genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.93.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81554553

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28957503--28957737	85	2.8	83	95	3	422	25	20	27	26	1.99
28957503--28957796	40	7.2	40	90	5	428	25	21	27	26	1.99
28961841--28962480	47	13.6	47	93	3	1065	32	8	29	29	1.87
28961841--28962480	234	2.7	236	94	2	1099	32	8	29	29	1.87
28962599--28962701	37	2.8	37	92	1	161	25	18	29	27	1.98
28967615--28967784	45	3.7	47	77	17	169	27	29	21	21	1.99
28967615--28967784	93	1.8	93	94	1	306	27	29	21	21	1.99
28978616--28978741	46	2.7	46	95	0	216	20	23	27	28	1.99
28981584--28981888	40	7.7	40	89	5	404	23	21	27	27	1.99
28983449--28983583	43	3.1	43	96	0	252	11	25	34	28	1.90
28995595--28995725	65	2.0	65	98	0	253	42	18	14	24	1.87
28999819--28999946	65	2.0	65	93	0	220	42	16	14	26	1.86
28999949--29000004	26	2.2	26	83	0	67	26	19	19	33	1.96
29009593--29009815	40	5.6	40	84	3	236	26	28	20	24	1.99
29015788--29015835	10	4.6	10	83	16	62	0	0	12	87	0.54
29017605--29017762	40	4.0	40	89	0	219	25	29	20	24	1.99
29017608--29017826	79	2.8	79	82	4	226	26	28	21	24	1.99
29017608--29017826	40	5.5	40	84	3	212	26	28	21	24	1.99
29090128--29090216	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
29090128--29090207	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
29090139--29090216	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
29093112--29093285	46	3.8	46	79	8	201	28	29	21	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29093120--29093291	92	1.9	93	92	1	292	27	30	21	20	1.98
29103241--29103461	48	4.7	48	77	8	168	27	25	19	27	1.99
29103333--29103467	48	2.8	48	90	0	198	26	24	22	26	2.00
29110378--29110454	37	2.1	37	97	0	145	23	10	28	37	1.88
29111018--29111201	40	4.6	40	83	6	230	25	22	26	25	2.00
29115661--29115728	33	2.1	33	97	0	127	27	11	8	51	1.68
29118322--29118458	56	2.4	56	91	3	231	27	16	24	32	1.96
29120769--29120999	48	4.9	48	75	9	215	29	25	19	25	1.98
29122260--29122298	21	1.9	20	85	15	53	38	23	10	28	1.87
29130496--29130527	12	2.7	12	95	0	55	9	12	12	65	1.47
29132750--29132798	22	2.3	22	82	3	64	55	2	0	42	1.11
29132968--29133000	17	1.9	17	93	0	57	42	0	12	45	1.41
29139945--29140006	26	2.4	27	94	5	110	37	29	6	27	1.82
29140959--29141038	35	2.3	35	95	0	142	62	5	2	30	1.29
29143258--29143300	21	2.1	21	86	4	61	25	2	23	48	1.62
29146320--29146368	23	2.1	23	100	0	98	42	12	12	32	1.79
29150272--29150359	39	2.3	39	100	0	176	32	21	22	22	1.98
29154056--29154107	27	1.9	27	100	0	104	26	21	15	36	1.93
29155476--29155517	21	2.0	22	86	13	61	35	2	26	35	1.70
29158209--29158430	39	5.6	40	84	8	292	25	26	23	24	2.00
29158209--29158430	82	2.8	79	88	3	311	25	26	23	24	2.00
29161252--29161353	37	2.8	37	92	0	168	27	30	17	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29161472--29161782	47	6.6	47	92	1	496	28	29	8	33	1.86
29170226--29170449	40	5.6	40	84	6	283	26	26	22	24	2.00
29170226--29170449	83	2.8	79	86	4	288	26	26	22	24	2.00
29178564--29178741	27	6.6	27	75	6	119	29	26	16	28	1.97
29178564--29178741	54	3.3	54	74	12	150	29	26	16	28	1.97
29186572--29186749	27	6.6	27	75	6	119	29	26	16	28	1.97
29186572--29186749	54	3.3	54	74	12	150	29	26	16	28	1.97
29189942--29190113	46	3.7	46	77	14	174	30	29	19	21	1.97
29189949--29190120	93	1.8	93	88	2	265	29	28	20	22	1.98
29210832--29210928	47	2.1	47	90	0	149	36	10	27	25	1.89
29210902--29210992	46	2.0	46	86	0	128	34	9	30	25	1.88
29211137--29211207	37	1.9	37	91	0	115	25	19	29	25	1.99
29212432--29212569	40	3.5	40	88	1	197	28	26	21	23	1.99
29217313--29217357	22	2.0	22	83	8	56	11	31	8	48	1.69
29219610--29219742	40	3.3	40	85	7	173	29	24	20	25	1.99
