genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.92.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81554553

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28599187--28599323	46	3.0	46	86	0	193	27	32	7	33	1.84
28599297--28599538	47	5.1	47	85	5	324	26	28	12	32	1.92
28599340--28599414	22	3.3	22	66	23	64	22	29	14	33	1.94
28599297--28599538	98	2.5	94	89	4	342	26	28	12	32	1.92
28608897--28609068	93	1.8	93	94	0	308	27	30	21	20	1.98
28608889--28609064	46	3.8	46	81	10	214	28	29	21	21	1.98
28611439--28611521	15	5.7	15	77	9	82	57	18	15	8	1.62
28618088--28618229	40	3.6	40	86	2	189	28	26	21	22	1.99
28620116--28620155	21	1.9	21	90	10	64	20	12	5	62	1.48
28626688--28626829	40	3.6	40	88	2	198	28	26	21	23	1.99
28629791--28630736	474	2.0	474	97	0	1775	34	15	24	25	1.95
28634960--28635179	40	5.5	40	85	4	286	26	26	22	24	2.00
28642710--28642749	19	2.1	19	90	0	62	30	5	12	52	1.60
28645566--28645638	20	3.8	20	72	18	66	41	1	4	53	1.28
28645566--28645636	37	1.9	36	83	11	90	40	1	4	53	1.29
28647188--28647220	16	2.1	16	100	0	66	30	15	24	30	1.95
28649875--28649931	28	2.0	28	100	0	114	28	24	10	36	1.88
28657793--28657834	17	2.5	17	92	0	66	35	21	9	33	1.86
28672666--28672706	17	2.4	17	100	0	82	4	26	46	21	1.72
28684835--28684932	29	3.4	29	84	6	128	25	14	28	31	1.95
28690497--28690549	23	2.4	22	76	20	56	9	18	1	69	1.25
28691829--28691871	19	2.2	20	83	8	52	13	6	6	72	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28692911--28692938	4	7.0	4	100	0	56	75	0	0	25	0.81
28693676--28693753	29	2.7	29	88	2	122	24	15	29	30	1.95
28699508--28700440	47	19.6	47	93	2	1517	29	29	8	32	1.86
28699508--28700440	96	9.8	96	92	3	1546	29	29	8	32	1.86
28704621--28704854	41	5.8	40	91	3	328	21	22	28	27	1.99
28707646--28707735	45	2.0	45	95	0	162	47	18	11	22	1.80
28709618--28709665	23	2.1	23	92	0	78	10	25	25	39	1.87
28715475--28715515	20	2.0	20	90	4	64	34	0	39	26	1.57
28716346--28716395	9	5.0	10	74	16	50	30	14	24	32	1.94
28716347--28716395	20	2.5	20	96	0	89	30	14	24	30	1.94
28716449--28716636	27	7.2	27	85	5	246	30	17	21	30	1.96
28716457--28716636	53	3.5	52	86	7	242	29	17	20	32	1.96
28716449--28716635	80	2.4	78	87	4	254	30	17	20	31	1.96
28721597--28721625	15	2.0	15	93	6	51	0	17	0	82	0.66
28723019--28723065	20	2.3	20	89	7	69	38	10	17	34	1.84
28723115--28723212	25	3.8	26	86	2	128	25	21	24	28	1.99
28723819--28723853	18	1.9	18	88	0	52	34	25	8	31	1.86
28726045--28726140	43	2.2	43	85	3	122	29	15	25	30	1.96
28730520--28730548	14	2.1	14	100	0	58	48	0	27	24	1.51
28733263--28733447	40	4.7	40	80	7	200	23	21	28	26	1.99
28733318--28733480	79	2.1	79	83	6	206	25	20	28	25	1.99
28743662--28743725	31	2.1	31	93	0	110	23	23	15	37	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28744040--28744201	43	3.7	43	87	1	234	25	19	29	25	1.99
28744279--28744359	31	2.5	31	82	4	90	62	18	2	16	1.43
28744605--28744650	21	2.2	21	84	0	56	2	50	19	28	1.60
28750289--28750549	9	28.4	9	76	9	172	37	1	13	48	1.49
28750342--28750558	27	7.8	27	82	7	211	37	1	12	47	1.51
28750664--28750719	15	3.8	15	76	21	64	51	0	1	46	1.11
28755206--28755256	12	4.3	11	79	16	57	39	1	0	58	1.09
28755245--28755276	15	2.1	15	94	0	55	31	9	0	59	1.29
28756285--28756544	41	6.4	41	90	0	369	18	23	25	33	1.96
28756661--28756777	23	5.0	24	86	7	152	29	21	19	29	1.98
28756827--28756893	20	3.3	20	93	0	116	32	20	11	34	1.90
28756827--28756882	11	5.5	11	71	16	57	32	19	12	35	1.89
28756930--28756977	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
28758045--28758077	12	2.8	12	95	0	57	51	0	42	6	1.26
28763541--28763628	39	2.2	41	78	15	103	18	23	28	29	1.98
28774967--28775143	40	4.4	40	91	2	286	22	22	29	24	1.99
