genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.222.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81554553

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72732129--72732245	31	4.1	31	70	18	108	30	11	15	42	1.82
72732122--72732223	53	1.9	53	97	0	195	29	10	20	39	1.86
72733049--72733119	32	2.2	32	85	2	90	54	1	5	38	1.33
72733610--72733663	14	3.8	14	78	9	56	37	11	16	35	1.84
72733617--72733676	14	4.2	14	80	4	66	38	10	15	36	1.80
72733900--72733944	24	1.9	23	82	13	56	53	4	2	40	1.33
72734136--72734204	22	3.1	22	97	0	129	46	18	4	30	1.69
72734078--72734246	46	3.7	45	78	12	166	43	20	5	30	1.76
72735197--72735257	32	1.9	32	93	0	104	49	18	4	27	1.68
72735197--72735270	32	2.5	30	85	10	91	50	18	4	27	1.65
72737323--72737381	22	2.8	20	76	16	57	47	1	5	45	1.34
72740026--72740062	19	1.9	19	100	0	74	54	5	18	21	1.64
72742513--72742574	23	2.7	24	72	7	65	50	8	20	20	1.74
72743244--72743273	14	2.1	14	93	0	51	40	0	16	43	1.48
72747274--72747431	43	3.7	43	78	11	171	29	15	23	31	1.95
72759467--72759491	5	5.0	5	100	0	50	40	0	0	60	0.97
72778012--72778220	43	4.9	43	86	4	253	28	14	23	33	1.94
72784083--72784349	86	3.1	85	86	4	360	26	29	18	25	1.98
72784083--72784349	43	6.2	43	86	2	322	26	29	18	25	1.98
72784385--72784427	22	1.9	23	85	4	61	37	0	4	58	1.19
72787639--72787684	9	5.3	9	94	2	69	19	0	0	80	0.71
72787801--72787863	7	8.9	7	85	3	81	20	0	0	79	0.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72787801--72787848	15	3.3	15	91	2	71	16	0	0	83	0.65
72787828--72787888	7	7.4	8	74	17	54	31	0	3	65	1.09
72788328--72788376	24	2.0	24	96	0	89	40	4	0	55	1.19
72788986--72789150	40	4.1	40	84	1	204	21	19	20	38	1.93
72788986--72789150	81	2.0	80	84	3	215	21	19	20	38	1.93
72789792--72789839	23	2.1	23	100	0	96	31	35	20	12	1.90
72790524--72790556	17	2.1	16	88	11	50	30	0	0	69	0.88
72790632--72790680	26	2.0	26	88	8	75	30	0	6	63	1.19
72790810--72790846	10	3.6	10	96	3	65	10	59	29	0	1.31
72794202--72794248	4	11.8	4	95	0	85	25	21	0	53	1.46
72794423--72794478	29	2.0	29	83	13	73	50	3	17	28	1.63
72796423--72796501	41	1.9	41	84	0	104	24	27	16	31	1.96
72800109--72800237	48	2.7	47	78	6	132	24	30	20	24	1.99
72824209--72824269	28	2.2	28	93	0	104	34	26	8	31	1.86
72824376--72824468	28	3.3	27	82	7	107	20	23	21	34	1.97
72824416--72824493	27	2.8	29	84	7	92	19	25	19	35	1.95
72832231--72832372	41	3.5	41	86	4	182	21	28	16	33	1.95
72835309--72835375	20	3.3	20	89	0	107	32	13	20	32	1.92
72835424--72835507	24	3.4	24	85	4	123	32	20	21	26	1.98
72835424--72835521	24	4.0	24	82	6	108	30	20	21	27	1.98
72835715--72835777	31	2.0	31	87	0	90	36	14	22	26	1.92
72842404--72842716	85	3.8	84	77	11	290	28	19	16	35	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72849365--72849391	13	2.1	13	100	0	54	14	37	33	14	1.88
72851245--72851804	48	11.8	48	79	5	550	26	28	17	28	1.98
72851245--72851775	138	3.7	143	82	4	567	26	27	17	28	1.98
72856680--72856737	28	2.1	28	90	0	89	29	20	13	36	1.91
72861181--72861210	16	1.9	16	93	6	53	43	13	0	43	1.43
72864242--72864277	18	2.0	18	94	0	63	22	19	19	38	1.93
72880241--72880348	26	4.2	26	93	0	189	32	7	24	36	1.83
72887192--72887299	26	4.2	26	93	0	189	32	7	24	36	1.83
72890530--72890705	46	3.8	46	79	14	209	20	20	29	29	1.98
72890527--72890698	93	1.8	93	95	2	310	20	20	29	28	1.98
72899836--72899892	22	2.7	21	81	5	60	42	19	5	33	1.74
72913555--72913695	27	5.2	27	82	11	182	34	23	24	17	1.96
72913555--72913695	54	2.6	54	92	2	239	34	23	24	17	1.96
72915323--72915430	26	4.2	26	90	4	173	36	23	7	33	1.83
72922802--72922857	24	2.3	25	78	3	69	21	10	14	53	1.70
72927842--72927883	22	2.0	22	85	4	59	59	2	7	30	1.37
