genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81554553

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
663284--663347	20	3.4	20	64	24	57	37	18	10	32	1.86
663278--663350	36	2.0	36	100	0	146	36	19	10	32	1.86
663295--663355	20	3.2	20	61	25	51	37	22	8	31	1.84
667512--667563	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
670033--670089	30	2.0	28	89	6	87	43	1	0	54	1.10
673975--674007	16	1.9	18	88	11	52	42	3	6	48	1.43
676289--676321	3	11.0	3	100	0	66	66	0	33	0	0.92
684698--684744	25	2.0	23	83	8	58	17	8	17	57	1.63
698498--698567	34	2.1	34	91	0	113	24	8	22	44	1.81
700296--700359	31	2.1	30	82	5	76	31	7	15	45	1.75
700556--700628	31	2.4	30	84	6	85	42	6	9	41	1.64
708575--708605	14	2.2	14	94	0	53	80	0	3	16	0.83
710913--710984	35	2.0	36	97	2	137	48	22	11	18	1.79
711080--711104	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90
715237--715436	55	3.7	53	78	10	210	35	16	25	23	1.95
715236--715436	108	1.8	110	88	2	307	35	16	24	22	1.95
715652--715682	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
723529--723570	17	2.3	19	84	16	70	45	21	0	33	1.52
723535--723570	17	2.1	17	100	0	72	41	22	0	36	1.54
723804--723980	47	3.8	47	79	12	211	28	28	20	22	1.98
723812--723982	94	1.8	93	91	1	279	28	28	21	22	1.99
724402--724461	30	2.0	30	84	12	79	30	25	8	36	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
725776--725983	55	3.8	53	80	7	215	22	25	16	35	1.95
730121--730229	28	3.9	27	77	8	94	23	24	19	32	1.98
730133--730294	54	3.0	54	81	5	184	25	25	16	32	1.96
730129--730302	56	3.1	55	80	4	199	25	27	16	31	1.96
739541--739592	26	2.1	24	82	7	59	38	3	7	50	1.50
740576--740606	4	7.8	4	100	0	62	0	25	0	74	0.82
744325--744362	18	2.2	18	85	4	51	26	21	15	36	1.93
747966--748008	13	3.1	14	83	12	54	58	0	2	39	1.11
748686--748744	28	2.2	25	85	8	73	66	1	0	32	1.02
748685--748746	26	2.3	28	88	5	92	66	1	0	32	1.02
748685--748755	13	5.4	13	71	15	56	66	1	0	32	1.01
750594--752093	749	2.0	749	99	0	2991	30	12	18	38	1.88
754568--754593	3	8.7	3	100	0	52	65	0	0	34	0.93
757506--757565	22	2.8	20	74	23	50	46	3	8	41	1.50
762702--762764	33	1.9	33	100	0	126	31	11	20	36	1.88
778694--778828	71	1.9	71	95	0	243	51	14	6	26	1.67
778850--778927	34	2.3	34	97	2	147	46	19	7	26	1.77
778865--778921	19	3.2	19	63	27	52	43	22	7	26	1.78
787897--787983	43	2.0	43	97	0	165	20	22	14	41	1.89
791325--791405	30	2.7	30	84	0	108	23	7	41	27	1.81
800417--800459	21	2.0	21	82	8	52	25	11	11	51	1.72
804384--804427	4	11.5	4	83	9	56	47	22	0	29	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
805463--805505	11	4.0	11	84	6	61	20	46	4	27	1.71
805462--805504	21	2.0	21	90	4	68	20	46	2	30	1.63
806037--806129	36	2.6	36	91	0	150	30	22	13	33	1.93
806037--806129	18	5.2	18	85	0	132	30	22	13	33	1.93
810177--810219	11	4.0	11	84	6	61	20	46	4	27	1.71
810176--810218	21	2.0	21	90	4	68	20	46	2	30	1.63
810855--810992	72	1.9	72	86	2	197	31	24	16	27	1.97
814919--814962	2	22.0	2	80	0	52	45	4	4	45	1.44
819635--819693	28	2.0	31	80	9	70	40	10	5	44	1.60
820445--820478	17	2.0	17	100	0	68	35	41	17	5	1.74
830667--830705	20	1.9	21	94	5	71	38	0	2	58	1.12
832689--832753	30	2.2	30	97	0	121	21	12	43	23	1.86
836176--836232	18	3.2	18	77	5	62	0	42	0	57	0.98
836162--836229	15	4.5	15	84	0	82	1	39	1	57	1.17
838788--838837	21	2.4	21	93	0	82	14	42	0	44	1.44
841147--841189	16	2.6	17	81	3	52	27	0	2	69	1.00
