genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.231.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81554553

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75349632--75349670	14	2.8	14	84	0	51	48	0	15	35	1.45
75349463--75349754	153	1.9	153	84	2	390	38	10	19	31	1.86
75359773--75359810	11	3.5	11	82	13	51	28	2	0	68	1.03
75361687--75361960	46	6.0	46	85	2	336	43	13	22	20	1.87
75361687--75361945	138	1.9	138	87	1	385	44	12	23	20	1.85
75362043--75362112	26	2.7	25	76	13	70	35	2	24	37	1.70
75372826--75372856	15	2.1	14	94	5	53	61	0	9	29	1.28
75375752--75375795	14	2.8	17	80	19	60	43	4	4	47	1.44
75379133--75379177	22	2.0	22	83	8	56	42	13	11	33	1.79
75384785--75384882	43	2.3	43	85	0	133	27	17	26	28	1.98
75385726--75385754	13	2.1	14	93	6	51	55	10	0	34	1.34
75390867--75390948	9	9.1	9	77	5	76	32	2	20	43	1.65
75390950--75390974	12	2.1	12	100	0	50	40	0	8	52	1.31
75391401--75391434	3	11.0	3	93	6	59	67	32	0	0	0.91
75391433--75391462	3	10.0	3	100	0	60	66	0	0	33	0.92
75393968--75394000	16	2.1	16	94	0	57	57	15	12	15	1.65
75394365--75394571	83	2.5	84	81	3	213	27	25	15	31	1.96
75394837--75394962	14	9.1	14	73	17	95	44	36	1	17	1.59
75394821--75394973	35	3.9	35	72	21	126	45	34	1	18	1.58
75394829--75394964	42	3.2	42	89	6	213	44	36	1	18	1.59
75394908--75395016	35	3.1	35	85	3	123	45	30	0	22	1.59
75395447--75395500	22	2.5	22	88	8	76	25	0	24	50	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75395475--75395522	14	3.4	14	77	11	53	27	2	25	45	1.64
75399281--75399325	22	2.0	22	83	8	56	42	13	11	33	1.79
75406902--75407002	39	2.6	39	93	0	175	12	25	22	38	1.90
75406902--75407004	18	5.4	18	68	13	62	13	25	23	37	1.91
75408274--75408429	54	2.9	54	81	5	149	29	12	22	35	1.91
75416587--75417308	206	3.5	206	91	0	1115	30	18	22	27	1.97
75418921--75418982	26	2.5	25	76	7	65	43	4	0	51	1.23
75419017--75419070	5	11.4	5	76	7	51	38	1	1	57	1.20
75419102--75419144	22	1.9	23	86	13	63	30	9	2	58	1.42
75419196--75419281	38	2.3	39	76	10	97	32	5	4	56	1.43
75421389--75421526	53	2.6	53	91	0	222	22	17	7	52	1.68
75422418--75422611	89	2.2	89	80	3	212	33	20	20	25	1.97
75422524--75422713	99	1.9	99	83	2	247	32	20	20	27	1.97
75422524--75422747	99	2.3	99	81	3	245	30	19	21	28	1.98
75423942--75423994	26	2.0	27	85	7	74	24	15	22	37	1.92
75425474--75425583	26	4.2	26	92	0	166	35	23	6	34	1.80
75427058--75427111	24	2.3	22	79	17	63	74	7	0	18	1.05
75427069--75427126	13	4.7	12	79	12	55	70	8	3	17	1.26
75427073--75427112	20	2.0	20	90	9	64	75	10	0	15	1.05
75427069--75427115	4	11.5	4	78	13	51	74	8	0	17	1.05
75427069--75427126	16	3.5	16	79	13	55	70	8	3	17	1.26
75427493--75427534	21	2.0	21	85	0	57	69	0	0	30	0.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75435171--75435278	26	4.2	26	95	0	198	35	25	7	32	1.84
75440706--75440746	22	1.9	21	90	5	64	51	19	14	14	1.77
75442298--75442405	26	4.2	26	93	0	189	35	24	7	33	1.83
75445452--75445573	43	2.9	42	81	7	140	29	17	22	30	1.97
75448214--75448246	15	2.1	16	88	5	50	15	3	9	72	1.21
75448277--75448329	26	2.0	26	85	7	72	22	9	1	66	1.31
75448827--75448881	26	2.1	26	86	6	76	36	9	1	52	1.44
75461543--75461670	41	3.1	42	87	2	186	29	19	24	26	1.98
75463058--75463090	15	2.1	16	88	5	50	15	3	9	72	1.21
75463121--75463173	26	2.0	26	85	7	72	22	9	1	66	1.31
75474377--75474426	20	2.5	20	93	0	82	16	16	44	24	1.86
75475692--75475726	17	2.1	17	89	10	54	77	5	2	14	1.07
75475881--75475914	12	2.7	13	81	9	52	47	0	52	0	1.00
75480101--75480148	21	2.3	21	92	0	78	43	10	0	45	1.38
75481610--75481656	24	2.0	24	82	0	58	61	27	4	6	1.39
75481734--75481785	24	2.2	24	85	0	68	53	9	3	32	1.51
