genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.37.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81554553

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9553863--9553896	9	3.8	9	88	0	50	50	2	0	47	1.16
9553887--9553919	17	1.9	18	88	11	52	42	12	0	45	1.41
9560186--9560231	19	2.3	20	96	3	85	47	17	10	23	1.79
9560215--9560252	14	2.7	14	91	0	58	36	18	7	36	1.80
9566141--9566165	13	1.9	13	100	0	50	76	8	0	16	1.02
9575840--9575890	23	2.2	23	96	0	93	27	9	23	39	1.86
9581486--9581530	4	10.8	4	83	4	54	73	4	2	20	1.11
9581486--9581539	26	2.1	26	96	0	99	70	3	3	22	1.19
9581575--9581938	3	119.3	3	68	10	112	61	3	7	26	1.41
9581896--9581968	13	5.6	13	78	15	80	67	1	4	27	1.17
9581896--9581966	25	2.7	27	85	10	85	66	1	4	28	1.19
9581883--9581973	40	2.3	38	80	19	98	69	2	3	25	1.15
9582350--9582408	30	1.9	30	82	6	73	28	15	0	55	1.40
9583221--9583246	12	2.2	12	100	0	52	7	15	30	46	1.74
9583277--9583507	41	5.7	41	88	4	292	28	24	24	22	1.99
9584543--9584581	19	2.1	19	90	4	62	46	2	2	48	1.29
9586392--9586431	19	2.0	20	90	4	64	17	15	20	47	1.83
9587781--9587809	15	1.9	15	100	0	58	24	6	20	48	1.74
9588459--9588498	21	1.9	21	94	0	71	30	10	12	47	1.74
9594690--9594950	43	6.0	43	80	6	312	29	17	21	32	1.96
9594690--9594929	87	2.8	87	93	1	403	27	17	22	32	1.96
9594950--9595089	43	3.3	43	81	3	167	23	20	24	32	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9597614--9597650	11	3.0	13	76	15	51	59	0	0	40	0.97
9601620--9601710	29	3.2	29	62	20	73	34	8	18	38	1.82
9601595--9601710	57	2.0	57	100	0	232	34	8	18	37	1.82
9606334--9606375	3	14.0	3	80	9	50	28	2	2	66	1.16
9606335--9606382	15	3.6	12	81	15	51	27	2	2	68	1.11
9610475--9610527	20	2.6	21	82	5	65	47	0	0	52	1.00
9610462--9610529	21	3.3	21	78	10	70	47	1	0	51	1.09
9615142--9615237	9	9.8	9	69	24	52	31	1	3	64	1.16
9615142--9615226	31	2.7	31	85	10	104	30	1	2	65	1.12
9615143--9615197	20	2.7	20	78	13	60	29	0	1	69	0.99
9617294--9617437	10	15.0	10	64	28	55	34	3	0	61	1.18
9617294--9617438	33	4.3	32	74	12	105	34	3	0	61	1.18
9617322--9617379	22	2.5	24	81	16	77	32	5	0	62	1.18
9617472--9617518	14	3.4	14	78	16	53	27	4	2	65	1.22
9617508--9617562	15	3.5	15	73	26	51	36	1	0	61	1.06
9617509--9617588	30	2.6	30	81	15	76	37	3	0	58	1.16
9619214--9619306	14	6.2	14	72	18	64	55	1	8	34	1.37
9619517--9619549	8	4.2	8	88	7	50	66	0	0	33	0.92
9619511--9619549	20	2.0	20	89	0	60	66	0	0	33	0.92
9620062--9620086	13	1.9	13	100	0	50	40	16	0	44	1.47
9621189--9621686	88	5.7	85	67	15	257	28	19	19	33	1.96
9621288--9621738	88	5.2	84	67	19	289	26	19	20	34	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9621414--9621686	87	3.1	87	67	22	253	27	19	19	34	1.95
9621236--9621783	175	3.1	175	91	1	866	27	18	19	34	1.96
9630348--9631277	484	1.9	484	95	0	1698	19	29	14	36	1.91
9634487--9634577	14	6.2	14	71	18	62	57	1	8	32	1.37
9634504--9634571	17	4.1	16	72	9	55	58	1	7	32	1.34
9634785--9634817	8	4.2	8	88	7	50	66	0	0	33	0.92
9634779--9634817	20	2.0	20	89	0	60	66	0	0	33	0.92
9635332--9635356	13	1.9	13	100	0	50	40	16	0	44	1.47
9643351--9643403	26	2.0	26	96	0	97	11	30	9	49	1.70
9643748--9643841	16	6.0	16	70	13	61	6	10	20	62	1.49
9643748--9643946	63	3.2	63	91	0	319	8	10	20	61	1.53
9654273--9654569	127	2.3	127	91	1	470	25	18	20	36	1.95
9666249--9666623	45	8.4	44	73	8	233	28	20	23	28	1.99
9666247--9666538	135	2.2	133	90	1	458	27	19	24	27	1.99
9666428--9666630	89	2.3	89	87	1	282	29	20	23	27	1.99
9669269--9669593	127	2.6	126	88	3	447	28	14	19	38	1.90