72929795--72929945	49	3.1	49	78	4	144	18	11	33	35	1.88
72938505--72938546	22	2.0	22	90	4	68	9	38	28	23	1.86
72941467--72941540	36	2.1	36	82	10	89	35	2	16	45	1.61
72941715--72941813	42	2.3	42	81	5	110	28	17	23	31	1.97
72944089--72944186	19	5.2	19	92	7	164	37	10	16	35	1.82
72944079--72944186	36	2.9	35	78	20	112	37	10	15	36	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72944691--72944739	26	2.0	25	88	8	73	20	10	8	61	1.53
72949821--72949889	1	69.0	1	76	0	66	88	0	11	0	0.52
72949821--72949889	13	5.2	13	89	3	111	88	0	11	0	0.52
72949821--72949889	19	3.9	18	83	9	97	88	0	11	0	0.52
72950835--72951398	41	13.5	43	63	23	199	30	20	21	26	1.98
72950836--72951445	84	7.3	84	89	5	914	30	21	22	26	1.99
72952209--72952251	19	2.2	20	87	8	61	37	6	18	37	1.78
72970353--72970384	15	2.1	15	94	0	55	15	6	9	68	1.36
72971952--72972034	42	2.0	42	85	4	114	46	1	2	49	1.22
72971970--72972056	11	8.3	11	65	19	51	47	2	2	48	1.27
72971970--72972066	39	2.7	36	75	13	101	46	2	2	49	1.25
72972302--72972385	39	2.2	39	97	0	159	38	13	11	36	1.81
72973413--72973483	29	2.5	29	79	6	74	42	21	15	21	1.89
72975062--72975246	79	2.3	82	82	7	220	24	27	23	24	2.00
72975043--72975246	40	5.1	40	80	8	220	24	27	23	25	2.00
72993857--72993913	30	1.9	29	85	3	78	21	28	28	22	1.99
72996172--72996347	46	3.8	46	75	8	144	26	20	29	23	1.99
73001550--73001720	47	3.7	47	75	12	160	28	21	28	21	1.98
73001554--73001722	92	1.8	91	84	12	229	28	21	28	21	1.98
73010107--73010145	6	6.5	6	100	0	78	15	0	0	84	0.62
73010112--73010152	18	2.3	18	91	0	64	19	2	0	78	0.87
73020332--73020418	40	2.1	41	89	2	131	22	1	8	67	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73022353--73022388	18	2.0	18	100	0	72	44	16	11	27	1.82
73028469--73028543	34	2.2	34	87	0	105	30	32	21	16	1.95
73033231--73033419	47	4.0	47	90	0	290	29	12	14	44	1.81
73034237--73034399	45	3.7	44	85	5	197	26	21	26	25	1.99
73040864--73041052	47	4.0	47	95	0	326	28	12	14	44	1.81
73041862--73042006	45	3.3	44	84	5	186	25	22	27	24	2.00
73043796--73043955	63	2.5	63	85	0	212	22	25	15	36	1.93
73046012--73046072	30	2.0	30	93	0	104	39	6	24	29	1.80
73050827--73050852	3	8.7	3	100	0	52	65	0	0	34	0.93
73059700--73059749	10	5.0	10	80	9	57	26	8	2	64	1.32
73059706--73059749	20	2.2	20	92	8	72	22	9	2	65	1.32
73061731--73061858	57	2.3	56	87	1	184	39	4	19	35	1.73
73063766--73064036	46	5.7	48	75	11	202	23	29	18	28	1.98
73065548--73065604	22	2.7	21	72	5	51	29	31	15	22	1.95
73068339--73068382	11	3.8	11	80	11	52	31	0	4	63	1.14
73070061--73070191	64	2.0	65	88	1	192	21	20	22	35	1.96
73070227--73070275	24	2.0	25	84	4	64	22	20	20	36	1.95
73070323--73070387	25	2.7	25	71	4	62	21	21	16	40	1.92
73071343--73071367	12	2.1	12	100	0	50	32	32	8	28	1.86
73079846--73079909	31	2.1	31	93	0	110	23	23	15	37	1.93
73080103--73080223	24	5.0	24	88	7	165	28	21	19	29	1.98
73080280--73080332	9	5.4	9	75	16	52	37	20	7	33	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73080272--73080338	20	3.3	20	89	0	107	34	20	10	34	1.87
73080284--73080327	15	2.9	15	81	18	56	34	20	9	36	1.84
73084014--73084078	24	2.8	21	72	19	58	56	0	40	3	1.15
73088453--73088489	9	4.1	9	89	0	56	29	2	13	54	1.53
73093768--73093793	8	3.2	8	100	0	52	11	0	0	88	0.52
73102087--73102125	20	2.0	20	95	5	71	53	0	5	41	1.23
73107480--73107525	24	1.9	24	86	8	67	45	21	15	17	1.85
73107600--73107670	26	2.8	26	78	2	81	40	21	19	18	1.91
73125728--73125824	3	32.7	3	68	17	51	23	4	7	64	1.36
73125722--73125768	15	3.1	15	87	0	58	27	0	6	65	1.16

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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