genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.63.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81554553

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17805496--17805542	21	2.2	22	92	3	78	36	42	2	19	1.63
17805718--17805871	7	21.7	7	70	5	67	41	36	1	20	1.61
17805718--17805929	21	10.0	21	70	8	115	41	34	2	21	1.68
17805805--17805866	15	4.3	15	79	8	65	41	38	1	17	1.59
17806641--17806809	40	4.2	40	84	4	137	22	19	24	33	1.97
17806676--17806809	40	3.3	40	89	4	182	20	19	24	35	1.96
17811029--17811136	53	2.0	53	100	0	216	38	25	5	29	1.79
17811594--17811626	15	2.1	16	94	5	59	0	21	3	75	0.93
17812604--17812679	40	1.9	40	88	0	116	14	9	35	40	1.78
17820143--17820218	40	1.9	40	88	0	116	14	11	35	38	1.83
17823098--17823978	47	18.6	47	91	1	1179	27	29	9	33	1.89
17825245--17825420	85	2.1	85	96	0	325	26	27	8	38	1.85
17826526--17826598	21	3.4	21	73	1	65	46	16	21	15	1.83
17826490--17826598	42	2.6	42	83	1	128	44	17	23	14	1.86
17829333--17829388	28	2.0	28	96	0	103	21	10	23	44	1.83
17830261--17830325	13	5.0	13	98	0	121	15	30	36	16	1.90
17832802--17832919	35	3.3	35	83	1	128	44	31	11	13	1.79
17840174--17840230	26	2.2	26	83	3	69	26	17	19	36	1.94
17852291--17852384	9	10.6	9	80	6	102	27	10	20	41	1.85
17854735--17854771	18	2.1	18	89	0	56	29	2	0	67	1.04
17856405--17856542	40	3.5	40	80	0	150	31	14	20	34	1.92
17856507--17856738	79	2.9	78	85	3	313	32	15	20	31	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17862060--17862146	26	3.3	26	75	9	88	47	1	2	49	1.21
17876031--17876170	70	2.0	70	95	0	253	45	20	12	22	1.84
17881502--17881543	18	2.4	17	84	15	50	47	2	2	47	1.28
17882259--17882283	4	6.2	4	100	0	50	76	0	0	24	0.80
17886322--17886403	41	2.0	41	85	2	110	34	28	12	25	1.92
17893773--17893925	41	3.7	41	77	7	157	30	23	15	30	1.95
17906879--17906926	24	2.0	25	87	4	71	35	16	22	25	1.95
17909683--17909802	53	2.3	53	86	2	161	26	16	26	30	1.97
17909666--17909833	53	3.1	55	78	16	149	26	14	27	30	1.95
17915843--17915882	14	2.6	15	84	15	55	27	10	5	57	1.52
17926281--17926321	21	2.0	21	85	0	55	19	21	14	43	1.87
17928513--17928560	22	2.2	22	85	7	62	79	2	10	8	1.02
17929726--17929774	25	2.0	25	83	0	62	28	12	4	55	1.55
17933590--17933658	33	2.1	32	97	2	129	44	7	11	36	1.68
17937163--17937227	18	3.6	19	78	17	59	27	1	0	70	0.96
17937165--17937225	15	3.9	14	73	26	52	29	1	0	68	0.99
17943858--17943888	16	1.9	16	93	0	53	19	3	0	77	0.90
17961060--17961122	13	4.9	13	80	1	74	31	6	23	38	1.80
17961278--17961335	21	2.7	22	75	17	59	46	1	3	48	1.29
17964935--17964980	20	2.3	20	88	0	65	26	10	17	45	1.81
17971409--17971502	46	2.0	46	83	4	118	21	13	20	44	1.86
17971437--17971502	23	2.9	23	75	8	71	24	12	19	43	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17975803--17975835	16	1.9	18	88	11	52	18	12	18	51	1.76
17976171--17976214	19	2.3	19	100	0	88	36	4	22	36	1.75
17979189--17979229	22	1.9	22	90	5	66	29	19	2	48	1.61
17981356--17981462	23	4.7	23	96	0	196	40	16	16	26	1.90
17981391--17981453	11	5.5	11	70	7	54	41	15	17	25	1.89
17984376--17984487	46	2.5	44	80	9	118	30	21	26	21	1.98
17988516--17988638	4	30.8	4	83	0	102	0	62	0	37	0.95
17988516--17988637	12	9.8	12	83	10	129	0	63	0	36	0.95
18000013--18000133	24	5.0	24	68	13	68	38	21	20	19	1.93
18030259--18030378	24	5.0	24	65	17	68	38	19	22	20	1.94
18030549--18030628	24	3.3	24	75	5	72	42	18	23	15	1.88
18034376--18034520	49	2.9	50	80	2	175	28	27	17	26	1.97
18036316--18036380	32	2.0	32	100	0	130	44	12	6	36	1.67
18047722--18047879	42	3.7	41	83	5	165	31	27	18	23	1.97
18047722--18047880	43	3.7	42	80	7	169	31	27	18	23	1.97
18057203--18057256	25	2.2	25	100	0	108	22	14	33	29	1.94
