genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81554553

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1006511--1006619	18	6.1	18	86	6	150	37	11	14	36	1.82
1006511--1006619	35	3.0	35	93	4	182	37	11	14	36	1.82
1008909--1008951	22	1.9	23	85	4	61	9	2	25	62	1.37
1010204--1010255	25	2.0	26	85	3	70	25	13	23	38	1.91
1011731--1011811	26	3.2	25	92	5	135	37	25	4	32	1.78
1020166--1020208	21	2.1	20	87	12	61	48	20	11	18	1.79
1020219--1020268	24	2.0	25	84	3	66	26	14	20	40	1.90
1021751--1021834	26	3.2	26	96	0	150	36	25	4	33	1.77
1027094--1027201	26	4.2	26	91	0	180	36	25	7	31	1.83
1027799--1027834	16	2.2	16	90	0	54	33	25	2	38	1.70
1050019--1050349	130	2.5	130	79	4	353	28	19	17	34	1.95
1056321--1056362	21	2.0	21	86	9	59	45	0	2	52	1.13
1056519--1056550	10	3.1	10	91	8	55	78	0	18	3	0.89
1058261--1058285	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
1061544--1061676	68	2.0	68	86	3	187	28	15	12	44	1.82
1063168--1063208	20	2.0	20	90	9	66	65	7	0	26	1.18
1064687--1064728	13	2.9	14	80	13	50	54	0	0	45	0.99
1064691--1064727	16	2.3	16	86	13	58	59	0	0	40	0.97
1064760--1064816	15	3.5	15	73	17	60	50	1	0	47	1.11
1066758--1066799	20	2.0	21	95	4	77	64	7	0	28	1.20
1068678--1068810	69	1.9	68	86	4	187	27	18	13	40	1.88
1069155--1069212	29	2.0	29	100	0	116	37	20	13	27	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1069966--1070007	20	2.1	20	86	8	59	66	4	2	26	1.23
1071265--1071402	68	2.0	68	83	5	172	27	15	14	42	1.85
1073353--1073385	11	2.9	12	86	13	52	66	0	0	33	0.92
1074564--1074597	17	2.0	17	94	0	59	44	50	0	5	1.26
1079194--1079227	17	2.0	17	94	0	59	44	50	0	5	1.26
1079682--1079706	13	1.9	13	100	0	50	8	0	28	64	1.22
1082151--1082192	20	2.0	21	95	4	77	64	7	0	28	1.20
1083471--1083607	68	2.0	68	83	5	170	27	15	14	42	1.86
1088008--1088050	16	2.8	16	82	13	54	30	2	0	67	1.03
1089651--1089700	19	2.6	19	83	0	64	26	24	28	22	1.99
1091312--1091373	27	2.3	26	78	8	70	40	0	11	48	1.39
1095137--1095181	23	2.0	23	90	0	72	11	8	0	80	0.92
1095141--1095204	7	8.6	7	74	19	58	14	4	0	81	0.85
1095173--1095204	11	2.8	11	95	4	55	15	0	0	84	0.63
1095138--1095204	23	2.9	22	77	16	64	13	4	0	82	0.82
1095132--1095204	30	2.4	30	84	6	85	12	6	0	80	0.89
1096515--1096560	15	3.1	14	81	9	56	86	0	8	4	0.68
1107037--1107076	20	2.0	20	85	9	55	45	17	10	27	1.80
1122925--1122961	16	2.2	18	85	9	51	75	2	18	2	1.04
1134531--1134574	7	6.0	7	84	10	52	63	0	2	34	1.07
1136491--1136544	11	5.0	11	88	4	83	20	46	5	27	1.73
1137083--1137133	18	2.8	18	90	0	75	29	25	13	31	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1141170--1141223	11	5.0	11	86	4	74	18	46	5	29	1.72
1151509--1151554	23	2.0	22	84	12	58	45	10	6	36	1.65
1153116--1153149	17	2.0	17	88	0	50	41	20	0	38	1.53
1164427--1164495	30	2.3	31	85	7	88	47	20	10	21	1.79
1164529--1164569	21	2.0	21	90	0	64	29	17	26	26	1.97
1164626--1164665	3	13.0	3	89	5	62	70	0	30	0	0.88
1165561--1165713	3	51.3	3	94	1	272	0	30	0	69	0.89
1166224--1166258	18	2.0	18	94	5	63	34	5	0	60	1.21
1166229--1166283	27	2.0	27	86	6	76	32	3	0	63	1.12
1166226--1166317	45	2.0	46	83	10	118	32	6	1	59	1.30
1168473--1168540	35	1.9	35	87	0	100	33	23	17	25	1.96
1172010--1172201	97	2.0	95	82	8	228	50	24	0	24	1.53
1172084--1172206	60	2.1	60	86	7	171	50	22	0	26	1.49
1174770--1174804	16	2.1	16	89	10	52	54	0	0	45	0.99
1178868--1178925	29	2.0	30	89	3	91	29	6	15	48	1.71
1183830--1184240	149	2.7	154	88	3	589	29	10	13	45	1.78
1185905--1186083	99	1.8	99	97	0	340	45	10	27	16	1.80
