genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.123.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81554553

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38938411--38938449	12	3.2	12	82	10	53	0	30	0	69	0.89
38940999--38941259	40	6.6	40	91	1	375	27	23	27	21	1.99
38949912--38949965	27	2.0	27	85	3	74	35	20	22	22	1.96
38962510--38962664	43	3.6	43	91	0	229	32	30	23	13	1.93
38962662--38962764	38	2.7	38	86	0	125	31	23	21	24	1.99
38963287--38963457	46	3.7	45	92	2	263	21	19	27	30	1.98
38970341--38970466	46	2.7	46	96	0	225	20	22	27	29	1.98
38976851--38976920	16	4.6	16	81	16	94	25	30	34	10	1.89
38976867--38976925	29	2.0	29	100	0	118	23	33	35	6	1.82
38976969--38977087	38	3.1	38	87	2	157	26	26	23	23	2.00
38983869--38984060	40	4.8	40	89	2	271	24	19	28	27	1.99
38986411--38986531	45	2.7	45	89	0	179	34	28	14	23	1.93
38990613--38990694	31	2.6	32	84	7	87	20	14	12	52	1.73
38990613--38990757	33	4.5	33	83	1	123	20	17	13	48	1.81
38990668--38990771	33	3.2	33	82	5	111	21	20	14	44	1.86
38996675--38996768	47	2.0	47	89	0	143	37	12	18	31	1.88
39012302--39012440	27	5.1	27	72	6	111	37	35	12	14	1.85
39012302--39012440	54	2.6	53	77	8	154	37	35	12	14	1.85
39020830--39021031	27	7.4	27	82	5	203	26	14	28	30	1.95
39027223--39027298	40	1.9	40	83	5	100	17	13	31	38	1.88
39034559--39034650	40	2.3	39	84	3	112	34	25	16	23	1.95
39037231--39037413	101	1.8	101	82	4	235	26	18	25	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39037222--39037614	151	2.6	151	88	0	572	27	17	24	30	1.97
39037231--39037617	50	7.7	50	72	5	260	27	17	24	29	1.97
39037817--39037848	16	2.0	16	93	0	55	46	0	18	34	1.49
39041417--39041600	39	4.7	40	83	8	207	25	27	22	23	2.00
39041398--39041600	40	5.1	40	81	9	229	25	27	22	24	2.00
39057304--39057415	50	2.2	50	81	6	129	31	12	18	37	1.88
39057416--39057529	57	2.0	57	94	0	201	31	9	17	41	1.82
39060122--39060156	15	2.3	15	90	0	52	37	11	17	34	1.85
39063695--39063820	47	2.7	44	82	11	146	27	16	30	24	1.97
39067393--39067701	39	8.0	39	90	1	460	23	28	25	22	1.99
39067393--39067701	154	2.0	155	89	1	467	23	28	25	22	1.99
39069529--39069610	42	2.0	42	87	0	119	32	28	17	21	1.96
39075152--39075181	6	5.0	6	100	0	60	83	16	0	0	0.65
39080783--39080909	46	2.7	46	81	4	148	26	21	29	22	1.99
39082162--39082200	21	1.9	20	84	5	51	12	35	28	23	1.91
39091316--39091488	46	3.7	47	79	11	180	25	21	30	22	1.99
39091316--39091488	91	1.9	96	84	8	241	25	21	30	22	1.99
39092781--39092904	28	4.4	28	92	1	185	26	12	27	33	1.93
39095387--39095444	21	2.8	21	84	2	82	10	34	29	25	1.89
39100260--39100319	30	2.0	30	96	0	111	28	25	20	26	1.99
39104843--39104904	29	2.2	29	88	11	94	25	8	11	54	1.63
39104904--39104963	24	2.6	23	83	2	84	41	15	13	30	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39107943--39108160	40	5.5	40	91	2	307	24	28	23	22	2.00
39116015--39116256	40	6.1	40	91	1	362	26	28	22	21	1.99
39128083--39128302	110	2.0	110	97	0	413	46	7	21	24	1.77
39128642--39128877	39	6.1	39	88	2	307	18	22	28	30	1.97
39136353--39136523	93	1.8	92	91	3	281	21	20	29	28	1.98
39136357--39136530	46	3.8	45	77	15	169	20	20	29	29	1.98
39143868--39144043	46	3.8	46	77	14	182	19	19	30	30	1.97
39143865--39144036	93	1.8	93	91	2	283	20	19	30	29	1.97
39156297--39156553	39	6.5	39	83	4	286	20	22	26	30	1.98
39164097--39164137	21	1.9	22	85	5	57	31	24	4	39	1.76
39164513--39164591	28	2.8	28	80	0	86	29	24	11	35	1.90
39166715--39166932	30	7.3	29	81	5	190	38	13	26	20	1.90
39166688--39166842	60	2.6	58	77	8	170	36	13	28	21	1.92
39166741--39167004	120	2.2	120	85	2	352	36	13	26	24	1.92
39166715--39166932	60	3.7	60	73	7	212	38	13	26	20	1.90
39166715--39166962	90	2.8	90	73	10	229	37	13	27	21	1.91
