genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.234.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81554553

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76148338--76148556	45	4.9	45	93	2	329	26	30	22	21	1.99
76150694--76150724	14	2.2	14	100	0	62	48	12	9	29	1.73
76154601--76154688	31	2.6	34	82	10	92	30	4	3	61	1.32
76154643--76154694	25	2.1	24	82	10	61	26	1	3	67	1.18
76154720--76154772	10	5.4	10	77	8	56	26	1	1	69	1.09
76154721--76154803	8	9.6	8	71	17	51	31	1	1	66	1.07
76154723--76154810	20	4.9	18	73	14	67	32	1	2	63	1.14
76154769--76154803	15	2.3	15	90	5	52	34	0	0	65	0.93
76160547--76160584	18	2.2	17	90	4	58	44	0	2	52	1.14
76172304--76172375	19	3.7	19	72	9	65	29	2	0	68	1.04
76172415--76172475	17	3.5	18	74	14	56	29	0	4	65	1.13
76174536--76174565	15	2.1	14	93	6	51	43	0	0	56	0.99
76177247--76177280	17	2.0	17	100	0	68	47	17	35	0	1.48
76179457--76179503	17	2.7	18	87	12	71	51	0	4	44	1.21
76187773--76187800	13	2.2	13	100	0	56	14	7	14	64	1.48
76188397--76188499	30	3.4	30	91	0	170	25	48	2	23	1.65
76188385--76188499	60	1.9	60	94	0	203	26	47	2	23	1.64
76188685--76188716	17	1.9	17	93	6	57	21	6	31	40	1.78
76189051--76189114	32	2.0	32	81	6	76	34	3	1	60	1.22
76189327--76189370	7	5.9	7	82	12	52	27	4	4	63	1.33
76189337--76189370	15	2.4	14	85	9	50	29	0	5	64	1.17
76279883--76279927	23	2.0	22	95	4	81	44	8	20	26	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76287638--76287947	80	3.8	82	87	9	449	27	19	18	34	1.95
76287890--76288463	119	5.0	118	92	5	878	29	19	17	33	1.95
76287890--76288463	232	2.5	226	88	7	840	29	19	17	33	1.95
76299826--76299860	17	2.0	18	88	5	54	60	8	11	20	1.57
76300176--76300201	7	3.7	7	100	0	52	57	0	0	42	0.98
76300245--76300299	25	2.2	24	83	3	65	63	1	7	27	1.31
76300466--76300505	16	2.3	18	87	8	57	57	7	0	35	1.27
76303681--76303776	16	6.3	15	72	25	69	33	2	2	62	1.18
76303648--76303770	30	4.0	29	78	16	90	31	2	2	63	1.20
76303662--76303785	12	10.5	12	72	16	89	31	2	1	64	1.16
76316352--76316670	44	7.2	45	77	5	251	28	16	24	29	1.97
76316250--76316665	178	2.3	175	86	3	548	29	15	24	30	1.96
76316352--76316703	88	4.0	89	76	6	297	28	17	24	29	1.97
76316421--76316745	44	7.4	44	73	12	190	29	17	24	28	1.98
76326138--76326371	55	4.4	54	79	9	243	35	17	25	21	1.95
76326145--76326345	108	1.8	110	86	4	291	34	17	25	22	1.96
76326461--76326505	23	1.9	24	86	4	65	42	8	24	24	1.83
76331474--76331515	13	3.2	13	78	18	50	47	11	7	33	1.68
76333045--76333093	21	2.3	22	86	10	66	30	28	32	8	1.86
76333935--76333990	22	2.5	23	82	11	71	73	8	14	3	1.21
76334006--76334051	13	3.8	13	75	16	53	80	0	4	15	0.86
76334015--76334053	17	2.3	18	86	13	64	76	0	5	17	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76334005--76334051	23	2.1	22	88	4	67	80	0	4	14	0.85
76334594--76334689	36	2.6	36	96	3	174	38	10	15	35	1.82
76334594--76334689	17	5.2	19	87	12	146	38	10	15	35	1.82
76337312--76337380	29	2.4	29	92	2	113	17	30	0	52	1.45
76337368--76337404	3	12.3	3	100	0	74	0	32	0	67	0.91
76345718--76345841	48	2.6	47	84	7	153	33	8	6	50	1.59
76347441--76347483	18	2.4	18	88	0	59	23	27	9	39	1.85
76351561--76351633	20	3.8	20	69	20	73	46	21	0	31	1.52
76352737--76352767	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
76356963--76357015	14	4.1	14	74	18	60	20	7	20	50	1.72
76356969--76357017	24	2.0	24	100	0	98	18	8	20	53	1.70
76358763--76358813	24	2.1	24	85	0	66	15	11	5	66	1.41
76367353--76367413	32	1.9	32	86	3	88	31	22	16	29	1.96
76368278--76368365	42	2.1	42	100	0	176	35	25	21	18	1.95
76368553--76368577	13	1.9	13	100	0	50	16	32	40	12	1.84
76378446--76378646	91	2.2	95	80	7	225	29	18	24	26	1.98
