genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.106.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81554553

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32998138--32998234	42	2.3	42	91	3	151	30	15	25	27	1.96
33002962--33003090	50	2.5	51	89	2	197	34	17	22	26	1.96
33003068--33003214	31	4.7	31	87	3	215	26	18	27	27	1.98
33003334--33003447	42	2.7	43	87	4	160	31	14	25	28	1.95
33004973--33005027	22	2.5	22	84	3	65	5	21	0	72	1.04
33017741--33018176	47	9.3	47	91	0	710	27	29	8	34	1.86
33021569--33021599	15	2.1	15	93	0	53	19	0	25	54	1.44
33025814--33025847	16	2.1	16	88	0	50	11	26	17	44	1.83
33027718--33028034	27	11.7	27	83	1	307	39	21	8	30	1.83
33028024--33028452	27	15.9	27	84	1	531	35	17	20	25	1.95
33028881--33028945	22	3.0	22	80	8	78	20	23	23	33	1.97
33029104--33029204	27	3.7	27	81	5	96	21	23	16	37	1.93
33029104--33029205	54	1.9	53	83	2	132	21	23	17	37	1.94
33029350--33029515	31	5.4	31	87	0	215	20	16	13	50	1.78
33029365--33029523	6	25.8	6	68	16	76	20	16	14	48	1.81
33033413--33033443	15	2.1	15	93	0	53	19	3	25	51	1.62
33038086--33038151	28	2.3	28	84	2	78	30	34	10	24	1.89
33042411--33042504	28	3.3	28	85	2	116	28	34	12	24	1.92
33044510--33044587	40	2.0	40	94	0	138	26	25	24	23	2.00
33061001--33061222	46	4.8	46	78	9	209	29	27	19	23	1.98
33065256--33065284	10	2.9	10	100	0	58	41	31	6	20	1.79
33067787--33067987	50	4.0	50	82	3	217	29	26	18	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33067787--33067987	101	2.0	99	85	1	267	29	26	18	25	1.98
33076539--33076658	47	2.6	47	85	9	149	26	30	16	25	1.97
33080740--33080920	27	6.7	27	83	1	211	38	18	17	24	1.92
33080739--33080921	54	3.4	54	86	0	249	38	18	18	25	1.93
33080739--33080920	81	2.2	81	87	6	262	38	18	18	24	1.93
33081657--33081719	32	2.0	32	87	6	92	22	23	20	33	1.97
33083688--33083721	18	1.9	18	94	5	61	44	11	26	17	1.83
33086796--33086839	22	2.0	22	95	0	79	25	9	38	27	1.86
33088378--33088550	27	6.4	27	87	0	238	35	19	20	24	1.96
33089259--33089311	27	2.0	27	84	0	70	22	24	20	32	1.98
33089174--33089323	67	2.2	67	89	4	232	20	28	21	29	1.98
33097486--33097637	28	5.4	28	90	0	214	34	25	12	28	1.92
33104214--33104336	28	4.4	28	92	2	185	33	27	12	26	1.92
33112187--33112338	28	5.4	28	95	0	250	34	26	11	26	1.91
33118666--33118889	40	5.7	40	86	6	296	24	22	27	25	2.00
33118666--33118889	78	2.8	80	84	8	296	24	22	27	25	2.00
33127467--33127618	27	5.6	27	92	3	232	30	28	13	26	1.94
33127467--33127618	55	2.8	55	93	0	250	30	28	13	26	1.94
33129808--33130025	40	5.5	40	84	5	264	26	21	27	25	1.99
33129808--33130031	119	1.9	119	82	8	267	26	20	27	25	1.99
33140981--33141155	46	3.8	45	78	13	153	30	20	27	22	1.98
33152692--33152729	8	4.9	8	90	3	60	2	34	0	63	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33161636--33161712	40	1.9	39	84	2	100	19	20	27	32	1.97
33164032--33164426	40	9.9	40	95	0	700	20	20	29	29	1.98
33166178--33166298	47	2.6	45	79	6	127	31	9	31	27	1.89
33166372--33166456	40	2.2	40	82	2	100	17	21	30	30	1.96
33172188--33172401	46	4.6	45	79	11	193	26	18	30	24	1.98
33177382--33177419	18	2.1	18	90	0	58	21	10	0	68	1.19
33185935--33186157	46	4.8	46	80	9	195	27	16	30	25	1.97
33198074--33198258	79	2.3	82	83	7	229	25	27	23	24	2.00
33198055--33198258	40	5.1	40	81	8	229	25	26	23	25	2.00
33200892--33200931	15	2.7	14	88	7	53	15	10	17	57	1.64
33208371--33208462	27	3.4	27	81	3	96	23	18	19	38	1.93
33212711--33212879	46	3.7	46	77	9	182	22	19	27	30	1.98
33212705--33212874	92	1.8	93	91	1	279	21	20	28	29	1.98
33218164--33218336	46	3.7	46	80	13	219	21	21	28	28	1.98
33218161--33218331	93	1.8	93	96	0	315	21	21	29	28	1.98
33221287--33221339	14	3.7	15	80	14	67	13	16	9	60	1.58
