genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.62.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81554553

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   

This is table  62  of  253  ( 30316 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17528910--17528984	24	3.1	24	86	0	96	18	17	20	44	1.88
17530691--17530952	46	5.6	45	76	17	207	27	19	30	22	1.98
17534357--17534397	21	1.9	22	85	5	57	31	24	4	39	1.76
17536465--17536542	27	2.9	27	96	0	147	34	23	10	32	1.88
17545501--17545723	40	5.6	40	89	4	285	23	24	27	24	2.00
17545500--17545723	79	2.8	80	86	5	278	23	24	27	24	2.00
17545497--17545746	40	6.3	39	81	11	216	24	23	27	24	2.00
17545534--17545756	79	2.8	79	85	6	238	24	24	26	24	2.00
17551670--17551709	11	3.8	10	87	9	53	82	0	0	17	0.67
17551646--17551715	19	3.2	23	76	21	78	74	4	0	21	0.99
17555711--17555964	40	6.3	40	81	4	224	39	18	18	23	1.92
17555711--17555964	81	3.2	80	75	6	253	39	18	18	23	1.92
17555720--17555956	121	2.0	121	82	1	296	39	16	18	25	1.91
17558143--17558228	29	2.8	30	72	15	77	50	4	5	39	1.47
17560233--17560411	43	4.2	43	79	5	184	22	16	28	32	1.96
17562487--17562535	24	2.0	24	96	0	89	36	18	18	26	1.94
17563903--17563982	23	3.4	23	77	3	79	27	23	16	32	1.96
17571862--17572031	93	1.8	93	94	0	304	27	29	21	21	1.99
17571855--17572030	46	3.8	46	82	4	228	27	29	21	21	1.98
17573946--17574028	15	5.7	15	76	9	73	57	15	16	9	1.63
17576934--17577105	93	1.8	93	91	0	281	26	30	20	22	1.99
17576926--17577101	46	3.8	46	79	4	201	27	29	20	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17581958--17582009	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
17583928--17583979	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
17588192--17588299	26	4.2	26	92	0	180	31	7	25	36	1.83
17596667--17596790	23	5.4	23	72	10	92	25	23	16	33	1.96
17599970--17600007	16	2.3	17	86	4	51	50	0	10	39	1.37
17605041--17605117	24	3.2	24	90	0	100	35	2	38	23	1.69
17606550--17606659	27	4.1	26	82	5	121	17	20	22	39	1.93
17607622--17607663	15	2.6	17	78	14	54	57	9	4	28	1.51
17612909--17612985	24	3.2	24	96	0	136	33	3	41	20	1.71
17614419--17614526	27	4.0	26	80	10	119	17	24	20	37	1.93
17614419--17614526	54	2.0	53	87	5	155	17	24	20	37	1.93
17622502--17622535	14	2.4	14	90	0	50	41	8	23	26	1.83
17622961--17623007	22	2.1	22	84	0	58	29	36	17	17	1.92
17624045--17624076	15	2.1	15	94	0	55	15	6	9	68	1.36
17628094--17628248	42	3.7	42	83	1	184	30	23	14	31	1.94
17631427--17631777	47	7.6	47	90	5	554	29	30	7	32	1.85
17631510--17631777	96	2.8	94	96	2	491	29	29	8	32	1.86
17631421--17631777	143	2.6	134	91	4	543	29	29	8	32	1.86
17636126--17636172	21	2.2	21	88	0	67	14	29	25	29	1.95
17636544--17636609	33	2.0	33	100	0	132	21	15	39	24	1.91
17641957--17642058	34	3.2	34	67	25	105	50	9	16	22	1.74
17641945--17642066	60	2.0	60	98	0	235	50	10	15	22	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17651888--17651952	30	2.1	31	91	2	105	40	10	9	40	1.72
17655144--17655203	30	2.0	30	93	0	102	58	15	1	25	1.46
17656047--17656087	14	2.9	15	82	10	50	60	2	2	34	1.23
17658893--17659049	43	3.7	42	82	10	185	30	26	17	24	1.97
17659195--17659219	12	2.1	12	100	0	50	52	8	0	40	1.31
17659687--17659711	13	1.9	13	100	0	50	60	16	0	24	1.36
17663918--17664075	42	3.7	42	83	1	199	32	15	23	28	1.95
17663918--17664098	85	2.1	84	79	7	195	32	14	23	29	1.95
17665208--17665253	20	2.3	20	85	3	58	26	34	30	8	1.86
17672775--17672958	40	4.6	39	80	7	185	24	22	27	25	2.00
17672775--17672956	79	2.3	80	82	6	201	24	23	27	24	2.00
17672828--17672991	79	2.1	78	81	5	188	26	21	27	25	1.99
17680951--17681153	40	5.1	40	81	9	213	25	22	28	24	1.99
17680951--17681132	79	2.3	80	83	8	221	24	22	28	24	2.00
17681003--17681167	79	2.1	79	83	6	201	26	21	27	24	1.99
