genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.219.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81554553

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72000170--72000211	16	2.6	17	85	11	61	57	26	0	16	1.40
72001996--72002037	18	2.3	19	87	4	59	42	2	7	47	1.43
72001990--72002037	19	2.6	18	83	6	60	39	2	8	50	1.44
72002877--72002945	31	2.3	31	87	5	97	42	4	7	46	1.51
72002879--72002968	31	3.0	30	82	9	85	41	5	7	45	1.56
72008103--72008143	18	2.3	19	80	16	52	75	7	14	2	1.12
72008863--72009406	45	12.1	44	74	6	329	26	23	18	31	1.98
72009078--72009341	134	2.0	135	87	2	388	26	26	18	28	1.98
72014401--72014425	8	3.1	8	100	0	50	24	0	0	76	0.80
72016569--72016771	46	4.4	46	97	0	370	39	13	24	22	1.90
72016735--72016801	30	2.2	30	94	0	116	40	14	23	20	1.90
72016689--72016847	76	2.1	76	100	0	318	40	13	23	22	1.90
72016765--72017007	46	5.3	46	85	2	301	41	15	23	20	1.90
72016569--72017002	122	3.3	131	82	10	492	40	14	23	20	1.90
72016765--72017002	91	2.6	92	84	4	293	41	15	23	19	1.89
72017288--72017320	17	2.0	17	88	5	50	51	0	12	36	1.39
72018106--72018468	3	121.0	3	67	12	111	61	3	7	26	1.39
72019119--72019159	18	2.3	19	80	16	52	75	7	14	2	1.12
72024606--72024661	29	2.0	29	85	3	78	44	7	1	46	1.41
72026212--72026261	23	2.2	23	85	7	66	36	10	8	46	1.67
72026220--72026269	23	2.2	23	100	0	100	38	8	10	44	1.68
72030431--72030481	26	1.9	26	84	4	66	25	1	1	70	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72032640--72032722	28	2.9	27	75	18	71	59	2	3	34	1.28
72032683--72032731	9	5.6	9	83	7	57	63	0	0	36	0.95
72032683--72032735	19	3.0	19	73	15	60	60	0	0	39	0.97
72032683--72032731	8	5.6	8	83	11	53	63	0	0	36	0.95
72033531--72033555	13	1.9	13	100	0	50	12	16	8	64	1.49
72038106--72038155	21	2.4	21	83	6	57	62	12	0	26	1.30
72047511--72047549	17	2.3	18	82	13	55	46	0	12	41	1.42
72053168--72053229	32	2.0	31	83	3	79	25	16	4	53	1.62
72054499--72054583	28	3.0	28	77	13	93	63	3	0	32	1.11
72054511--72054562	23	2.4	22	75	15	54	71	3	0	25	1.03
72056453--72056479	14	1.9	14	100	0	54	59	0	7	33	1.25
72061859--72061902	20	2.3	20	84	7	56	31	2	11	54	1.48
72062808--72062882	36	2.1	35	80	9	80	26	13	13	46	1.80
72064690--72064740	23	2.2	23	96	0	93	11	35	3	49	1.58
72071283--72071342	29	2.0	31	83	6	79	30	11	15	43	1.82
72071286--72071410	31	4.1	31	70	3	110	27	12	15	45	1.81
72079498--72079527	15	1.9	15	93	6	51	26	0	0	73	0.84
72080568--72080838	46	5.9	46	92	0	416	21	25	15	38	1.92
72080520--72080835	92	3.4	92	88	0	425	20	24	15	39	1.91
72082946--72082982	20	1.9	20	88	5	58	51	8	0	40	1.32
72089486--72089532	21	2.2	22	81	11	53	78	8	12	0	0.95
72090000--72090032	8	4.2	8	84	7	50	75	9	0	15	1.03
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72090003--72090059	13	4.2	14	75	20	59	77	7	0	15	0.98
72090000--72090041	12	3.6	12	81	12	52	73	9	0	16	1.08
72090004--72090054	27	1.9	27	92	4	86	76	7	0	15	1.00
72091263--72091692	44	9.8	44	69	13	215	29	22	22	25	1.99
72091167--72091982	176	4.6	177	91	0	1280	30	21	21	26	1.98
72091167--72091982	351	2.3	351	90	1	1265	30	21	21	26	1.98
72091791--72091894	43	2.4	43	83	6	120	31	23	18	26	1.97
72093275--72093315	20	2.0	21	85	9	57	17	2	4	75	1.08
72093594--72093642	20	2.4	21	80	13	57	18	2	6	73	1.14
72097298--72097339	21	2.0	21	86	9	59	42	4	4	47	1.45
72097835--72097873	17	2.3	17	86	8	53	23	0	7	69	1.14
72105821--72105854	17	1.9	17	88	5	50	70	0	0	29	0.87
72116139--72116163	7	3.6	7	100	0	50	16	0	0	84	0.63
72117429--72117479	15	3.4	15	88	0	57	33	3	1	60	1.26
72117438--72117479	15	2.8	15	92	0	66	35	2	0	61	1.09
72119465--72119512	17	2.6	18	80	12	53	33	0	14	52	1.42
