genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.60.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81554553

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16817425--16817481	30	1.9	30	85	3	80	29	24	7	38	1.82
16820594--16820765	93	1.8	93	91	0	281	29	28	20	21	1.98
16820586--16820761	46	3.8	46	76	12	180	30	27	20	21	1.98
16820637--16820780	46	3.1	46	68	22	113	30	27	19	22	1.98
16831117--16831159	10	4.2	10	82	5	50	0	13	6	79	0.93
16831117--16831159	21	2.1	20	83	12	52	0	13	6	79	0.93
16833778--16833815	20	1.9	20	84	10	51	26	31	10	31	1.90
16843235--16843489	127	2.0	127	100	0	510	32	24	10	31	1.90
16843715--16843774	28	2.2	26	80	11	75	26	25	11	36	1.90
16843729--16843791	28	2.2	28	94	0	108	28	26	11	33	1.91
16846550--16846643	49	1.9	49	95	0	170	41	13	14	29	1.85
16862708--16862795	44	2.0	44	84	0	113	29	29	17	23	1.97
16864708--16864938	40	5.8	40	89	1	313	22	28	24	24	2.00
16868515--16868551	18	2.1	18	89	0	56	10	0	16	72	1.10
16870573--16870723	43	3.5	44	81	4	182	27	14	25	32	1.95
16873446--16873475	11	2.9	10	90	9	51	10	6	13	70	1.34
16873664--16874018	182	2.0	181	91	0	584	20	14	10	55	1.68
16877148--16878122	47	20.6	47	93	2	1639	32	8	29	29	1.86
16877148--16878122	143	6.9	141	94	1	1639	32	8	29	29	1.86
16877643--16877716	22	3.3	22	63	10	60	31	10	29	28	1.91
16878243--16878342	37	2.7	37	92	0	164	24	19	30	27	1.98
16880538--16880581	18	2.4	18	100	0	88	34	11	22	31	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16880538--16880581	9	4.9	9	77	0	52	34	11	22	31	1.90
16885606--16885794	81	2.3	80	91	4	301	41	17	13	26	1.87
16885586--16885792	27	7.7	27	84	5	267	41	16	14	27	1.88
16885784--16886128	27	12.9	26	86	4	415	16	20	22	40	1.91
16885784--16886128	54	6.5	53	86	4	462	16	20	22	40	1.91
16885784--16886128	81	4.3	81	84	5	468	16	20	22	40	1.91
16888354--16888384	16	2.0	15	93	6	53	77	3	0	19	0.90
16897080--16897338	27	9.6	27	82	4	240	41	20	8	30	1.81
16897080--16897284	54	3.8	54	88	1	270	41	20	7	30	1.79
16897080--16897393	81	3.9	80	77	8	219	39	20	8	31	1.82
16897101--16897393	27	10.9	27	78	5	132	39	20	8	31	1.82
16897384--16897595	27	7.9	27	83	2	248	36	17	20	25	1.95
16897377--16897600	81	2.8	80	84	4	306	36	18	19	25	1.94
16897956--16898015	27	2.3	26	82	2	66	23	23	18	35	1.96
16898134--16898206	6	11.8	6	78	16	78	17	20	15	46	1.84
16898137--16898201	25	2.6	25	95	0	112	16	21	16	44	1.86
16898134--16898206	25	2.6	28	79	18	89	17	20	15	46	1.84
16900793--16900846	24	2.3	23	78	6	54	72	1	20	5	1.14
16900810--16900877	29	2.4	29	83	9	86	69	0	25	5	1.11
16906368--16906629	40	6.6	40	86	3	307	26	28	20	24	1.99
16906368--16906629	79	3.3	78	86	2	319	26	28	20	24	1.99
16913885--16914147	40	6.6	40	87	3	316	26	28	20	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16930101--16930322	79	2.8	77	83	8	277	27	27	20	25	1.99
16930101--16930322	40	5.6	39	82	8	247	27	27	20	25	1.99
16943216--16943255	21	1.9	21	89	0	62	35	0	25	40	1.56
16948507--16948532	12	2.2	12	100	0	52	15	0	15	69	1.20
16955616--16955640	12	2.1	12	100	0	50	16	8	16	60	1.58
16956451--16956570	48	2.5	47	84	6	143	34	18	27	20	1.95
16956364--16956730	198	1.9	198	90	0	590	29	19	27	23	1.98
16958098--16958168	16	4.4	16	78	0	79	35	7	28	29	1.83
16958154--16958242	44	2.0	46	86	8	130	32	6	23	37	1.81
16969660--16969725	21	3.1	21	82	6	71	39	4	0	56	1.20
16971392--16971589	53	3.7	54	75	5	179	20	22	19	37	1.94
16976955--16977104	67	2.2	67	81	8	171	32	17	28	21	1.96
16976979--16977162	67	2.8	64	77	8	194	29	17	29	22	1.97
16982258--16982300	21	2.0	21	100	0	86	37	23	9	30	1.86
16987973--16988106	35	3.8	35	70	9	112	29	8	19	41	1.82
16992856--16992936	27	3.0	26	85	5	90	35	22	23	18	1.95
