genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.57.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81554553

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15929321--15929556	120	2.0	120	84	6	309	26	20	28	24	1.99
15929321--15929556	80	2.9	79	80	2	258	26	20	28	24	1.99
15947148--15947330	79	2.3	81	84	7	232	24	22	27	25	2.00
15947149--15947332	40	4.6	40	83	9	216	23	22	28	25	2.00
15947201--15947365	79	2.1	79	84	6	210	25	21	27	25	1.99
15955321--15955503	79	2.3	81	84	7	232	24	22	27	25	2.00
15955322--15955505	40	4.6	40	83	9	216	23	22	28	25	2.00
15955374--15955538	79	2.1	79	84	6	210	25	21	27	25	1.99
15957332--15957385	20	2.7	20	86	11	83	40	25	27	5	1.78
15958842--15958949	27	4.0	27	81	0	117	37	17	16	28	1.92
15958931--15959222	27	10.8	27	76	7	180	41	16	9	32	1.80
15958932--15959191	54	4.8	54	78	5	204	42	16	8	31	1.79
15958932--15959191	81	3.2	80	78	8	242	42	16	8	31	1.79
15959642--15959709	25	2.7	25	81	0	91	22	13	22	42	1.87
15962462--15962542	27	3.0	27	94	0	135	29	19	23	27	1.98
15962527--15962585	26	2.2	26	81	3	73	37	15	10	37	1.81
15962578--15962701	27	4.6	27	87	6	144	47	18	5	28	1.71
15962578--15962701	54	2.3	54	84	2	160	47	18	5	28	1.71
15964324--15964507	49	3.7	49	83	2	242	26	19	26	28	1.99
15964319--15964506	100	1.9	100	96	0	349	25	20	26	28	1.99
15965848--15965998	25	6.0	25	78	5	162	17	15	27	39	1.89
15965837--15965984	50	3.0	50	94	1	262	18	14	27	39	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15971657--15972250	296	2.0	297	95	0	1064	39	19	4	37	1.71
15975657--15975783	28	4.7	28	76	10	120	36	20	15	27	1.93
15977014--15977043	15	2.0	15	93	0	51	26	0	16	56	1.40
15979175--15979215	22	1.9	21	90	5	64	24	29	36	9	1.87
15992599--15992787	55	3.5	53	77	3	162	21	23	18	37	1.94
15995420--15995473	24	2.2	24	90	0	90	35	3	40	20	1.70
15996843--15996953	27	4.2	26	89	5	159	15	24	23	36	1.93
15999956--15999981	13	2.0	13	100	0	52	30	0	7	61	1.24
16001552--16001672	40	3.0	40	95	0	215	22	19	28	28	1.98
16001567--16001696	40	3.2	40	86	0	125	23	21	26	27	1.99
16008282--16008307	13	2.0	13	100	0	52	30	0	7	61	1.24
16009848--16009982	40	3.4	40	88	6	193	23	20	28	26	1.99
16014334--16014366	13	2.6	13	90	4	50	48	12	0	39	1.40
16017263--16017296	12	2.9	12	91	4	52	82	5	0	11	0.83
16025910--16026039	48	2.6	50	85	4	176	23	30	17	27	1.97
16025954--16026124	46	3.7	44	83	7	166	23	29	19	26	1.98
16026010--16026218	46	4.4	45	78	14	169	22	28	20	27	1.99
16027998--16028033	16	2.2	16	95	0	63	58	11	5	25	1.54
16033948--16034252	48	6.4	48	95	0	538	31	27	5	35	1.80
16038325--16038497	46	3.7	46	73	10	163	29	27	19	23	1.98
16038330--16038500	93	1.8	93	87	0	252	28	28	19	22	1.98
16073115--16073202	29	3.0	29	80	8	97	56	15	17	10	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16073115--16073193	15	5.4	15	77	10	83	58	13	17	10	1.63
16073126--16073202	15	5.2	15	75	9	77	55	15	16	11	1.68
16076123--16076295	46	3.7	46	73	10	163	30	28	19	22	1.98
16077849--16077900	26	2.0	26	96	0	95	28	15	13	42	1.85
16081956--16082207	40	6.3	40	83	3	303	26	27	21	24	1.99
16081947--16082206	120	2.2	119	88	3	396	26	27	21	24	1.99
16089910--16090037	45	2.8	44	89	2	184	25	22	26	25	2.00
16097555--16097718	45	3.7	45	87	4	210	24	24	27	23	2.00
16101728--16101839	56	2.0	56	100	0	224	42	17	16	23	1.88
16106609--16106705	28	3.5	26	76	10	79	29	29	15	24	1.96
16106631--16106786	27	5.7	27	80	4	161	28	28	16	26	1.97
16106609--16106787	55	3.3	55	79	7	202	28	28	16	26	1.97
16106631--16106786	82	1.9	81	85	3	215	28	28	16	26	1.97
16114630--16114807	27	6.6	27	79	3	115	28	28	16	26	1.97
16114630--16114807	54	3.3	55	80	10	204	28	28	16	26	1.97
16114651--16114806	82	1.9	81	85	3	215	28	28	16	26	1.97
