genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.10.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81554553

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2900933--2900973	3	13.7	3	100	0	82	31	0	0	68	0.90
2901014--2901066	28	1.9	27	81	11	63	33	5	3	56	1.41
2901311--2901389	14	5.5	15	75	13	51	22	0	22	54	1.45
2901305--2901380	21	3.6	21	82	5	82	21	0	22	56	1.42
2901284--2901396	29	3.8	29	70	12	70	23	0	23	53	1.47
2901418--2901493	29	2.6	29	74	14	84	25	2	25	47	1.65
2901470--2901538	21	3.2	21	78	10	77	26	1	24	47	1.60
2913387--2913449	34	1.9	31	84	9	81	60	1	3	34	1.22
2913391--2913463	10	6.8	11	74	21	66	60	1	2	35	1.20
2913397--2913446	25	2.0	25	85	14	68	58	0	4	38	1.17
2913397--2913463	20	3.1	21	79	12	75	59	0	2	37	1.13
2915061--2915287	83	3.0	73	78	14	267	27	18	17	37	1.93
2915272--2915561	119	2.4	119	95	1	528	31	18	16	33	1.93
2923348--2923446	37	2.7	37	98	0	189	23	30	21	25	1.99
2923552--2923829	48	5.8	48	92	0	421	31	24	6	37	1.80
2929646--2929723	12	7.0	12	70	21	55	60	1	2	35	1.19
2929640--2929724	10	7.8	11	71	20	63	60	2	2	35	1.23
2929650--2929707	25	2.4	24	86	13	75	56	1	3	37	1.26
2929640--2929724	20	3.9	21	78	13	82	60	2	2	35	1.23
2934090--2934141	26	2.0	26	100	0	104	34	7	23	34	1.83
2936679--2936850	41	4.2	41	91	3	258	33	20	25	19	1.97
2936921--2936962	14	2.9	15	75	3	50	52	33	0	14	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2937445--2937493	24	2.0	24	96	0	89	53	2	4	40	1.32
2937782--2937843	21	2.9	22	90	4	99	20	1	32	45	1.61
2937779--2937847	7	9.7	7	80	3	75	20	1	30	47	1.59
2937835--2937904	21	3.3	21	73	16	63	15	0	41	42	1.47
2937878--2937902	7	3.6	7	100	0	50	12	0	44	44	1.41
2937781--2937902	14	8.6	14	72	15	63	18	0	36	44	1.55
2939947--2940007	26	2.3	26	85	0	77	55	14	9	19	1.67
2940010--2940076	30	2.2	30	100	0	134	47	13	2	35	1.58
2940032--2940164	46	2.9	46	91	0	230	48	15	3	33	1.62
2940169--2940221	9	6.3	9	79	16	69	49	16	0	33	1.47
2940173--2940217	16	2.8	16	96	0	81	53	15	0	31	1.43
2940169--2940247	25	3.2	25	71	21	67	49	16	0	34	1.46
2941936--2941960	12	2.1	12	100	0	50	32	8	28	32	1.86
2945278--2945306	14	2.1	14	93	6	51	34	0	6	58	1.25
2946986--2947040	29	1.9	28	85	3	74	38	5	14	41	1.69
2964051--2964234	64	2.9	64	91	1	289	30	19	14	36	1.91
2964306--2964781	44	10.8	44	84	0	587	29	14	27	27	1.96
2968677--2968714	19	2.0	19	100	0	76	42	5	21	31	1.75
2978518--2978701	64	2.9	64	91	1	289	30	19	14	36	1.91
2978773--2979248	44	10.8	44	84	0	596	29	15	27	27	1.96
2982611--2982653	22	2.0	22	86	13	63	69	2	6	20	1.23
2984023--2984094	31	2.4	30	79	4	81	41	9	13	34	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2987089--2987308	96	2.3	96	87	0	296	45	16	9	28	1.77
2987778--2987828	16	3.1	16	73	15	59	47	15	3	33	1.64
2987771--2987822	17	3.1	17	73	15	63	46	15	1	36	1.57
2989658--2989692	15	2.4	14	85	4	52	60	5	2	31	1.35
2990239--2990286	25	1.9	25	82	0	60	52	2	4	41	1.32
2996646--2996691	23	2.0	23	95	0	83	60	6	8	23	1.49
2999706--2999819	41	2.8	41	89	2	158	23	16	21	37	1.93
2999723--2999830	41	2.6	41	89	0	153	24	16	21	37	1.93
3009098--3009128	15	2.0	15	93	6	53	64	0	12	22	1.27
3037488--3037537	9	5.2	9	79	13	55	54	2	4	40	1.31
3037664--3037689	13	2.0	13	100	0	52	46	15	15	23	1.83
3040652--3040704	26	2.0	26	85	7	72	37	22	15	24	1.92
3042297--3042327	12	2.6	12	94	0	53	9	22	51	16	1.73
3048666--3048718	26	2.0	26	85	7	72	37	22	15	24	1.92
3161175--3161233	16	3.5	16	80	13	64	45	13	1	38	1.54
3161175--3161237	9	7.4	9	75	18	64	47	12	1	38	1.51
