genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.184.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81554553

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59946200--59946300	31	3.4	29	76	13	89	41	2	20	34	1.68
59952685--59952758	31	2.5	30	86	6	105	64	0	1	33	1.02
59952929--59952973	18	2.7	16	86	10	63	55	4	2	37	1.32
59956195--59956232	16	2.3	16	95	4	67	42	26	13	18	1.87
59957029--59957053	12	2.1	12	100	0	50	24	36	8	32	1.84
59959481--59959656	46	3.8	46	78	10	205	21	19	28	29	1.98
59959478--59959648	93	1.8	93	93	0	297	21	20	29	28	1.98
59962728--59962776	20	2.5	20	72	0	53	20	2	6	71	1.18
59963567--59963599	16	2.1	16	94	5	59	39	0	9	51	1.34
59971121--59971349	49	4.6	49	74	7	183	28	24	17	28	1.98
59972301--59973071	47	16.3	47	95	1	1299	29	29	8	32	1.87
59972351--59972429	25	3.3	25	69	16	85	32	29	3	34	1.75
59975797--59975859	27	2.3	27	83	0	72	38	19	6	36	1.77
59978347--59978408	15	4.1	15	81	8	81	61	16	11	11	1.57
59978347--59978403	30	1.9	30	96	0	105	61	17	10	10	1.56
59981533--59981777	49	4.9	49	79	3	256	29	26	17	26	1.98
59981590--59981673	28	3.2	27	67	25	72	29	28	16	25	1.97
59982027--59982080	27	2.0	27	85	0	72	38	14	7	38	1.75
59983659--59983850	100	1.9	98	90	4	305	62	5	2	29	1.32
59983818--59983886	11	6.2	11	74	14	61	78	5	2	13	1.05
59983777--59983844	32	2.2	30	84	12	84	66	5	0	27	1.15
59983818--59983881	24	2.8	24	79	9	62	76	6	3	14	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59988153--59988418	40	6.6	40	88	4	340	25	26	22	25	2.00
59996267--59996489	77	2.8	79	87	6	312	24	27	22	24	2.00
59996248--59996491	40	6.2	40	84	7	304	24	27	22	25	2.00
60000426--60000456	15	2.1	15	93	0	53	51	32	0	16	1.44
60008624--60008648	7	3.6	7	100	0	50	32	16	0	52	1.44
60012546--60012578	15	2.2	15	100	0	66	48	18	6	27	1.71
60014587--60014613	7	3.9	7	100	0	54	25	14	0	59	1.36
60017506--60017553	21	2.3	21	82	10	55	35	4	16	43	1.67
60020165--60020221	28	2.0	28	93	0	96	38	19	12	29	1.88
60027428--60027491	15	4.3	15	73	11	60	10	9	15	64	1.50
60036901--60036935	17	2.1	17	100	0	70	48	0	11	40	1.39
60050847--60050899	26	2.0	26	85	0	70	39	22	16	20	1.92
60054237--60054539	38	7.9	38	84	1	356	19	20	24	35	1.95
60054237--60054507	114	2.4	114	88	1	400	19	20	23	36	1.95
60059984--60060368	38	10.1	38	90	0	509	19	20	24	35	1.96
60067427--60067487	25	2.5	25	78	7	72	44	19	21	14	1.86
60070147--60070228	41	2.0	41	90	4	130	31	8	12	47	1.71
60071599--60071840	118	2.1	118	95	0	439	40	14	16	28	1.88
60077301--60077339	19	2.1	19	85	9	53	46	0	0	53	1.00
60077314--60077370	25	2.4	25	91	8	93	57	0	0	42	0.98
60080428--60080586	44	3.7	41	73	15	144	24	19	25	30	1.98
60080426--60080586	85	1.9	85	82	8	202	24	19	25	31	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60086623--60086748	37	3.2	37	65	20	103	42	7	20	29	1.78
60086593--60086752	80	2.0	80	97	0	302	43	8	17	30	1.79
60086623--60086747	40	3.1	40	63	17	105	42	7	20	29	1.79
60090597--60090651	29	1.9	29	96	3	103	32	25	23	18	1.97
60091541--60091565	12	2.1	12	100	0	50	36	8	0	56	1.29
60098095--60098230	50	2.7	49	82	7	159	19	26	17	36	1.94
60098127--60098241	49	2.3	50	82	7	144	20	27	17	34	1.95
60098077--60098304	25	9.2	25	67	17	116	20	27	18	33	1.96
60098296--60098354	28	2.1	28	96	0	109	33	18	20	27	1.96
60098973--60099019	20	2.3	20	78	7	51	27	6	23	42	1.78
60101857--60101912	23	2.3	24	81	6	60	37	10	0	51	1.37
60102484--60102534	26	2.0	26	92	0	84	50	7	1	39	1.42
60104606--60104704	28	3.5	29	81	12	107	29	28	15	27	1.96
60112612--60112708	28	3.4	29	80	12	103	29	26	14	28	1.95
60115900--60115941	21	2.0	21	90	4	68	52	0	16	30	1.44
60116674--60116806	65	2.0	66	81	7	155	31	14	24	30	1.94