16118249--16118463	6	34.8	6	70	15	127	48	13	18	19	1.80
16118261--16118463	31	6.5	31	75	13	175	48	13	18	19	1.81
16118254--16118348	37	2.6	37	84	0	118	50	13	17	17	1.78
16118306--16118394	25	3.6	25	92	0	133	48	14	16	20	1.81
16118379--16118460	25	3.3	23	80	8	83	46	13	19	20	1.83
16118272--16118429	19	8.8	19	69	20	99	47	14	18	18	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16118356--16118463	37	3.1	36	72	15	118	46	13	18	21	1.84
16118581--16118640	27	2.3	26	82	2	66	36	20	20	23	1.95
16118689--16118740	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
16118987--16119226	27	8.9	27	84	6	247	24	21	18	35	1.95
16118985--16119233	54	4.6	54	85	4	299	24	20	18	35	1.95
16118989--16119230	81	3.0	81	90	2	346	24	21	18	35	1.95
16119217--16119316	27	3.7	27	73	5	85	34	7	20	39	1.79
16119014--16119262	81	3.1	81	84	5	211	26	18	18	36	1.94
16119283--16119401	27	4.4	27	83	6	107	31	10	18	39	1.85
16119244--16119400	81	1.9	81	79	5	174	31	10	20	37	1.86
16119272--16119719	81	5.5	79	81	6	461	29	9	20	39	1.85
16119326--16119719	27	14.6	27	84	1	504	30	9	20	39	1.84
16124812--16124845	17	1.9	18	94	5	61	8	23	44	23	1.81
16125291--16125483	27	7.1	27	83	2	172	38	22	7	31	1.83
16125314--16125484	81	2.1	81	82	2	200	39	22	7	30	1.81
16125481--16125552	26	2.8	26	74	4	74	27	18	20	33	1.96
16125834--16125891	22	2.6	22	100	0	116	27	27	20	24	1.99
16129288--16129431	40	3.6	40	83	5	157	32	25	17	24	1.97
16138924--16139145	40	5.5	39	82	9	250	32	24	18	23	1.97
16138919--16139145	81	2.8	81	89	0	330	32	24	18	24	1.97
16142031--16142157	48	2.6	48	86	0	155	26	21	27	24	1.99
16144724--16144948	40	5.6	41	85	4	280	24	21	27	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16144724--16144975	80	3.2	80	88	2	330	24	21	27	27	1.99
16144728--16144955	120	1.9	120	93	0	393	24	21	28	25	1.99
16147118--16147145	13	2.2	13	100	0	56	14	32	28	25	1.94
16150753--16151024	40	6.8	41	87	4	376	24	21	28	26	1.99
16150757--16151044	120	2.4	120	95	0	506	23	21	28	26	1.99
16167740--16168343	47	12.7	47	95	1	1032	32	8	29	29	1.87
16168462--16168540	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
16169755--16170026	40	6.8	40	90	0	418	25	21	27	25	1.99
16170202--16170253	25	2.1	25	85	7	70	28	7	32	30	1.85
16171318--16171347	15	2.0	15	100	0	60	26	26	20	26	1.99
16173891--16174446	47	11.7	47	95	1	943	32	8	29	29	1.87
16174565--16174643	37	2.1	37	88	0	113	24	20	30	25	1.98
16175244--16175289	22	2.0	23	95	4	85	26	8	19	45	1.79
16183190--16183253	32	2.0	32	100	0	128	31	9	9	50	1.66
16185629--16185846	48	4.6	48	86	2	298	32	14	21	32	1.93
16185636--16185846	95	2.2	95	95	0	377	32	14	20	32	1.93
16185821--16185897	38	2.0	38	89	0	118	29	14	25	29	1.95
16188892--16189053	46	3.5	46	76	8	157	21	19	30	28	1.98
16192653--16192745	42	2.2	43	82	1	116	31	20	22	25	1.98
16203327--16203429	46	2.2	46	84	6	127	36	14	22	26	1.92
16208791--16208975	79	2.3	81	83	7	227	24	22	27	24	2.00
16208792--16208975	40	4.6	40	82	9	207	25	22	27	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16208844--16208998	79	2.0	79	83	7	199	26	21	27	25	1.99
16212815--16213079	47	5.6	47	91	1	404	29	15	22	32	1.94
16212804--16213084	95	3.0	95	89	1	420	30	14	22	32	1.94
16212815--16213079	142	1.9	142	96	0	494	29	15	22	32	1.94
16215134--16215282	37	4.0	37	92	1	219	26	33	18	21	1.96
16215549--16215628	25	3.3	25	66	22	71	30	28	10	31	1.89
16215856--16215932	22	3.4	22	66	16	66	31	27	10	31	1.90
16215831--16215957	25	5.3	25	63	17	81	33	27	7	31	1.84
16215501--16215956	47	9.7	47	91	0	651	28	29	10	31	1.91
16221392--16221548	40	4.0	40	84	8	196	24	21	27	26	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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