16993385--16993448	27	2.4	28	76	7	69	37	26	18	17	1.93
16993428--16993758	27	12.3	27	85	3	380	25	20	18	35	1.95
16993742--16993921	27	6.7	27	79	11	183	30	10	19	40	1.84
16993742--16993910	54	3.2	54	81	5	202	30	10	20	39	1.86
16993484--16993849	81	4.5	79	81	9	239	28	18	17	36	1.93
16995590--16995708	39	3.0	39	91	1	175	25	29	22	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16999839--17000134	27	11.0	27	86	1	324	25	20	17	36	1.94
17000126--17000310	27	6.9	27	73	10	139	30	7	20	41	1.80
17000126--17000310	53	3.5	51	73	11	142	30	7	20	41	1.80
17000124--17000310	80	2.3	81	81	9	204	30	8	20	41	1.81
17002563--17002801	98	2.4	98	88	0	343	33	28	19	19	1.96
17003151--17003372	27	8.2	27	89	2	293	25	19	18	36	1.94
17003151--17003399	81	3.1	79	80	4	257	26	18	17	37	1.93
17003167--17003453	54	5.3	53	80	7	242	27	16	18	37	1.92
17003356--17003535	27	6.7	27	79	11	167	30	9	20	40	1.84
17003368--17003540	53	3.2	53	83	9	201	31	9	19	39	1.84
17008010--17008218	35	6.0	35	78	2	213	27	9	21	41	1.84
17008010--17008213	105	1.9	104	83	5	259	28	8	20	42	1.82
17020742--17021016	48	5.8	48	88	0	390	24	18	30	26	1.98
17029001--17029324	48	6.8	48	91	0	497	24	17	30	27	1.97
17031163--17031208	22	2.0	23	91	8	76	10	30	28	30	1.91
17034055--17034225	93	1.8	93	89	0	270	28	28	21	21	1.99
17034046--17034221	46	3.8	46	75	10	160	29	28	21	21	1.98
17036662--17036700	12	3.2	12	81	3	51	58	17	15	7	1.59
17036649--17036727	40	2.0	40	85	7	106	56	17	16	8	1.64
17036660--17036732	15	5.2	15	69	21	59	56	16	16	10	1.67
17043526--17043567	22	2.0	21	85	4	57	30	0	19	50	1.48
17043844--17043918	26	2.9	26	80	4	80	21	24	20	34	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17044008--17044056	24	2.1	23	84	3	62	20	22	18	38	1.93
17044004--17044114	25	4.5	25	70	3	91	21	23	19	35	1.96
17051296--17051359	31	2.1	31	93	0	110	23	23	15	37	1.93
17051553--17051647	24	4.0	24	82	6	113	27	24	20	28	1.99
17051574--17051646	23	3.1	23	90	2	101	28	23	19	28	1.98
17051697--17051763	20	3.3	20	93	0	116	32	20	11	34	1.90
17051697--17051752	11	5.5	11	71	16	57	32	19	12	35	1.89
17051800--17051847	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
17059357--17059420	31	2.1	30	85	2	83	26	20	14	39	1.90
17059635--17059752	23	5.1	23	91	3	184	30	20	19	29	1.97
17059802--17059868	20	3.3	20	93	0	116	32	20	11	34	1.90
17059802--17059857	11	5.5	11	71	16	57	32	19	12	35	1.89
17059905--17059952	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
17062355--17062412	26	2.2	26	87	0	80	18	25	20	34	1.96
17062363--17062424	26	2.4	27	78	10	67	20	27	20	30	1.98
17062490--17062608	25	4.8	24	78	5	78	21	25	19	33	1.97
17062511--17062607	25	3.9	25	79	1	88	21	25	18	34	1.96
17068048--17068130	26	3.2	26	83	6	98	40	24	21	13	1.89
17068530--17068569	21	2.0	20	85	14	55	47	12	0	40	1.41
17072115--17072283	84	2.0	84	96	0	311	34	15	5	43	1.70
17075629--17075816	40	4.7	40	86	3	272	24	21	27	26	1.99
17075629--17075839	80	2.7	80	81	8	263	25	21	27	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17077572--17077657	43	2.0	43	82	13	106	27	27	16	27	1.97
17077633--17077787	56	2.8	56	93	0	274	31	24	16	27	1.96
17079700--17079839	37	3.9	37	78	4	133	26	12	12	48	1.76
17079744--17079841	35	2.8	36	85	1	135	27	16	13	42	1.85
17079735--17079841	36	3.0	36	81	4	144	26	14	13	45	1.82
17086300--17086411	27	4.2	26	82	7	125	16	24	21	37	1.94
17086300--17086411	54	2.1	54	84	3	145	16	24	21	37	1.94
17087473--17087506	10	3.3	10	84	8	50	29	8	8	52	1.62
17094145--17094256	27	4.1	27	79	7	120	16	23	23	37	1.93
17094146--17094252	54	2.0	54	85	3	144	16	22	22	38	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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