genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.122.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81554553

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38660808--38660978	93	1.8	93	96	0	315	28	28	21	21	1.99
38660803--38660975	46	3.7	46	78	13	210	28	27	21	21	1.99
38661385--38661444	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
38668331--38668452	46	2.7	46	94	0	217	29	27	21	21	1.98
38672252--38672476	40	5.7	40	86	5	296	24	22	28	25	2.00
38672252--38672509	119	2.2	119	81	6	292	25	21	27	25	1.99
38680436--38680660	40	5.7	40	86	5	296	24	22	28	25	2.00
38680436--38680683	119	2.1	119	81	7	281	25	21	27	25	1.99
38687205--38687254	23	2.2	24	85	10	77	40	0	10	50	1.36
38687214--38687256	13	3.5	13	81	18	65	39	0	13	46	1.44
38688729--38688781	20	2.7	20	96	0	97	20	20	3	54	1.60
38689319--38689360	19	2.0	20	86	13	59	28	21	0	50	1.49
38689777--38690035	45	5.8	46	79	6	198	26	20	16	36	1.94
38689803--38690035	88	2.6	89	83	5	290	26	20	16	36	1.93
38690006--38690129	46	2.7	45	78	7	126	24	18	13	43	1.86
38691778--38691846	34	2.0	34	97	0	129	14	28	13	43	1.83
38705014--38705057	18	2.4	18	92	0	70	45	4	9	40	1.56
38708578--38708804	53	4.3	53	76	8	167	33	11	17	37	1.85
38708585--38708804	80	2.8	80	81	6	207	34	10	17	37	1.85
38708574--38708804	27	8.7	27	78	8	186	34	10	17	37	1.85
38708606--38708805	53	3.8	53	77	4	172	34	12	16	37	1.86
38709121--38709183	28	2.2	28	85	0	81	28	36	15	19	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38712012--38712342	27	11.3	27	75	16	157	30	12	17	39	1.86
38712060--38712134	39	1.9	39	91	0	123	33	13	13	40	1.83
38712037--38712162	66	1.9	67	95	1	227	32	14	13	39	1.85
38712105--38712181	28	2.8	27	92	3	127	33	12	12	40	1.82
38712040--38712261	94	2.4	94	96	0	399	31	12	14	40	1.83
38712212--38712675	27	17.3	27	81	7	459	29	9	20	39	1.85
38712240--38712675	53	8.2	53	82	5	470	29	9	21	39	1.85
38712240--38712675	80	5.4	80	86	4	540	29	9	21	39	1.85
38719748--38719920	46	3.7	46	74	13	165	22	19	26	31	1.98
38720145--38720182	19	2.0	20	85	15	53	34	2	23	39	1.69
38725382--38725425	22	2.0	22	95	0	79	34	13	22	29	1.93
38729766--38729991	49	4.6	49	83	3	290	28	26	18	26	1.98
38729766--38729991	101	2.3	97	86	6	294	28	26	18	26	1.98
38734354--38734481	37	3.5	37	95	0	229	25	32	18	23	1.97
38734690--38735078	47	8.1	47	86	5	508	26	30	12	30	1.93
38734690--38735078	94	4.0	98	88	5	569	26	30	12	30	1.93
38737265--38737435	85	2.0	85	100	0	342	26	26	8	38	1.84
38738751--38738856	52	2.0	52	100	0	212	47	18	11	22	1.81
38741369--38741425	28	2.0	28	96	0	105	33	31	8	26	1.87
38743253--38743356	24	4.3	23	78	10	84	24	25	18	32	1.97
38743253--38743342	24	3.7	24	79	7	85	25	24	18	31	1.98
38743512--38743564	19	2.8	19	74	8	54	35	5	22	35	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38746007--38746176	46	3.8	45	75	10	179	21	20	29	29	1.98
38746003--38746165	87	1.9	87	92	0	272	21	20	30	27	1.98
38751496--38751668	45	3.8	46	78	16	198	20	20	30	28	1.98
38751492--38751660	91	1.9	91	94	0	302	20	20	30	27	1.98
38759514--38759696	79	2.3	81	84	7	232	24	22	27	25	2.00
38759515--38759698	40	4.6	40	83	9	216	23	22	28	25	2.00
38759567--38759731	79	2.1	79	84	6	210	25	21	27	25	1.99
38767680--38767864	40	4.7	40	82	7	209	24	22	27	25	2.00
38767733--38767897	79	2.1	79	83	6	201	26	21	27	25	1.99
38770667--38770725	23	2.5	23	86	8	75	23	22	18	35	1.96
38770892--38770975	19	4.4	19	65	7	53	39	9	14	36	1.78
38779647--38779755	37	2.9	37	93	0	182	26	30	19	23	1.98
38779901--38780080	43	3.8	48	84	11	264	31	26	7	35	1.84
38779901--38780079	91	1.9	93	87	10	265	30	26	7	35	1.84
38780050--38780243	47	4.1	47	90	0	289	26	29	10	32	1.90
