genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.201.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81554553

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65998961--65999051	35	2.6	35	86	13	127	39	0	0	60	0.97
65998994--65999044	21	2.3	22	90	10	77	37	0	0	62	0.95
65998984--65999051	12	5.7	12	78	16	70	39	0	0	60	0.97
65999113--65999224	22	5.2	20	78	19	93	40	0	0	58	1.11
65999113--65999219	43	2.4	44	83	13	132	40	0	0	58	1.04
65999150--65999248	43	2.3	43	84	10	121	44	1	0	54	1.06
65999281--65999328	25	2.0	25	83	4	62	20	0	4	75	0.97
65999513--65999559	21	2.2	22	85	11	62	78	0	12	8	0.95
66008009--66008268	41	6.4	41	91	0	380	35	23	21	19	1.96
66008356--66008396	22	1.9	22	90	5	66	46	36	0	17	1.48
66009784--66009817	13	2.6	13	95	0	59	35	38	0	26	1.57
66009846--66009875	14	2.1	14	100	0	60	46	40	0	13	1.43
66009943--66009972	14	2.1	14	100	0	60	26	36	0	36	1.57
66012586--66012615	5	6.0	5	92	0	51	43	0	0	56	0.99
66014088--66014134	19	2.5	19	76	10	51	21	2	4	72	1.12
66014152--66014196	20	2.2	20	100	0	90	44	0	4	51	1.21
66014603--66014661	24	2.6	23	76	10	59	40	16	18	23	1.91
66016037--66016072	13	2.7	14	87	12	58	61	0	0	38	0.96
66016049--66016106	21	2.7	21	78	2	62	56	3	0	39	1.16
66016168--66016286	21	5.5	21	77	13	116	56	3	0	40	1.16
66016168--66016271	42	2.4	43	85	4	129	55	2	0	41	1.14
66016248--66016273	13	2.0	13	100	0	52	53	7	0	38	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66016275--66016327	24	2.2	24	87	9	74	75	7	1	15	1.11
66016275--66016312	13	3.1	13	85	11	53	73	7	0	18	1.06
66016289--66016364	11	6.2	12	72	14	57	77	5	3	13	1.08
66016335--66016371	19	1.9	19	89	10	58	81	5	5	8	0.99
66017341--66017426	43	2.0	43	100	0	172	39	11	6	41	1.68
66020327--66020361	17	2.1	17	100	0	70	14	0	5	80	0.89
66023022--66023065	3	14.7	3	100	0	88	31	0	0	68	0.90
66023110--66023167	26	2.3	26	84	3	73	32	1	1	63	1.14
66024058--66024090	15	2.1	16	88	5	50	18	0	6	75	1.00
66025997--66026067	21	3.4	21	73	13	74	49	0	1	49	1.09
66027609--66027692	44	2.0	43	85	4	116	23	16	28	30	1.96
66033874--66033927	19	2.8	19	78	13	56	77	0	12	9	0.98
66040847--66040896	16	2.8	18	78	18	52	60	2	2	36	1.20
66040952--66040999	4	13.0	4	82	8	50	77	0	22	0	0.78
66040952--66041002	10	4.6	11	82	7	52	78	0	21	0	0.75
66041399--66041437	6	6.5	6	87	0	60	17	17	12	51	1.76
66044879--66044917	20	1.9	21	89	5	62	43	2	7	46	1.46
66060499--66060539	21	2.0	21	100	0	82	29	2	24	43	1.67
66060542--66060575	17	1.9	18	88	5	52	32	2	8	55	1.45
66061400--66061521	55	2.2	55	86	2	174	28	31	18	20	1.97
66062375--66062589	47	4.6	46	80	6	211	23	29	20	26	1.98
66062285--66062547	91	2.8	94	79	10	245	23	30	19	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66062382--66062556	95	1.9	95	85	6	248	23	31	18	26	1.98
66062373--66062589	94	2.3	92	80	8	258	23	29	19	26	1.98
66063912--66063939	13	2.2	13	100	0	56	28	0	21	50	1.49
66065368--66065420	28	1.9	27	88	3	79	16	26	7	49	1.73
66078084--66078144	24	2.4	25	83	5	70	31	1	1	65	1.12
66078177--66078229	18	3.2	17	86	7	65	33	1	0	64	1.05
66079133--66079191	29	2.0	29	87	6	84	49	3	0	47	1.18
66084015--66084063	21	2.3	22	86	10	75	34	2	2	61	1.19
66084081--66084116	18	2.1	18	89	5	56	25	0	2	72	0.98
66084078--66084485	224	1.8	224	88	4	624	35	11	10	42	1.76
66084788--66084835	24	2.0	25	87	4	71	25	18	8	47	1.76
66086379--66086493	58	2.0	56	96	3	212	34	25	12	27	1.91
66087555--66087669	47	2.5	45	83	9	126	27	27	9	34	1.88
66090216--66090256	20	2.0	20	85	9	55	46	17	7	29	1.74
66093642--66093901	68	3.8	67	79	4	288	33	18	20	26	1.96
