genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.81.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81554553

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24333790--24333913	28	4.4	28	92	1	185	26	12	27	33	1.93
24341652--24341803	28	5.4	28	94	0	241	26	12	26	33	1.92
24343348--24343507	40	4.0	40	88	2	216	22	21	28	26	1.99
24349175--24349216	20	2.1	20	82	8	50	23	7	7	61	1.47
24352014--24352093	27	3.0	27	88	3	108	28	16	13	41	1.86
24352983--24353032	21	2.4	21	96	0	91	44	16	10	30	1.80
24355500--24355539	20	2.0	20	85	5	53	10	22	15	52	1.71
24357817--24358021	27	7.6	27	85	3	250	26	15	27	30	1.96
24357818--24358021	109	1.9	108	88	3	311	25	15	27	30	1.96
24392029--24392202	27	6.4	27	84	4	197	29	27	14	27	1.96
24392046--24392201	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
24394323--24394363	22	1.9	22	85	5	57	51	12	9	26	1.70
24394322--24394369	21	2.2	22	77	3	53	50	10	8	31	1.66
24396825--24396888	32	2.0	32	100	0	128	18	9	21	50	1.75
24406657--24406720	32	2.0	32	100	0	128	18	9	21	50	1.75
24412381--24412419	16	2.4	17	91	4	62	48	35	5	10	1.59
24413800--24413846	19	2.5	19	82	3	51	29	17	34	19	1.94
24413930--24414033	29	3.6	29	76	6	95	27	16	31	24	1.96
24416758--24416869	20	5.6	20	94	0	170	41	25	18	13	1.87
24416758--24416869	40	2.8	40	93	0	188	41	25	18	13	1.87
24422032--24422083	24	2.1	24	85	3	68	53	1	7	36	1.41
24430125--24430349	40	5.7	39	90	3	308	24	28	23	23	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24430125--24430349	79	2.8	79	87	3	310	24	28	23	23	2.00
24434746--24434970	79	2.8	80	79	12	239	27	21	26	24	1.99
24434746--24434970	40	5.7	40	84	7	239	27	21	26	24	1.99
24434746--24434970	119	1.9	120	82	9	291	27	21	26	24	1.99
24434799--24435003	79	2.6	79	81	9	197	28	20	26	24	1.99
24439886--24439955	21	3.2	21	64	18	52	20	11	25	42	1.85
24439881--24439968	45	2.0	45	97	0	167	22	11	26	39	1.88
24447525--24447795	46	5.8	48	79	8	267	28	19	29	22	1.98
24447525--24447796	94	2.9	95	82	8	308	28	19	29	22	1.98
24447530--24447795	140	1.9	141	83	6	344	28	19	29	22	1.98
24449375--24449559	79	2.3	82	83	7	229	24	27	22	24	2.00
24449356--24449559	40	5.1	40	81	8	229	24	27	22	25	2.00
24457232--24457453	40	5.7	40	85	8	264	24	22	27	24	2.00
24457232--24457486	79	3.3	78	81	9	211	25	21	27	24	1.99
24460512--24460696	79	2.3	82	83	7	229	24	27	22	24	2.00
24460493--24460696	40	5.1	40	81	8	229	24	27	22	25	2.00
24478025--24478062	19	2.0	19	100	0	76	31	10	10	47	1.72
24479336--24479455	60	2.0	60	95	0	213	32	26	17	23	1.97
24481897--24481975	37	2.1	37	86	4	106	26	29	18	25	1.98
24482094--24482986	47	18.7	47	94	3	1504	29	29	8	32	1.87
24482094--24482986	96	9.4	94	95	1	1504	29	29	8	32	1.87
24486843--24487074	40	5.8	40	89	0	356	24	26	22	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24486816--24487074	120	2.1	120	86	1	356	25	27	22	24	2.00
24490650--24490834	79	2.3	81	84	7	236	24	22	27	25	2.00
24490651--24490834	40	4.6	40	83	9	216	24	22	27	25	2.00
24490651--24490867	79	2.7	79	81	7	201	25	22	27	24	2.00
24810983--24811356	40	9.5	40	91	4	600	26	28	21	23	1.99
24810983--24811356	79	4.7	80	91	4	600	26	28	21	23	1.99
24810983--24811356	119	3.2	119	93	3	623	26	28	21	23	1.99
24813169--24813247	37	2.1	37	88	4	115	25	30	18	25	1.98
24813366--24813806	47	9.4	47	96	0	785	29	29	8	32	1.87
24813366--24813806	187	2.4	188	95	0	785	29	29	8	32	1.87
24829785--24829934	43	3.5	43	80	3	169	28	15	24	32	1.95
24832819--24832975	43	3.7	43	78	10	169	23	17	27	31	1.97
24836107--24836136	15	2.0	15	93	0	51	46	16	0	36	1.47
24840490--24840567	36	2.1	36	85	2	102	25	32	17	24	1.97
24840686--24841211	47	11.1	47	94	3	878	29	29	8	31	1.88
24840686--24841211	143	3.7	143	95	2	918	29	29	8	31	1.88
