genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.200.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81554553

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65627460--65627526	20	3.3	20	91	0	107	31	20	11	35	1.89
65634526--65634690	46	3.6	45	78	11	151	23	27	21	27	1.99
65635649--65635737	46	1.9	46	97	0	169	25	28	22	23	1.99
65635734--65635783	19	2.6	19	96	0	91	16	34	30	20	1.94
65651461--65651729	56	4.8	56	86	2	344	27	14	24	33	1.94
65654435--65654496	26	2.2	28	77	11	74	27	20	11	40	1.87
65654820--65654870	18	2.8	18	81	0	66	23	13	17	45	1.84
65668312--65668512	108	1.8	109	89	4	316	23	24	17	34	1.96
65668312--65668511	55	3.7	53	78	11	201	23	24	17	34	1.96
65671161--65671256	41	2.3	41	82	7	104	30	13	25	31	1.94
65673020--65673612	43	13.8	42	81	4	594	30	26	15	28	1.96
65673014--65673612	215	2.8	215	94	1	997	30	26	15	28	1.96
65674872--65675014	55	2.6	55	83	4	162	34	21	24	18	1.96
65674897--65675014	28	4.2	28	90	3	175	32	22	25	19	1.98
65674897--65675014	55	2.1	56	88	3	175	32	22	25	19	1.98
65675120--65675211	28	3.3	28	96	0	166	31	7	27	33	1.85
65699343--65699375	11	3.0	11	95	0	57	0	42	0	57	0.98
65700702--65700824	65	1.9	65	94	3	221	25	13	18	42	1.87
65701935--65702322	43	9.0	44	84	5	454	29	27	15	27	1.96
65701936--65702321	129	3.0	129	85	1	515	29	27	15	27	1.96
65707107--65707137	8	3.9	8	100	0	62	38	25	25	9	1.86
65707389--65707453	28	2.3	28	94	0	112	32	29	7	30	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65707559--65707640	28	3.0	27	85	7	112	20	25	21	31	1.98
65707569--65707659	27	3.2	28	82	4	85	23	25	19	31	1.98
65707559--65707673	55	2.1	56	82	8	137	20	23	21	34	1.96
65712414--65712626	46	4.6	45	72	14	141	28	19	29	23	1.98
65714585--65714710	47	2.7	47	86	0	153	21	15	28	34	1.94
65717277--65717332	30	1.9	29	85	7	78	16	17	26	39	1.91
65719703--65719754	18	2.9	18	79	0	59	38	3	28	28	1.75
65725412--65725535	39	3.2	39	88	2	178	20	23	27	28	1.99
65728008--65728098	35	2.6	34	83	11	114	42	16	16	24	1.88
65733628--65733754	46	2.7	47	82	9	154	25	19	31	22	1.98
65733751--65733844	49	1.9	49	86	0	134	25	20	30	23	1.98
65736506--65736622	44	2.8	43	80	6	123	32	25	17	24	1.96
65745418--65745446	13	2.2	13	100	0	58	31	0	13	55	1.39
65745581--65745607	13	2.1	13	100	0	54	29	7	22	40	1.81
65750898--65750936	6	6.5	6	96	0	69	15	2	0	82	0.79
65750903--65750943	18	2.3	18	86	0	55	19	4	0	75	0.98
65772720--65772794	39	1.9	39	97	0	141	21	17	32	29	1.96
65775827--65775882	29	1.9	29	96	0	103	28	14	23	33	1.94
65784494--65784765	48	5.7	48	78	11	256	25	19	30	24	1.98
65784485--65784767	96	3.0	95	80	5	329	25	18	30	24	1.98
65784496--65784765	144	1.9	142	84	3	362	25	19	30	24	1.98
65800622--65800744	46	2.7	46	89	0	183	29	26	21	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65801170--65801228	29	2.0	30	86	3	84	30	25	8	35	1.86
65808374--65808640	40	6.7	40	95	0	480	29	20	28	21	1.98
65817184--65817450	40	6.7	40	95	0	480	29	20	28	21	1.98
65843212--65843238	13	2.1	13	100	0	54	14	33	29	22	1.94
65844200--65844309	13	8.6	13	69	21	72	33	1	0	63	1.11
65844198--65844325	39	3.2	39	72	18	113	31	1	1	65	1.11
65844261--65844305	16	2.8	16	83	13	56	40	0	0	60	0.97
65844332--65844395	20	3.3	19	83	12	78	31	4	1	62	1.25
65844332--65844386	17	2.9	19	86	7	60	30	5	1	61	1.29
65844490--65844550	31	2.0	30	83	3	77	26	3	0	70	1.02
65852084--65852584	44	11.4	44	75	8	369	30	16	24	28	1.97
65852083--65852429	132	2.6	131	90	3	527	31	15	24	27	1.96
65852177--65852520	176	2.0	176	94	0	598	30	16	25	27	1.96
65852190--65852584	176	2.2	176	88	3	546	30	16	24	28	1.96
65852515--65852607	44	2.1	44	91	0	150	30	16	26	26	1.96
65852600--65853103	205	2.5	205	87	2	710	30	19	22	27	1.98