17683010--17683119	42	2.6	42	83	0	148	33	15	24	26	1.95
17684288--17684333	20	2.3	20	96	0	83	21	41	26	10	1.86
17686775--17686885	55	2.0	55	86	5	154	20	23	35	20	1.96
17688642--17688960	46	6.7	47	75	13	212	26	18	30	24	1.98
17690715--17691447	243	3.0	243	98	0	1394	39	11	15	34	1.83
17693192--17693263	34	2.1	35	81	5	83	44	4	11	40	1.59
17693660--17693753	17	5.5	17	67	25	56	44	0	5	50	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17693954--17693988	13	2.6	14	86	4	54	60	2	2	34	1.26
17693972--17694037	30	2.2	30	94	2	116	40	1	6	51	1.36
17696078--17696722	47	13.6	47	92	1	1029	29	29	8	33	1.86
17696129--17696206	25	3.2	25	64	10	72	32	29	5	33	1.79
17696078--17696722	96	6.8	94	91	2	1029	29	29	8	33	1.86
17696078--17696722	143	4.5	143	95	1	1091	29	29	8	33	1.86
17699864--17699956	41	2.3	41	86	0	132	20	39	23	16	1.91
17700904--17701036	47	2.8	47	80	9	164	24	33	17	25	1.96
17704086--17704124	16	2.4	17	86	4	53	0	30	0	69	0.89
17707956--17708009	27	2.0	27	100	0	108	48	11	11	29	1.73
17707960--17708017	27	2.1	27	93	0	98	48	10	13	27	1.75
17710722--17710993	40	6.8	40	88	2	386	25	28	21	24	1.99
17710702--17710989	120	2.4	120	95	0	506	26	28	21	23	1.99
17732109--17732150	22	1.9	22	100	0	84	52	7	11	28	1.64
17732416--17732511	40	2.4	40	87	1	138	31	23	21	22	1.99
17742833--17742882	18	2.8	18	100	0	100	22	26	40	12	1.88
17743896--17744007	27	4.1	28	80	10	108	37	24	23	15	1.93
17750867--17750931	33	2.0	33	96	0	121	27	1	38	32	1.66
17750861--17750929	16	4.2	16	88	3	111	26	1	37	34	1.65
17750910--17751000	45	2.0	45	85	2	121	27	6	28	37	1.82
17751165--17751199	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
17751148--17752373	121	10.2	120	95	1	2133	47	5	3	43	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17751406--17751440	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
17751148--17752373	361	3.4	361	98	0	2348	47	5	3	43	1.43
17755391--17755466	33	2.3	33	97	0	143	35	5	15	43	1.70
17755509--17755590	37	2.2	37	91	0	128	35	8	15	40	1.78
17759695--17759806	27	4.1	27	76	7	102	39	23	21	16	1.92
17759695--17759806	54	2.1	54	83	3	136	39	23	21	16	1.92
17759909--17759956	25	1.9	25	83	8	62	20	22	25	31	1.98
17761860--17761968	55	2.0	55	92	0	182	43	20	2	33	1.66
17762739--17762795	16	3.9	14	74	17	53	57	0	5	36	1.21
17762725--17762768	23	2.0	21	82	8	52	56	0	6	36	1.26
17766879--17767025	43	3.4	43	84	2	181	26	16	24	32	1.96
17776665--17776733	30	2.3	30	84	0	84	21	31	30	15	1.95
17777158--17777213	19	2.9	19	75	15	62	1	30	0	67	1.01
17777444--17777477	3	11.3	3	93	0	59	35	0	2	61	1.11
17783925--17783968	7	6.1	7	94	5	79	45	40	0	13	1.44
17787171--17787239	21	3.3	20	72	6	66	42	20	23	14	1.89
17787207--17787286	42	1.9	42	87	5	117	46	16	20	17	1.84
17787444--17787596	76	2.0	76	98	0	297	44	13	4	37	1.64
17793835--17793870	18	2.0	18	89	10	56	69	0	0	30	0.89
17794160--17794250	35	2.5	37	91	8	150	36	15	10	37	1.83
17794160--17794250	19	4.9	19	92	8	161	36	15	10	37	1.83
17794600--17794709	44	2.5	44	84	3	139	24	26	15	33	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17794723--17794939	78	2.8	78	93	0	371	23	24	20	30	1.98
17794897--17795470	220	2.6	220	90	0	898	26	22	18	32	1.97
17804333--17804377	22	2.0	22	86	4	63	37	17	6	37	1.76
17804349--17804427	35	2.2	37	86	13	121	35	16	10	37	1.82
17804370--17804425	17	3.5	15	88	9	60	35	16	10	37	1.83
17804356--17804427	19	3.9	19	89	10	123	36	15	11	37	1.83
17805435--17805561	7	17.7	7	70	11	51	42	33	0	22	1.60
17805436--17805619	14	12.9	14	68	13	63	44	31	1	23	1.61
17805435--17805539	22	4.9	22	71	12	65	40	35	0	22	1.61
17805489--17805539	21	2.5	20	84	9	66	37	39	1	21	1.65

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253