genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.83.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81554553

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25475750--25476269	47	10.9	47	92	2	806	31	8	30	29	1.87
25475750--25476269	96	5.5	95	91	1	812	31	8	30	29	1.87
25475750--25476267	143	3.6	142	90	4	810	31	8	30	29	1.87
25476387--25476465	37	2.1	37	88	0	113	27	18	27	25	1.98
25483500--25483570	37	1.9	37	91	0	115	29	29	18	22	1.97
25483689--25484285	47	12.6	47	93	2	996	29	29	7	32	1.86
25483689--25484285	96	6.3	95	95	1	1002	29	29	7	32	1.86
25483689--25484285	143	4.2	141	93	2	996	29	29	7	32	1.86
25484510--25484652	40	3.6	40	84	7	175	25	27	21	24	1.99
25489064--25489146	42	2.0	42	92	0	139	36	19	20	24	1.95
25497259--25497298	21	2.0	21	85	9	57	35	2	17	45	1.62
25511890--25512161	40	6.8	40	79	0	301	25	27	21	25	2.00
25511862--25512160	80	3.8	80	92	1	467	26	27	21	25	1.99
25520031--25520328	40	7.5	40	77	5	277	26	27	21	24	1.99
25520031--25520327	159	1.9	157	88	2	452	26	27	21	24	1.99
25520031--25520327	79	3.8	79	91	1	445	26	27	21	24	1.99
25527582--25527721	40	3.4	40	79	5	129	32	25	12	30	1.92
25529602--25529666	33	2.0	33	96	0	121	10	18	3	67	1.33
25541484--25541653	48	3.6	47	71	7	137	25	10	23	40	1.87
25541471--25541783	96	3.3	96	80	0	302	30	13	20	35	1.91
25541541--25541687	48	3.1	48	72	0	132	27	11	21	38	1.88
25552020--25552152	62	2.2	59	81	6	153	52	3	3	40	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25554135--25554187	26	2.0	26	100	0	106	26	0	30	43	1.55
25554137--25554201	26	2.5	26	89	0	85	24	1	33	40	1.65
25555812--25555986	46	3.8	46	77	10	176	31	27	19	21	1.97
25555820--25555991	93	1.8	93	89	0	272	30	27	19	22	1.98
25557365--25557545	40	4.5	40	92	0	290	30	28	18	22	1.97
25565509--25565677	40	4.2	40	93	0	293	28	28	18	23	1.98
25571789--25571842	26	2.1	26	96	0	99	31	20	3	44	1.69
25577383--25577503	65	1.9	63	88	6	181	24	5	16	52	1.65
25590503--25590530	14	2.0	14	100	0	56	14	7	28	50	1.69
25593836--25593947	27	4.1	27	77	14	97	39	23	21	16	1.92
25593840--25593946	54	2.0	54	83	3	135	40	22	20	16	1.91
25595129--25595199	24	3.0	24	95	0	124	25	38	1	35	1.65
25598145--25598182	19	2.1	19	90	9	62	76	0	23	0	0.79
25599133--25599234	51	1.9	52	84	9	136	16	19	23	40	1.91
25599368--25599444	18	4.3	18	75	5	66	42	14	11	31	1.81
25604192--25604412	40	5.6	40	90	2	322	21	26	23	27	1.99
25611435--25611459	8	3.1	8	100	0	50	76	0	0	24	0.80
25611712--25611780	30	2.3	30	85	7	86	28	20	2	47	1.64
25612560--25612709	57	2.6	57	78	7	151	32	21	16	30	1.95
25615621--25615661	20	2.3	19	84	16	52	17	4	4	73	1.19
25619057--25619097	18	2.3	18	91	4	66	41	14	2	41	1.59
25623284--25623841	276	2.0	276	90	2	870	31	20	20	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25625095--25625157	22	2.9	22	73	0	63	55	9	15	19	1.67
25625098--25625172	22	3.4	21	72	7	60	56	13	14	16	1.69
25630688--25630734	22	2.4	19	80	19	60	23	19	12	44	1.85
25630696--25630740	22	2.0	22	100	0	90	22	17	13	46	1.83
25641832--25641893	31	2.0	31	100	0	124	45	16	3	35	1.63
25643074--25643104	11	2.9	11	95	4	55	77	0	0	22	0.77
25644271--25644326	15	3.7	15	82	0	67	55	0	16	28	1.41
25647796--25647837	15	2.8	15	88	0	57	50	0	14	35	1.43
25647958--25648278	3	108.3	3	69	14	184	59	1	7	30	1.35
25648158--25648278	44	2.7	43	80	8	136	59	1	6	32	1.33
25648137--25648284	41	3.5	39	77	17	143	59	1	6	32	1.32
25651335--25651380	18	2.6	17	80	10	56	50	0	13	36	1.41
25651568--25651606	2	19.5	2	84	10	53	46	0	2	51	1.14
25653921--25654167	44	5.6	46	71	10	174	22	21	20	35	1.96
25653964--25654161	45	4.5	45	72	11	165	21	22	20	35	1.96
25653857--25654169	132	2.4	132	91	1	493	22	19	20	36	1.95
25654320--25654432	43	2.6	43	87	0	154	22	19	23	34	1.96