65853003--65853165	87	1.9	87	90	0	263	28	15	25	31	1.96
65854729--65854852	18	6.6	18	68	22	51	29	1	2	66	1.14
65854792--65854834	16	2.6	16	82	14	52	39	0	0	60	0.97
65854722--65854839	21	5.5	21	66	16	64	30	1	2	65	1.16
65854768--65854854	13	6.6	14	69	13	51	29	2	1	66	1.11
65856543--65856598	24	2.3	25	84	6	71	67	7	0	25	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65856563--65856609	17	2.7	18	74	12	53	68	4	0	27	1.08
65858038--65858281	51	4.9	50	89	3	341	25	20	25	28	1.99
65858038--65858281	100	2.4	101	87	4	298	25	20	25	28	1.99
65861399--65861462	31	2.1	31	90	0	101	25	23	15	35	1.94
65861675--65861844	24	7.2	24	85	3	220	27	18	21	31	1.97
65861677--65861844	47	3.6	47	86	2	239	27	18	22	31	1.97
65861895--65861933	20	2.0	20	100	0	78	30	20	12	35	1.90
65861896--65861940	20	2.2	20	92	0	72	31	22	13	33	1.92
65861977--65862024	25	1.9	25	91	0	78	27	12	25	35	1.92
65863027--65863117	44	2.1	44	97	0	173	45	16	9	28	1.79
65872378--65872421	10	4.1	10	80	13	52	72	0	9	18	1.10
65878296--65878338	18	2.5	17	82	14	52	74	4	2	18	1.10
65879569--65879606	20	1.9	20	84	10	51	5	34	10	50	1.59
65881162--65881203	19	2.2	19	91	0	66	23	19	21	35	1.96
65883328--65883426	42	2.3	42	77	5	110	33	21	17	28	1.95
65883303--65883465	43	3.8	42	73	9	125	32	23	17	25	1.97
65892043--65892234	40	4.8	40	88	1	181	28	27	19	24	1.99
65892042--65892233	80	2.4	80	82	3	217	28	27	19	23	1.99
65902985--65903202	40	5.5	40	90	2	307	22	23	28	25	1.99
65911055--65911272	40	5.5	40	88	2	298	22	23	27	25	2.00
65913036--65913075	18	2.2	18	100	0	80	27	32	25	15	1.95
65922287--65922311	11	2.3	11	100	0	50	68	8	0	24	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65922344--65922384	6	6.7	6	83	5	55	75	0	4	19	0.98
65929995--65930529	27	19.8	27	82	5	571	26	22	10	40	1.85
65930534--65930729	27	7.3	27	84	0	248	34	18	20	26	1.96
65930534--65930729	54	3.6	54	86	2	277	34	18	20	26	1.96
65930912--65930994	27	3.1	26	87	5	112	19	21	21	37	1.94
65931082--65931140	22	2.7	22	78	0	55	20	25	23	30	1.98
65931305--65931373	27	2.6	27	83	4	77	20	24	18	36	1.95
65931521--65931682	6	26.8	6	75	15	147	20	16	12	49	1.79
65931519--65931703	12	14.8	12	72	17	92	21	16	12	49	1.79
65931496--65931682	85	2.2	85	96	0	338	21	17	12	48	1.80
65931496--65931703	30	7.1	30	80	11	198	21	17	12	48	1.80
65932571--65932622	23	2.3	23	83	9	63	21	11	3	63	1.43
65935709--65935883	49	3.6	48	77	5	156	28	20	28	22	1.99
65956974--65957272	48	6.3	47	75	14	176	27	19	28	24	1.99
65956974--65957240	48	5.7	46	77	12	217	26	19	29	24	1.98
65956974--65957294	49	6.7	49	76	9	238	27	19	28	25	1.99
65956971--65957240	93	2.9	95	77	9	261	26	19	29	24	1.99
65959484--65959582	42	2.3	42	82	1	117	34	22	17	26	1.95
65959474--65959625	43	3.6	42	80	6	146	33	24	17	25	1.96
65959527--65959625	44	2.3	42	83	10	121	35	24	16	24	1.95
65960641--65960675	18	1.9	18	94	0	61	42	22	14	20	1.88
65966595--65966632	16	2.4	16	95	0	67	31	15	5	47	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65980001--65980034	13	2.6	13	90	9	52	5	11	0	82	0.83
65981480--65981520	22	1.9	21	90	5	64	65	0	2	31	1.05
65982942--65982968	14	1.9	14	100	0	54	22	7	18	51	1.70
65983563--65983677	42	2.7	42	81	5	115	29	24	17	28	1.97
65987908--65987963	29	1.9	29	100	0	112	14	25	10	50	1.75
65995766--65995806	22	1.9	21	90	5	64	65	0	2	31	1.05
65997232--65997258	14	1.9	14	100	0	54	14	7	18	59	1.58
65998241--65998282	22	2.0	22	95	4	77	52	2	4	40	1.35
65998932--65999051	36	3.5	35	82	15	110	37	0	2	60	1.11
65998952--65999003	20	2.3	23	81	15	65	38	0	1	59	1.08

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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