genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.34.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81554553

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8750603--8750763	44	3.6	44	73	3	153	31	16	20	31	1.95
8752680--8753018	166	2.0	166	92	5	565	36	13	13	35	1.84
8754470--8754613	17	8.4	17	77	8	130	47	10	11	30	1.74
8754470--8754632	35	4.7	35	79	6	170	47	10	12	30	1.74
8754811--8754857	20	2.5	19	77	16	53	44	8	17	29	1.78
8755217--8755310	8	11.0	8	74	17	82	0	19	0	80	0.70
8755213--8755308	37	2.5	38	85	8	124	0	19	0	80	0.72
8755222--8755309	26	3.4	25	81	6	104	0	19	0	80	0.71
8755400--8755440	21	2.0	21	85	4	57	0	14	17	68	1.22
8755423--8755492	15	4.6	15	74	11	54	1	11	21	65	1.32
8755442--8755506	30	2.2	29	83	10	78	1	6	23	69	1.20
8755622--8755657	3	11.3	3	94	5	54	0	30	0	69	0.89
8755726--8755775	10	5.2	10	80	7	59	0	30	0	70	0.88
8755730--8755772	19	2.3	19	88	11	63	0	30	0	69	0.88
8756039--8756140	30	3.4	30	83	2	125	43	2	23	30	1.69
8756411--8756629	54	4.1	55	89	7	333	37	17	16	28	1.91
8756608--8756642	14	2.5	14	90	0	52	60	2	17	20	1.49
8756890--8756923	16	2.1	16	94	0	59	67	5	8	17	1.37
8756731--8756997	91	3.0	90	80	10	311	39	17	17	25	1.91
8756942--8757945	192	5.2	192	96	1	1767	35	20	13	30	1.91
8769606--8769645	21	2.0	20	85	5	53	37	10	12	40	1.77
8769625--8769763	17	8.2	17	75	14	119	48	10	11	29	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8769624--8769788	17	9.5	17	75	13	106	48	10	12	29	1.73
8769656--8769788	16	7.7	18	77	11	75	49	8	12	29	1.70
8769961--8770007	20	2.5	19	77	16	53	44	8	17	29	1.78
8770356--8770450	1	95.0	1	72	0	55	0	15	0	84	0.63
8770359--8770439	8	10.4	8	80	11	80	0	16	0	83	0.64
8770354--8770447	32	2.9	31	77	19	104	0	17	0	82	0.66
8770356--8770450	18	5.5	16	78	13	91	0	15	0	84	0.63
8770563--8770602	15	2.6	15	85	14	55	0	15	17	67	1.23
8770565--8770633	15	4.5	15	75	10	52	1	10	21	66	1.29
8770583--8770647	30	2.2	29	83	10	78	1	6	23	69	1.20
8770740--8770804	9	7.8	8	91	5	69	0	24	0	75	0.81
8770739--8770793	15	4.1	13	90	6	58	0	21	0	78	0.76
8770757--8770804	3	16.3	3	95	4	89	0	31	0	68	0.90
8770870--8770919	10	5.2	10	80	7	59	0	30	0	70	0.88
8770874--8770916	19	2.3	19	88	11	63	0	30	0	69	0.88
8771181--8771272	30	3.1	30	82	3	114	43	3	25	28	1.70
8771402--8771590	68	2.7	67	82	7	202	28	12	20	38	1.89
8771282--8772003	190	3.8	192	92	5	1165	29	12	19	37	1.89
8772041--8772075	17	2.1	17	89	10	54	20	8	5	65	1.40
8772338--8772556	54	4.1	55	89	7	333	28	16	17	37	1.91
8772795--8772827	13	2.4	14	90	5	50	69	3	0	27	1.03
8773179--8773224	16	2.8	16	87	9	58	67	0	32	0	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8773279--8773326	3	16.0	3	78	8	53	64	0	35	0	0.94
8773422--8773451	16	1.9	15	93	6	51	86	13	0	0	0.57
8773995--8774048	16	3.2	16	75	14	56	35	14	9	40	1.78
8773984--8774463	17	27.8	17	70	15	202	33	11	11	43	1.76
8774041--8774236	73	2.7	74	79	9	215	36	12	9	42	1.74
8774390--8774464	32	2.3	33	88	6	109	36	9	12	42	1.74
8774394--8774465	33	2.2	33	85	9	94	38	8	12	40	1.73
8774443--8774494	19	2.6	20	72	9	52	38	7	7	46	1.61
8774482--8774519	16	2.3	17	81	4	51	36	15	10	36	1.82
8775766--8776010	127	1.9	128	79	7	275	28	15	18	37	1.91
8776479--8776510	3	10.7	3	100	0	64	34	0	0	65	0.93
8777709--8777753	3	15.0	3	95	0	81	64	0	2	33	1.06
8777829--8777879	21	2.5	20	78	6	66	68	0	5	25	1.12
8778107--8778178	3	23.7	3	74	2	63	58	5	2	33	1.36
8778107--8778160	24	2.2	24	93	0	90	61	5	1	31	1.30
8778191--8778225	18	1.9	18	88	0	52	71	2	0	25	1.00