29225528--29225751	79	2.8	79	87	4	292	24	21	27	25	1.99
29225528--29225751	40	5.7	40	86	6	296	24	21	27	25	1.99
29225528--29225784	79	3.2	79	83	7	247	25	21	27	25	1.99
29228512--29228567	27	2.0	28	96	3	105	14	26	21	37	1.92
29233325--29233548	40	5.7	39	86	7	292	24	22	27	25	2.00
29233325--29233581	79	3.3	79	84	7	247	25	21	27	25	1.99
29240442--29240489	25	1.9	25	86	0	69	31	22	16	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29240540--29240577	20	2.0	19	90	10	60	31	10	21	36	1.87
29240620--29240715	25	3.8	25	93	2	156	26	26	22	25	2.00
29240620--29240715	51	1.9	50	91	2	156	26	26	22	25	2.00
29242343--29242720	27	14.0	27	80	6	318	39	18	8	33	1.82
29242337--29242720	54	7.1	55	78	9	362	38	19	9	33	1.83
29242337--29242717	81	4.7	79	79	7	363	38	19	9	33	1.83
29243086--29243188	27	3.8	27	74	3	73	22	17	19	40	1.91
29243167--29243249	32	2.6	32	81	7	96	21	18	21	38	1.93
29243198--29243269	32	2.2	32	80	9	76	22	19	22	36	1.95
29244899--29245098	52	3.8	52	72	10	136	20	24	17	38	1.93
29248427--29248530	42	2.4	43	80	3	120	28	17	20	33	1.95
29248387--29248548	43	3.8	43	74	8	132	24	18	24	32	1.97
29264636--29264692	27	2.1	27	93	0	96	35	24	22	17	1.95
29264799--29264872	27	2.8	27	82	10	73	31	12	21	35	1.90
29270543--29270662	47	2.6	47	93	0	195	38	14	22	25	1.91
29270407--29270736	142	2.3	140	77	7	324	35	16	24	22	1.95
29279735--29279791	30	1.9	30	85	0	78	33	14	26	26	1.94
29280130--29280345	46	4.7	45	78	12	167	27	18	30	23	1.97
29280132--29280348	93	2.4	91	82	9	239	27	18	30	23	1.98
29281361--29281385	13	1.9	13	100	0	50	24	28	48	0	1.52
29289136--29289221	43	2.0	43	90	0	136	29	31	18	20	1.97
29299448--29299713	48	5.6	47	84	5	187	26	27	16	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29299495--29299722	95	2.4	94	85	4	285	27	28	17	26	1.98
29299495--29299722	48	4.8	48	87	2	280	27	28	17	26	1.98
29305202--29305233	14	2.4	14	90	10	50	21	9	28	40	1.84
29305199--29305432	50	4.6	50	80	6	242	26	16	24	32	1.96
29308048--29308077	15	2.0	15	100	0	60	26	13	33	26	1.93
29314769--29314813	18	2.5	18	85	0	63	37	13	8	40	1.76
29314769--29314810	9	4.7	9	87	0	57	35	14	9	40	1.78
29319067--29319130	33	2.0	32	84	3	83	35	25	17	21	1.95
29320881--29321380	47	10.6	47	91	3	770	29	29	8	33	1.87
29320881--29321380	143	3.5	141	91	2	770	29	29	8	33	1.87
29320881--29321380	190	2.6	190	95	1	880	29	29	8	33	1.87
29323987--29324065	27	3.0	25	84	13	106	32	21	24	21	1.98
29324234--29324292	26	2.2	27	91	8	95	25	23	13	37	1.92
29324286--29324377	27	3.4	27	77	8	89	34	10	15	39	1.82
29328556--29328639	33	2.5	33	82	0	96	33	28	16	21	1.95
29328826--29328902	27	2.9	27	82	5	86	33	19	23	23	1.97
29329049--29329135	26	3.1	29	80	9	108	21	14	19	43	1.87
29329116--29329305	27	7.0	28	77	6	167	32	10	18	38	1.85
29329115--29329276	54	3.0	53	83	6	191	32	10	17	38	1.84
29329116--29329305	81	2.3	81	84	1	229	32	10	18	38	1.85
29329117--29329304	54	3.5	52	83	4	187	31	10	18	39	1.85
29331089--29331145	26	2.2	26	83	3	69	26	17	19	36	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29333401--29333444	19	2.4	18	85	7	54	40	9	0	50	1.34
29336646--29336706	30	2.0	30	90	0	95	39	6	24	29	1.80
29337372--29337522	67	2.3	65	80	7	162	29	15	28	26	1.96
29337521--29337710	51	3.8	50	90	2	267	25	19	25	29	1.98
29337521--29337710	100	1.9	102	86	4	278	25	19	25	29	1.98
29343764--29344024	39	6.7	39	90	0	405	30	19	26	24	1.98
29351719--29351963	39	6.3	39	91	0	382	31	18	25	24	1.98
29351752--29351994	117	2.1	117	85	0	324	30	19	25	23	1.98
29353957--29354017	30	2.0	30	90	0	95	39	6	24	29	1.80
29354682--29354831	67	2.3	64	80	8	160	29	16	28	26	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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