3161175--3161250	16	4.6	16	76	15	57	47	11	1	39	1.49
3161175--3161246	25	2.9	25	82	13	80	47	12	1	38	1.50
3169766--3169800	1	35.0	1	94	0	61	2	0	0	97	0.19
3178351--3178470	43	2.8	43	85	1	170	25	20	32	22	1.98
3178543--3178621	31	2.6	29	78	6	77	62	20	2	15	1.44
3182607--3182632	12	2.2	12	100	0	52	30	26	7	34	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3184497--3184606	9	12.6	9	80	5	109	36	0	14	48	1.50
3184531--3184605	25	2.9	25	92	4	114	37	0	14	48	1.45
3184711--3184764	15	3.7	15	74	20	60	51	0	0	48	1.00
3189544--3189586	14	3.1	14	90	3	61	44	25	0	30	1.55
3189820--3189851	15	2.1	15	94	0	55	31	9	0	59	1.29
3189787--3189832	23	1.9	24	86	8	67	45	0	0	54	0.99
3190271--3190315	18	2.5	18	89	7	65	46	2	4	46	1.35
3190627--3190898	41	6.6	41	90	0	409	27	30	18	23	1.98
3190871--3191003	41	3.3	41	87	3	162	20	21	23	35	1.96
3204171--3204220	22	2.3	23	80	13	61	2	28	0	70	0.99
3204186--3204228	20	2.0	22	86	13	63	0	27	0	72	0.85
3206534--3206571	13	3.0	13	84	3	51	76	0	0	23	0.79
3206708--3206774	11	6.2	11	75	8	57	58	0	4	37	1.19
3206713--3206770	10	5.6	10	79	6	62	62	0	3	34	1.12
3206713--3206774	21	3.0	21	82	0	79	61	0	3	35	1.12
3213191--3213425	126	1.9	126	95	0	425	37	15	16	30	1.90
3213531--3213555	13	1.9	13	100	0	50	60	0	8	32	1.26
3213862--3213899	15	2.4	16	86	8	60	68	0	0	31	0.90
3214288--3214360	18	4.0	18	71	16	69	16	0	56	27	1.41
3214306--3214405	37	3.2	29	81	13	85	18	1	50	31	1.54
3214302--3214376	37	2.0	37	100	0	150	16	0	54	29	1.42
3214642--3215029	85	4.6	85	89	3	586	20	26	24	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3215051--3215195	44	3.3	44	70	12	145	26	16	20	36	1.93
3215000--3215202	87	2.3	87	91	0	325	25	17	21	35	1.95
3215011--3215151	43	3.3	43	68	13	117	23	17	24	35	1.95
3222894--3222938	21	2.1	21	87	0	63	17	24	20	37	1.93
3226457--3226690	126	1.9	126	93	1	407	36	16	17	29	1.92
3226772--3226822	13	4.0	13	80	14	52	64	0	5	29	1.17
3227131--3227161	14	2.2	14	94	0	53	67	0	0	32	0.91
3227133--3227169	19	2.0	18	94	5	65	67	0	0	32	0.91
3227557--3227592	18	2.0	18	94	0	63	16	0	58	25	1.38
3227575--3227637	29	2.2	29	85	5	83	19	1	47	31	1.59
3228235--3228332	19	5.2	19	90	7	155	36	11	16	35	1.84
3228225--3228332	36	2.9	35	75	20	103	37	11	15	36	1.83
3228717--3228768	19	3.2	15	78	21	52	36	7	3	51	1.49
3234065--3234115	20	2.6	20	73	14	52	80	0	7	11	0.90
3235016--3235193	44	4.0	44	75	8	191	31	17	24	26	1.97
3235100--3235335	117	2.0	117	94	0	409	31	16	23	27	1.96
3235218--3235449	44	5.3	44	76	8	186	29	16	25	28	1.97
3235248--3235449	88	2.3	89	77	7	207	30	16	24	28	1.97
3235380--3235472	44	2.1	44	92	4	152	31	15	29	24	1.95
3235459--3236168	205	3.5	205	93	0	1233	30	19	21	28	1.97
3236248--3236357	45	2.5	45	84	1	141	34	16	26	22	1.95
3236713--3236791	19	4.2	19	90	9	126	37	10	16	35	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3236703--3236790	36	2.4	36	80	17	119	38	10	15	35	1.82
3238861--3238915	23	2.3	24	78	9	60	32	5	18	43	1.73
3243858--3243912	28	2.0	28	96	0	101	21	20	25	32	1.97
3247223--3247393	16	11.5	15	66	22	60	30	2	3	62	1.27
3247311--3247360	20	2.5	21	80	9	68	30	6	0	64	1.18
3247225--3247397	57	3.2	53	74	18	153	30	2	3	63	1.26
3247439--3247502	20	3.4	18	77	10	58	31	4	1	62	1.25
3247455--3247510	17	3.1	18	78	19	62	25	7	1	66	1.27
3247752--3247809	17	3.6	17	71	21	61	36	1	0	62	1.06
3249776--3249848	33	2.2	33	92	2	121	34	19	4	42	1.70

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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