genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.107.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81554553

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33394817--33395029	45	4.7	45	91	0	336	22	22	28	26	1.99
33401392--33401468	31	2.5	31	100	0	154	57	20	7	14	1.62
33401703--33401743	21	2.0	21	90	0	64	4	41	17	36	1.71
33402167--33402195	13	2.1	14	93	6	51	55	6	3	34	1.44
33407260--33407416	9	18.0	9	70	9	85	35	1	16	47	1.55
33407339--33407406	33	2.1	33	88	5	102	33	1	11	52	1.47
33407339--33407388	16	3.1	16	78	15	59	36	2	8	54	1.42
33407273--33407432	85	1.9	88	86	4	236	36	1	15	47	1.53
33408079--33408109	13	2.5	13	94	5	55	77	0	6	16	0.97
33411591--33411669	41	1.9	41	84	5	106	26	16	20	36	1.93
33411633--33411822	41	4.6	41	84	0	236	25	20	19	34	1.96
33411581--33411792	82	2.6	81	79	7	189	25	19	20	34	1.96
33411633--33411849	41	5.3	41	81	0	229	25	20	19	34	1.96
33412640--33412715	36	2.1	36	87	0	107	31	6	13	48	1.67
33413040--33413077	17	2.3	17	86	4	51	57	0	0	42	0.98
33413676--33413720	21	2.1	21	83	0	54	20	2	4	73	1.11
33415641--33415695	23	2.2	25	78	15	62	36	0	7	56	1.27
33415642--33415694	26	2.0	26	82	7	63	33	0	7	58	1.26
33415693--33415831	66	2.1	66	98	0	269	32	8	10	48	1.67
33416051--33416117	29	2.3	28	85	7	98	34	10	4	50	1.57
33416873--33416930	17	3.5	17	74	9	66	58	17	3	20	1.53
33416872--33416937	32	2.1	32	100	0	132	63	15	3	18	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33419256--33419303	24	2.0	24	100	0	96	29	16	12	41	1.85
33423840--33424089	126	2.0	127	83	6	316	35	16	18	29	1.93
33426977--33427025	14	3.5	13	76	13	53	42	18	4	34	1.69
33428395--33428473	13	6.1	13	82	5	97	37	25	6	30	1.81
33429603--33429744	66	2.2	66	87	2	196	24	24	16	34	1.95
33434321--33434351	16	1.9	16	93	0	53	9	9	9	70	1.33
33435983--33436114	68	1.9	72	87	6	200	40	3	5	50	1.40
33436219--33436267	25	1.9	26	87	4	73	40	10	8	40	1.69
33437042--33437113	15	4.6	15	68	27	51	34	2	11	51	1.52
33437013--33437113	48	2.1	48	98	0	193	33	4	9	51	1.57
33455083--33455142	30	2.0	31	83	3	77	11	26	20	41	1.86
33457547--33457616	20	3.8	19	83	10	85	74	2	15	7	1.16
33457595--33457644	15	3.3	15	83	5	57	78	2	18	2	0.95
33459590--33459634	20	2.2	20	84	0	54	13	24	22	40	1.90
33467965--33468117	75	2.0	75	100	0	306	28	16	13	41	1.85
33471410--33471517	54	2.0	54	100	0	216	33	18	11	37	1.86
33471720--33471755	2	18.0	2	94	0	63	0	47	0	52	1.00
33474963--33475054	42	2.2	41	82	5	105	30	25	18	26	1.98
33476444--33476569	60	2.1	60	80	5	139	22	20	19	38	1.94
33478544--33478634	28	3.3	27	81	7	101	27	16	24	31	1.96
33482562--33482652	28	3.2	28	85	4	121	20	21	24	32	1.98
33482562--33482677	56	2.1	55	80	9	128	19	22	22	35	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33489614--33490046	47	9.1	47	89	4	627	31	9	30	28	1.88
33489617--33490046	96	4.5	96	94	2	679	31	9	31	28	1.88
33489614--33490046	143	3.0	143	89	3	649	31	9	30	28	1.88
33489617--33490046	190	2.3	190	91	2	675	31	9	31	28	1.88
33495042--33495186	40	3.6	40	84	4	184	25	24	26	24	2.00
33496327--33496511	40	4.6	39	84	5	212	23	22	28	25	2.00
33496327--33496509	79	2.3	81	84	7	232	24	22	27	25	2.00
33496380--33496544	79	2.1	79	83	6	201	25	20	27	26	1.99
33500647--33500714	28	2.4	28	95	0	118	33	26	7	32	1.84
33500820--33500910	28	3.2	28	85	4	121	21	23	21	32	1.98
33503564--33503594	3	10.0	3	93	6	53	32	3	0	64	1.09
33509515--33509611	50	1.9	50	87	0	140	35	22	21	20	1.96
33513704--33513975	46	5.8	47	80	8	229	27	20	30	21	1.98
33513750--33513975	93	2.4	93	78	8	235	27	19	31	21	1.98
33513705--33513971	140	1.9	141	83	5	353	27	20	30	22	1.98
33517488--33517668	40	4.6	40	82	8	210	24	22	28	25	1.99
33517488--33517666	79	2.2	81	84	7	233	24	22	27	25	2.00
