genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.29.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81554553

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7733952--7734006	21	2.7	20	83	8	58	16	0	7	76	1.00
7733951--7734000	15	3.3	15	77	5	55	18	0	6	76	0.99
7736383--7736484	40	2.5	40	83	9	118	28	17	25	28	1.98
7736429--7736694	115	2.3	116	81	3	304	27	18	23	30	1.98
7737135--7737187	7	7.3	7	77	8	52	24	0	45	30	1.54
7737163--7737202	15	2.7	15	88	3	55	22	2	55	20	1.56
7737135--7737187	22	2.4	22	81	6	63	24	0	45	30	1.54
7737225--7737272	22	2.2	21	77	3	51	29	0	22	47	1.51
7737261--7737339	21	3.8	20	73	9	68	25	0	32	41	1.56
7737261--7737338	7	11.0	7	72	8	50	25	0	32	42	1.55
7737631--7737684	21	2.6	21	78	0	72	9	1	35	53	1.44
7737909--7737947	19	2.1	18	95	4	69	33	0	10	56	1.33
7738495--7738536	15	2.8	15	81	0	57	28	23	2	45	1.66
7739524--7739575	24	2.2	23	82	3	59	30	11	5	51	1.61
7741160--7741230	24	3.0	24	87	0	106	29	18	7	45	1.76
7741415--7741469	15	3.8	15	77	22	64	45	0	0	54	0.99
7741607--7741682	9	8.4	9	82	4	73	48	13	1	36	1.50
7741640--7741672	17	1.9	17	93	0	57	51	6	3	39	1.42
7743468--7743520	21	2.5	21	93	0	88	26	18	52	1	1.56
7743764--7743823	31	1.9	31	82	0	75	15	8	18	58	1.61
7745052--7745137	42	2.0	42	100	0	172	30	16	6	46	1.73
7747042--7747075	18	1.9	18	88	5	52	29	0	5	64	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7749879--7749934	26	2.2	25	90	6	94	48	0	7	44	1.30
7757573--7757621	19	2.5	20	90	9	84	51	8	8	32	1.61
7757962--7758017	20	2.8	20	84	15	80	32	3	1	62	1.23
7757962--7758017	21	2.8	19	87	12	78	32	3	1	62	1.23
7759664--7759701	19	2.1	19	85	5	51	50	5	10	34	1.59
7759839--7759868	15	2.0	15	100	0	60	66	0	6	26	1.16
7759843--7759894	15	3.6	15	79	7	54	71	0	9	19	1.13
7759838--7759877	18	2.2	18	86	8	55	70	0	7	22	1.12
7767837--7767877	6	7.0	6	81	13	50	48	0	31	19	1.49
7771505--7771561	30	1.9	30	88	0	87	29	14	17	38	1.89
7772659--7772739	19	4.2	19	91	3	126	38	11	16	34	1.84
7774434--7774584	53	2.8	53	90	4	223	26	16	27	29	1.97
7782011--7782078	30	2.2	29	85	10	91	85	0	11	2	0.71
7782029--7782077	15	3.3	15	83	11	73	85	0	10	4	0.71
7782011--7782067	13	4.4	13	80	12	64	84	0	14	1	0.71
7782011--7782078	20	3.5	20	79	15	79	85	0	11	2	0.71
7782014--7782078	8	7.9	8	75	16	53	84	0	12	3	0.73
7782980--7783502	44	11.9	44	73	11	374	30	17	25	27	1.97
7783069--7783502	132	3.3	132	89	2	624	30	16	25	27	1.97
7782977--7783471	88	5.6	87	79	8	479	29	17	25	28	1.97
7782977--7783468	219	2.2	220	86	5	674	29	17	25	27	1.97
7783446--7783538	44	2.1	44	91	0	150	31	16	27	24	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7783525--7784239	205	3.5	205	93	0	1200	29	18	23	28	1.97
7784312--7784418	45	2.4	45	88	1	162	34	14	28	23	1.93
7784779--7784876	19	5.2	19	90	7	155	38	10	16	34	1.82
7784769--7784876	36	2.9	35	75	20	103	38	10	15	35	1.82
7785365--7785417	21	2.3	23	78	9	56	24	5	9	60	1.49
7785391--7785444	26	2.1	26	82	6	65	27	3	7	61	1.40
7793770--7793799	15	1.9	16	93	6	53	53	33	3	10	1.51
7795052--7795119	12	5.7	11	76	13	55	33	5	2	57	1.38
7795302--7795350	11	4.5	11	80	14	57	34	0	4	61	1.15
7795338--7795422	25	3.6	25	66	26	69	34	5	3	56	1.41
7795315--7795380	14	5.2	13	70	25	52	33	3	1	62	1.20
7795320--7795422	44	2.2	44	80	14	111	33	4	2	58	1.34
7795605--7795698	11	8.4	11	70	19	52	32	3	8	55	1.46
7795695--7795746	26	2.0	26	84	0	68	28	9	3	57	1.48
7797951--7797990	18	2.3	18	86	4	55	55	10	5	30	1.54
7798389--7798447	5	12.0	5	76	21	54	22	20	16	40	1.91
