genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.12.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81554553

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3728055--3728088	17	1.9	18	94	5	61	26	11	5	55	1.58
3728795--3728819	12	2.1	12	100	0	50	36	24	8	32	1.84
3733644--3733689	24	1.9	24	82	8	58	21	4	2	71	1.14
3738797--3738921	40	3.2	40	79	3	137	32	21	23	22	1.98
3738817--3738919	39	2.6	40	79	1	118	32	22	22	23	1.98
3738963--3739075	40	2.8	40	85	6	140	26	22	24	26	2.00
3739272--3739318	20	2.3	20	92	7	78	27	4	4	63	1.31
3739478--3739535	20	2.8	20	78	2	62	27	1	25	44	1.64
3740193--3740221	8	3.6	8	100	0	58	55	0	0	44	0.99
3740217--3740265	7	7.4	7	86	9	68	87	0	0	12	0.54
3740217--3740265	8	6.2	8	88	6	66	87	0	0	12	0.54
3740217--3740265	19	2.5	21	83	12	68	87	0	0	12	0.54
3740216--3740265	18	2.8	18	85	14	68	86	0	0	14	0.58
3740363--3740420	18	3.1	18	79	13	62	70	1	5	22	1.16
3741215--3741253	18	2.2	18	90	0	60	51	5	5	38	1.46
3779017--3779113	48	2.0	48	100	0	194	35	13	14	37	1.85
3779031--3779108	24	3.2	24	68	13	79	34	12	15	37	1.86
3779732--3779763	17	1.9	16	93	6	55	84	0	0	15	0.63
3779736--3779764	14	2.0	15	93	6	51	82	0	0	17	0.66
3781262--3781301	18	2.3	18	86	4	55	17	55	12	15	1.70
3792168--3792313	72	2.0	74	82	6	181	27	17	21	32	1.96
3792386--3792423	14	2.7	14	91	0	67	13	18	7	60	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3792565--3792599	17	2.1	17	88	0	52	17	8	2	71	1.23
3792597--3792741	71	2.0	71	85	2	193	27	16	21	34	1.95
3792726--3792760	17	2.1	17	88	0	52	17	8	2	71	1.23
3792328--3793070	163	4.5	163	89	4	1010	27	15	20	36	1.93
3792764--3792900	71	1.9	71	85	2	186	29	16	21	32	1.95
3792889--3792923	17	2.1	17	94	0	61	20	5	0	74	1.02
3792919--3793336	76	5.6	76	90	3	636	28	17	22	32	1.96
3793285--3793390	54	1.9	56	90	3	171	27	16	20	34	1.95
3793336--3793572	89	2.6	89	82	9	275	28	16	18	36	1.93
3793533--3793738	79	2.6	78	79	2	216	31	18	19	30	1.96
3793749--3793784	14	2.7	13	86	4	54	30	13	5	50	1.65
3793423--3794059	245	2.6	238	81	8	649	29	17	17	35	1.93
3797175--3797632	49	9.6	49	91	3	697	33	7	29	29	1.86
3797175--3797632	145	3.2	145	93	3	761	33	7	29	29	1.86
3797175--3797632	194	2.4	190	93	2	767	33	7	29	29	1.86
3797484--3797557	22	3.3	22	64	17	62	29	10	31	28	1.91
3797751--3797888	37	3.7	37	95	0	240	25	18	30	25	1.98
3801036--3801060	12	2.1	12	100	0	50	52	32	0	16	1.44
3803303--3803341	14	2.8	14	92	7	62	82	0	17	0	0.68
3804902--3805369	73	6.3	75	85	4	556	26	17	22	33	1.96
3804921--3805856	147	5.9	149	74	14	573	28	16	21	33	1.95
3805438--3805471	16	2.1	16	88	0	50	17	8	2	70	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3805287--3805718	88	4.8	90	81	8	465	28	15	19	36	1.93
3805643--3805834	73	2.6	72	89	4	285	30	16	21	31	1.95
3805777--3805962	93	2.0	90	89	3	282	26	16	16	39	1.90
3806152--3806249	44	2.2	44	83	3	126	30	17	23	28	1.97
3807693--3807845	3	48.7	3	69	15	55	32	4	5	58	1.41
3807818--3807901	21	3.9	22	77	21	81	27	9	0	63	1.25
3808044--3808081	16	2.5	15	91	4	58	34	0	0	65	0.93
3808007--3808081	32	2.5	30	77	10	84	30	2	1	65	1.15
3808001--3808081	31	2.7	30	71	19	78	32	2	1	64	1.15
3808404--3808497	26	3.7	26	79	1	91	28	8	6	56	1.54
3808475--3808518	21	2.2	20	83	4	52	34	6	9	50	1.61
3808814--3808845	6	5.3	6	96	0	55	84	3	12	0	0.74
3809054--3809124	26	2.7	26	91	2	106	26	2	21	49	1.63
3809841--3809883	16	2.8	15	86	6	59	30	6	0	62	1.21
3810991--3811144	40	3.9	39	91	2	229	47	4	18	29	1.69
3810966--3811132	78	2.1	76	79	11	185	52	3	16	28	1.60
