genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.91.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81554553

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28244653--28244800	51	2.9	51	90	2	226	26	22	22	27	2.00
28246849--28246916	25	2.7	25	81	4	84	47	14	17	20	1.83
28246844--28246869	6	4.3	6	100	0	52	50	15	19	15	1.79
28247133--28247184	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
28247421--28247696	27	10.2	27	84	3	313	40	6	20	31	1.79
28247421--28247679	81	3.2	81	87	1	349	42	6	20	30	1.78
28247681--28247765	27	3.2	25	77	18	75	27	9	21	42	1.83
28247717--28247843	27	4.7	27	80	8	116	29	6	23	40	1.79
28247693--28247850	54	2.9	53	75	8	149	29	7	22	41	1.81
28249999--28250057	27	2.2	26	87	3	82	38	18	20	22	1.93
28250019--28250082	33	2.0	32	87	3	92	37	20	21	20	1.94
28250098--28250149	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
28250386--28250635	27	9.2	27	84	4	249	40	6	21	31	1.80
28250386--28250635	54	4.6	54	83	2	297	40	6	21	31	1.80
28250413--28250635	81	2.7	81	92	2	358	39	7	21	30	1.81
28250656--28250780	27	4.7	26	79	11	110	29	7	24	39	1.82
28250629--28250780	53	2.9	54	79	5	166	28	7	23	39	1.83
28250618--28250759	27	5.3	26	76	11	101	30	7	21	40	1.81
28250721--28250780	26	2.3	25	83	13	68	26	8	23	41	1.82
28255242--28255294	23	2.4	22	76	20	56	9	18	1	69	1.25
28257630--28257658	12	2.3	13	94	5	51	75	0	0	24	0.80
28260377--28260448	28	2.6	28	93	0	117	30	12	23	33	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28260352--28260449	28	3.5	28	87	1	115	28	13	25	32	1.93
28265074--28265244	46	3.7	46	76	6	175	30	27	19	22	1.98
28265075--28265245	93	1.8	93	88	2	263	30	28	19	22	1.98
28266162--28266220	21	2.8	22	85	7	70	23	0	6	69	1.12
28266191--28266250	26	2.4	24	83	8	75	28	0	3	68	1.05
28274821--28274908	44	2.0	43	84	8	115	23	17	22	36	1.94
28276418--28276491	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
28282805--28283091	27	10.7	27	80	5	233	40	21	9	28	1.85
28282805--28283176	27	13.8	27	73	9	156	39	20	9	30	1.85
28283176--28283299	27	4.6	27	79	4	142	37	19	20	21	1.94
28290903--28291038	37	3.7	37	78	2	130	30	19	22	27	1.98
28291006--28291101	48	2.0	48	91	4	158	28	16	25	30	1.97
28292403--28292593	55	3.5	54	78	2	195	20	21	19	38	1.93
28295925--28296273	174	2.0	174	100	0	698	37	22	10	29	1.88
28300004--28300210	53	3.8	54	78	1	218	21	24	16	37	1.93
28300527--28300583	30	1.9	30	85	0	78	28	17	7	47	1.73
28304006--28304057	26	2.0	26	100	0	104	42	11	15	30	1.82
28306250--28306308	29	2.0	29	100	0	118	35	6	27	30	1.83
28306254--28306315	29	2.1	29	90	0	97	41	6	24	27	1.79
28307121--28307480	47	7.7	47	75	15	193	27	21	29	22	1.99
28307161--28307478	47	6.8	47	79	10	280	26	20	29	22	1.99
28321876--28322101	45	4.9	45	85	3	238	24	18	31	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28332569--28332619	26	2.0	25	84	3	66	47	0	17	35	1.48
28334320--28334367	23	2.1	23	84	7	62	43	12	8	35	1.73
28337690--28337732	22	2.0	22	90	0	68	55	4	9	30	1.52
28340668--28340908	120	2.0	120	95	0	437	37	22	16	23	1.93
28346577--28346752	96	1.8	96	85	2	246	33	27	17	21	1.96
28346577--28346753	48	3.7	48	76	7	171	33	27	17	21	1.96
28349827--28349935	37	2.9	37	90	0	173	27	30	19	22	1.98
28350081--28350362	98	2.9	98	96	2	507	30	26	7	35	1.84
28350081--28350363	48	5.8	48	89	5	435	30	26	7	35	1.84
28350333--28350620	47	6.1	47	93	0	468	26	27	11	34	1.91
28350473--28350548	22	3.3	22	67	16	64	25	27	13	34	1.93
28360627--28360740	31	3.7	31	92	2	187	28	26	15	28	1.96
28360764--28360855	42	2.2	42	94	0	157	32	18	16	32	1.93
28361003--28361072	25	2.8	25	91	4	106	25	24	25	24	2.00
28361527--28361568	20	2.0	22	86	9	61	26	35	16	21	1.94