76378632--76378961	89	3.7	89	75	5	319	29	15	25	29	1.96
76378709--76379003	44	6.7	44	75	6	211	29	17	24	29	1.97
76378576--76379013	178	2.5	175	83	4	572	29	16	24	29	1.97
76378662--76378917	45	5.7	45	69	10	112	28	16	25	29	1.96
76378936--76379099	88	1.9	88	82	5	206	29	18	25	27	1.98
76378939--76379113	44	4.0	43	76	11	158	30	17	24	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76379429--76379465	17	2.2	17	90	9	58	59	27	0	13	1.35
76384539--76384564	13	2.0	13	100	0	52	23	15	30	30	1.95
76400096--76400148	26	2.0	26	82	7	63	24	15	20	39	1.91
76401634--76401741	26	4.2	26	92	0	180	37	24	6	32	1.81
76404092--76404171	26	3.1	26	92	0	142	35	25	7	32	1.84
76405437--76405478	13	3.2	13	78	18	50	47	11	7	33	1.68
76406878--76406984	50	2.1	51	91	1	171	33	16	24	25	1.96
76406960--76407046	31	2.8	31	91	0	147	26	19	28	25	1.99
76407062--76407298	93	2.5	95	80	6	250	28	14	25	31	1.95
76407068--76407368	42	6.6	47	80	10	256	29	14	25	30	1.95
76411216--76411277	32	1.9	32	96	0	115	43	11	11	33	1.76
76426992--76427048	24	2.4	23	77	8	60	1	40	0	57	1.09
76429011--76429047	15	2.5	15	95	0	65	35	48	13	2	1.57
76430823--76430880	30	1.9	30	89	0	89	22	31	27	18	1.97
76434044--76434096	25	2.1	25	100	0	106	37	13	11	37	1.80
76445074--76445115	13	3.2	13	81	18	59	47	9	7	35	1.64
76447681--76447715	11	3.2	11	88	11	54	0	54	0	45	0.99
76460217--76460542	166	2.0	164	84	4	424	26	18	22	33	1.97
76460357--76460695	89	3.9	87	82	8	369	26	17	21	34	1.96
76460537--76460748	77	2.8	75	80	9	236	29	16	21	32	1.95
76460217--76460695	255	1.9	254	90	2	773	27	18	22	32	1.97
76461962--76462000	18	2.2	18	85	0	51	0	51	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76461952--76461997	11	4.2	11	91	8	76	0	54	0	45	0.99
76462924--76462978	28	2.1	26	83	12	69	36	1	5	56	1.33
76463016--76463101	36	2.4	35	79	9	93	33	5	6	53	1.52
76463255--76463335	39	2.1	39	100	0	162	43	16	2	38	1.61
76476591--76476867	41	6.8	41	92	1	414	37	25	18	18	1.93
76481967--76482048	26	3.2	26	98	0	155	30	4	26	37	1.77
76483529--76483581	26	2.0	27	82	7	65	35	24	15	24	1.94
76488980--76489058	24	3.2	25	94	5	142	31	5	26	36	1.78
76493089--76493620	47	11.1	47	87	4	731	30	12	30	26	1.93
76493089--76493620	98	5.5	94	89	3	731	30	12	30	26	1.93
76493089--76493620	145	3.7	144	88	4	788	30	12	30	26	1.93
76493308--76493383	24	3.2	24	64	23	61	28	11	32	26	1.92
76493430--76493504	23	3.2	23	62	23	57	29	10	32	28	1.90
76493594--76493684	46	2.0	46	86	0	128	34	9	30	25	1.88
76493829--76493973	37	3.9	37	95	0	245	24	19	30	26	1.98
76497295--76497327	16	2.0	17	88	5	50	9	12	15	63	1.51
76500022--76500073	3	17.3	3	83	0	68	59	1	5	32	1.32
76500168--76500235	23	3.0	23	78	2	66	60	2	8	27	1.41
76500152--76500393	3	81.7	3	66	16	67	61	4	7	25	1.43
76501835--76502691	87	10.0	86	85	5	1036	20	22	21	36	1.95
76501930--76502599	44	15.6	43	66	12	230	20	22	21	35	1.96
76501844--76502683	169	4.9	170	87	4	1046	20	22	21	36	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76502684--76502966	44	6.4	44	70	9	182	28	23	15	32	1.95
76502684--76502963	132	2.1	132	91	0	452	28	23	15	32	1.95
76502959--76503182	88	2.6	88	89	2	335	27	29	17	25	1.98
76503031--76503174	47	3.2	47	65	22	117	28	30	17	23	1.97
76503292--76503416	61	2.0	64	89	7	195	36	12	17	32	1.88
76511075--76511182	26	4.2	26	96	0	198	36	25	6	31	1.82
76517499--76517633	26	5.2	26	95	0	234	35	25	6	32	1.82
76521678--76521735	3	19.3	3	89	0	89	62	1	3	32	1.22
76521844--76521897	23	2.3	23	83	0	72	57	3	7	31	1.44
76521814--76522055	3	81.7	3	65	16	51	61	4	7	25	1.43

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
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