841153--841197	16	2.8	16	82	0	63	26	0	4	68	1.08
841512--841573	30	2.1	28	85	5	79	46	6	0	46	1.28
846736--846795	15	4.1	14	74	8	57	50	1	1	46	1.21
861417--861457	19	2.2	19	86	0	55	43	9	4	41	1.59
863392--863419	3	9.3	3	100	0	56	0	32	0	67	0.91
863396--863494	51	1.9	51	95	0	180	10	25	8	56	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
863900--863929	15	1.9	16	93	6	53	26	13	20	40	1.89
870918--870956	18	2.2	18	86	4	53	35	5	7	51	1.53
871074--871138	24	3.2	20	75	21	64	58	3	0	38	1.14
871084--871130	24	2.0	24	91	4	78	53	2	0	44	1.12
874599--874625	12	2.2	12	100	0	54	48	0	7	44	1.31
877065--877115	24	2.2	24	89	3	77	78	1	13	5	1.02
877062--877123	24	2.7	21	79	16	70	75	1	14	8	1.10
877393--877474	41	2.0	41	97	0	155	34	25	12	28	1.92
881121--881161	21	2.0	21	90	4	66	43	7	19	29	1.78
887009--887063	21	2.6	21	94	0	101	29	3	41	25	1.72
888392--888417	12	2.2	12	100	0	52	30	34	7	26	1.85
901899--901995	33	2.8	35	72	20	89	45	2	1	51	1.19
902178--902243	13	5.1	13	81	7	71	39	21	7	31	1.81
902180--902245	26	2.5	27	82	7	91	36	21	7	34	1.82
906402--906487	9	9.6	9	88	0	118	43	19	11	25	1.85
907799--907824	13	2.0	13	100	0	52	69	7	0	23	1.14
911083--911129	21	2.2	22	92	3	78	21	38	19	21	1.94
914938--915182	56	4.4	56	82	8	261	28	11	20	40	1.86
915023--915182	50	3.1	50	78	10	176	28	11	21	38	1.88
914979--915182	112	1.9	106	87	6	300	28	11	21	39	1.87
916485--916562	24	3.2	24	64	25	63	17	17	35	28	1.94
916467--916569	50	2.1	50	100	0	206	23	18	34	23	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
916477--916556	26	3.2	26	64	25	71	18	16	38	26	1.92
919933--919979	21	2.2	22	92	3	78	21	38	19	21	1.94
928190--928335	72	2.0	72	95	0	265	30	23	20	25	1.98
936477--936510	16	2.1	16	100	0	68	61	11	8	17	1.54
945000--945037	19	2.1	19	85	5	51	15	5	5	73	1.19
945395--945711	127	2.5	125	87	4	431	27	15	20	36	1.93
953886--954029	72	2.0	72	89	2	218	34	22	17	26	1.96
953898--954046	72	2.1	72	81	5	167	35	24	13	26	1.92
965636--965674	16	2.5	15	84	12	51	41	0	0	58	0.98
965813--966251	59	7.3	58	64	17	166	41	2	5	50	1.39
965812--966342	120	4.4	120	94	1	861	41	2	5	50	1.39
966032--966061	16	1.9	15	93	6	51	40	0	10	50	1.36
966053--966087	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
966186--966232	16	3.0	16	78	12	53	46	0	2	51	1.13
966182--966232	15	3.5	15	82	12	54	47	0	1	50	1.12
966472--966581	45	2.6	44	81	11	133	31	28	4	35	1.77
966560--966629	16	4.4	16	96	0	104	32	35	0	31	1.58
968980--969010	3	10.3	3	100	0	62	0	35	0	64	0.94
969999--970148	72	2.1	71	90	5	230	32	22	18	26	1.97
974971--974996	13	2.0	13	100	0	52	30	23	23	23	1.99
975130--975228	44	2.2	44	77	7	103	35	21	26	17	1.95
980680--980900	72	3.1	71	90	5	345	31	23	16	28	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
986674--986707	16	2.1	16	88	0	50	50	14	17	17	1.79
995460--995497	19	2.0	19	89	0	58	34	2	0	63	1.09
995547--995609	12	5.3	12	74	11	58	28	7	0	63	1.22
995597--995632	7	5.0	7	86	6	54	30	2	0	66	1.06
995995--996102	26	4.2	26	91	0	180	32	6	24	37	1.81
1001126--1001191	28	2.4	28	80	5	82	30	1	3	65	1.17
1001170--1001237	24	2.8	24	75	4	66	36	8	2	51	1.48
1004588--1004640	26	2.0	26	82	7	63	24	15	20	39	1.91
1006122--1006229	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
1006511--1006619	17	6.1	17	85	8	137	37	11	14	36	1.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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