genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.84.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81554553

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25820278--25820314	16	2.2	17	86	13	51	45	8	0	45	1.32
25822398--25822553	43	3.7	43	76	6	149	26	19	25	28	1.99
25822395--25822553	85	1.9	85	85	5	223	25	20	25	28	1.99
25835568--25835723	27	5.8	27	89	0	222	30	23	7	38	1.83
25835541--25835723	81	2.3	81	85	1	242	32	22	7	37	1.83
25835541--25835753	54	3.9	54	81	4	198	32	22	7	37	1.83
25835727--25835872	27	5.4	27	84	3	168	39	21	9	28	1.85
25835717--25835897	81	2.2	81	82	1	238	39	19	9	30	1.84
25835744--25835978	27	8.7	27	83	3	217	39	20	11	28	1.87
25835904--25836101	54	3.7	54	85	3	238	38	17	18	25	1.92
25835744--25836102	27	13.3	27	79	6	187	38	19	14	27	1.90
25835914--25836084	81	2.1	81	86	4	238	38	19	17	24	1.93
25836305--25836374	25	2.8	25	95	0	122	28	25	21	24	1.99
25836305--25836399	25	3.8	25	86	6	113	29	24	22	24	1.99
25841198--25841261	32	2.0	32	96	0	119	31	7	21	39	1.82
25844737--25844770	11	3.0	11	91	4	50	2	23	0	73	0.97
25846583--25846723	51	2.8	51	92	2	230	29	27	12	30	1.93
25846747--25846865	52	2.3	52	92	0	202	25	22	15	36	1.94
25846747--25846862	24	4.4	27	80	15	145	25	23	15	36	1.94
25849205--25849520	46	6.7	49	77	9	257	25	17	31	25	1.97
25851284--25851364	43	1.9	42	82	7	101	18	28	38	14	1.90
25851482--25851521	21	1.9	21	84	0	53	30	17	10	42	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25855299--25855396	28	3.6	29	73	17	77	66	3	2	28	1.18
25855309--25855469	73	2.2	72	79	11	168	64	4	1	29	1.22
25855442--25855486	19	2.4	19	81	7	56	68	2	2	26	1.12
25855432--25855525	48	2.0	48	82	4	118	64	4	3	27	1.27
25855638--25855681	14	3.2	14	77	3	54	36	0	0	63	0.95
25856046--25856114	19	3.7	19	70	16	56	33	0	4	62	1.15
25856146--25856186	14	2.7	15	81	11	57	34	0	0	65	0.93
25856137--25856213	8	9.6	8	80	8	68	28	0	0	71	0.86
25856188--25856220	10	3.5	10	92	8	52	24	0	0	75	0.80
25859207--25859478	39	7.0	39	95	0	463	23	29	25	21	1.99
25874056--25874115	27	2.3	26	82	2	66	35	20	21	23	1.96
25874127--25874158	14	2.3	14	100	0	64	6	0	43	50	1.27
25885900--25885955	21	2.8	21	75	5	62	62	3	3	30	1.29
25886355--25886388	11	3.1	11	86	0	50	76	2	0	20	0.92
25890096--25890143	18	2.8	17	84	6	69	22	2	4	70	1.15
25892832--25894105	639	2.0	639	91	0	2075	29	22	12	35	1.91
25899175--25899323	66	2.2	65	81	7	165	32	16	28	22	1.96
25902839--25903009	39	4.3	38	89	5	234	23	21	28	26	1.99
25902786--25903009	40	5.7	40	84	6	271	24	20	28	26	1.99
25902786--25903042	79	3.3	79	81	7	229	25	20	27	26	1.99
25908541--25908764	40	5.7	40	84	6	271	24	22	27	25	2.00
25908541--25908764	79	2.8	79	82	9	269	24	22	27	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25908609--25908797	79	2.4	79	81	6	206	25	21	26	25	1.99
25917121--25917184	31	2.1	31	93	0	110	23	23	15	37	1.93
25917405--25917476	25	2.9	25	91	0	117	23	22	26	27	1.99
25917522--25917588	20	3.3	20	95	4	118	34	19	10	35	1.86
25917522--25917577	11	5.5	11	75	16	66	33	19	10	35	1.87
25917522--25917594	9	7.4	10	73	17	64	35	19	9	35	1.84
25918784--25918808	10	2.5	10	100	0	50	76	0	24	0	0.80
25921594--25921666	36	2.0	36	100	0	146	38	10	8	42	1.70
25925643--25925702	27	2.3	26	88	2	84	21	25	20	33	1.97
26000909--26000951	18	2.4	18	81	14	61	46	4	9	39	1.57
26001418--26001541	27	4.6	27	96	1	212	26	12	29	32	1.92
26009722--26009872	28	5.4	28	91	1	214	25	12	28	33	1.92
26015906--26015940	14	2.6	14	90	4	54	37	2	14	45	1.59
26016657--26016859	43	4.7	43	80	3	221	25	18	26	30	1.98
26022658--26022777	44	2.7	44	84	0	159	29	14	11	45	1.80
26025077--26025108	14	2.3	14	94	0	55	68	0	3	28	1.04