60116641--60116802	33	4.9	33	82	3	148	33	12	23	30	1.92
60116713--60116829	33	3.6	32	81	7	128	31	15	25	27	1.96
60125641--60125682	20	2.0	21	90	4	68	50	0	14	35	1.43
60126367--60126473	33	3.3	33	85	5	128	36	10	22	30	1.88
60126417--60126578	65	2.5	66	78	3	175	33	14	24	27	1.94
60126360--60126526	33	5.1	32	80	4	118	33	10	22	32	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60126446--60126572	66	1.9	65	80	4	148	32	14	24	28	1.95
60127923--60128008	25	3.5	24	75	9	75	30	15	30	24	1.95
60127896--60128005	50	2.2	50	80	3	123	31	17	28	22	1.96
60127896--60128014	25	4.8	25	69	4	69	31	17	27	22	1.97
60131624--60131666	17	2.6	17	89	7	63	16	0	27	55	1.41
60131628--60131684	16	3.5	16	79	11	62	21	0	26	52	1.47
60131635--60131682	17	2.9	17	81	3	53	22	0	25	52	1.48
60131705--60131777	16	4.2	17	81	11	69	21	1	26	50	1.57
60131715--60131777	17	3.6	18	83	12	78	20	1	28	49	1.58
60131730--60131777	19	2.7	17	87	9	69	18	2	31	47	1.60
60133015--60133062	21	2.3	21	88	0	69	20	16	35	27	1.94
60133027--60133067	21	2.0	21	90	0	64	17	17	39	26	1.91
60142172--60142231	30	2.0	30	90	0	93	48	13	11	26	1.76
60162807--60163029	40	5.6	40	82	8	208	24	28	21	25	1.99
60162807--60163029	79	2.8	78	79	9	236	24	28	21	25	1.99
60165315--60165538	104	2.2	104	93	1	378	17	19	31	31	1.95
60165457--60165609	72	2.1	72	91	4	247	22	16	29	30	1.96
60172484--60172534	26	2.0	26	96	0	93	11	23	35	29	1.90
60172406--60172628	103	2.2	104	92	2	369	17	18	31	31	1.95
60172547--60172698	71	2.1	72	92	1	252	23	17	29	30	1.97
60176835--60176863	11	2.6	11	100	0	58	17	31	0	51	1.45
60179741--60179779	19	2.1	19	100	0	78	28	15	30	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60180925--60181120	96	2.0	97	90	1	304	39	16	13	30	1.87
60183118--60183279	43	3.8	42	76	9	168	24	18	25	30	1.98
60204773--60204813	13	3.2	13	86	6	57	80	14	0	4	0.87
60204774--60204813	6	6.5	6	91	5	62	80	15	0	5	0.88
60207918--60207969	11	4.5	11	90	4	68	86	13	0	0	0.57
60209089--60209151	30	2.1	30	93	0	108	39	15	11	33	1.83
60210000--60210053	27	2.0	27	92	0	90	24	35	14	25	1.94
60210558--60210628	35	2.0	35	86	0	97	36	8	23	30	1.85
60216181--60216374	47	4.1	47	90	0	280	34	9	28	27	1.89
60216210--60216328	22	5.1	22	62	28	59	31	13	30	24	1.93
60216344--60216626	48	5.8	48	89	6	426	35	6	26	31	1.81
60216344--60216623	98	2.9	98	96	1	499	35	6	26	31	1.81
60216773--60216881	37	2.9	37	94	0	182	23	19	30	26	1.98
60220213--60220282	28	2.5	28	90	4	106	28	12	25	32	1.93
60223106--60223374	48	5.6	48	80	4	283	27	20	28	23	1.99
60223106--60223374	96	2.8	96	82	1	326	27	20	28	23	1.99
60228992--60229026	17	2.1	17	100	0	70	37	5	34	22	1.78
60231393--60231713	48	6.7	48	73	4	245	27	18	28	25	1.98
60231393--60231711	96	3.3	96	78	4	277	27	18	28	25	1.98
60231382--60231714	144	2.3	144	80	8	358	27	17	28	26	1.98
60233407--60233528	60	2.0	60	95	0	217	28	15	25	30	1.96
60233501--60233571	35	2.0	35	89	5	108	36	9	23	29	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60234583--60234614	4	8.2	4	93	6	57	46	28	0	25	1.53
60244458--60244561	22	4.7	22	78	0	109	42	18	25	14	1.88
60245514--60245553	20	2.1	19	95	4	71	45	7	0	47	1.31
60245515--60245553	10	3.8	11	83	16	57	46	7	0	46	1.31
60255826--60255899	35	2.1	35	82	9	89	32	29	0	37	1.58
60259813--60259864	24	2.2	24	92	0	86	46	7	19	26	1.77
60259820--60259867	24	2.0	24	100	0	96	45	8	20	25	1.79
60265918--60265973	20	2.4	25	69	27	68	35	12	0	51	1.40
60281834--60281885	25	2.2	24	86	10	72	19	30	25	25	1.98
60282309--60282366	28	2.1	28	90	0	89	36	25	22	15	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
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