3815608--3815634	14	1.9	14	100	0	54	51	0	40	7	1.30
3823581--3824356	204	3.8	203	96	2	1372	29	18	22	28	1.98
3824635--3824870	44	5.6	42	75	14	168	31	16	27	24	1.97
3824752--3824851	40	2.4	41	88	9	150	26	17	29	28	1.97
3824653--3824870	41	5.1	41	73	18	146	29	17	27	25	1.97
3825908--3825954	3	16.7	3	87	12	73	36	0	0	63	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3825911--3825954	11	3.7	11	83	16	61	36	0	0	63	0.95
3825908--3825954	14	3.6	14	83	16	73	36	0	0	63	0.94
3825908--3825954	17	2.8	17	96	3	87	36	0	0	63	0.94
3826191--3826222	16	2.0	16	93	0	55	21	21	6	50	1.71
3826222--3826324	3	34.7	3	71	16	54	34	6	0	57	1.32
3826151--3826366	12	17.5	12	66	17	70	32	10	2	53	1.50
3826399--3826454	20	2.8	20	78	5	51	21	7	5	66	1.37
3826709--3826740	17	1.9	16	93	6	55	18	6	9	65	1.42
3827705--3827729	12	2.1	12	100	0	50	40	36	8	16	1.77
3827763--3827852	38	2.4	38	96	0	162	17	50	12	20	1.78
3828094--3828118	9	2.8	9	100	0	50	8	0	0	92	0.40
3828902--3828943	22	1.9	22	90	0	66	23	7	4	64	1.38
3831072--3831099	12	2.3	12	100	0	56	57	0	0	42	0.99
3836952--3836998	22	2.1	22	88	7	69	57	6	4	31	1.43
3841479--3841554	38	2.0	38	100	0	152	18	23	26	31	1.97
3842074--3842360	157	1.8	155	90	2	387	45	10	19	25	1.81
3849479--3849518	19	2.0	20	85	4	55	70	0	2	27	1.01
3849948--3849989	20	2.1	20	86	8	59	40	2	0	57	1.12
3852928--3852990	32	2.1	30	82	11	76	60	3	15	20	1.49
3862489--3862525	19	1.9	19	100	0	74	54	10	13	21	1.69
3864679--3864726	16	3.1	15	90	6	69	64	2	2	31	1.16
3864675--3864730	24	2.3	24	81	6	69	66	1	1	30	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3864675--3864726	8	6.5	8	82	8	61	65	1	1	30	1.14
3864874--3865085	25	8.7	25	73	13	147	54	4	6	34	1.46
3864930--3865000	27	2.7	26	80	4	81	59	4	5	30	1.40
3865581--3865753	30	5.8	30	93	2	296	21	3	49	25	1.65
3865581--3865753	59	2.9	60	95	2	314	21	3	49	25	1.65
3866504--3866552	14	3.6	14	83	2	55	65	4	10	20	1.39
3866569--3866821	76	3.4	75	86	3	339	32	23	16	27	1.96
3866543--3866832	76	3.8	75	83	5	336	33	22	16	27	1.95
3866905--3866944	14	2.8	14	84	3	53	67	5	12	15	1.38
3867072--3867103	14	2.3	14	94	0	55	65	9	12	12	1.47
3866912--3867231	160	2.0	160	89	0	487	35	21	16	25	1.95
3866998--3867158	87	1.9	85	85	5	225	35	21	16	26	1.95
3875528--3875563	12	3.0	12	95	0	63	41	5	25	27	1.77
3877087--3877138	8	6.5	8	82	8	61	63	1	1	32	1.16
3877086--3877142	24	2.4	24	82	8	80	63	1	3	31	1.22
3877285--3877406	25	5.0	25	74	11	117	54	4	6	33	1.48
3877369--3877424	22	2.5	22	77	14	60	57	1	3	37	1.27
3877278--3877447	73	2.4	71	79	6	189	54	4	7	34	1.49
3877294--3877447	25	6.3	25	71	14	99	54	4	7	33	1.48
3877285--3877499	23	9.0	24	70	14	117	55	4	6	34	1.44
3877990--3878074	30	2.8	30	96	0	152	20	3	50	25	1.64
3880069--3880125	22	2.6	22	100	0	114	22	29	33	14	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3892142--3892208	6	11.3	6	96	3	127	16	0	0	83	0.64
3900399--3900447	15	3.2	15	82	2	53	63	0	0	36	0.95
3900787--3900831	19	2.3	20	81	14	58	20	6	6	66	1.38
3905097--3905139	21	2.0	21	86	9	59	62	2	0	34	1.08
3906300--3906331	3	10.7	3	100	0	64	65	0	0	34	0.93
3907705--3907747	20	2.2	20	86	0	59	2	20	18	58	1.50
3920288--3920947	350	1.9	341	85	5	907	27	14	15	41	1.87
3922788--3922876	42	2.1	42	93	0	151	51	12	5	30	1.62
3922803--3922898	42	2.3	42	83	5	113	54	9	4	32	1.52
3922904--3922940	19	2.0	18	94	5	65	43	16	2	37	1.62

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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