25654325--25654445	43	2.8	42	85	5	152	23	20	23	32	1.98
25662397--25662439	18	2.3	18	88	11	61	34	11	27	25	1.91
25668627--25669145	47	11.1	47	94	0	826	31	9	30	28	1.88
25673969--25674033	25	2.8	22	73	13	58	63	4	3	29	1.30
25678161--25678276	6	19.3	6	100	0	232	50	16	0	33	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25684111--25684204	19	4.8	19	72	19	77	57	5	4	32	1.41
25685269--25685313	18	2.4	19	88	7	74	4	0	31	64	1.13
25686067--25686307	78	3.1	78	82	8	269	34	19	17	29	1.94
25686209--25686396	92	2.1	90	85	6	245	36	19	19	25	1.95
25685967--25686473	248	2.1	241	84	7	652	34	19	17	28	1.95
25686148--25686718	166	3.4	165	90	2	847	31	20	19	28	1.97
25686305--25686473	74	2.2	75	84	4	232	32	21	18	27	1.96
25686388--25686562	92	1.9	89	86	4	244	33	20	19	27	1.96
25686471--25686640	74	2.2	76	85	5	227	32	19	20	28	1.97
25686648--25687043	62	6.1	62	77	9	389	28	22	17	31	1.97
25686645--25687262	130	4.5	133	82	9	624	30	22	17	29	1.96
25686976--25687442	71	6.1	76	79	13	471	34	19	16	29	1.94
25687000--25687440	155	2.9	149	79	14	468	34	18	16	29	1.94
25687580--25687922	77	4.4	77	82	9	400	32	20	15	31	1.94
25687771--25687940	88	2.0	86	86	2	241	38	17	14	29	1.89
25687924--25687968	13	3.4	13	81	6	63	68	4	11	15	1.34
25687948--25688115	73	2.3	74	88	1	248	34	20	17	27	1.95
25688032--25688201	91	1.9	89	87	6	252	35	20	16	27	1.94
25703634--25703677	23	1.9	23	85	0	61	54	0	2	43	1.12
25707860--25707902	22	2.0	21	86	4	59	25	27	2	44	1.66
25708975--25709101	66	1.9	67	90	4	204	45	6	26	21	1.75
25712489--25712712	79	2.8	79	80	11	235	25	21	27	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25712490--25712712	40	5.6	40	85	8	235	25	21	27	25	2.00
25712583--25712745	79	2.1	79	82	6	197	26	20	28	25	1.99
25720367--25720588	40	5.7	37	85	10	225	25	22	27	25	2.00
25720367--25720588	78	2.8	77	81	11	229	25	22	27	25	2.00
25734479--25734630	43	3.5	43	88	3	234	31	29	25	13	1.93
25734623--25734755	38	3.5	38	86	4	180	30	27	19	22	1.98
25743663--25743746	27	3.1	27	74	3	71	23	20	16	39	1.92
25744292--25744316	7	3.6	7	100	0	50	16	0	12	72	1.13
25757112--25757165	15	3.4	15	71	14	54	64	14	11	9	1.48
25757108--25757173	33	2.0	33	100	0	132	63	15	12	9	1.51
25758083--25758208	11	11.3	11	71	17	82	36	2	3	57	1.27
25758083--25758246	13	12.8	13	71	19	85	35	3	3	57	1.29
25758232--25758306	25	3.0	25	74	18	68	32	4	5	58	1.39
25758086--25758290	38	5.7	38	72	20	131	35	3	3	57	1.32
25758186--25758289	13	8.2	13	68	8	70	35	2	2	58	1.28
25758183--25758306	63	1.9	65	82	6	155	33	4	4	57	1.39
25758588--25758632	17	2.4	18	82	17	56	31	6	6	55	1.52
25762107--25762282	46	3.8	46	78	4	201	21	21	28	27	1.99
25762103--25762274	93	1.8	93	92	0	290	21	22	29	26	1.99
25764595--25764679	21	4.0	21	78	4	71	37	25	22	14	1.92
25764607--25764656	21	2.4	21	86	6	75	30	30	28	12	1.92
25765812--25765864	23	2.3	22	81	15	63	33	11	5	49	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25767130--25767164	17	2.1	18	89	10	56	42	8	17	31	1.79
25776165--25776208	22	2.0	22	100	0	88	45	27	13	13	1.81
25776757--25776816	30	2.0	29	87	3	84	55	13	5	26	1.59
25788895--25789047	55	2.8	56	88	4	238	28	15	24	32	1.96
25788895--25789075	56	3.3	55	82	7	215	27	16	25	31	1.96
25792185--25792247	30	2.1	30	84	0	81	31	7	22	38	1.83
25792566--25792836	46	5.8	47	77	11	231	27	18	29	23	1.98
25795343--25795383	14	2.9	14	80	20	50	14	19	0	65	1.26
25814360--25814386	13	2.1	13	100	0	54	14	7	0	77	0.97
25815355--25815450	40	2.5	38	71	6	102	17	12	34	35	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
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          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
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