39166920--39166992	30	2.4	30	83	0	92	34	8	27	30	1.86
39170033--39170073	18	2.3	18	91	8	66	9	26	46	17	1.79
39174221--39174451	49	4.7	47	76	13	164	24	31	17	26	1.97
39174217--39174443	97	2.3	97	81	11	259	23	30	18	27	1.97
39190869--39190970	28	3.6	28	80	2	132	27	17	29	25	1.98
39190842--39190967	57	2.2	57	84	4	166	27	16	30	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39190869--39190992	28	4.4	28	72	11	83	29	17	28	25	1.98
39204249--39204378	45	2.9	45	90	2	208	39	26	13	20	1.89
39220397--39220496	41	2.4	41	81	6	114	36	23	21	20	1.96
39220658--39220691	14	2.4	15	85	14	54	32	0	23	44	1.54
39221580--39221624	10	4.0	11	78	16	56	57	0	0	42	0.98
39224360--39224611	134	1.9	132	98	1	486	19	9	18	51	1.73
39226259--39227165	370	2.5	370	98	1	1730	36	14	10	38	1.82
39227253--39227320	24	2.8	24	80	8	84	29	17	5	47	1.71
39227497--39227552	15	3.8	15	80	20	73	46	0	0	53	1.00
39227657--39227873	9	23.6	9	75	9	134	47	13	0	38	1.49
39227657--39227873	18	12.3	18	74	10	162	47	13	0	38	1.49
39233766--39233832	31	2.2	31	83	0	80	17	4	17	59	1.53
39233907--39234156	43	5.8	43	95	0	446	23	32	19	24	1.97
39240775--39240999	40	5.7	40	86	5	296	24	22	27	25	2.00
39240775--39241032	119	2.2	119	82	5	299	25	21	27	24	1.99
39248676--39248900	40	5.7	40	84	5	269	24	22	27	25	2.00
39248757--39248919	40	4.1	40	86	3	118	24	22	28	24	2.00
39248715--39248923	80	2.6	79	81	7	203	26	21	26	25	1.99
39250771--39250807	13	2.7	14	88	12	51	21	5	5	67	1.31
39257783--39257807	12	2.1	12	100	0	50	16	0	32	52	1.44
39257863--39257921	28	2.1	29	83	3	75	44	1	23	30	1.64
39258416--39258535	43	2.8	43	83	7	138	22	16	28	32	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39258464--39258559	43	2.2	43	83	0	111	28	18	25	28	1.98
39261771--39261831	30	2.0	30	83	0	77	29	24	6	39	1.80
39264584--39264633	10	4.7	11	74	16	52	52	0	2	46	1.12
39264585--39264631	16	3.0	15	77	20	51	53	0	2	44	1.12
39264584--39264633	22	2.4	20	83	16	66	52	0	2	46	1.12
39273749--39273788	21	1.9	21	89	0	62	15	35	20	30	1.93
39273800--39273859	30	2.0	30	96	0	111	28	26	15	30	1.96
39273671--39273872	111	1.8	111	82	2	262	25	26	12	35	1.92
39275307--39275529	46	4.7	48	77	5	195	21	26	20	31	1.98
39275347--39275526	94	1.9	94	83	2	236	21	26	20	31	1.98
39275405--39275526	48	2.6	48	88	5	169	22	25	19	32	1.97
39282110--39282326	39	5.6	39	92	1	330	21	22	28	28	1.99
39287934--39288053	54	2.2	54	81	1	141	26	28	24	20	1.99
39294969--39294999	15	2.1	15	100	0	62	38	12	25	22	1.90
39299220--39299967	47	15.6	47	89	4	1111	29	29	8	33	1.87
39299220--39299967	96	7.8	94	94	1	1147	29	29	8	33	1.87
39301249--39301412	83	2.0	83	100	0	328	26	26	8	37	1.85
39303071--39303532	40	11.6	40	92	2	745	25	29	21	23	1.99
39303071--39303532	119	3.9	119	91	4	752	25	29	21	23	1.99
39304957--39305640	47	14.2	47	86	4	927	28	29	8	33	1.87
39304957--39305640	98	7.1	94	89	3	927	28	29	8	33	1.87
39304962--39305640	145	4.7	143	91	2	943	28	29	8	32	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39305612--39305662	22	2.3	22	100	0	102	21	31	15	31	1.95
39305516--39305758	118	2.1	118	99	0	477	27	29	9	33	1.89
39305563--39305709	69	2.1	70	91	2	233	27	29	10	32	1.91
39305634--39305778	47	3.0	47	91	4	245	28	28	8	34	1.86
39307063--39307229	85	2.0	85	98	0	325	28	25	7	39	1.82
39311260--39311320	29	2.1	29	93	6	106	31	6	26	36	1.82
39318319--39318438	56	2.1	56	98	0	231	45	9	22	23	1.81
39319568--39319791	40	5.7	40	86	5	287	24	21	28	25	1.99
39319569--39319825	40	6.5	40	83	7	235	26	21	27	24	1.99
39326251--39326370	56	2.1	56	98	0	231	45	9	23	22	1.81

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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