genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.55.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81554553

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15194028--15194057	15	2.1	15	93	6	53	36	26	6	30	1.82
15194103--15194144	20	2.1	20	95	0	75	19	26	19	35	1.95
15198084--15198244	42	3.8	42	76	9	157	31	23	13	32	1.93
15204629--15204825	27	7.3	27	79	3	182	29	22	8	40	1.83
15204651--15204825	54	3.3	53	84	2	208	29	21	7	41	1.80
15204632--15204821	81	2.4	81	85	2	240	30	21	7	40	1.82
15204829--15205008	27	6.7	27	84	4	141	40	21	9	28	1.84
15204859--15205033	27	6.5	27	85	5	221	41	21	8	29	1.82
15204824--15205035	54	3.9	53	82	4	230	40	20	9	29	1.85
15204881--15205096	27	7.9	27	81	6	112	40	18	8	31	1.82
15205149--15205213	27	2.4	27	82	5	78	33	21	24	20	1.97
15206015--15206136	25	4.8	26	84	3	160	27	22	22	27	1.99
15206014--15206136	51	2.4	50	91	4	194	27	22	21	27	1.99
15206281--15206372	42	2.2	42	92	0	148	30	13	21	34	1.91
15206396--15206474	31	2.6	31	91	2	133	31	18	22	26	1.97
15207293--15207381	28	3.1	27	90	7	133	26	12	29	31	1.93
15210554--15210617	31	2.1	31	90	0	101	23	21	15	39	1.92
15210830--15210927	23	4.2	24	92	5	148	31	20	18	29	1.96
15210977--15211043	20	3.3	20	91	0	107	32	19	11	35	1.88
15211080--15211127	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
15215415--15215462	25	1.9	25	86	0	69	33	25	14	27	1.94
15215499--15215565	20	3.3	20	91	0	107	35	11	19	32	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15215616--15215710	23	4.1	23	85	5	129	30	17	18	32	1.95
15215616--15215710	46	2.1	46	90	4	147	30	17	18	32	1.95
15215925--15215988	31	2.1	31	93	0	110	37	15	23	23	1.93
15218803--15218886	29	2.9	29	89	1	125	27	32	15	25	1.95
15219105--15219142	16	2.4	16	95	0	67	7	18	21	52	1.70
15221675--15221704	12	2.5	12	94	0	51	16	46	26	10	1.78
15223313--15223408	29	3.4	28	81	4	120	28	31	13	27	1.94
15225010--15225102	42	2.2	43	80	5	109	30	19	23	26	1.98
15236935--15236975	21	2.0	21	100	0	82	43	14	2	39	1.59
15259544--15259611	31	2.1	31	86	8	91	27	26	14	30	1.95
15260183--15260214	15	2.1	15	94	0	55	56	25	0	18	1.42
15264505--15265049	50	10.9	50	75	5	395	29	24	18	26	1.98
15264508--15265049	151	3.6	151	92	1	883	30	24	18	26	1.98
15264516--15265048	101	5.3	99	76	6	446	30	24	18	26	1.98
15268347--15268442	44	2.2	44	82	10	110	23	22	22	30	1.99
15269235--15269455	109	2.0	111	98	1	428	20	27	23	28	1.99
15269901--15269927	13	2.1	13	100	0	54	14	33	37	14	1.88
15282825--15282930	27	3.9	27	75	4	115	27	16	17	38	1.91
15284664--15284797	57	2.3	57	78	6	137	24	20	20	34	1.97
15291542--15291597	15	3.7	15	88	7	87	12	16	10	60	1.58
15302746--15302791	19	2.5	19	86	6	60	47	0	8	43	1.34
15305365--15305552	49	3.8	49	87	1	241	26	18	26	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15309508--15309550	23	1.9	22	85	4	59	34	4	0	60	1.17
15320896--15320982	39	2.2	39	89	0	129	26	27	20	25	1.99
15327592--15327715	39	3.2	39	90	0	176	27	24	19	29	1.98
15332288--15332549	40	6.6	40	87	1	357	27	21	24	26	2.00
15336545--15336766	40	5.6	40	90	1	322	26	22	26	24	2.00
15355061--15355471	48	8.6	48	85	6	473	26	17	28	27	1.97
15355061--15355471	191	2.1	191	84	8	532	26	17	28	27	1.97
15357333--15357517	40	4.7	40	80	7	191	25	22	27	25	2.00
15357333--15357517	79	2.3	81	80	7	209	25	22	27	25	2.00
15357386--15357550	79	2.1	79	80	6	183	27	20	26	25	1.99
15363960--15364144	40	4.6	39	82	6	203	24	22	27	25	2.00
15363960--15364144	79	2.3	81	82	7	218	24	22	27	25	2.00
15364013--15364177	79	2.1	79	82	6	192	26	20	27	25	1.99
15367153--15367281	65	2.0	65	90	0	204	36	24	12	27	1.91
15382491--15382666	50	3.5	49	79	10	187	25	17	26	30	1.97
15385970--15386002	13	2.5	13	100	0	66	30	30	12	27	1.92