66093631--66093881	136	1.9	135	87	2	369	34	18	19	27	1.95
66100138--66100355	40	5.5	40	85	5	255	26	27	21	25	1.99
66100138--66100355	79	2.7	80	83	5	255	26	27	21	25	1.99
66100140--66100355	119	1.8	120	82	7	278	25	26	21	25	2.00
66100341--66100372	14	2.3	14	94	0	55	18	31	25	25	1.98
66101502--66101677	56	3.1	56	96	0	325	23	22	8	45	1.80
66103441--66103764	131	2.5	131	81	2	373	33	20	19	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66118428--66118777	131	2.7	131	81	3	382	35	20	18	25	1.95
66123547--66123735	68	2.8	68	86	4	240	34	17	17	29	1.94
66126895--66127395	47	10.6	47	93	2	806	32	8	29	29	1.87
66126895--66127395	238	2.1	238	93	3	852	32	8	29	29	1.87
66126895--66127395	191	2.6	190	92	2	855	32	8	29	29	1.87
66129616--66129961	40	8.7	40	90	2	538	24	22	28	24	2.00
66133627--66134064	47	9.6	47	91	5	709	32	7	29	30	1.85
66133900--66134062	83	2.0	83	90	0	254	33	6	30	30	1.82
66142785--66142844	21	2.9	21	80	11	61	21	5	0	73	1.02
66144619--66144689	25	2.8	25	89	4	99	50	1	1	46	1.18
66148586--66148630	24	2.0	24	86	8	67	46	0	0	53	1.00
66153422--66153448	14	1.9	14	100	0	54	77	0	14	7	0.97
66154231--66154279	19	2.6	19	77	6	55	34	2	6	57	1.35
66166708--66166766	26	2.3	26	82	8	68	66	1	10	22	1.31
66178322--66178373	25	2.1	25	92	0	86	38	23	21	17	1.93
66179601--66179797	48	4.1	48	84	1	216	26	22	22	27	1.99
66182395--66182435	21	2.0	21	85	4	57	53	14	2	29	1.54
66182416--66182631	108	2.0	108	99	0	423	44	18	9	27	1.80
66183485--66183687	101	2.0	101	96	0	370	33	15	18	32	1.93
66188008--66188102	44	2.2	44	88	1	138	21	16	28	33	1.95
66188018--66188105	44	2.0	44	93	0	149	20	19	28	31	1.97
66193719--66193760	21	2.1	21	86	8	61	26	11	40	21	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66195660--66195709	20	2.4	21	93	3	84	28	6	4	62	1.37
66198359--66198502	72	2.0	72	98	0	279	38	17	22	21	1.93
66203302--66203380	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
66203499--66203973	47	10.1	47	94	2	783	28	30	9	31	1.89
66207409--66207561	39	3.9	39	79	5	166	24	28	22	24	2.00
66207422--66207632	78	2.8	77	81	7	200	24	27	22	25	2.00
66207939--66208016	29	2.7	29	84	7	97	28	32	15	24	1.95
66207999--66208100	43	2.4	43	98	1	197	26	35	15	22	1.94
66208575--66208819	49	5.2	47	93	5	424	27	29	10	31	1.90
66208561--66208816	141	1.8	142	94	5	457	27	30	10	30	1.91
66212578--66212605	14	2.0	14	100	0	56	21	21	14	42	1.88
66214785--66214833	25	2.0	25	87	0	71	30	24	14	30	1.94
66214875--66214913	10	3.8	10	93	6	69	33	17	17	30	1.94
66214874--66214913	21	1.9	21	100	0	80	35	17	17	30	1.93
66217801--66217837	18	2.0	19	89	5	58	45	0	8	45	1.32
66232655--66232878	40	5.7	40	86	7	273	24	22	27	25	2.00
66232655--66232878	79	2.8	80	85	8	287	24	22	27	25	2.00
66232655--66232911	79	3.3	79	82	9	224	25	22	27	24	2.00
66252250--66252806	47	11.8	47	91	1	784	27	29	9	33	1.88
66256331--66256678	40	8.7	40	89	1	511	24	27	22	25	2.00
66258903--66259403	47	10.6	47	92	2	788	29	29	8	32	1.87
66258903--66259403	96	5.3	94	91	3	788	29	29	8	32	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66258903--66259415	143	3.6	139	91	2	645	29	29	8	32	1.87
66260917--66261036	56	2.1	56	92	0	204	22	22	8	46	1.78
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66306919--66307133	94	2.3	94	80	4	247	22	27	19	29	1.98
66306776--66307130	48	7.5	47	70	14	196	24	28	19	27	1.98
66315950--66315995	24	1.9	24	86	0	65	45	8	39	6	1.61
66315974--66316008	18	1.9	18	88	0	52	45	2	40	11	1.55

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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