1186488--1186547	30	2.0	30	83	6	77	38	5	3	53	1.39
1190985--1191012	5	5.6	5	100	0	56	82	0	17	0	0.68
1191521--1191560	20	2.0	20	100	0	80	50	15	20	15	1.79
1196034--1196076	21	2.1	20	87	12	61	32	2	4	60	1.30
1198475--1198785	156	2.0	157	86	4	432	33	9	14	43	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1201373--1201446	37	2.0	37	94	0	130	28	24	18	28	1.98
1252380--1252486	26	4.1	26	93	0	187	32	7	24	35	1.83
1256503--1256657	41	3.8	41	79	1	143	20	22	34	22	1.97
1256705--1256754	21	2.3	22	93	6	93	8	22	32	38	1.83
1265433--1265478	18	2.6	18	85	0	65	56	26	10	6	1.58
1265958--1265987	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
1267737--1267793	19	2.8	20	82	12	73	35	0	10	54	1.35
1267734--1267792	21	3.1	19	83	9	75	35	0	10	54	1.34
1268105--1268218	57	2.0	57	94	0	201	35	14	17	32	1.90
1279572--1279690	27	4.4	27	80	2	132	18	25	17	38	1.92
1279575--1279690	54	2.1	54	87	0	160	18	25	17	38	1.92
1280100--1280177	3	27.0	3	76	12	74	34	1	3	60	1.23
1283284--1283329	23	2.0	23	88	12	69	39	6	10	43	1.66
1286024--1286194	23	7.4	23	82	3	211	29	19	18	32	1.96
1286012--1286194	69	2.6	69	84	4	235	29	20	17	32	1.95
1286826--1286858	17	2.0	17	88	5	50	48	0	0	51	1.00
1288634--1288682	25	2.0	25	87	0	71	30	18	14	36	1.90
1288695--1288762	25	2.7	25	79	0	73	32	29	10	27	1.90
1289221--1289347	47	2.7	47	78	4	139	24	18	18	38	1.93
1295225--1295267	18	2.4	18	92	0	68	46	25	9	18	1.79
1299527--1299573	21	2.2	22	92	3	78	21	38	19	21	1.94
1313765--1313793	11	2.5	12	88	11	51	0	17	0	82	0.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1314473--1314542	31	2.3	31	82	9	81	24	5	15	54	1.63
1325558--1325596	3	13.0	3	100	0	78	33	0	0	66	0.92
1327232--1327259	12	2.3	12	100	0	56	71	0	14	14	1.15
1327690--1327732	15	2.9	15	78	0	50	69	0	0	30	0.88
1333718--1333805	29	2.9	29	72	23	74	36	0	1	62	1.03
1333718--1333790	15	4.8	15	68	15	51	32	0	1	65	1.01
1338572--1338601	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
1347987--1348039	19	2.7	20	74	11	56	69	0	11	18	1.17
1349437--1349478	16	2.6	16	78	21	52	61	0	2	35	1.09
1357370--1357414	16	2.7	17	79	6	65	33	0	0	66	0.92
1357373--1357411	19	2.2	17	86	13	53	28	0	0	71	0.86
1376352--1376393	23	1.9	22	81	18	52	52	2	11	33	1.51
1377524--1377623	49	2.0	51	81	13	118	49	4	4	43	1.40
1380917--1380958	21	2.0	21	86	9	59	45	0	2	52	1.13
1381115--1381146	10	3.1	10	91	8	55	78	0	18	3	0.89
1383238--1383347	46	2.4	46	96	0	202	37	14	24	23	1.92
1383313--1383380	33	2.1	33	94	0	118	42	16	19	22	1.89
1383313--1383388	33	2.4	32	89	6	102	40	17	21	21	1.91
1383267--1383419	79	1.9	79	95	0	279	39	15	22	21	1.91
1383346--1383634	138	2.1	138	96	0	542	41	15	22	20	1.90
1383346--1383634	46	6.3	46	92	0	461	41	15	22	20	1.90
1387006--1387035	14	2.2	14	94	5	53	26	0	0	73	0.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1389945--1389980	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
1390097--1390122	13	2.0	13	100	0	52	69	0	0	30	0.89
1391068--1391129	20	3.2	20	79	4	72	58	1	0	40	1.08
1391068--1391118	18	2.7	19	84	6	68	58	0	0	41	0.98
1395061--1395111	21	2.4	22	80	9	61	41	3	7	47	1.51
1395517--1395590	35	2.1	35	89	0	112	37	21	18	21	1.94
1395845--1395936	44	2.1	44	82	8	107	32	4	6	56	1.45
1408945--1408992	25	2.0	24	83	4	60	62	2	6	29	1.31
1409049--1409113	21	3.2	20	80	10	69	60	0	3	36	1.13
1409039--1409105	36	2.0	34	83	13	86	58	0	4	37	1.19

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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