genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.241.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81554553

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   

This is table  241  of  253  ( 30316 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77840220--77840255	18	2.0	18	100	0	72	38	0	38	22	1.54
77842416--77842472	28	2.0	29	86	10	82	35	8	0	56	1.31
77846988--77847161	87	2.0	87	100	0	348	29	21	13	34	1.92
77852781--77852805	6	4.2	6	100	0	50	0	52	16	32	1.44
77855996--77856046	25	2.0	25	96	0	93	41	13	11	33	1.81
77858675--77858723	9	5.0	9	81	13	53	53	0	0	46	1.00
77858681--77858722	22	1.9	22	85	9	59	52	0	0	47	1.00
77858680--77858728	22	2.2	21	80	16	55	51	0	0	48	1.00
77858680--77858729	23	2.3	23	79	6	59	52	0	0	48	1.00
77862723--77862750	2	14.0	2	100	0	56	0	50	0	50	1.00
77880698--77880724	14	1.9	14	100	0	54	25	0	0	74	0.83
77889697--77889759	33	1.9	32	93	3	108	9	15	0	74	1.06
77889702--77889765	15	4.1	14	74	20	56	6	15	0	78	0.95
77896278--77896346	30	2.3	29	83	11	79	33	4	2	59	1.32
77912438--77912482	17	2.6	17	78	0	54	31	0	8	60	1.28
77916335--77916404	33	2.1	33	100	0	140	42	2	14	40	1.60
77922471--77922526	26	2.1	26	81	15	62	58	1	1	37	1.19
77922576--77922651	26	2.9	26	94	3	100	35	23	6	34	1.81
77923510--77923551	22	1.9	22	85	9	59	42	2	4	50	1.36
77923563--77923605	21	2.0	21	81	4	50	53	2	0	44	1.13
77928505--77928715	103	2.1	103	99	0	415	31	16	9	42	1.80
77928961--77929218	41	6.3	41	90	0	399	22	28	20	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77928967--77929218	82	3.1	82	100	0	504	22	28	20	28	1.98
77929430--77929466	19	1.9	19	94	0	65	45	18	0	35	1.50
77930379--77930481	44	2.3	45	81	3	118	32	21	13	33	1.92
77930399--77930486	46	2.0	44	88	4	131	30	25	13	30	1.94
77935079--77935110	15	2.1	15	100	0	64	31	12	6	50	1.65
77941329--77941369	12	3.7	12	75	18	52	51	19	19	9	1.74
77941325--77941377	21	2.5	21	100	0	106	54	16	20	7	1.66
77946720--77946758	15	2.6	15	91	0	60	66	0	0	33	0.92
77946730--77946783	22	2.5	22	76	5	58	62	0	0	37	0.95
77947025--77947068	21	2.1	21	87	8	63	22	4	6	65	1.35
77953108--77953173	15	4.4	15	90	0	96	21	39	15	24	1.91
77954509--77954533	11	2.3	11	100	0	50	32	0	0	68	0.90
77958646--77958688	16	2.6	17	89	10	72	4	6	9	79	1.06
77958862--77958895	15	2.3	15	100	0	68	32	0	32	35	1.58
77974028--77974234	67	3.2	63	74	14	170	31	17	29	21	1.96
77977788--77977836	24	2.0	24	96	0	89	48	0	14	36	1.44
77978385--77978438	13	4.1	13	76	4	54	18	24	9	48	1.77
77981508--77981533	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
77983040--77983088	19	2.5	19	78	21	57	71	0	0	28	0.86
77983040--77983088	17	2.5	21	71	25	52	71	0	0	28	0.86
77983049--77983090	10	4.5	10	85	11	54	73	0	0	26	0.83
77985639--77985668	8	3.8	8	95	0	51	50	16	0	33	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77986873--77986902	6	5.0	6	95	0	51	50	20	0	30	1.49
77988043--77988071	3	9.7	3	100	0	58	0	31	0	68	0.89
77991358--77991406	24	2.0	24	84	4	62	61	2	0	36	1.08
77991329--77991395	27	2.4	29	78	11	70	65	2	0	31	1.07
77991173--77991787	321	1.9	326	92	2	1033	48	6	3	41	1.45
77992192--77992232	19	2.0	21	86	9	59	73	0	19	7	1.07
78001389--78001426	19	2.0	19	85	10	51	55	0	0	44	0.99
78001444--78001479	18	2.0	18	88	0	54	72	2	2	22	1.11
78026085--78026129	23	1.9	24	86	4	65	8	15	8	66	1.43
78029777--78029824	21	2.2	22	77	3	53	2	12	14	70	1.25
78030084--78030143	22	2.7	22	84	0	84	25	48	11	15	1.78
78041917--78042455	73	7.0	73	78	11	526	28	17	21	32	1.96
78041917--78042209	159	1.9	159	90	1	473	29	17	21	31	1.96
78041917--78042439	232	2.3	230	85	4	696	28	17	21	32	1.96
78042131--78042797	159	4.1	160	77	10	584	27	17	20	35	1.94