9672741--9672784	10	4.4	9	83	16	52	75	0	6	18	1.02
9672749--9672789	10	3.9	10	84	9	55	73	2	4	19	1.13
9672743--9672783	21	2.0	21	90	9	66	73	0	7	19	1.07
9673289--9673354	8	7.5	8	73	17	51	65	1	1	31	1.11
9673303--9673360	18	3.2	17	78	11	53	65	1	1	31	1.13
9673289--9673352	18	3.6	18	74	14	60	65	1	1	31	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9673417--9673463	24	1.9	25	83	12	62	53	2	2	42	1.25
9676432--9676468	17	2.2	17	100	0	74	32	27	10	29	1.90
9679351--9679413	33	1.9	33	90	0	99	14	6	26	52	1.65
9681360--9681396	13	2.8	13	87	0	56	21	16	27	35	1.94
9681366--9681438	28	2.5	28	84	10	85	27	13	26	32	1.94
9685146--9685198	15	3.8	13	78	14	52	24	20	28	26	1.99
9685155--9685208	15	3.6	15	84	0	72	27	18	27	25	1.98
9685219--9685267	18	2.8	17	78	3	53	28	8	26	36	1.85
9686803--9686836	15	2.2	16	94	5	61	32	0	0	67	0.91
9691925--9691977	17	2.9	18	83	8	63	22	3	1	71	1.12
9691945--9691983	20	2.0	20	85	5	53	33	0	2	64	1.08
9692354--9692388	18	1.9	18	88	0	52	28	0	0	71	0.86
9699656--9699705	23	2.2	23	82	13	59	50	0	4	46	1.20
9699814--9699931	52	2.3	52	91	4	195	36	5	18	38	1.75
9702562--9702877	137	2.3	138	82	2	393	21	23	14	41	1.89
9702562--9702880	46	7.0	46	85	1	372	21	23	14	41	1.89
9705842--9706082	128	1.9	129	86	2	351	37	12	8	41	1.73
9707344--9707373	8	3.8	8	95	0	51	36	0	0	63	0.95
9707340--9707393	16	3.3	15	80	12	54	42	1	1	53	1.22
9707666--9707725	31	1.9	32	86	3	86	55	5	5	35	1.44
9710934--9711288	83	4.3	83	88	0	512	23	23	30	22	1.99
9711105--9711238	46	3.1	45	63	18	113	25	24	29	20	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9712066--9712099	17	2.0	17	94	0	59	29	26	23	20	1.99
9718316--9718423	26	4.2	26	84	0	153	35	6	21	37	1.79
9725421--9725540	27	4.5	26	73	18	95	42	16	7	33	1.76
9725447--9725611	27	6.2	26	76	10	102	38	16	12	31	1.87
9725420--9725570	53	2.8	53	81	6	137	41	17	8	33	1.80
9725420--9725569	80	1.9	79	85	1	210	41	16	8	33	1.79
9725545--9725614	27	2.6	27	90	0	104	35	18	20	25	1.95
9730646--9730673	5	5.6	5	100	0	56	78	0	21	0	0.75
9752629--9752704	38	2.0	38	100	0	152	28	15	18	36	1.92
9752911--9753068	85	1.9	85	93	0	271	45	10	19	24	1.81
9753349--9753388	10	3.8	10	83	9	53	77	2	10	10	1.08
9753535--9753578	20	2.1	22	83	8	56	72	4	18	4	1.19
9754492--9754581	26	3.2	29	81	12	80	46	7	1	44	1.39
9754525--9754577	26	2.0	26	100	0	106	45	11	0	43	1.40
9754513--9754586	26	2.7	26	80	14	87	43	9	0	47	1.36
9755589--9755653	34	1.9	34	83	0	85	27	23	21	27	1.99
9756054--9756218	54	3.1	54	88	0	222	20	16	20	43	1.88
9756054--9756218	27	6.1	27	86	0	195	20	16	20	43	1.88
9759244--9759276	16	2.0	17	88	5	50	36	0	0	63	0.95
9762555--9762616	24	2.6	23	82	5	70	67	1	3	27	1.15
9762555--9762607	23	2.2	24	86	3	72	67	0	3	28	1.07
9762876--9762936	30	2.0	30	93	0	104	24	37	26	11	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9765259--9765319	24	2.5	24	91	0	95	31	26	6	36	1.82
9767589--9767648	29	2.1	28	87	6	86	31	21	13	33	1.92
9771268--9771309	21	2.0	21	100	0	84	47	14	0	38	1.44
9772216--9772260	23	2.0	23	100	0	90	28	17	8	44	1.79
9780252--9780293	23	1.9	22	90	9	68	26	0	4	69	1.08
9784778--9784880	44	2.3	45	84	3	127	29	22	14	33	1.94
9792154--9792256	44	2.3	45	84	3	127	29	22	15	33	1.95
9794452--9794509	17	3.6	17	86	13	88	27	29	25	17	1.97
9795389--9795425	18	2.1	18	100	0	74	27	0	29	43	1.55
9797437--9797479	20	2.2	20	100	0	86	30	9	32	27	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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