28775370--28775413	22	2.0	22	82	8	54	31	11	13	43	1.80
28779215--28779368	43	3.6	42	77	3	137	28	17	22	31	1.97
28780889--28780951	21	3.0	21	100	0	126	28	14	9	47	1.75
28785550--28786110	47	12.0	47	88	2	815	32	12	29	26	1.92
28785549--28786118	141	4.0	141	93	1	959	32	12	29	26	1.92
28785999--28786074	23	3.2	25	62	24	63	28	13	34	23	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28786273--28786387	37	3.1	37	92	0	185	21	20	32	25	1.98
28791392--28791427	19	1.9	19	88	5	56	44	11	0	44	1.39
28799859--28800064	53	3.8	52	73	8	162	36	19	22	21	1.95
28819306--28819332	9	3.0	9	100	0	54	33	0	22	44	1.53
28819687--28819849	43	3.8	43	78	11	156	26	15	23	33	1.95
28819683--28819844	86	1.9	85	81	8	195	27	16	23	33	1.95
28831803--28832444	47	13.6	47	94	1	1068	28	29	8	33	1.87
28831853--28831931	25	3.3	25	66	16	76	31	29	5	34	1.79
28831803--28832444	190	3.4	190	95	0	1135	28	29	8	33	1.87
28836453--28836811	40	9.0	40	95	0	612	26	28	21	23	1.99
28838231--28838870	47	13.6	47	94	0	1100	28	30	8	32	1.87
28838281--28838359	25	3.3	25	66	16	76	31	29	5	34	1.79
28843337--28843543	53	3.8	53	75	6	184	38	17	24	19	1.93
28851686--28851742	29	1.9	30	85	3	80	38	8	21	31	1.84
28852130--28852290	46	3.5	46	84	9	179	26	19	29	24	1.98
28870530--28870644	27	4.3	26	86	5	149	37	22	20	20	1.94
28870530--28870644	53	2.1	54	87	1	160	37	22	20	20	1.94
28875925--28876039	27	4.3	26	87	5	140	35	20	22	20	1.96
28876241--28876316	28	2.8	27	90	4	125	34	23	22	19	1.97
28875961--28876519	277	2.0	277	97	0	1046	32	19	17	30	1.95
28879001--28879092	27	3.4	27	84	0	85	23	21	19	34	1.96
28879954--28880132	85	2.1	85	97	0	340	37	7	27	26	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28881950--28882240	47	6.1	47	87	4	393	31	11	30	26	1.92
28882050--28882124	23	3.2	23	62	23	57	29	10	32	28	1.90
28882214--28882304	46	2.0	46	84	0	119	32	9	31	25	1.89
28881961--28882289	141	2.3	140	83	7	378	31	11	30	25	1.92
28882451--28882593	37	3.9	37	95	0	241	24	18	31	25	1.97
28883848--28884385	40	13.4	40	93	0	887	22	22	29	26	1.99
28884611--28884719	57	1.9	57	86	1	155	24	19	27	28	1.98
28886166--28886342	85	2.1	85	98	0	345	37	8	27	26	1.85
28888164--28888454	47	6.1	47	84	6	359	32	11	29	26	1.91
28888264--28888338	23	3.2	23	62	23	57	29	10	32	28	1.90
28888265--28888342	25	3.2	25	63	23	67	28	10	32	29	1.90
28888428--28888518	46	2.0	46	82	0	110	34	9	30	25	1.88
28888663--28888771	37	2.9	37	91	0	164	23	19	29	27	1.98
28891203--28891263	24	2.7	22	69	18	52	36	14	19	29	1.92
28891249--28891308	23	2.7	23	84	2	68	33	18	20	28	1.96
28891268--28891318	23	2.2	23	86	6	68	33	19	23	23	1.97
28915716--28915904	96	2.0	96	94	0	333	28	12	17	40	1.87
28917055--28917128	38	1.9	38	94	0	130	29	12	16	41	1.84
28919107--28919150	18	2.4	18	84	0	52	59	9	4	27	1.48
28920046--28920121	29	2.6	29	85	0	98	26	28	19	25	1.99
28920011--28920121	58	1.9	57	83	1	141	25	30	17	27	1.97
28924986--28925202	40	5.5	40	94	2	359	22	23	28	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28933417--28933635	40	5.5	40	89	4	311	22	22	28	26	1.99
28934412--28934448	16	2.1	19	85	14	53	59	0	13	27	1.35
28936678--28936739	29	2.1	29	87	0	88	30	29	14	25	1.95
28948305--28948424	48	2.5	48	81	7	138	35	15	20	28	1.93
28950704--28950764	25	2.4	25	97	2	113	29	13	18	39	1.88
28955449--28955999	47	11.6	47	92	4	901	33	8	29	29	1.86
28955449--28955999	96	5.8	94	95	2	901	33	8	29	29	1.86
28955449--28955999	143	3.9	141	93	3	901	33	8	29	29	1.86
28956118--28956217	36	2.8	37	90	3	150	26	18	29	27	1.98
28957480--28957778	125	2.4	124	87	4	428	25	20	26	27	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
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