15399098--15399321	39	5.8	39	87	3	283	20	18	27	33	1.96
15399464--15399499	18	2.0	18	100	0	72	27	5	16	50	1.68
15404625--15404819	39	5.0	39	92	2	286	20	21	27	30	1.98
15408460--15408529	28	2.5	28	88	9	99	27	14	27	31	1.95
15416263--15416332	28	2.5	28	88	9	99	27	14	27	31	1.95
15417736--15417776	16	2.6	16	92	0	64	31	7	31	29	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15420856--15421281	47	9.1	47	93	0	672	33	10	28	26	1.90
15421019--15421140	22	5.3	22	63	27	65	31	13	29	25	1.93
15428226--15428276	25	2.0	25	100	0	102	31	7	19	41	1.80
15428356--15428440	27	3.1	27	83	8	109	15	22	24	37	1.93
15431296--15431325	15	1.9	16	93	6	53	40	0	40	20	1.52
15435325--15435460	57	2.4	57	82	2	184	28	18	19	33	1.96
15436311--15436343	15	2.1	16	88	5	50	12	15	39	33	1.84
15436441--15436580	74	1.9	74	92	0	235	30	24	17	27	1.97
15436441--15436609	74	2.3	74	86	0	203	28	24	21	25	1.99
15441842--15441901	29	2.1	29	96	0	111	33	6	31	28	1.83
15441804--15441948	76	1.9	76	98	0	281	33	6	30	29	1.84
15441871--15442008	47	2.9	47	87	0	195	32	8	31	27	1.87
15442127--15442205	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
15448720--15448750	16	1.9	16	93	0	53	54	19	6	19	1.65
15458344--15458445	50	2.0	50	98	0	195	44	14	15	25	1.85
15463386--15463410	11	2.3	11	100	0	50	72	0	0	28	0.86
15464004--15464262	45	5.8	45	82	1	252	40	14	20	24	1.90
15464042--15464262	90	2.5	90	87	0	300	40	15	19	24	1.90
15464046--15464301	90	2.9	89	84	2	255	39	15	21	23	1.91
15464504--15464568	21	3.2	19	72	16	67	27	9	13	49	1.73
15464515--15464584	21	3.3	21	71	15	72	28	8	14	48	1.73
15464501--15464584	42	2.0	42	95	0	150	27	9	15	47	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15469389--15469491	50	2.0	51	85	5	138	42	9	20	27	1.83
15481296--15481378	26	3.2	26	82	5	87	36	21	10	31	1.88
15481331--15481392	27	2.3	27	88	0	88	40	16	14	29	1.88
15482814--15482991	27	6.6	27	77	10	91	29	28	16	25	1.97
15482814--15482991	54	3.3	55	79	11	197	29	28	16	25	1.97
15486139--15486197	26	2.4	25	78	16	70	32	5	23	38	1.77
15490309--15490371	33	1.9	33	93	0	108	28	26	19	25	1.98
15495312--15495731	48	8.7	48	77	4	391	25	29	16	27	1.97
15495312--15495722	96	4.3	96	86	4	528	26	29	17	27	1.97
15505907--15506334	48	8.8	49	73	11	251	25	27	17	28	1.98
15505909--15506334	96	4.4	96	87	2	552	26	27	17	28	1.98
15505916--15506334	144	2.9	144	79	3	387	26	27	17	29	1.97
15508446--15508719	50	5.4	50	76	5	196	31	27	16	24	1.96
15508340--15508719	51	7.5	50	74	6	230	30	26	17	25	1.97
15508340--15508721	151	2.5	149	78	9	416	30	26	17	25	1.97
15515545--15515570	13	2.0	13	100	0	52	30	0	7	61	1.24
15516946--15517231	40	7.2	40	93	2	468	24	22	24	28	1.99
15523749--15523774	13	2.0	13	100	0	52	30	0	7	61	1.24
15525145--15525430	40	7.2	40	90	2	398	25	20	23	30	1.99
15525136--15525430	120	2.5	119	89	3	450	26	20	23	29	1.99
15540985--15541169	79	2.3	81	83	7	227	24	23	27	25	2.00
15540986--15541169	40	4.6	39	82	9	203	24	23	27	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15541038--15541202	79	2.1	79	84	6	210	26	21	26	25	2.00
15550189--15550342	28	5.5	28	94	0	256	33	27	12	25	1.93
15550819--15550848	14	2.1	14	93	0	51	40	0	10	50	1.36
15565384--15565443	29	2.1	29	93	0	102	21	31	6	40	1.79
15565937--15566012	40	1.9	40	86	0	107	34	32	1	31	1.66
15584161--15584227	25	2.7	25	81	9	82	23	20	26	28	1.99
15584165--15584279	25	4.6	25	75	14	76	26	20	26	26	1.99
15584213--15584277	24	2.6	25	83	11	89	32	21	23	23	1.98
15585001--15585041	12	3.7	12	75	18	52	53	14	0	31	1.41
15585004--15585050	21	2.2	21	100	0	94	57	12	0	29	1.36

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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