genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.53.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81554553

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14497693--14497765	23	3.2	22	83	9	92	49	6	1	42	1.38
14505041--14505156	58	2.0	58	100	0	232	25	29	12	32	1.92
14509334--14509387	24	2.3	23	78	9	54	14	0	25	59	1.36
14509232--14509644	142	2.8	142	83	8	465	36	1	18	43	1.58
14509707--14510098	126	3.1	126	86	4	508	41	15	15	28	1.87
14513790--14513850	30	2.0	30	96	0	113	8	16	45	29	1.76
14514347--14514378	7	4.6	7	92	0	55	62	9	0	28	1.26
14518330--14518361	9	3.6	9	91	0	55	65	0	0	34	0.93
14519011--14519071	30	2.0	30	93	0	104	8	16	44	31	1.77
14519568--14519599	7	4.6	7	92	0	55	62	9	0	28	1.26
14523552--14523582	9	3.4	9	100	0	62	61	0	0	38	0.96
14532060--14532238	48	3.7	48	90	0	268	24	19	29	26	1.98
14532059--14532238	96	1.9	96	91	0	297	25	19	29	26	1.98
14533483--14533518	19	1.9	18	94	5	63	25	25	38	11	1.88
14541785--14542057	48	5.7	48	89	1	361	23	16	31	28	1.96
14541785--14542057	144	1.9	144	88	3	415	23	16	31	28	1.96
14543925--14543996	36	2.0	36	97	0	135	38	23	2	34	1.70
14544581--14544629	20	2.5	19	84	15	64	22	20	0	57	1.41
14557729--14557841	48	2.4	48	95	0	199	30	27	5	36	1.79
14570049--14570138	43	2.1	43	91	0	144	26	11	23	38	1.88
14576683--14576860	51	3.5	52	86	4	231	26	14	28	29	1.95
14582242--14582419	48	3.7	48	83	0	214	25	17	26	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14583814--14583939	43	3.0	41	83	8	146	24	16	25	33	1.96
14594926--14595004	37	2.1	37	95	0	140	24	30	18	26	1.98
14595123--14595695	47	12.1	47	95	1	941	29	29	9	32	1.88
14599022--14599133	40	2.8	40	86	1	154	25	31	21	22	1.98
14599067--14599251	40	4.7	39	79	9	155	23	28	22	25	1.99
14599559--14599637	29	2.7	29	88	2	113	27	31	15	25	1.95
14601408--14601523	37	3.1	37	93	0	187	25	31	19	24	1.98
14601642--14602119	47	10.1	47	94	2	807	29	29	8	32	1.87
14612877--14612988	54	2.1	54	86	3	154	36	25	23	15	1.93
14612877--14612988	27	4.1	27	79	7	120	36	25	23	15	1.93
14613094--14613156	26	2.3	26	83	5	72	30	11	25	33	1.90
14614988--14615237	68	3.8	65	76	8	231	32	15	28	23	1.95
14616561--14616731	93	1.8	93	94	2	308	28	29	21	21	1.98
14616553--14616728	46	3.8	46	79	14	209	30	28	20	20	1.98
14621203--14621338	37	3.7	37	96	0	245	25	32	18	24	1.97
14621482--14621867	48	8.0	48	96	0	700	31	27	6	34	1.82
14629035--14629062	13	2.2	13	100	0	56	17	39	21	21	1.93
14629399--14629437	18	2.2	18	86	4	53	56	7	7	28	1.55
14634191--14634215	8	3.1	8	100	0	50	52	24	0	24	1.48
14633835--14634306	236	2.0	235	96	0	863	32	25	16	24	1.96
14634586--14634638	26	2.0	25	86	13	72	54	11	0	33	1.36
14636242--14636297	19	3.0	19	82	10	71	75	3	5	16	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14638582--14638853	46	5.9	48	73	14	173	22	30	18	28	1.97
14638580--14638853	93	3.0	92	75	15	260	22	30	18	28	1.97
14641267--14641538	40	6.8	40	85	2	350	26	27	20	25	1.99
14641247--14641534	120	2.4	120	92	0	470	27	28	20	24	1.99
14644052--14644122	19	3.7	19	80	10	67	57	2	1	38	1.22
14644038--14644154	11	11.1	11	72	20	81	56	5	1	35	1.34
14643960--14644144	25	7.6	26	66	21	82	54	3	6	35	1.44
14644256--14644331	27	2.8	26	80	9	82	56	5	6	31	1.47
14644902--14645041	3	46.7	3	68	13	58	58	2	6	32	1.38
14644902--14644967	19	3.4	19	80	14	64	63	0	6	30	1.18
14648960--14649000	21	2.0	21	86	9	59	46	0	7	46	1.30
14651815--14652216	204	2.0	204	98	0	777	37	11	17	32	1.86
14653796--14653861	30	2.2	30	97	0	123	25	34	19	19	1.96
14656985--14657181	3	65.0	3	73	9	96	61	4	7	26	1.43
14658746--14659033	44	6.5	45	70	14	138	29	22	17	30	1.96
14662205--14662246	21	2.0	20	86	13	57	28	7	16	47	1.73
