genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.207.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81554553

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68202582--68202637	20	2.8	20	80	0	76	37	21	30	10	1.87
68203668--68203702	3	11.7	3	100	0	70	34	0	0	65	0.93
68209516--68209561	22	2.1	22	88	8	67	26	0	0	73	0.83
68209515--68209557	10	3.9	11	80	20	54	27	0	0	72	0.85
68222564--68222611	25	2.0	24	83	4	60	22	6	2	68	1.23
68222856--68222907	22	2.2	25	80	19	58	32	0	9	57	1.31
68226463--68226513	11	4.7	11	79	16	54	29	25	0	45	1.54
68226463--68226513	21	2.4	21	83	9	59	29	25	0	45	1.54
68228657--68229072	97	4.4	97	79	8	351	24	29	17	28	1.97
68228661--68229072	47	8.7	47	71	14	198	24	29	17	28	1.97
68228709--68228888	50	3.7	50	81	10	226	25	29	17	28	1.97
68228709--68229069	46	7.6	48	72	12	214	24	29	17	28	1.97
68236408--68236633	50	4.7	47	77	9	217	24	30	18	26	1.98
68236407--68236633	97	2.4	97	85	0	303	24	30	18	26	1.98
68238300--68238351	10	5.1	10	85	2	59	69	0	7	23	1.14
68238302--68238351	20	2.5	21	83	6	68	70	0	8	22	1.13
68239016--68239189	93	1.9	93	91	0	285	30	28	15	25	1.96
68240065--68240147	21	4.0	21	80	12	73	72	1	3	22	1.08
68240087--68240147	14	4.5	13	79	18	54	77	0	3	19	0.91
68240090--68240123	14	2.4	14	95	0	59	76	0	0	23	0.79
68240097--68240147	14	3.7	13	82	17	59	80	0	3	15	0.86
68240087--68240160	23	3.4	21	82	14	80	75	0	5	18	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68243633--68243674	10	4.1	10	87	3	57	71	0	7	21	1.09
68243635--68243674	20	2.0	20	95	0	71	72	0	7	20	1.08
68244987--68245022	7	5.0	7	89	3	54	25	5	13	55	1.60
68245521--68245586	30	2.2	30	86	0	87	30	46	16	6	1.71
68246194--68246223	9	3.4	9	90	9	53	36	0	0	63	0.95
68249200--68249629	126	3.4	126	91	0	698	27	16	18	37	1.93
68252650--68252698	24	2.0	24	100	0	98	32	24	4	38	1.74
68255756--68255873	27	4.4	27	90	0	173	33	19	22	25	1.97
68256291--68256344	28	1.9	28	85	7	74	22	27	27	22	1.99
68259900--68259962	27	2.3	27	91	0	99	36	17	20	25	1.94
68260101--68260159	27	2.2	27	84	3	75	18	22	20	38	1.93
68261661--68261911	90	2.7	89	82	4	279	33	13	25	27	1.93
68261742--68261932	90	2.1	90	84	1	249	36	15	21	26	1.94
68267977--68268015	16	2.4	16	91	0	60	69	0	30	0	0.89
68270047--68270273	46	4.9	46	93	0	346	40	14	22	22	1.90
68270059--68270321	92	2.8	90	86	4	294	41	14	22	21	1.89
68272532--68272572	18	2.2	18	86	4	55	48	7	0	43	1.30
68273283--68273326	20	2.3	19	84	4	52	59	2	2	36	1.23
68273450--68273527	4	19.5	4	100	0	156	50	24	0	25	1.50
68274842--68274951	37	2.8	40	79	9	127	26	15	24	33	1.95
68292473--68292513	22	1.9	22	90	5	66	56	4	12	26	1.56
68293216--68293255	9	4.4	9	80	0	53	45	15	10	30	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68294428--68294458	14	2.2	14	94	0	53	61	0	3	35	1.12
68294442--68294510	29	2.4	28	76	7	77	63	1	0	34	1.03
68294449--68294497	18	2.7	17	81	12	62	63	0	0	36	0.95
68295294--68295332	18	2.2	18	85	0	51	46	15	7	30	1.74
68298078--68298295	46	4.7	46	77	6	208	30	27	19	22	1.98
68298077--68298295	92	2.4	94	78	6	250	30	27	19	22	1.98
68304769--68304794	7	3.7	7	100	0	52	69	0	0	30	0.89
68305286--68305324	19	2.0	20	85	5	53	33	2	2	61	1.23
68305727--68305776	12	4.1	12	79	5	55	38	0	0	62	0.96
68308195--68308358	46	3.5	46	80	5	177	29	20	28	21	1.98
68309488--68309554	28	2.5	27	83	7	84	19	19	43	17	1.89
68309506--68309568	28	2.2	28	88	8	92	17	19	44	19	1.87
68315624--68316057	44	9.9	44	88	0	607	26	28	14	30	1.95
68316869--68316901	3	11.0	3	100	0	66	0	33	0	66	0.92
68331260--68331294	17	1.9	19	88	11	56	45	2	17	34	1.63
