genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.247.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81554553

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79441703--79441797	44	2.1	44	96	1	172	30	5	10	53	1.57
79445518--79445761	131	1.9	130	88	0	371	37	18	17	26	1.93
79445423--79445761	131	2.6	131	83	3	357	36	19	17	26	1.94
79446992--79447028	9	4.1	9	86	13	58	10	2	0	86	0.67
79448839--79449337	130	3.8	131	78	4	438	34	19	18	27	1.95
79453670--79454195	131	4.0	131	78	6	496	27	18	17	36	1.94
79454822--79454930	24	4.9	23	75	19	106	36	1	3	57	1.27
79454818--79454887	11	6.0	11	72	11	59	37	2	5	54	1.39
79454801--79455034	48	5.0	47	71	18	148	35	7	2	54	1.44
79454859--79454936	40	2.0	39	87	7	113	37	0	2	60	1.11
79454899--79454962	26	2.6	24	83	16	78	34	6	1	57	1.33
79454877--79454952	39	1.9	40	83	2	100	36	5	2	55	1.37
79454985--79455028	23	1.9	23	85	0	61	29	9	4	56	1.50
79455277--79455335	25	2.3	25	80	8	66	25	3	10	61	1.44
79457011--79457065	17	3.2	18	84	7	78	47	9	12	30	1.73
79457578--79457631	26	2.0	27	82	10	67	64	5	5	24	1.36
79457640--79457693	18	3.1	17	79	12	56	59	1	3	35	1.26
79457751--79457804	3	18.0	3	77	7	56	62	1	3	31	1.23
79457925--79457967	12	3.7	11	84	9	50	60	0	9	30	1.28
79460147--79460180	17	2.0	17	88	0	50	2	0	11	85	0.71
79468400--79468461	26	2.3	27	91	2	99	59	0	22	17	1.37
79468400--79468471	27	2.7	26	86	4	81	58	0	22	19	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79469381--79469405	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90
79470040--79470114	3	24.7	3	91	2	60	22	0	10	66	1.22
79470393--79470654	132	2.0	132	83	1	337	28	16	18	36	1.93
79473429--79473470	17	2.4	17	80	11	50	54	2	2	40	1.26
79473451--79473512	26	2.3	26	81	8	63	54	6	3	35	1.42
79473935--79473973	19	2.1	19	90	0	60	74	2	0	23	0.94
79473958--79474045	42	2.0	44	85	10	119	60	4	4	30	1.37
79476424--79476457	17	2.0	17	100	0	68	35	5	23	35	1.79
79477551--79477596	7	6.7	7	80	14	51	73	4	0	21	1.00
79477967--79478020	25	2.1	25	86	10	74	68	5	12	12	1.37
79478902--79478986	19	3.9	20	68	24	64	23	4	4	67	1.29
79479133--79479157	11	2.3	11	100	0	50	24	0	0	76	0.80
79479203--79479263	3	20.3	3	81	6	70	34	0	3	62	1.12
79486604--79486748	71	2.0	71	100	0	290	33	20	16	30	1.94
79487972--79488897	217	4.3	209	73	18	746	23	12	19	43	1.85
79493526--79493596	32	2.2	32	87	7	99	39	11	9	39	1.74
79496411--79496444	15	2.4	14	90	9	52	38	0	2	58	1.13
79498550--79498605	11	4.9	11	80	8	58	33	0	1	64	1.04
79498545--79498605	24	2.6	24	87	7	81	36	0	1	62	1.05
79500739--79501058	46	7.0	46	95	0	498	40	15	22	21	1.90
79503200--79503262	17	3.7	17	67	0	54	47	0	0	52	1.00
79503203--79503267	34	1.9	34	96	0	121	44	0	0	55	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79503357--79503382	13	2.0	13	100	0	52	46	0	0	53	1.00
79504486--79504546	9	6.8	9	94	0	95	37	29	8	24	1.84
79505635--79505677	22	1.9	23	85	4	61	30	4	2	62	1.28
79509147--79509193	18	2.7	18	80	6	53	27	2	0	70	0.99
79521170--79521203	17	1.9	18	88	5	52	35	0	2	61	1.11
79530536--79530573	15	2.6	15	95	4	69	28	15	13	42	1.85
79534458--79534523	22	3.0	22	86	2	96	39	9	13	37	1.77
79535503--79535582	29	2.6	30	88	5	108	52	11	1	35	1.45
79536589--79536660	30	2.3	31	81	11	85	38	11	9	40	1.74
79540439--79540496	5	10.8	5	76	12	53	44	0	1	53	1.10
79540437--79540497	12	4.8	12	77	16	61	47	0	1	50	1.10
79540440--79540497	26	2.2	25	91	8	98	44	0	1	53	1.10
79541818--79541856	18	2.1	19	90	4	62	41	0	10	48	1.37
79573014--79573088	18	4.2	18	87	0	105	28	24	17	30	1.97