14664804--14664912	45	2.3	46	87	7	150	33	10	29	27	1.89
14675570--14675798	3	74.7	3	68	13	110	58	2	8	30	1.41
14675588--14675660	19	3.9	19	76	1	58	60	4	4	31	1.34
14679176--14679238	29	2.2	29	94	2	110	14	28	9	47	1.75
14681543--14681710	90	1.8	92	89	3	268	27	27	22	22	1.99
14681538--14681707	46	3.7	46	75	17	174	28	27	21	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14681633--14681718	46	1.9	45	88	4	129	30	29	19	20	1.97
14689121--14689294	93	1.8	95	92	3	298	27	29	22	20	1.99
14689116--14689291	47	3.7	46	78	15	198	28	28	22	21	1.99
14689715--14689774	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
14691971--14692000	15	2.0	15	93	0	51	56	6	0	36	1.26
14696331--14696419	26	3.2	26	68	12	61	47	0	2	50	1.13
14696333--14696448	58	2.0	59	83	9	152	44	0	2	51	1.21
14696600--14696634	16	2.2	16	89	0	52	28	25	5	40	1.78
14696858--14696906	24	2.0	24	84	7	64	36	2	2	59	1.21
14696891--14696928	16	2.5	15	87	8	51	63	5	0	31	1.17
14698591--14698674	39	2.2	38	85	4	114	36	10	8	44	1.70
14699792--14700933	381	3.0	382	98	1	2206	36	23	14	25	1.93
14709603--14709663	29	2.1	29	84	0	77	65	0	4	29	1.13
14709747--14709823	13	5.6	13	71	18	50	62	1	5	31	1.25
14709786--14709839	22	2.5	22	82	11	58	61	0	9	29	1.27
14709833--14709874	21	2.0	21	86	9	59	59	2	4	33	1.31
14711639--14712284	206	3.1	205	91	0	979	27	22	18	31	1.97
14731502--14731546	11	3.9	11	80	11	54	35	0	2	62	1.08
14733390--14733709	46	7.0	46	87	0	399	40	14	24	20	1.89
14735922--14736087	43	3.9	43	81	2	174	31	24	15	28	1.95
14736530--14736588	28	2.1	28	90	0	91	23	11	18	45	1.83
14743651--14743823	43	4.0	43	76	9	174	31	24	14	29	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14744775--14744825	20	2.7	20	84	6	70	33	11	21	33	1.90
14746964--14747017	21	2.5	21	78	6	63	44	1	1	51	1.22
14746994--14747056	30	2.0	32	81	6	76	36	3	1	58	1.23
14749291--14749358	31	2.2	31	81	5	75	63	7	1	27	1.30
14753179--14753468	115	2.5	115	88	3	415	29	19	6	43	1.77
14753179--14753467	58	5.0	57	89	3	402	29	19	6	43	1.77
14755681--14755770	24	3.8	24	73	5	83	28	15	24	31	1.96
14756338--14756797	229	2.0	229	98	0	884	35	13	10	39	1.80
14772177--14772346	46	3.7	45	80	8	209	21	21	27	28	1.99
14779728--14779898	46	3.7	45	79	12	204	22	21	27	28	1.99
14787033--14787280	49	5.2	49	75	10	221	27	17	29	24	1.97
14792604--14792822	63	3.5	63	76	5	192	26	17	21	33	1.96
14795661--14795727	36	1.9	35	84	6	91	32	14	16	35	1.90
14795719--14795744	12	2.2	12	100	0	52	57	0	7	34	1.27
14806333--14806399	30	2.2	30	86	0	89	13	23	0	62	1.30
14806357--14806408	18	2.9	18	82	0	59	13	19	1	65	1.36
14806375--14806399	12	2.1	12	100	0	50	8	16	0	76	1.02
14806468--14806527	16	3.9	15	71	18	52	3	13	5	78	1.04
14806468--14806525	29	2.0	28	83	9	73	3	13	5	77	1.07
14809643--14809864	40	5.6	40	88	1	304	29	25	21	23	1.99
14813222--14813271	13	3.8	13	89	0	73	50	14	14	22	1.77
14814290--14814314	10	2.5	10	100	0	50	44	28	0	28	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14820001--14820061	30	2.0	30	90	0	95	32	21	4	40	1.74
14824067--14824098	15	2.1	15	100	0	64	40	28	18	12	1.87
14837526--14837652	28	4.4	28	78	10	141	25	29	14	30	1.94
14837526--14837672	28	5.1	28	78	9	120	27	29	12	30	1.93
14852954--14853048	42	2.2	43	81	5	113	27	20	23	29	1.98
14854002--14854108	55	1.9	56	88	1	162	19	28	32	19	1.96
14863840--14863913	32	2.4	31	86	4	112	22	29	5	41	1.76
14867684--14867830	40	3.7	40	88	2	208	24	22	27	25	2.00
14875367--14875553	40	4.7	40	88	2	252	25	18	27	27	1.98
14878331--14878364	13	2.6	13	95	0	59	17	23	29	29	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
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