28361888--28361962	27	2.8	27	76	11	73	24	16	20	40	1.91
28361980--28362191	54	3.9	55	77	10	168	32	8	18	40	1.81
28361981--28362222	27	8.9	27	75	8	125	32	9	18	39	1.83
28362226--28362312	27	3.2	27	78	3	86	39	6	24	29	1.81
28365674--28365853	79	2.3	81	83	7	226	25	20	28	26	1.99
28365671--28365855	40	4.7	40	80	6	198	24	21	28	26	1.99
28365701--28365888	79	2.4	77	79	10	200	27	19	27	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28370463--28370491	4	7.2	4	100	0	58	75	0	0	24	0.80
28377076--28377123	16	2.9	16	77	17	53	31	37	12	18	1.88
28377428--28377465	20	1.9	20	94	0	67	47	18	18	15	1.83
28382646--28382720	24	3.2	24	75	11	84	25	20	16	38	1.92
28386935--28387051	49	2.4	50	83	11	143	29	12	30	27	1.93
28390272--28390302	16	1.9	16	100	0	62	12	9	6	70	1.31
28392187--28392368	48	3.9	47	74	14	189	29	25	19	25	1.99
28394127--28394551	212	2.0	212	97	0	805	37	8	23	30	1.85
28394902--28395122	46	4.7	46	72	7	158	28	19	28	23	1.98
28398168--28398237	28	2.5	28	88	9	99	27	14	27	31	1.95
28406395--28406618	40	5.7	40	86	6	296	24	22	27	25	2.00
28406395--28406618	78	2.8	80	84	8	296	24	22	27	25	2.00
28414160--28414384	40	5.7	40	86	5	296	24	22	28	25	2.00
28414160--28414417	119	2.2	119	81	6	283	25	21	27	24	1.99
28421169--28421305	68	2.0	67	94	1	238	20	24	17	37	1.93
28432590--28432767	40	4.5	40	87	3	236	24	23	27	24	2.00
28447131--28447269	42	3.2	43	82	5	147	27	19	25	27	1.99
28449145--28449289	38	3.6	38	76	15	155	31	13	25	29	1.94
28449098--28449299	85	2.4	85	88	4	297	30	14	24	31	1.94
28451939--28452168	48	4.9	48	77	10	242	29	23	20	26	1.99
28460273--28460740	47	10.0	47	91	0	722	31	12	30	25	1.93
28460580--28460655	22	3.3	22	65	28	59	30	13	31	25	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28460602--28460676	23	3.2	23	66	23	66	29	10	32	28	1.90
28460903--28461017	37	3.1	37	91	0	176	20	21	32	25	1.98
28471306--28471346	20	2.0	20	100	0	82	41	4	19	34	1.73
28480646--28480782	65	2.1	65	97	0	256	19	10	13	56	1.66
28483156--28483330	46	3.8	46	79	13	207	20	20	29	29	1.98
28483153--28483323	93	1.8	92	94	1	306	21	21	29	28	1.98
28486390--28486590	27	7.4	27	85	3	251	27	14	27	30	1.95
28494209--28494384	46	3.8	46	78	10	196	21	18	28	31	1.97
28494206--28494375	93	1.8	93	93	0	295	21	19	28	30	1.98
28499029--28499133	28	3.8	28	89	0	165	30	31	11	26	1.91
28499116--28499215	40	2.5	40	86	1	139	35	26	17	22	1.95
28501487--28501524	12	3.2	12	100	0	76	15	23	34	26	1.95
28509539--28509606	31	2.2	30	89	5	109	26	16	14	42	1.86
28509548--28509610	31	2.0	31	100	0	126	25	15	12	46	1.82
28510274--28510422	43	3.5	42	78	5	113	29	12	24	32	1.93
28512274--28512421	51	2.9	51	92	0	251	29	24	14	31	1.95
28512457--28512580	24	5.0	24	86	9	169	25	20	16	38	1.92
28512457--28512589	52	2.6	52	87	6	186	25	21	15	36	1.93
28515131--28515337	47	4.4	46	76	8	170	28	18	28	23	1.98
28515131--28515337	94	2.2	93	83	5	256	28	18	28	23	1.98
28520037--28520064	12	2.3	12	100	0	56	25	14	17	42	1.87
28520241--28520272	14	2.3	14	94	0	55	43	0	15	40	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28521994--28522123	47	2.8	46	86	5	165	27	19	30	23	1.98
28532778--28532952	46	3.8	46	79	11	169	25	18	31	24	1.98
28532779--28532952	47	3.8	44	81	8	170	24	18	31	24	1.98
28536553--28536743	43	4.6	40	79	5	170	23	28	19	28	1.98
28536634--28536758	43	2.9	43	85	5	173	21	29	20	28	1.98
28546762--28546802	21	1.9	22	85	14	59	17	36	21	24	1.94
28570288--28570831	47	11.6	47	96	0	971	32	8	29	29	1.86
28574352--28574376	6	4.2	6	100	0	50	84	0	0	16	0.63
28580447--28580507	30	2.0	30	83	0	77	31	21	9	37	1.86
28589046--28589139	44	2.1	45	88	2	136	31	30	17	20	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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