genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.243.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81554553

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78460801--78460861	32	1.9	32	83	6	79	40	8	8	42	1.64
78472441--78472516	18	4.0	18	71	18	55	63	2	2	31	1.22
78472485--78472528	23	2.0	22	86	4	61	65	0	0	34	0.93
78478440--78478479	21	2.0	20	85	5	53	10	12	5	72	1.26
78482980--78483025	18	2.5	19	89	7	76	71	8	10	8	1.30
78483159--78483202	17	2.7	16	79	6	52	70	0	29	0	0.88
78483156--78483202	16	2.9	16	81	6	60	72	0	27	0	0.85
78483142--78483185	24	1.9	23	86	9	63	70	0	27	2	0.99
78483296--78483354	26	2.2	26	90	3	91	40	8	6	44	1.61
78485758--78485786	8	3.6	8	100	0	58	37	0	0	62	0.96
78485763--78485835	5	14.6	5	72	21	55	39	0	1	58	1.06
78485755--78485837	16	4.9	18	68	18	52	42	0	1	56	1.07
78486556--78486621	23	3.0	23	80	6	91	15	19	24	40	1.90
78487718--78487869	42	3.5	42	78	14	148	30	26	13	29	1.94
78487779--78487947	47	3.6	46	85	3	194	30	27	14	26	1.95
78487969--78488117	31	4.8	31	92	3	228	24	28	19	27	1.99
78492929--78492971	17	2.5	18	81	11	54	32	6	11	48	1.66
78493123--78493179	24	2.4	24	93	0	96	61	10	1	26	1.38
78493413--78493487	33	2.3	33	76	0	78	21	13	42	22	1.87
78493536--78493669	72	1.9	72	90	3	216	38	16	23	21	1.93
78495607--78495648	13	3.3	13	80	6	59	23	4	4	66	1.30
78495650--78496255	151	4.0	152	94	3	1021	28	8	6	57	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78495853--78495911	16	3.8	16	66	8	50	22	6	5	66	1.36
78495671--78496255	301	1.9	299	94	2	1032	28	8	5	57	1.53
78496164--78496253	29	3.2	28	75	15	87	30	5	4	60	1.39
78496702--78496747	3	15.7	3	81	4	58	0	32	0	67	0.91
78496702--78496748	23	2.0	23	95	0	85	0	31	0	68	0.90
78496818--78496864	19	2.5	19	100	0	94	25	19	44	10	1.82
78496908--78496957	21	2.5	20	84	15	75	8	10	10	72	1.30
78497304--78497428	60	2.1	60	98	0	241	55	6	0	38	1.26
78498065--78498108	24	1.9	24	81	9	56	34	6	2	56	1.38
78501203--78501256	22	2.4	22	84	6	63	38	3	5	51	1.43
78501652--78501702	13	3.9	13	89	0	84	25	9	25	39	1.86
78503373--78503397	12	2.1	12	100	0	50	64	20	8	8	1.46
78507273--78507333	26	2.5	24	81	7	68	49	3	1	45	1.28
78507401--78507464	28	2.2	29	81	8	78	53	1	1	43	1.19
78507541--78507573	16	2.1	16	88	5	50	39	30	6	24	1.79
78509153--78509211	30	2.0	30	90	6	93	59	5	3	32	1.36
78509495--78509554	27	2.2	27	100	0	120	21	0	11	66	1.23
78509498--78509546	14	3.5	15	72	27	54	22	0	10	67	1.20
78510094--78510127	11	2.9	12	86	8	52	64	0	0	35	0.94
78511775--78511884	51	2.2	51	96	0	202	30	23	12	33	1.92
78526297--78526352	17	3.4	16	75	9	60	33	5	0	60	1.19
78526288--78526358	32	2.2	32	97	0	133	35	4	0	60	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78529770--78529833	31	2.1	31	82	5	76	14	10	1	73	1.17
78529799--78529890	19	4.9	18	74	13	64	19	7	3	69	1.27
78529818--78529893	38	2.1	36	85	9	100	21	5	3	69	1.24
78529847--78529894	18	2.7	17	75	9	51	27	4	2	66	1.21
78529896--78529969	21	3.4	21	76	10	60	41	0	2	55	1.14
78529883--78529971	23	4.0	23	73	12	78	41	0	2	56	1.12
78530322--78530383	26	2.4	26	83	5	72	50	3	1	45	1.27
78530433--78530474	18	2.3	18	88	8	59	14	2	2	80	0.90
78530511--78530552	20	2.1	20	83	16	52	38	2	0	59	1.10
78530657--78530693	18	2.2	16	90	9	56	64	0	0	35	0.94
78530657--78530699	18	2.3	18	84	11	52	62	0	0	37	0.95
78533562--78533610	24	2.0	24	100	0	98	48	12	8	30	1.69
78536449--78536571	30	4.1	30	93	0	192	22	22	28	26	1.99
78540024--78540065	14	3.3	13	78	15	52	38	0	2	59	1.10
78540081--78540117	18	2.1	18	90	10	58	45	0	0	54	1.00
78540080--78540191	48	2.3	49	77	13	133	47	0	1	50	1.18