24844471--24844736	39	6.9	39	76	12	171	25	27	21	25	1.99
24844480--24844642	39	4.1	40	84	5	206	25	29	20	23	1.99
24844480--24844642	79	2.1	79	83	4	204	25	29	20	23	1.99
24844641--24844734	38	2.5	37	84	8	118	22	26	22	28	1.99
24848000--24848263	104	2.5	104	89	5	401	29	30	20	18	1.97
24848388--24848427	20	2.0	21	85	5	55	57	15	0	27	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24850914--24850952	20	2.0	20	100	0	78	35	12	20	30	1.90
24851006--24851241	23	10.1	23	87	3	321	28	22	20	27	1.99
24851006--24851263	47	5.5	46	85	5	331	28	22	21	27	1.99
24851005--24851241	70	3.4	70	91	2	386	29	22	20	27	1.99
24851456--24851519	31	2.1	31	87	0	92	35	14	23	26	1.93
24853751--24853846	28	3.5	27	74	4	102	27	33	20	18	1.96
24853751--24853899	55	2.7	55	89	5	223	28	31	19	20	1.97
24853777--24853874	28	3.5	28	77	2	117	28	28	21	21	1.99
24853858--24853910	25	2.1	25	89	6	81	28	30	11	30	1.91
24854031--24854173	43	3.3	43	83	0	178	34	30	20	13	1.92
24854169--24854281	39	2.8	40	90	2	183	27	29	22	21	1.99
24863677--24863729	26	2.0	26	96	0	97	32	11	20	35	1.88
24877861--24877886	13	2.0	13	100	0	52	30	0	7	61	1.24
24879219--24879424	40	5.2	40	91	1	317	23	20	27	29	1.99
24885792--24885817	13	2.0	13	100	0	52	30	0	7	61	1.24
24887173--24887298	40	3.2	39	87	5	182	22	21	28	27	1.99
24892606--24892667	26	2.3	27	75	10	74	37	24	8	30	1.84
24892773--24892885	27	4.2	28	86	5	153	18	24	22	34	1.96
24892771--24892885	55	2.1	54	85	7	162	18	24	22	34	1.96
24902022--24902094	34	2.1	34	85	5	94	28	21	21	27	1.99
24904391--24904550	85	1.9	85	92	0	266	26	27	20	25	1.99
24909084--24909144	29	2.1	28	84	3	77	31	13	26	29	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24910848--24910940	24	3.9	24	79	8	84	34	16	21	27	1.95
24913591--24913859	105	2.6	105	93	2	452	30	29	20	19	1.97
24920650--24920699	26	1.9	26	95	0	91	30	34	24	12	1.91
24920751--24920802	26	2.0	26	96	0	95	28	34	23	13	1.92
24920616--24920880	103	2.6	103	90	4	410	30	30	20	18	1.96
24928861--24928892	14	2.4	13	90	10	55	18	6	12	62	1.50
24929488--24929549	30	2.1	30	96	0	115	40	14	8	37	1.76
24929679--24929720	22	1.9	22	85	0	57	28	2	33	35	1.70
24940675--24940708	17	2.0	17	100	0	68	17	5	29	47	1.71
24946291--24946369	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
24946488--24946986	47	10.6	47	94	1	777	28	29	8	32	1.87
24946679--24946756	25	3.2	25	63	23	67	32	32	5	30	1.80
24950773--24950944	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
24950766--24950941	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
24955255--24955521	47	5.7	47	95	4	477	31	8	29	29	1.88
24955256--24955521	92	2.8	93	96	2	480	31	9	29	30	1.88
24955638--24955715	36	2.1	37	90	2	122	24	19	30	25	1.98
24957621--24957694	29	2.6	29	89	4	105	25	16	31	27	1.96
24958086--24958359	40	6.8	40	87	0	341	24	21	27	25	1.99
24958004--24958359	80	4.4	80	83	3	362	25	21	27	25	1.99
24958004--24958354	120	2.9	119	82	5	395	25	21	27	25	2.00
24961844--24962115	47	5.7	47	96	1	463	30	9	30	29	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24962233--24962310	36	2.1	37	88	2	113	24	19	30	25	1.98
24971415--24971591	27	6.6	27	80	7	162	27	15	28	28	1.96
24971415--24971591	54	3.3	54	81	7	189	27	15	28	28	1.96
24971416--24971570	81	1.9	81	86	5	224	27	15	28	28	1.96
24971412--24971591	81	2.2	81	82	3	220	27	15	27	28	1.96
24978655--24978831	27	6.6	27	83	5	205	27	14	28	29	1.95
24978656--24978810	81	1.9	81	89	5	242	27	14	28	29	1.95
24978652--24978831	81	2.2	81	84	3	238	27	15	27	30	1.96
24980381--24980413	12	2.8	12	95	0	57	15	36	0	48	1.45
24983551--24983805	55	4.8	54	79	12	262	36	17	24	21	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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