18	66	33	53	43	28	11	16	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24183018--24183080	33	1.9	33	100	0	126	42	28	9	19	1.82
24189226--24189295	35	2.0	36	83	10	92	32	7	20	40	1.79
24192485--24192662	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
24192486--24192641	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
24192482--24192662	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
24203874--24203953	27	3.0	27	87	3	99	27	15	17	40	1.89
24206741--24207384	47	13.5	47	93	2	920	28	29	9	33	1.88
24206741--24207384	96	6.8	94	92	2	920	28	29	9	33	1.88
24208844--24208963	56	2.1	56	98	0	231	22	23	9	45	1.81
24217732--24217782	26	1.9	26	84	4	66	27	5	1	64	1.27
24219686--24220091	47	8.6	47	93	1	625	29	29	8	32	1.87
24223338--24223369	5	6.2	5	92	7	55	78	0	21	0	0.76
24223314--24223369	15	3.6	16	80	7	62	69	0	26	3	1.04
24224187--24224215	15	1.9	15	100	0	58	58	0	0	41	0.98
24227974--24228003	5	5.8	5	92	7	51	80	0	20	0	0.72
24228957--24229016	25	2.3	26	80	5	68	55	5	1	38	1.32
24236886--24237029	40	3.6	40	87	3	211	25	27	23	23	2.00
24239097--24239318	40	5.7	40	85	8	278	24	27	22	24	2.00
24239099--24239318	116	1.9	118	84	7	297	24	27	23	25	2.00
24247894--24248060	39	4.3	39	79	13	157	26	25	22	25	2.00
24247974--24248060	40	2.2	39	93	2	147	26	25	24	24	2.00
24252080--24252163	20	4.2	20	92	0	123	40	26	20	13	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24254156--24254337	39	4.6	39	82	4	197	23	22	25	28	1.99
24254235--24254353	39	3.0	40	85	2	123	25	20	26	27	1.99
24265055--24265271	39	5.6	39	85	7	250	23	22	28	26	1.99
24265091--24265271	79	2.4	76	86	7	242	23	22	27	27	1.99
24273066--24273289	40	5.6	39	88	4	265	24	23	27	24	2.00
24273066--24273289	119	1.9	120	85	4	310	24	23	27	24	2.00
24273069--24273312	79	3.1	79	82	6	246	25	22	27	24	2.00
24275438--24275569	20	6.6	20	91	0	210	40	25	18	15	1.89
24275411--24275569	40	4.0	40	87	0	210	38	24	21	15	1.92
24275411--24275569	60	2.7	60	87	0	228	38	24	21	15	1.92
24283779--24283916	43	3.2	43	75	10	113	28	19	23	28	1.98
24291406--24291485	27	3.0	27	79	5	90	33	20	23	22	1.97
24292205--24292404	27	7.4	27	88	0	256	24	22	19	34	1.96
24292205--24292404	54	3.7	54	87	0	283	24	22	19	34	1.96
24292224--24292404	81	2.2	81	93	1	301	23	21	19	35	1.96
24299243--24299312	27	2.6	27	95	2	113	31	28	12	27	1.93
24299243--24299337	28	3.4	28	89	2	129	32	28	12	26	1.93
24302487--24302538	24	2.2	24	100	0	104	28	19	9	42	1.82
24302906--24303004	28	3.4	28	76	13	81	27	25	22	25	2.00
24302906--24302976	33	2.1	34	86	2	99	25	25	22	26	2.00
24303354--24303524	27	6.4	27	91	4	238	24	22	19	33	1.97
24303354--24303524	54	3.2	54	91	5	283	24	22	19	33	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24303355--24303524	80	2.1	81	94	1	297	24	22	20	33	1.97
24303422--24303667	27	9.2	27	82	4	196	28	15	21	34	1.94
24303583--24303660	26	3.0	26	86	3	111	28	11	21	38	1.88
24303536--24303660	53	2.3	53	87	1	187	29	12	19	39	1.87
24323508--24323764	40	6.5	40	85	4	301	22	23	28	25	1.99
24323508--24323764	79	3.2	80	85	4	290	22	23	28	25	1.99
24323508--24323730	119	1.9	119	87	2	331	21	23	28	26	1.99
24324348--24325342	495	2.0	495	99	0	1981	36	13	19	30	1.91
24326718--24326802	40	2.1	40	100	0	170	31	11	34	22	1.90
24326895--24327124	111	2.0	117	92	5	391	31	18	29	20	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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