7798391--7798456	19	3.5	19	91	0	114	22	21	15	40	1.90
7802484--7802714	47	5.2	47	62	21	129	25	16	29	28	1.97
7802476--7802786	88	3.6	88	92	1	509	27	16	27	27	1.97
7802748--7803870	44	25.8	44	85	2	1428	29	15	31	23	1.95
7802756--7804085	44	31.0	41	80	8	521	29	16	31	22	1.95
7802748--7804128	132	10.7	132	83	4	1656	29	16	31	22	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7803840--7803899	31	1.9	31	86	6	86	23	25	36	15	1.93
7803800--7803943	75	1.9	75	88	0	216	27	21	33	17	1.96
7803712--7804027	159	2.0	156	85	4	427	28	18	33	19	1.96
7803668--7804073	203	2.0	203	90	0	632	28	17	33	20	1.96
7803994--7804128	44	3.1	44	91	0	198	31	15	29	23	1.95
7805894--7805930	9	4.1	9	85	0	56	37	0	0	62	0.96
7805885--7805944	18	3.1	18	76	23	59	35	0	3	61	1.12
7805885--7805967	16	5.4	16	72	20	61	36	2	2	59	1.24
7805889--7805973	41	2.1	40	87	10	120	34	2	2	61	1.22
7805889--7805966	14	5.6	14	75	13	63	35	2	2	58	1.25
7805887--7806013	43	3.0	42	82	12	136	34	3	3	58	1.32
7806265--7806316	26	2.0	26	84	0	68	28	9	3	57	1.48
7807139--7807381	132	1.8	132	83	0	326	27	16	18	37	1.92
7808129--7808171	22	2.0	21	86	13	61	25	4	0	69	1.07
7808146--7808183	20	1.9	20	88	0	58	21	7	0	71	1.11
7809044--7809269	46	5.0	46	90	2	314	23	22	14	39	1.91
7817334--7817376	3	14.3	3	90	9	70	32	2	0	65	1.06
7818966--7818998	6	5.7	6	89	7	50	21	0	0	78	0.75
7818970--7818996	11	2.5	11	100	0	54	18	0	0	81	0.69
7818954--7818998	17	2.6	17	89	3	63	20	4	0	75	0.97
7820817--7820862	24	1.9	24	100	0	92	47	13	8	30	1.72
7822428--7822505	6	13.0	6	75	5	68	73	2	6	17	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7822438--7822506	30	2.4	28	83	9	93	72	1	7	18	1.15
7830017--7830122	26	4.1	26	90	2	169	31	7	25	35	1.84
7830017--7830122	51	2.1	52	92	1	178	31	7	25	35	1.84
7831700--7831861	54	3.0	54	90	2	247	19	24	20	34	1.96
7831703--7831861	27	5.9	27	82	10	182	20	24	20	34	1.96
7831703--7831862	81	2.0	80	84	6	207	20	24	20	34	1.97
7834420--7834447	4	7.0	4	100	0	56	25	0	0	75	0.81
7837833--7837893	12	5.1	12	78	7	61	45	13	26	14	1.81
7837831--7837909	36	2.2	36	84	4	106	44	11	27	16	1.82
7850328--7850397	35	2.0	35	91	0	113	54	5	8	31	1.54
7858774--7858825	24	2.2	24	82	6	61	59	11	7	21	1.56
7858774--7858825	25	2.1	24	82	3	59	59	11	7	21	1.56
7860517--7860574	27	2.1	27	83	0	71	24	3	1	70	1.12
7861208--7861241	14	2.6	13	90	9	52	52	0	0	47	1.00
7862178--7862235	26	2.2	26	93	0	98	34	5	24	36	1.78
7865775--7865906	69	1.9	69	81	7	162	56	2	0	40	1.17
7865945--7865984	20	2.0	20	90	0	62	50	0	2	47	1.14
7874438--7874483	18	2.6	17	90	10	74	34	10	13	41	1.79
7874736--7874815	41	2.0	41	90	7	128	27	18	22	31	1.97
7876658--7876721	13	4.9	13	72	0	56	31	6	23	39	1.79
7879215--7879263	20	2.5	20	96	0	89	34	0	0	65	0.93
7879216--7879297	26	3.2	26	83	11	98	34	0	1	64	1.01
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7879219--7879330	26	4.2	26	77	18	90	33	2	1	62	1.20
7879223--7879308	33	2.7	32	80	8	86	32	0	2	65	1.06
7879336--7879384	23	2.1	23	88	0	71	24	6	4	65	1.33
7879583--7879628	22	2.1	22	84	8	58	28	10	0	60	1.30
7881142--7881254	57	2.0	56	94	1	199	30	32	13	23	1.93
7882687--7882712	13	2.0	13	100	0	52	61	30	0	7	1.24
7883900--7883963	26	2.4	27	77	12	71	28	6	0	65	1.16
7887895--7887924	14	2.1	15	93	6	53	26	26	3	43	1.70
7896151--7896193	20	2.0	22	86	8	63	55	2	6	34	1.39
7900933--7901025	25	3.7	24	79	16	82	60	2	3	34	1.25

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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