26025484--26025520	17	2.2	17	90	9	58	56	21	5	16	1.59
26026831--26026887	27	2.0	29	83	12	75	63	3	1	31	1.22
26032176--26032229	25	2.2	24	87	6	81	40	0	0	59	0.98
26032444--26032485	20	2.1	20	86	0	57	40	0	4	54	1.21
26033186--26033221	19	2.0	18	89	10	56	22	0	2	75	0.94
26037162--26037240	39	2.0	39	82	4	97	51	12	8	26	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26059996--26060047	15	3.2	15	73	19	50	44	0	3	51	1.19
26060121--26060176	22	2.6	22	83	5	62	51	0	0	48	1.00
26060855--26060880	7	3.7	7	100	0	52	57	0	0	42	0.98
26061476--26061554	19	4.0	20	71	15	65	36	2	2	58	1.25
26061485--26061555	20	3.6	19	75	5	61	38	2	1	57	1.22
26061558--26061613	19	3.1	18	72	12	51	25	0	3	71	1.02
26062847--26062874	5	5.6	5	100	0	56	78	0	21	0	0.75
26065334--26065520	41	4.7	41	85	5	242	32	27	16	24	1.96
26067412--26067638	49	4.6	49	83	2	265	29	26	18	25	1.98
26067404--26067644	99	2.4	99	85	7	326	28	27	19	24	1.98
26072078--26072189	55	2.0	55	94	0	197	28	8	16	47	1.74
26074923--26075110	101	1.9	99	86	2	268	26	18	25	29	1.98
26075313--26075342	16	1.9	15	93	6	51	43	0	23	33	1.54
26080059--26080188	49	2.7	49	77	0	125	30	17	26	25	1.97
26081645--26081701	27	2.1	27	100	0	114	19	24	28	28	1.98
26086876--26087075	81	2.5	81	83	6	253	27	27	21	24	1.99
26086877--26087061	41	4.6	41	85	4	234	27	27	21	24	1.99
26090948--26091041	28	3.4	28	87	0	125	36	10	23	29	1.89
26091153--26091266	44	2.6	44	79	10	126	24	19	28	27	1.98
26095047--26095073	12	2.2	12	100	0	54	7	25	40	25	1.82
26096087--26096236	41	3.7	41	85	2	196	30	26	16	26	1.97
26105605--26105737	55	2.4	54	79	6	144	38	18	21	21	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26105594--26105799	53	3.8	54	76	4	200	39	17	22	20	1.92
26108874--26108957	32	2.6	32	78	0	87	33	22	19	25	1.97
26109130--26109154	9	2.8	9	100	0	50	8	36	32	24	1.84
26109417--26109522	54	2.0	54	84	0	140	29	11	21	37	1.88
26109416--26109521	27	3.9	27	81	0	122	28	12	21	37	1.90
26111306--26111331	13	2.0	13	100	0	52	30	61	0	7	1.24
26126730--26127121	40	9.8	41	85	3	505	23	20	28	26	1.99
26126734--26127141	120	3.4	120	95	0	710	23	20	28	26	1.99
26136074--26136126	4	13.2	4	95	0	97	22	0	26	50	1.49
26145904--26145945	21	2.0	20	86	13	59	40	11	2	45	1.54
26153089--26153159	11	6.5	11	79	6	63	12	2	45	39	1.57
26153076--26153159	22	3.8	22	79	3	80	14	3	46	35	1.62
26158535--26158690	27	5.7	27	78	6	145	27	28	16	28	1.97
26158540--26158691	54	2.8	55	80	4	182	26	27	16	28	1.97
26166593--26166748	27	5.7	27	78	6	145	27	28	16	28	1.97
26166598--26166749	54	2.8	55	80	4	182	26	27	16	28	1.97
26169056--26169165	31	3.4	31	72	14	103	48	11	19	20	1.80
26169035--26169109	6	12.3	6	77	13	73	49	13	18	18	1.79
26169044--26169165	37	3.5	36	74	13	128	49	11	18	20	1.78
26169286--26169342	27	2.2	26	83	3	69	35	17	21	26	1.95
26169672--26169780	27	4.0	27	89	0	155	41	9	22	27	1.84
26169672--26169780	54	2.0	54	90	0	173	41	9	22	27	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26171543--26171628	27	3.2	27	66	12	77	36	17	24	22	1.95
26171555--26171640	25	3.3	25	66	12	73	36	17	23	23	1.95
26171543--26171677	54	2.5	54	93	0	234	36	17	23	22	1.95
26171570--26171655	27	3.2	27	65	12	77	38	13	23	24	1.91
26174099--26174418	29	11.3	29	74	9	189	38	21	15	24	1.92
26174099--26174354	58	4.4	58	79	4	212	37	20	15	26	1.92
26174099--26174354	87	3.0	86	77	7	241	37	20	15	26	1.92
26174841--26174870	12	2.5	12	100	0	60	70	6	6	16	1.31
26177571--26177732	64	2.5	64	85	0	225	19	27	22	29	1.98
26178321--26178396	32	2.4	31	80	8	82	69	2	25	2	1.14

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
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