68331421--68331462	21	2.0	22	86	13	61	54	0	26	19	1.44
68332419--68332469	21	2.5	20	87	6	68	43	13	7	35	1.73
68332746--68332810	32	2.0	32	93	0	112	33	30	0	35	1.58
68338724--68338993	47	5.8	45	79	8	256	22	30	18	28	1.97
68338730--68338992	94	2.8	92	80	11	284	22	30	17	29	1.97
68338724--68338987	140	1.9	141	83	7	349	22	29	18	29	1.97
68343397--68343623	46	4.8	46	77	16	221	21	18	29	31	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68343406--68343514	51	2.1	51	98	0	209	21	13	30	34	1.92
68347723--68347834	59	1.9	58	85	1	152	38	13	29	18	1.89
68351071--68351111	20	2.0	21	90	4	66	34	4	7	53	1.50
68351511--68351536	12	2.2	12	100	0	52	34	7	0	57	1.27
68363358--68363508	43	3.5	42	74	3	131	37	20	19	22	1.95
68363600--68363686	42	2.1	42	93	0	147	31	18	22	27	1.97
68363618--68363687	21	3.3	21	64	7	61	28	12	25	32	1.93
68365334--68365372	20	2.0	20	90	5	62	33	5	7	53	1.51
68365772--68365797	12	2.2	12	100	0	52	34	7	0	57	1.27
68367998--68368193	46	4.2	46	80	11	204	21	30	19	28	1.98
68368023--68368196	94	1.9	92	86	7	253	21	30	21	27	1.98
68371636--68371811	88	2.0	88	97	0	334	48	7	13	29	1.71
68379337--68379381	22	2.0	22	91	0	72	46	11	20	22	1.81
68380141--68380169	10	3.0	10	95	5	51	68	20	0	10	1.18
68381717--68381760	19	2.2	21	80	15	58	54	0	2	43	1.12
68381702--68381761	20	3.1	20	80	9	61	55	3	3	38	1.33
68383250--68383280	14	2.2	14	94	0	53	67	6	3	22	1.28
68383444--68383478	7	5.0	7	100	0	70	14	14	57	14	1.66
68402550--68403028	4	119.8	4	100	0	958	25	0	24	50	1.50
68411347--68411490	39	3.7	39	91	0	234	29	27	22	20	1.99
68414787--68414873	21	4.0	23	79	10	83	37	24	21	16	1.93
68415243--68415300	15	3.8	15	88	2	89	51	12	0	36	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68415623--68415674	5	10.4	5	100	0	104	59	0	0	40	0.97
68415697--68415725	8	3.6	8	100	0	58	62	0	0	37	0.96
68420123--68420197	21	3.5	22	81	9	91	40	26	20	13	1.89
68420580--68420637	15	3.8	15	88	2	89	51	12	0	36	1.39
68420960--68420996	5	7.4	5	100	0	74	59	0	0	40	0.97
68421019--68421047	8	3.6	8	100	0	58	62	0	0	37	0.96
68423821--68423860	20	2.0	20	85	0	53	32	2	0	65	1.06
68430758--68430840	32	2.6	31	73	5	76	42	6	8	43	1.59
68436163--68436336	96	1.8	96	88	2	269	39	14	31	14	1.86
68459333--68459415	42	2.0	42	87	0	121	26	22	22	27	1.99
68468722--68468770	24	2.1	23	84	3	62	63	0	4	32	1.13
68469233--68469267	16	2.1	17	89	5	54	51	14	5	28	1.65
68470975--68471008	16	2.1	16	89	10	52	41	0	0	58	0.98
68470944--68471032	26	3.4	25	71	17	81	48	5	2	43	1.39
68470917--68471055	54	2.6	54	91	0	215	44	3	2	49	1.31
68472397--68472441	20	2.2	20	84	7	56	33	4	0	62	1.15
68476908--68476963	19	3.1	18	72	23	55	39	1	3	55	1.28
68477075--68477126	21	2.5	21	83	0	59	32	34	7	25	1.84
68494535--68494654	51	2.3	52	88	5	174	26	24	11	37	1.90
68497458--68497489	17	1.9	17	93	6	57	34	18	3	43	1.66
68509906--68509943	20	1.9	20	84	10	51	42	10	0	47	1.38
68510308--68510334	6	4.5	6	100	0	54	14	0	0	85	0.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68510438--68510476	18	2.2	18	86	9	53	30	20	0	48	1.50
68510999--68511043	24	2.0	24	87	12	69	57	4	4	33	1.38
68514944--68515140	105	1.9	105	84	4	263	31	17	25	25	1.97
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68530068--68530270	39	5.1	40	81	9	229	24	27	22	25	2.00
68532211--68532255	25	1.9	25	86	13	69	2	26	0	71	0.98
68532344--68532402	27	2.2	27	90	0	100	8	40	30	20	1.82
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Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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