75496766--75496790	13	1.9	13	100	0	50	88	0	0	12	0.53
75498897--75498938	21	2.0	21	86	4	59	50	19	0	30	1.48
75498904--75498945	20	2.0	21	86	4	59	50	14	0	35	1.43
75501598--75501752	77	2.0	77	97	0	292	18	27	13	41	1.87
75502959--75502999	18	2.3	17	88	12	64	80	2	17	0	0.82
75503107--75503273	92	1.8	92	82	7	207	23	19	11	45	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75505239--75505286	22	2.2	22	84	0	60	16	14	12	56	1.68
75508665--75508708	23	2.0	23	90	4	72	47	0	0	52	1.00
75522233--75522274	12	3.5	12	78	12	50	59	9	0	30	1.29
75522238--75522302	24	2.6	24	85	7	85	58	7	3	30	1.42
75522238--75522314	24	3.1	25	80	14	79	61	6	2	29	1.35
75523080--75523134	22	2.6	21	88	5	67	56	3	3	36	1.34
75523088--75523134	22	2.1	22	96	0	85	57	4	2	36	1.30
75524014--75524052	19	2.0	20	85	5	53	17	5	58	17	1.56
75530420--75530462	17	2.5	18	85	11	63	30	0	0	69	0.88
75530479--75530519	19	2.1	20	90	4	66	43	0	0	56	0.99
75535684--75535771	40	2.2	38	76	9	88	65	1	2	30	1.12
75537136--75537193	23	2.5	22	75	11	53	53	8	10	27	1.64
75537512--75537567	19	2.8	19	81	7	60	66	5	7	21	1.37
75542925--75542957	17	1.9	17	88	11	50	54	9	0	36	1.32
75543588--75543641	21	2.5	22	76	11	58	38	0	7	53	1.29
75543681--75543741	26	2.3	26	80	5	70	45	1	0	52	1.10
75551237--75551289	26	2.0	27	85	7	74	24	15	22	37	1.92
75552770--75552834	32	2.0	32	100	0	130	38	24	6	30	1.80
75557563--75557593	12	2.6	12	94	0	53	16	51	22	9	1.73
75559183--75559233	26	2.0	27	84	7	70	23	15	23	37	1.93
75560693--75560757	32	2.0	32	100	0	130	38	24	6	30	1.80
75562666--75562782	45	2.6	45	84	1	153	26	19	23	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75563119--75563157	15	2.6	15	95	0	69	20	5	17	56	1.60
75567489--75567862	131	2.8	131	78	3	365	35	19	18	25	1.95
75570367--75570538	93	1.8	93	92	0	290	27	29	22	20	1.98
75570359--75570537	46	3.9	46	80	10	220	28	29	21	20	1.98
75573740--75573860	64	1.9	64	85	0	170	33	17	19	29	1.94
75579230--75579324	48	2.0	48	95	0	172	28	20	15	35	1.93
75585218--75585516	131	2.3	132	81	3	325	36	17	17	29	1.92
75587496--75587528	7	4.9	7	92	7	59	84	0	0	15	0.61
75587496--75587528	13	2.5	13	95	5	57	84	0	0	15	0.61
75587609--75587655	19	2.6	17	78	15	51	10	14	51	23	1.74
75588948--75588994	19	2.4	19	89	7	67	21	4	0	74	0.99
75588953--75588994	6	6.4	7	86	10	54	23	2	0	73	0.94
75588953--75588994	13	3.2	14	83	12	54	23	2	0	73	0.94
75589843--75589896	20	2.8	20	77	2	56	18	7	5	68	1.33
75590923--75591385	255	1.8	256	92	0	784	31	13	17	38	1.88
75593111--75593157	24	2.0	24	86	0	67	38	2	36	23	1.67
75594568--75594679	27	4.2	26	80	12	118	17	22	22	37	1.94
75597107--75597287	30	6.0	30	77	1	141	17	24	33	24	1.96
75602567--75602628	28	2.2	29	85	8	83	29	29	12	29	1.94
75602579--75602635	29	2.0	28	86	10	80	29	26	12	31	1.92
75606369--75606443	28	2.6	29	85	8	100	29	30	13	26	1.94
75606369--75606455	29	3.0	30	80	14	103	27	32	14	25	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75619731--75619826	45	2.1	45	86	0	129	45	15	13	25	1.82
75622474--75622530	28	2.0	28	100	0	114	33	17	10	38	1.84
75624562--75624587	13	2.0	13	100	0	52	46	15	0	38	1.46
75635241--75635282	22	2.0	21	85	4	57	28	2	2	66	1.16
75642857--75642997	35	3.9	35	94	2	237	39	11	13	36	1.81
75643477--75643525	13	3.6	14	76	17	59	34	2	0	63	1.06
75645182--75645360	89	2.0	89	100	0	358	31	22	22	23	1.98
75647510--75647542	15	2.2	15	100	0	66	18	15	18	48	1.81
75648061--75648085	12	2.1	12	100	0	50	40	0	44	16	1.47
75648512--75648582	17	4.1	17	82	7	72	80	2	16	0	0.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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