genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.31.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81554553

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8123215--8123713	170	2.9	169	86	5	634	27	21	20	30	1.98
8135875--8135928	22	2.4	23	75	3	56	51	7	9	31	1.61
8136357--8136410	3	18.7	3	88	7	67	59	0	5	35	1.21
8136351--8136410	20	2.9	21	85	7	79	58	0	8	33	1.28
8137454--8137483	15	1.9	16	93	6	53	6	0	46	46	1.29
8138946--8139004	22	2.7	21	82	7	64	55	0	0	44	0.99
8139273--8139307	16	2.1	16	89	5	52	37	0	0	62	0.95
8139629--8139655	13	2.1	13	100	0	54	33	0	0	66	0.92
8139817--8139858	14	2.9	14	80	20	50	73	2	0	23	0.94
8141650--8141709	30	2.0	30	93	0	102	26	0	13	60	1.34
8141797--8141821	11	2.3	11	100	0	50	20	0	8	72	1.10
8162190--8162313	9	12.9	9	65	21	56	63	2	3	30	1.23
8162268--8162311	20	2.1	21	87	4	63	63	2	2	31	1.19
8162734--8162864	23	5.8	23	76	13	110	40	12	16	30	1.86
8162758--8162857	22	4.5	22	72	17	71	42	14	15	29	1.85
8168021--8168063	22	2.0	22	100	0	86	18	23	9	48	1.76
8170173--8170231	29	2.0	29	100	0	118	49	6	6	37	1.56
8172742--8172780	18	2.2	18	100	0	78	51	12	10	25	1.71
8178317--8178354	18	2.1	18	85	9	51	50	10	5	34	1.59
8178437--8178502	19	3.3	18	76	16	60	53	3	1	42	1.25
8178460--8178526	33	2.0	34	91	8	111	52	2	0	44	1.16
8179610--8179736	42	3.0	42	82	6	152	30	25	13	30	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8179695--8179816	47	2.6	46	84	1	154	30	27	14	27	1.95
8179867--8179959	31	3.0	31	95	3	161	26	26	19	26	1.99
8179945--8179972	13	2.2	13	100	0	56	21	39	0	39	1.54
8179914--8180003	44	2.0	44	93	0	153	25	30	14	30	1.95
8179958--8180065	31	3.5	31	87	0	162	25	28	18	27	1.98
8179883--8180034	75	2.0	75	89	2	234	25	28	16	28	1.97
8179867--8180065	106	1.9	106	93	2	346	26	27	19	27	1.99
8179893--8180214	106	3.1	104	80	10	261	26	25	17	30	1.97
8180041--8180217	50	3.5	50	92	3	293	25	23	16	34	1.95
8181663--8181692	15	1.9	16	93	6	53	26	13	6	53	1.64
8184944--8185001	25	2.4	25	94	5	102	34	8	15	41	1.78
8185168--8185220	19	2.7	20	82	11	74	56	5	0	37	1.23
8185239--8185274	10	3.5	10	92	3	54	69	5	0	25	1.10
8188434--8188479	24	1.9	24	90	0	74	52	6	4	36	1.47
8188435--8188486	24	2.2	24	85	0	68	55	7	3	32	1.46
8189522--8189561	20	2.0	20	95	0	71	72	2	5	20	1.15
8192097--8192314	9	22.9	9	66	21	63	36	3	3	56	1.31
8192183--8192267	29	3.0	29	81	15	97	35	0	3	61	1.13
8192217--8192330	19	6.3	18	74	16	76	35	2	2	58	1.26
8192192--8192330	19	7.8	17	69	20	54	35	2	2	59	1.24
8195425--8195463	16	2.4	17	86	4	53	64	0	0	35	0.94
8195429--8195469	9	4.5	10	77	22	54	63	0	0	36	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8216249--8216281	17	1.9	17	93	0	57	81	0	0	18	0.68
8219694--8219970	44	6.2	45	81	5	253	33	17	20	28	1.95
8219745--8219970	44	5.1	44	84	0	290	34	17	19	28	1.94
8220064--8220157	44	2.2	44	84	1	127	36	11	19	32	1.88
8220073--8220178	44	2.4	44	80	3	115	33	14	19	33	1.92
8220350--8220390	6	6.8	6	100	0	82	85	0	0	14	0.60
8221389--8222052	351	1.9	342	83	6	825	18	18	18	45	1.86
8222316--8222359	9	4.9	9	94	0	70	43	2	2	52	1.26
8231014--8231054	17	2.5	17	88	4	57	24	0	2	73	0.96
8234386--8234495	26	4.2	26	97	0	184	33	5	24	36	1.79
8235978--8236030	26	2.0	26	85	7	72	37	22	15	24	1.92
8241419--8241524	50	2.1	50	94	0	185	34	4	23	36	1.76
8241419--8241524	25	4.2	25	90	7	162	34	4	23	36	1.76
8243242--8243289	21	2.3	20	82	13	53	12	2	52	33	1.51
8244293--8244331	7	5.4	7	82	17	53	41	0	0	58	0.98
8244829--8244909	42	1.9	42	94	0	144	58	8	28	4	1.49