79586984--79587153	46	3.7	47	77	16	192	18	20	31	29	1.97
79586974--79587146	93	1.9	93	93	2	303	19	21	31	27	1.97
79593809--79593851	18	2.3	20	84	11	56	39	0	2	58	1.11
79593843--79593877	11	3.2	11	91	0	52	25	5	0	68	1.11
79596058--79596125	30	2.3	30	97	0	127	38	16	23	22	1.93
79596105--79596165	21	3.2	21	61	29	55	42	9	24	22	1.84
79596088--79596302	46	4.9	46	81	12	229	40	14	23	21	1.90
79596102--79596173	35	2.1	35	100	0	144	43	11	22	23	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79597620--79597647	5	5.6	5	100	0	56	82	0	0	17	0.68
79604955--79605011	29	2.0	29	96	0	105	47	10	19	22	1.80
79605000--79605039	21	1.9	21	89	0	62	40	12	20	27	1.88
79617443--79617930	130	3.8	129	85	4	614	28	19	18	33	1.95
79617443--79617930	253	1.9	253	85	1	665	28	19	18	33	1.95
79617685--79617963	130	2.1	130	80	5	303	29	19	17	32	1.95
79619751--79619820	14	5.6	14	71	25	75	20	18	15	45	1.85
79622354--79622409	17	3.6	15	79	13	60	78	0	16	5	0.92
79623641--79623840	45	4.5	44	70	7	136	30	19	25	25	1.98
79623616--79623927	132	2.4	132	95	0	552	29	19	23	26	1.98
79623822--79624015	87	2.2	88	95	0	345	30	20	20	28	1.97
79623686--79624148	220	2.1	220	92	2	770	29	20	23	26	1.99
79623909--79625036	133	8.6	131	83	6	1242	28	18	25	26	1.98
79624126--79624323	45	4.5	44	72	6	166	29	19	26	24	1.99
79623818--79624286	88	5.3	88	73	7	351	29	20	23	26	1.99
79625219--79626031	44	18.5	44	90	0	1223	25	14	32	27	1.94
79626867--79627366	250	2.0	250	100	0	1000	26	21	28	23	1.99
79628570--79629057	130	3.8	127	86	5	601	28	19	18	33	1.95
79628570--79629057	253	1.9	253	84	2	658	28	19	18	33	1.95
79628812--79629090	130	2.1	131	81	5	314	29	18	18	33	1.95
79633636--79633681	18	2.8	18	84	15	64	0	30	41	28	1.56
79635788--79635857	29	2.3	29	82	4	86	22	12	14	50	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79638050--79638090	15	2.7	16	82	17	52	58	0	0	41	0.98
79638042--79638117	38	2.0	39	82	7	93	52	1	1	44	1.17
79639293--79639357	31	2.1	31	82	8	78	53	0	6	40	1.26
79640590--79640650	26	2.5	24	82	12	72	54	0	1	44	1.10
79640619--79640703	33	2.7	30	76	14	82	56	1	0	42	1.07
79640590--79640664	16	5.1	15	73	16	68	53	0	1	45	1.08
79640626--79640675	26	1.9	26	84	8	66	60	0	0	40	0.97
79641217--79641241	13	1.9	13	100	0	50	48	16	16	20	1.82
79657729--79657785	18	3.2	18	84	0	78	36	15	19	28	1.92
79660211--79660457	18	13.3	18	72	9	138	36	14	12	37	1.83
79660639--79660738	45	2.2	45	89	0	155	43	20	18	19	1.89
79661800--79661845	15	2.8	17	80	16	60	6	26	8	58	1.52
79666708--79666926	18	11.7	18	68	12	84	36	13	12	36	1.83
79666708--79666926	36	5.9	36	69	14	129	36	13	12	36	1.83
79666709--79666924	54	3.9	54	74	11	148	37	13	12	36	1.83
79667898--79668074	50	3.5	50	88	2	257	35	16	21	26	1.94
79668052--79668253	31	6.5	31	89	1	298	28	18	26	26	1.98
79668259--79668294	7	5.1	7	93	0	63	47	13	27	11	1.77
79668298--79668423	47	2.7	48	83	2	157	30	15	24	29	1.96
79669298--79669562	18	14.3	18	70	9	147	36	13	12	37	1.83
79669726--79669828	45	2.3	45	87	0	152	42	20	18	18	1.89
79669730--79669845	45	2.8	40	82	8	110	38	21	20	18	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79678800--79678843	23	1.9	24	86	9	65	59	6	2	31	1.36
79679411--79679451	21	1.9	21	85	5	55	39	12	21	26	1.89
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79693577--79693607	16	2.0	16	93	6	55	38	0	0	61	0.96
79693681--79693740	22	2.8	21	78	12	59	50	0	5	45	1.23
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Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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