33525641--33525825	40	4.7	40	82	7	209	23	22	28	25	1.99
33525641--33525823	79	2.3	81	84	7	232	24	22	27	25	2.00
33525694--33525858	79	2.1	79	82	6	192	25	20	27	26	1.99
33529924--33529979	28	2.0	28	89	0	85	21	33	17	26	1.96
33533874--33533993	48	2.5	48	82	2	145	26	20	15	36	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33538159--33538272	48	2.4	48	82	2	133	29	22	14	33	1.93
33546579--33546790	46	4.5	46	74	10	164	28	16	30	23	1.97
33550837--33550955	41	2.9	41	93	0	193	15	36	21	25	1.93
33552564--33552625	30	2.1	30	84	0	79	29	25	9	35	1.88
33555261--33555407	40	3.7	40	85	2	172	25	21	27	25	1.99
33555304--33555420	40	2.9	39	78	6	119	25	19	29	25	1.99
33562983--33563169	40	4.7	40	88	2	234	26	19	26	27	1.99
33566711--33566778	27	2.5	27	85	0	91	38	17	17	26	1.92
33567095--33567195	33	3.2	33	73	18	115	24	23	21	29	1.99
33567101--33567260	61	2.6	62	88	1	223	24	23	23	28	1.99
33567110--33567216	28	3.6	28	72	14	99	22	22	25	29	1.99
33567124--33567262	62	2.3	61	87	1	188	23	24	24	27	2.00
33570585--33570808	40	5.6	40	85	6	301	25	27	22	24	2.00
33570585--33570808	83	2.8	80	87	4	308	25	27	22	24	2.00
33578270--33578492	40	5.6	40	86	7	301	25	26	23	24	2.00
33578270--33578492	83	2.8	80	87	4	308	25	26	23	24	2.00
33583272--33583389	27	4.4	27	92	0	191	33	19	22	23	1.97
33584667--33584785	29	4.2	29	75	10	102	28	26	12	31	1.93
33586482--33586590	28	3.7	28	71	13	85	23	18	23	33	1.96
33586478--33586568	28	2.9	33	74	15	111	23	18	25	32	1.97
33586478--33586594	61	1.9	61	91	0	189	24	17	24	32	1.97
33589975--33590012	16	2.3	17	86	13	53	39	0	10	50	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33593567--33593596	16	1.9	16	93	6	53	26	0	23	50	1.50
33598415--33598456	16	2.6	16	75	14	50	38	9	19	33	1.84
33601489--33601533	22	2.0	22	100	0	90	31	8	26	33	1.87
33601627--33601729	28	3.7	29	84	2	95	30	12	27	30	1.93
33601659--33601729	28	2.5	28	88	0	106	29	11	28	30	1.91
33603908--33604031	26	4.8	25	77	8	99	30	33	15	20	1.93
33604800--33604892	38	2.5	38	94	1	161	33	10	13	41	1.80
33622144--33622199	21	2.7	21	94	0	94	16	35	33	14	1.88
33624231--33624510	48	5.8	48	77	1	220	25	27	16	30	1.97
33624231--33624511	96	2.9	96	85	1	364	25	27	16	29	1.97
33626101--33626215	46	2.5	44	84	6	142	26	29	17	26	1.97
33626051--33626309	140	1.8	139	82	8	328	26	28	17	27	1.98
33626880--33626976	34	2.8	35	83	6	119	28	22	20	27	1.99
33626880--33626967	35	2.6	35	85	7	110	27	25	20	27	1.99
33627384--33627483	27	3.7	26	82	5	119	23	15	19	43	1.88
33627394--33627510	54	2.2	53	81	7	137	26	16	17	40	1.90
33630135--33630182	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
33630226--33630264	20	2.0	20	100	0	78	35	12	20	30	1.90
33630316--33630388	23	3.1	23	88	3	110	30	21	20	27	1.98
33630315--33630390	24	3.2	23	87	5	107	31	21	21	26	1.98
33630603--33630683	31	2.6	31	82	5	101	33	18	25	22	1.97
33640509--33640539	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33640506--33640545	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
33640740--33640985	55	4.6	55	78	8	217	22	23	17	36	1.95
33646072--33646108	20	1.9	18	89	10	56	43	0	21	35	1.53
33668045--33668076	13	2.5	13	89	0	55	12	12	40	34	1.81
33672971--33673014	16	2.6	17	82	10	54	50	11	11	27	1.72
33688379--33688561	40	4.6	40	87	6	248	24	23	27	25	2.00
33693203--33693374	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
33693196--33693371	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
33699238--33699421	40	4.6	40	86	5	230	24	23	26	25	2.00
33699961--33700000	19	2.1	19	100	0	80	37	5	10	47	1.59

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
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