8247126--8247232	54	2.0	54	96	0	196	24	17	14	43	1.86
8247488--8247549	10	6.5	10	72	23	53	59	0	4	35	1.19
8247487--8247574	37	2.4	36	80	12	90	61	2	5	30	1.31
8247496--8247577	37	2.2	37	85	8	105	60	2	6	30	1.33
8251343--8251429	43	2.0	44	88	2	131	21	20	21	35	1.96
8263449--8263537	3	30.0	3	73	10	67	58	2	7	31	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8263452--8263540	29	3.1	28	77	9	74	58	2	7	31	1.39
8266115--8266200	41	2.1	41	97	0	163	25	33	6	33	1.83
8268399--8268446	21	2.3	21	85	7	62	20	8	0	70	1.12
8268396--8268442	16	2.9	16	87	9	60	21	8	0	70	1.14
8268981--8269015	13	2.7	13	83	16	54	17	28	31	22	1.96
8273103--8273172	23	3.0	23	62	15	54	34	14	15	35	1.88
8272984--8273190	46	4.5	46	81	4	233	30	15	20	32	1.94
8274832--8274917	31	2.8	31	89	1	138	24	24	17	33	1.96
8275876--8276015	27	5.2	27	77	11	153	36	23	22	17	1.95
8275876--8276018	54	2.6	55	87	5	211	37	23	23	16	1.94
8278154--8278223	25	2.8	25	88	0	104	24	21	25	28	1.99
8278268--8278307	10	3.9	10	87	6	62	32	17	17	32	1.93
8278268--8278308	21	2.0	21	95	0	73	31	17	17	34	1.93
8284182--8284237	14	3.9	14	76	6	58	42	0	8	48	1.34
8284189--8284237	15	3.3	15	82	5	73	42	0	6	51	1.27
8288463--8288546	26	3.2	26	94	0	141	34	4	23	36	1.76
8290165--8290304	27	5.2	27	86	2	165	18	25	21	35	1.96
8290165--8290304	54	2.6	55	87	2	185	18	25	21	35	1.96
8295736--8295801	33	2.0	34	91	5	109	16	22	39	21	1.92
8298421--8298490	27	2.4	28	86	11	97	48	4	21	25	1.68
8298436--8298490	27	2.0	27	96	0	101	50	3	20	25	1.64
8303629--8303781	46	3.4	45	79	5	164	27	12	18	41	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8305398--8305427	15	2.0	15	93	0	51	76	0	23	0	0.78
8307699--8307756	17	3.5	17	83	6	66	25	27	3	43	1.71
8307765--8307829	20	3.2	20	79	14	62	27	4	0	67	1.10
8313725--8313762	17	2.4	16	91	8	60	47	23	2	26	1.65
8313731--8313765	17	2.1	17	100	0	70	45	25	5	22	1.74
8314833--8314866	13	2.6	13	90	0	50	38	8	11	41	1.73
8318593--8318633	16	2.4	17	88	8	57	46	0	0	53	1.00
8319189--8319251	18	3.5	18	74	23	69	41	4	14	39	1.67
8319182--8319256	36	2.1	36	97	0	141	36	5	13	45	1.66
8320969--8322569	626	2.6	614	89	4	2310	33	14	16	34	1.90
8322535--8322600	30	2.2	31	91	5	116	45	3	19	31	1.66
8331727--8331778	26	2.0	26	96	0	95	28	34	23	13	1.92
8331591--8331855	103	2.6	104	92	3	446	30	30	20	18	1.96
8332183--8332246	30	2.2	29	81	10	76	29	28	6	35	1.82
8332190--8332246	30	1.9	30	85	3	80	29	24	7	38	1.82
8339205--8339255	26	2.0	26	96	0	93	29	35	23	11	1.90
8339068--8339332	103	2.6	104	91	3	437	30	30	20	18	1.96
8339656--8339719	30	2.2	29	81	10	76	29	28	6	35	1.82
8339663--8339719	30	1.9	30	85	3	80	29	24	7	38	1.82
8342694--8342798	3	34.0	3	68	16	54	24	5	4	64	1.35
8345298--8345344	15	3.1	15	81	0	67	48	12	2	36	1.53
8352074--8352157	26	3.2	26	94	0	141	36	23	4	34	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8352492--8352538	15	3.1	15	81	0	67	48	12	2	36	1.53
8354016--8354040	13	1.9	13	100	0	50	40	8	16	36	1.77
8356130--8356179	26	1.9	26	84	8	66	54	4	4	38	1.38
8356275--8356339	8	7.9	8	74	8	51	70	4	3	21	1.19
8356275--8356335	20	3.1	19	75	11	59	72	4	3	19	1.18
8357410--8357443	14	2.4	14	85	0	50	11	11	0	76	1.02
8360068--8360098	15	2.1	15	100	0	62	51	16	6	25	1.68
8364671--8364743	23	3.2	23	88	0	119	31	24	20	23	1.98
8364830--8364858	8	3.6	8	100	0	58	34	27	13	24	1.93
8371536--8371573	17	2.2	18	90	4	60	10	39	31	18	1.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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