18066645--18066678	11	3.0	11	91	4	50	67	0	0	32	0.91
18066644--18066693	12	4.2	13	78	21	56	64	0	0	36	0.94
18066650--18066684	11	3.1	11	91	4	52	68	0	0	31	0.90
18072383--18072491	43	2.6	42	84	5	139	30	17	22	29	1.97
18072582--18072620	20	2.0	20	89	0	60	33	2	30	33	1.72
18073723--18073781	30	2.0	30	93	0	100	20	13	20	45	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18075084--18075117	16	2.1	17	94	5	61	79	11	0	8	0.94
18076404--18076446	19	2.2	19	83	8	50	23	13	27	34	1.93
18078011--18078057	24	2.0	24	95	0	85	40	17	23	19	1.91
18082523--18082549	14	1.9	14	100	0	54	29	11	22	37	1.89
18083020--18083224	40	5.1	40	81	9	231	24	22	27	25	2.00
18091189--18091372	40	4.6	39	79	9	185	24	22	26	26	2.00
18091244--18091405	79	2.1	79	82	6	195	25	20	27	25	1.99
18098124--18098194	25	2.8	25	93	4	117	50	5	18	25	1.68
18101741--18101840	48	2.1	48	94	0	173	22	19	15	44	1.87
18105503--18105591	29	3.1	29	77	3	81	40	22	23	13	1.89
18105572--18105626	18	3.1	18	83	0	65	38	20	25	16	1.92
18120316--18120369	24	2.3	22	75	12	54	31	22	5	40	1.77
18124562--18124624	26	2.4	26	83	0	81	28	14	17	39	1.89
18126657--18126810	81	1.9	82	90	4	249	24	24	25	25	2.00
18126655--18126810	41	3.8	41	89	5	244	24	24	25	25	2.00
18126659--18126840	41	4.5	39	86	4	139	24	25	26	23	2.00
18134161--18134346	41	4.6	41	85	3	225	25	24	25	24	2.00
18137731--18137777	25	1.9	25	86	4	69	29	12	17	40	1.86
18139038--18139086	21	2.3	21	96	0	89	40	4	12	42	1.61
18147954--18148064	38	2.9	38	94	0	195	27	28	16	27	1.97
18149764--18149817	26	2.1	26	100	0	108	31	18	7	42	1.78
18150335--18150376	15	2.8	15	88	0	66	52	14	16	16	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18153620--18153733	38	3.0	38	94	0	192	28	26	14	30	1.95
18156509--18156843	166	2.0	166	100	0	670	36	19	7	37	1.79
18162033--18162092	30	2.0	30	81	12	70	30	1	26	41	1.65
18168030--18168229	40	5.0	40	79	10	182	25	28	21	24	1.99
18168051--18168229	79	2.2	80	83	7	222	25	28	21	24	1.99
18173057--18173240	40	4.6	40	77	10	189	26	28	21	23	1.99
18173057--18173241	79	2.3	80	80	8	198	27	28	21	23	1.99
18178601--18178651	26	2.0	26	92	0	84	11	21	35	31	1.90
18178524--18178745	103	2.2	103	90	3	349	18	18	31	31	1.95
18178664--18178815	71	2.1	72	90	1	234	23	17	28	29	1.97
18185494--18185527	16	2.2	15	89	5	50	55	0	0	44	0.99
18189880--18189928	23	2.1	23	82	14	57	63	4	0	32	1.13
18190231--18190273	20	2.2	20	100	0	86	32	18	13	34	1.90
18195366--18195516	43	3.5	43	79	4	162	33	21	13	32	1.92
18212575--18212714	43	3.3	43	79	4	149	30	26	15	27	1.96
18213350--18213388	20	2.0	20	90	5	62	51	15	10	23	1.73
18218477--18218582	25	4.2	25	83	4	124	26	20	18	33	1.96
18222069--18222116	25	1.9	25	86	0	69	35	22	14	27	1.93
18222248--18222321	26	2.9	25	87	2	103	31	24	20	24	1.98
18222543--18222646	39	3.0	32	75	17	109	36	14	23	25	1.93
18222560--18222668	39	2.8	39	95	1	202	36	14	22	25	1.93
18227966--18228007	15	2.8	15	88	0	57	16	16	14	52	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18234378--18234912	48	11.1	48	96	0	971	36	5	26	30	1.80
18235933--18236292	48	7.5	48	94	1	630	36	5	26	31	1.79
18236438--18236509	37	1.9	37	94	0	126	22	19	30	27	1.98
18237311--18237673	48	7.5	48	94	1	636	36	5	26	31	1.80
18237819--18237890	37	1.9	37	94	0	126	22	19	30	27	1.98
18239397--18239538	41	3.5	40	86	3	185	33	16	28	21	1.95
18242193--18242292	39	2.6	38	87	1	137	50	8	5	37	1.54
18247323--18247379	28	2.0	28	96	0	105	43	19	14	22	1.86
18252876--18252915	18	2.2	19	86	8	57	20	45	25	10	1.81
18256027--18256249	40	5.6	39	80	7	216	25	21	27	25	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
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