38780143--38780214	22	3.1	22	64	24	58	23	29	13	33	1.93
38784207--38784236	15	2.1	15	93	6	53	30	6	26	36	1.82
38787524--38787585	31	2.0	31	100	0	124	29	12	32	25	1.93
38804960--38805149	101	1.9	100	86	3	274	27	26	18	26	1.98
38804973--38805155	49	3.7	49	82	5	215	28	27	18	25	1.98
38812326--38812382	28	2.0	28	96	0	105	33	31	8	26	1.87
38814220--38814299	23	3.3	23	77	11	81	28	23	16	31	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38814220--38814299	24	3.3	22	79	11	79	28	23	16	31	1.96
38814470--38814527	19	3.1	19	72	7	55	32	6	22	37	1.81
38822008--38822071	23	2.7	24	77	15	69	25	23	23	28	2.00
38822209--38822292	19	4.4	19	68	7	53	36	9	16	36	1.82
38828055--38828135	39	2.1	39	90	2	128	24	9	28	37	1.87
38828064--38828180	39	2.9	40	81	14	134	23	12	27	35	1.92
38828106--38828205	42	2.4	42	80	8	121	28	16	24	32	1.96
38830335--38830384	26	1.9	26	83	0	64	34	20	20	26	1.96
38831475--38831504	15	2.1	15	93	6	53	30	6	26	36	1.82
38841610--38841735	47	2.7	47	93	0	216	32	13	28	25	1.94
38841636--38841714	25	3.3	25	65	22	69	31	10	29	29	1.90
38843330--38843554	40	5.7	40	85	5	287	24	22	28	25	1.99
38844906--38845001	47	2.0	47	87	0	138	31	13	30	25	1.94
38845163--38845308	37	3.9	37	91	0	229	21	19	32	26	1.97
38855009--38855130	27	4.5	27	83	0	136	27	15	28	28	1.96
38855008--38855130	54	2.3	54	84	4	158	27	15	28	28	1.96
38860781--38860903	27	4.6	27	80	4	131	28	28	15	27	1.96
38860781--38860903	54	2.3	54	84	4	158	28	28	15	27	1.96
38876250--38876421	93	1.8	93	95	2	310	28	29	20	20	1.98
38876243--38876418	46	3.8	46	79	14	209	29	29	20	20	1.98
38883775--38883946	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
38883768--38883943	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38885566--38885716	78	1.9	78	94	0	266	27	25	19	26	1.99
38886600--38886652	22	2.4	22	93	0	88	13	26	32	28	1.93
38887922--38887955	12	2.8	12	90	0	50	41	14	26	17	1.88
38887930--38888060	57	2.2	59	82	6	151	41	17	22	19	1.91
38889056--38889088	4	8.2	4	93	0	57	0	27	0	72	0.85
38889193--38889231	19	2.1	19	85	9	53	33	5	10	51	1.58
38889260--38889292	17	2.0	16	94	5	57	30	3	0	66	1.06
38893483--38893633	78	1.9	78	93	2	259	28	25	19	26	1.99
38896326--38896447	27	4.5	27	83	0	136	27	15	28	28	1.96
38896325--38896447	54	2.3	54	84	4	158	27	15	28	28	1.96
38898569--38898753	40	4.6	39	80	6	185	24	21	27	26	1.99
38898569--38898725	79	2.0	80	82	6	194	24	21	27	26	1.99
38898622--38898786	79	2.1	79	79	6	174	26	20	26	26	1.99
38910750--38910775	11	2.4	11	100	0	52	15	7	46	30	1.74
38911138--38911390	53	4.7	54	78	9	248	23	24	16	35	1.95
38911181--38911391	55	3.9	53	81	9	248	22	25	17	35	1.95
38911148--38911396	108	2.3	108	89	1	374	22	24	16	35	1.95
38911377--38911546	47	3.5	47	71	16	164	26	23	14	35	1.93
38911345--38911552	101	2.0	102	93	0	364	25	24	14	35	1.93
38920028--38920085	30	1.9	31	82	3	73	43	3	22	31	1.70
38920471--38920698	49	4.6	50	85	1	271	28	17	25	28	1.98
38920471--38920698	98	2.3	100	86	3	309	28	17	25	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38925186--38925282	40	2.4	41	82	5	126	28	28	13	28	1.94
38930975--38931453	27	17.7	27	76	6	234	37	19	8	33	1.83
38931110--38931344	81	2.9	80	86	2	310	40	20	8	30	1.81
38931110--38931372	81	3.3	81	84	7	306	40	20	8	30	1.83
38931486--38931573	27	3.3	27	79	3	88	36	19	25	19	1.95
38932378--38932549	26	6.7	26	89	0	249	26	23	22	27	2.00
38932378--38932549	52	3.3	52	95	1	303	26	23	22	27	2.00
38932697--38932786	42	2.1	42	89	0	135	30	12	21	36	1.90
38932811--38932885	31	2.4	31	93	0	132	30	18	24	26	1.98
38936333--38936398	21	3.1	21	91	0	96	18	30	36	15	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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