8778268--8778322	4	13.8	4	77	11	51	72	0	3	23	1.00
8778268--8778315	18	2.6	19	87	6	64	70	0	4	25	1.04
8778268--8778322	18	2.8	20	78	18	62	72	0	3	23	1.00
8778400--8778434	3	11.7	3	100	0	70	65	0	0	34	0.93
8800621--8800645	12	2.1	12	100	0	50	8	0	0	92	0.40
8800625--8800657	13	2.3	15	90	10	52	9	0	3	87	0.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8804057--8804100	21	2.1	21	91	0	70	31	31	11	25	1.91
8811719--8812338	310	2.0	310	99	0	1222	33	24	8	33	1.85
8819208--8819260	24	2.2	24	82	0	70	32	3	11	52	1.55
8820657--8820698	22	1.9	22	85	0	57	23	4	4	66	1.30
8820749--8820886	70	2.0	70	100	0	276	36	14	13	36	1.85
8822031--8822096	31	2.1	32	88	2	98	54	4	12	28	1.57
8850390--8850472	42	2.0	42	81	9	98	21	25	37	15	1.93
8852794--8852844	23	2.2	23	78	0	57	29	19	9	41	1.84
8867690--8867945	75	3.4	75	91	1	408	28	18	21	30	1.97
8867888--8867999	54	2.0	57	89	5	176	26	14	19	39	1.90
8867957--8868179	73	3.1	73	81	7	220	31	15	18	34	1.92
8868194--8868384	75	2.5	75	92	0	319	28	18	23	29	1.98
8868327--8868434	54	1.9	57	89	9	170	29	14	16	38	1.89
8868396--8868934	87	6.5	87	81	10	610	30	17	20	32	1.95
8868662--8868934	73	3.4	78	81	12	308	29	18	23	28	1.98
8869593--8869662	35	2.0	35	91	0	113	17	51	8	22	1.72
8871972--8872023	25	2.1	25	88	0	77	19	3	26	50	1.65
8874595--8874660	34	1.9	34	93	0	114	36	12	9	42	1.74
8883025--8883075	17	3.0	17	79	0	66	21	7	0	70	1.12
8891635--8891768	25	5.5	24	83	4	126	26	30	16	26	1.97
8891634--8891768	49	2.8	48	80	5	146	25	31	16	26	1.96
8892929--8892956	7	4.0	7	100	0	56	14	14	14	57	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8895173--8895228	20	3.2	17	72	18	53	19	8	0	71	1.12
8901717--8901774	29	2.0	28	86	3	80	39	27	8	24	1.84
8905810--8905928	50	2.3	52	88	2	170	38	13	15	31	1.87
8907013--8907077	32	2.0	32	96	0	121	30	7	24	36	1.84
8908543--8908592	26	1.9	26	84	8	66	38	22	16	24	1.93
8910183--8910213	12	2.6	12	89	0	53	9	25	48	16	1.76
8915013--8915077	32	2.0	32	100	0	130	30	6	24	38	1.80
8916557--8916609	26	2.0	26	82	7	63	37	20	15	26	1.92
8918055--8918108	25	2.2	25	80	12	58	25	5	9	59	1.50
8923375--8923424	24	2.0	24	84	7	64	38	4	2	56	1.30
8923434--8923466	13	2.4	14	90	10	50	27	3	3	66	1.21
8923510--8923556	19	2.5	19	86	3	69	34	8	0	57	1.29
8923569--8923660	13	7.2	13	72	17	61	33	2	2	61	1.20
8923581--8923666	15	5.7	15	72	14	52	33	2	2	61	1.21
8923693--8923737	21	2.1	21	84	8	56	33	8	2	55	1.43
8923783--8923817	14	2.5	14	90	0	52	37	11	2	48	1.54
8923798--8923856	15	3.8	16	75	18	52	32	5	3	59	1.36
8923792--8923824	14	2.3	15	94	5	59	33	6	0	60	1.21
8927852--8927926	37	2.0	37	97	0	141	42	24	20	13	1.87
8935877--8935928	27	1.9	27	84	7	70	38	19	13	28	1.89
8936180--8936258	34	2.3	34	80	8	99	29	20	21	29	1.98
8940772--8940821	18	2.9	18	76	5	50	24	14	18	44	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8947100--8947153	26	2.1	26	96	0	99	48	18	11	22	1.79
8950651--8950691	20	2.0	20	100	0	82	39	4	26	29	1.77
8953870--8953899	13	2.3	13	100	0	60	33	33	26	6	1.83
8956634--8956677	17	2.6	17	96	0	79	52	18	11	18	1.74
8976317--8976390	36	2.1	36	97	0	139	27	17	24	31	1.97
8977968--8978007	18	2.2	18	86	13	55	60	7	17	15	1.57
8979255--8979296	17	2.3	19	88	8	61	57	2	0	40	1.12
8979633--8979675	22	2.0	20	82	8	50	32	0	4	62	1.15
8981612--8981637	12	2.2	12	100	0	52	7	15	30	46	1.74
8981669--8981982	41	7.9	41	82	8	319	34	21	22	21	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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