78540118--78540175	19	3.1	19	78	9	55	48	1	3	46	1.29
78540124--78540184	19	3.2	19	83	6	79	45	0	3	50	1.17
78540088--78540185	10	10.4	9	77	10	72	45	1	2	51	1.19
78540857--78540927	37	1.9	36	88	2	106	50	4	1	43	1.30
78540945--78541027	22	3.9	22	71	13	57	51	2	0	45	1.14
78541020--78541071	18	2.9	18	80	5	61	67	0	3	28	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78541114--78541154	8	4.8	8	83	16	55	78	0	9	12	0.98
78541113--78541155	9	4.8	9	86	11	61	79	0	9	11	0.95
78541680--78541721	21	2.0	21	90	0	66	54	9	9	26	1.63
78541969--78542007	16	2.4	16	91	0	69	41	5	33	20	1.74
78541985--78542075	46	2.0	46	93	4	159	26	4	30	38	1.76
78541985--78542091	46	2.5	44	85	11	143	28	3	30	36	1.75
78542234--78542389	17	10.5	15	65	30	61	54	2	1	41	1.22
78542239--78542272	17	2.0	17	100	0	68	58	0	0	41	0.98
78542356--78542389	17	2.0	17	100	0	68	58	0	0	41	0.98
78542219--78542707	117	4.3	117	92	3	777	51	3	1	42	1.30
78542468--78542506	17	2.5	15	84	15	60	61	0	0	38	0.96
78542473--78542506	17	2.0	17	100	0	68	58	0	0	41	0.98
78542539--78542578	20	2.0	21	85	5	55	60	5	0	35	1.19
78542546--78542625	28	2.8	28	81	11	92	56	1	0	42	1.07
78542667--78542730	32	2.0	32	81	0	74	48	3	0	48	1.17
78548008--78548038	3	10.3	3	100	0	62	64	0	0	35	0.94
78549756--78550154	44	8.8	44	72	14	274	28	22	17	31	1.97
78549696--78550202	232	2.2	232	98	0	980	27	21	18	32	1.97
78563051--78563081	3	10.3	3	100	0	62	64	0	0	35	0.94
78569069--78569116	18	2.6	19	80	12	55	66	6	2	25	1.26
78569281--78569318	20	1.9	20	84	10	51	63	2	2	31	1.22
78571426--78571559	23	5.7	23	68	16	71	52	5	7	34	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78571515--78571559	11	4.1	11	82	0	54	60	4	0	35	1.17
78572302--78572340	17	2.3	17	86	8	53	71	0	10	17	1.12
78573415--78573647	79	3.0	76	77	10	231	34	18	17	30	1.94
78573447--78573669	77	2.9	78	83	7	249	34	17	17	29	1.94
78573740--78573774	14	2.5	14	90	0	52	57	5	20	17	1.60
78573571--78573846	91	3.0	90	87	4	367	33	17	21	27	1.96
78573771--78574031	139	1.9	138	84	6	348	27	24	17	29	1.97
78586184--78586290	24	4.5	24	67	21	62	54	2	9	33	1.47
78586245--78586316	24	3.1	24	80	9	69	58	1	4	36	1.26
78587068--78587106	17	2.3	17	86	8	53	71	0	10	17	1.12
78590719--78590753	18	1.9	18	88	0	52	62	2	0	34	1.10
78592486--78592545	22	2.7	22	84	5	77	60	15	16	8	1.58
78593363--78593411	21	2.3	23	80	16	61	22	6	30	40	1.78
78602308--78602532	66	3.2	68	79	15	246	60	2	8	28	1.38
78602392--78602581	73	2.6	73	82	3	222	60	3	6	29	1.38
78604647--78604724	27	2.9	27	81	11	88	17	21	21	38	1.93
78604690--78604743	27	2.0	27	85	0	72	14	29	22	33	1.94
78606013--78606041	12	2.3	13	94	5	51	27	0	17	55	1.42
78609710--78609856	46	3.2	46	87	1	188	19	23	16	40	1.90
78609820--78609886	30	2.2	30	100	0	134	22	26	17	32	1.96
78609850--78610005	46	3.6	46	83	13	238	24	25	15	35	1.94
78609791--78610005	76	2.7	80	89	5	312	23	25	15	35	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78612139--78612186	11	4.2	11	79	10	60	64	0	0	35	0.94
78612133--78612188	24	2.3	24	87	3	76	60	1	0	37	1.07
78613461--78613548	19	4.3	19	69	24	63	56	5	5	31	1.46
78613561--78613599	15	2.6	15	83	0	51	64	7	2	25	1.33
78613618--78613653	18	1.9	19	94	5	65	55	5	5	33	1.46
78613840--78613884	11	4.1	11	82	0	54	60	4	0	35	1.17
78614344--78614404	23	2.7	23	82	7	63	73	6	16	3	1.17
78614661--78614725	19	3.7	18	70	19	57	6	3	15	75	1.12
78616277--78616340	32	2.0	32	100	0	128	34	21	18	25	1.96
78619439--78619468	13	2.2	14	94	5	53	26	0	16	56	1.40

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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