78042449--78042613	74	2.2	74	91	4	262	29	13	18	38	1.89
78042612--78042778	80	2.1	79	87	2	235	28	18	20	32	1.96
78043113--78043337	52	4.2	51	72	14	184	30	22	16	30	1.96
78043751--78043813	22	2.9	22	85	0	90	25	49	11	14	1.76
78049199--78049233	19	1.9	19	88	11	56	68	0	0	31	0.90
78049491--78049548	22	2.6	22	81	7	64	41	15	5	37	1.70
78049520--78049598	35	2.2	37	86	13	121	35	16	10	37	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78049541--78049596	17	3.5	15	88	9	60	35	16	10	37	1.83
78049527--78049598	19	3.9	19	89	10	123	36	15	11	37	1.83
78049716--78049755	21	2.0	20	85	5	53	10	2	15	72	1.21
78049948--78050219	45	6.1	45	80	8	286	25	27	16	31	1.96
78049948--78050129	87	2.1	89	90	3	287	24	29	15	31	1.95
78050159--78050470	78	4.0	78	85	5	414	23	22	19	34	1.97
78060430--78060465	17	2.1	17	90	10	56	66	0	0	33	0.92
78060720--78060795	22	3.7	21	76	15	68	40	17	6	35	1.75
78060756--78060810	18	2.9	19	94	5	103	36	16	10	36	1.84
78060929--78060967	21	1.9	20	84	5	51	10	2	15	71	1.23
78061446--78061488	23	1.9	22	85	4	59	53	0	18	27	1.45
78064132--78064172	18	2.3	19	87	8	59	53	0	0	46	1.00
78064859--78064940	41	2.0	41	100	0	164	39	2	26	31	1.70
78067764--78067794	15	2.1	15	100	0	62	48	25	12	12	1.77
78078637--78078702	34	1.9	34	96	0	123	53	7	15	24	1.68
78080744--78080813	21	3.4	21	76	7	81	31	25	14	28	1.95
78082479--78082517	20	2.0	19	90	5	60	64	0	5	30	1.15
78082507--78082542	19	1.9	19	88	5	56	47	5	2	44	1.41
78085170--78085277	43	2.5	43	83	3	137	27	15	21	35	1.94
78087187--78087239	25	2.0	26	82	7	63	52	3	1	41	1.30
78093480--78093545	21	3.2	21	72	20	59	33	24	12	30	1.91
78093488--78093555	21	3.3	20	81	8	75	33	23	13	29	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78095820--78095991	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
78095813--78095988	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
78103110--78103281	93	1.8	93	94	0	308	27	29	21	21	1.99
78103103--78103278	46	3.8	46	78	12	207	28	28	21	21	1.98
78108649--78108690	18	2.3	19	87	4	59	47	19	14	19	1.82
78117372--78117416	19	2.3	20	84	7	65	53	4	0	42	1.21
78141120--78141369	131	1.9	131	90	0	401	30	19	18	31	1.96
78146770--78146844	32	2.3	32	90	4	114	57	5	5	32	1.44
78147087--78147119	7	4.6	7	96	3	57	57	27	15	0	1.38
78151972--78152016	19	2.4	18	82	10	54	35	0	0	64	0.94
78151987--78152015	10	3.0	10	95	5	51	31	0	0	68	0.89
78152781--78152829	26	1.9	25	84	12	64	51	10	10	28	1.68
78153933--78153967	16	2.2	17	90	10	56	60	14	5	20	1.54
78154358--78154407	26	1.9	26	84	8	66	48	2	0	50	1.12
78154674--78154722	24	2.0	24	96	0	89	30	6	4	59	1.41
78156931--78156989	29	2.0	29	100	0	118	33	20	10	35	1.86
78159695--78159730	18	1.9	18	88	5	54	16	2	2	77	1.00
78169485--78169632	73	2.0	73	97	0	278	20	26	25	27	1.99
78171016--78171100	36	2.4	36	81	13	95	61	0	0	38	0.96
78178569--78178608	20	2.0	20	85	9	55	20	32	0	47	1.50
78184318--78184355	20	1.9	20	88	0	58	31	5	23	39	1.77
78184358--78184410	23	2.5	21	82	17	65	66	1	0	32	1.03
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78184644--78184674	15	2.1	15	93	0	53	61	0	3	35	1.12
78188913--78188948	17	2.1	17	89	0	54	27	16	8	47	1.75
78196373--78196697	27	12.0	27	94	0	551	35	20	22	21	1.96
78198728--78198871	51	2.8	51	87	0	189	39	20	26	13	1.90
78198915--78198977	33	1.9	33	90	0	99	33	38	7	20	1.82
78202199--78202255	20	2.8	21	74	15	64	29	10	21	38	1.87
78207184--78207271	43	2.1	41	81	8	99	40	11	10	37	1.75
78207195--78207277	43	1.9	43	90	0	130	37	12	10	39	1.78
78207755--78207796	16	2.7	15	85	10	57	47	2	2	47	1.28
78207754--78207793	17	2.4	16	83	8	53	42	2	2	52	1.28

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253