72119479--72119511	17	1.9	17	93	0	57	27	0	21	51	1.48
72120920--72120954	3	11.7	3	93	0	61	65	0	2	31	1.07
72121082--72121129	17	2.7	19	78	15	66	62	0	10	27	1.27
72121091--72121151	15	4.1	15	80	16	65	63	0	8	27	1.22
72121083--72121195	58	1.9	58	80	7	131	62	1	7	27	1.33
72121085--72121205	29	4.2	29	71	8	93	62	2	8	26	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72122483--72122682	97	2.1	97	95	2	361	43	5	12	39	1.63
72122791--72122835	23	2.0	23	82	8	56	42	11	13	33	1.79
72126656--72126714	29	2.0	29	96	0	109	45	22	15	16	1.84
72128755--72128836	42	2.0	42	85	4	112	17	12	19	51	1.76
72129890--72129954	33	2.0	33	87	6	96	49	13	9	27	1.73
72132951--72132983	11	2.9	12	86	13	52	33	0	0	66	0.92
72133106--72133168	30	2.1	30	88	11	94	57	9	3	30	1.46
72133198--72133240	22	2.0	22	85	0	59	58	11	11	18	1.63
72133205--72133246	11	3.8	11	80	0	57	54	9	14	21	1.68
72137118--72137420	3	100.7	3	71	6	139	31	8	1	58	1.38
72137337--72137432	12	7.8	12	69	9	50	29	11	1	58	1.40
72137413--72137446	15	2.2	16	90	10	54	20	5	5	67	1.33
72137451--72137495	12	3.6	12	82	11	54	17	6	2	73	1.15
72144519--72144670	81	1.9	82	83	6	202	25	17	7	50	1.71
72149135--72149343	44	4.8	43	74	10	158	30	20	22	27	1.98
72149096--72149342	130	1.9	130	88	5	374	31	19	20	27	1.97
72150930--72151264	3	111.7	3	73	5	176	31	8	0	58	1.35
72150963--72151147	73	2.5	72	74	8	162	30	8	1	60	1.33
72151257--72151290	15	2.2	16	90	10	54	20	5	5	67	1.33
72156627--72156694	35	1.9	35	87	0	100	29	26	20	23	1.99
72161173--72161212	20	2.0	20	95	0	71	10	30	37	22	1.87
72164233--72164268	16	2.2	16	100	0	72	22	19	38	19	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72165024--72165233	66	3.4	65	67	23	180	39	3	6	50	1.46
72164985--72165274	120	2.4	120	90	3	476	42	3	4	50	1.38
72165120--72165161	15	2.8	16	78	10	52	40	0	0	59	0.97
72165226--72165260	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
72165214--72165488	147	1.9	149	96	1	509	47	2	3	46	1.33
72165373--72165407	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
72165569--72165663	45	2.1	45	86	1	129	33	26	5	34	1.79
72165644--72165695	16	3.2	16	91	0	77	36	34	0	28	1.58
72166850--72166876	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
72173927--72174387	156	2.9	154	84	8	576	44	3	10	40	1.57
72178255--72178349	41	2.3	42	80	8	106	49	20	8	22	1.75
72179495--72179590	33	2.9	33	88	0	138	25	31	7	36	1.83
72196889--72196940	22	2.4	22	84	9	63	21	13	3	61	1.48
72196982--72197042	30	2.0	30	90	0	95	26	6	11	55	1.59
72197165--72197202	11	3.3	12	85	10	53	63	0	0	36	0.95
72198113--72198159	25	2.0	25	83	8	62	27	14	4	53	1.60
72198420--72198720	46	6.7	46	85	7	359	23	23	14	38	1.92
72198599--72198723	38	3.1	38	80	16	142	25	24	16	32	1.96
72198553--72198723	84	2.0	84	95	0	306	25	24	15	33	1.95
72215476--72215507	15	2.0	17	88	11	50	71	0	0	28	0.86
72219130--72219193	32	2.0	32	96	0	119	28	14	12	45	1.81
72221292--72221572	48	5.8	49	75	6	248	25	28	18	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72221297--72221578	98	2.9	96	87	5	406	26	28	18	26	1.98
72222409--72222455	3	16.0	3	87	12	71	31	2	0	65	1.04
72222581--72222611	16	1.9	16	93	0	53	74	0	9	16	1.07
72222651--72222683	17	1.9	17	88	11	50	75	0	18	6	1.00
72223378--72223432	28	2.0	27	82	13	67	32	0	25	41	1.56
72230150--72230180	16	1.9	16	93	0	53	74	0	9	16	1.07
72230220--72230252	17	1.9	17	88	11	50	75	0	15	9	1.03
72231629--72231664	13	2.7	13	91	4	54	27	0	19	52	1.46
72233493--72233547	8	6.2	10	71	25	52	54	0	1	43	1.10
72233496--72233548	5	10.2	5	93	2	79	56	0	1	41	1.10

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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