33223723--33223895	45	3.7	47	78	15	191	21	21	28	28	1.98
33227645--33227852	55	3.8	54	78	8	217	34	16	25	23	1.96
33227653--33227852	108	1.8	109	86	6	289	33	17	25	24	1.96
33242761--33242809	20	2.5	20	77	12	55	24	24	14	36	1.93
33243497--33243542	21	2.1	23	84	8	60	26	15	10	47	1.78
33245387--33245426	12	2.9	14	86	13	57	77	0	20	2	0.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33245311--33245426	12	10.3	12	68	19	56	72	1	17	8	1.18
33248395--33248439	20	2.2	20	88	0	63	24	24	15	35	1.94
33257922--33257969	25	1.9	25	86	0	69	33	20	14	31	1.93
33258000--33258054	11	5.5	10	79	12	60	36	10	18	34	1.86
33261165--33261351	48	3.9	48	83	0	221	26	29	16	27	1.97
33261165--33261338	96	1.8	96	88	0	267	24	29	17	28	1.97
33261669--33261727	30	1.9	31	86	3	84	30	23	8	37	1.85
33267340--33267598	68	3.9	64	78	10	220	25	28	15	30	1.96
33280753--33280779	13	2.1	13	100	0	54	14	33	37	14	1.88
33281137--33281174	14	2.9	13	81	11	51	18	13	10	57	1.63
33295826--33296003	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
33295827--33295982	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
33295823--33296003	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
33307794--33308017	40	5.6	40	86	3	283	25	27	22	24	2.00
33317620--33317708	34	2.7	33	77	8	90	32	21	20	25	1.97
33318105--33318266	27	6.0	26	86	2	171	22	17	17	41	1.90
33318106--33318265	54	3.0	52	83	4	194	22	18	18	41	1.90
33318109--33318266	81	2.0	80	83	6	203	22	17	17	42	1.89
33326872--33327044	46	3.7	46	78	13	210	21	21	27	28	1.99
33326869--33327039	93	1.8	93	96	0	315	21	21	28	28	1.99
33333406--33333781	194	1.9	196	86	3	544	31	20	19	28	1.97
33334074--33334270	7	27.7	7	68	16	50	18	1	31	48	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33334074--33334268	14	13.7	14	67	14	87	18	1	31	48	1.56
33334080--33334133	27	2.0	28	85	10	76	22	0	29	48	1.51
33334172--33334268	21	4.7	20	78	7	79	17	1	36	45	1.56
33334206--33334303	35	2.8	36	78	9	96	20	1	37	40	1.59
33334218--33334303	35	2.4	37	80	7	97	20	1	38	39	1.61
33334209--33334310	42	2.4	42	76	15	102	19	0	37	42	1.58
33334339--33334374	9	4.0	9	89	10	56	44	0	0	55	0.99
33334334--33334401	27	2.5	27	83	6	84	47	2	2	47	1.32
33334337--33334374	17	2.2	17	90	4	58	44	0	0	55	0.99
33334482--33334532	7	7.3	7	80	8	50	17	0	45	37	1.49
33334482--33334532	13	3.6	14	73	7	50	17	0	45	37	1.49
33334641--33335028	115	3.4	113	75	9	351	29	19	17	34	1.95
33334941--33335185	74	3.3	73	79	6	253	29	15	20	35	1.93
33337433--33337494	19	3.2	19	73	13	63	40	1	4	53	1.32
33337446--33337511	20	3.3	20	73	12	73	42	1	1	54	1.18
33337431--33337521	39	2.4	39	90	5	141	42	1	4	51	1.29
33337489--33337537	15	3.3	15	71	23	50	42	0	2	55	1.11
33337487--33337553	29	2.3	29	87	7	91	44	1	1	52	1.19
33337728--33337953	9	25.8	9	72	11	105	45	16	1	36	1.58
33337728--33337972	52	4.7	52	82	6	298	45	16	2	35	1.59
33337790--33337939	45	3.2	43	81	10	147	45	16	1	36	1.56
33337832--33337947	45	2.6	45	84	2	155	43	18	1	36	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33343304--33343332	14	2.1	14	93	6	51	34	0	10	55	1.34
33362659--33362774	29	4.0	29	80	8	121	25	29	15	29	1.96
33362985--33363027	16	2.7	16	92	0	68	11	23	16	48	1.78
33368439--33368509	26	2.7	26	82	8	99	9	30	8	50	1.65
33373087--33373139	23	2.3	23	86	0	70	45	15	11	28	1.80
33373200--33373312	38	2.9	39	89	2	174	45	11	9	33	1.73
33373495--33373562	21	3.1	21	76	21	68	64	5	2	26	1.30
33379219--33379267	20	2.5	20	89	0	71	30	24	16	28	1.96
33380876--33380938	30	2.1	30	100	0	126	42	12	3	41	1.59
33393907--33394001	47	2.0	47	87	2	138	29	13	13	43	1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
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