genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.20.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81554553

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5519802--5520005	54	3.8	54	73	8	157	36	14	12	35	1.85
5520355--5520429	23	3.4	22	74	23	68	36	12	1	50	1.48
5521835--5521885	22	2.3	22	79	0	57	5	15	1	76	1.07
5521825--5521875	17	3.1	16	78	10	50	5	17	1	74	1.11
5527731--5527780	21	2.5	19	72	27	50	48	2	0	50	1.12
5528595--5528655	21	2.8	23	71	14	67	14	24	24	36	1.93
5528585--5528664	21	3.7	21	72	3	52	16	21	23	38	1.92
5531790--5531861	31	2.3	32	80	7	85	44	16	8	30	1.77
5540495--5540548	27	2.0	27	92	0	90	33	12	20	33	1.91
5545127--5545160	15	2.3	15	90	10	52	50	2	0	47	1.16
5549726--5549792	27	2.5	27	87	0	98	34	14	26	23	1.94
5549726--5549870	27	5.4	27	72	18	86	34	18	26	20	1.96
5552136--5552366	46	4.9	46	89	3	311	23	23	12	40	1.89
5554386--5554425	17	2.4	16	88	8	62	0	27	0	72	0.85
5554451--5554489	15	2.6	15	84	12	53	7	12	0	79	0.93
5554590--5554629	18	2.1	20	82	17	50	40	5	0	55	1.22
5556958--5557022	26	2.5	27	73	16	64	38	1	1	58	1.17
5569392--5569565	69	2.5	69	84	5	201	31	14	22	32	1.94
5569569--5570694	74	15.2	73	83	8	1329	28	17	21	32	1.96
5570137--5571185	159	6.3	158	70	18	528	28	17	19	34	1.95
5569583--5570678	233	4.9	230	85	7	1172	29	17	21	31	1.96
5570553--5570689	73	1.9	73	89	0	211	24	19	25	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5573092--5573156	26	2.5	27	73	16	64	38	1	1	58	1.17
5576467--5576644	46	3.8	48	78	14	194	28	29	21	20	1.98
5576474--5576644	92	1.8	93	93	1	299	27	29	22	21	1.99
5582907--5582963	24	2.3	24	84	3	69	61	0	3	35	1.13
5585989--5586035	6	7.8	6	100	0	94	51	31	0	17	1.46
5588009--5588042	18	1.9	17	94	5	59	23	14	11	50	1.76
5588929--5588977	21	2.3	21	82	0	62	65	2	2	30	1.15
5588952--5588976	12	2.1	12	100	0	50	76	0	0	24	0.80
5589125--5589173	19	2.6	18	78	12	53	26	0	4	69	1.06
5589092--5589166	29	2.6	29	75	10	71	30	1	4	64	1.20
5589115--5589173	19	3.1	19	76	9	50	28	0	3	67	1.06
5596328--5596370	19	2.4	17	84	7	50	34	0	4	60	1.17
5596553--5596598	24	2.0	21	84	12	56	39	0	2	58	1.10
5602079--5602170	39	2.3	39	80	12	107	36	21	20	20	1.95
5602256--5602360	39	2.7	39	77	15	110	29	20	25	24	1.99
5602888--5602928	21	1.9	22	90	5	66	21	0	36	41	1.54
5602785--5603345	287	2.0	285	79	8	611	27	3	24	44	1.69
5603336--5603396	7	8.7	7	85	7	79	14	0	42	42	1.46
5603640--5603676	13	2.7	14	91	8	67	43	0	5	51	1.24
5607815--5607849	13	2.6	13	90	4	52	51	8	2	37	1.47
5607847--5608013	9	19.0	9	72	11	80	46	19	1	33	1.58
5607855--5607965	43	2.6	43	88	1	177	47	18	0	33	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5607828--5607958	43	2.7	49	79	17	166	48	17	0	34	1.48
5607878--5607996	36	3.1	36	85	8	139	47	18	0	33	1.55
5613117--5613145	14	2.1	14	93	6	51	34	0	6	58	1.25
5613553--5613583	15	2.0	16	93	6	55	32	16	51	0	1.44
5613561--5613610	21	2.4	21	82	0	73	28	18	50	4	1.65
5613988--5614094	43	2.5	43	89	3	162	26	24	18	30	1.98
5618287--5618345	30	2.0	30	90	6	93	28	3	10	57	1.48
5618470--5618503	12	2.8	12	90	0	50	67	0	0	32	0.91
5619277--5619436	79	2.0	79	97	0	302	40	25	10	24	1.87
5622789--5622852	31	2.1	31	91	2	103	59	14	3	23	1.49
5625114--5625163	10	5.0	10	85	9	66	66	2	8	24	1.29
5625961--5626006	23	2.0	23	95	0	83	26	32	21	19	1.97
5632071--5632120	20	2.4	22	87	12	70	72	0	6	22	1.07
5632071--5632129	15	3.9	15	75	16	59	71	0	5	23	1.06
5632125--5632159	17	2.1	16	89	5	52	77	0	2	20	0.90
5635155--5635206	25	2.1	25	85	3	70	26	21	19	32	1.97
5635162--5635231	25	2.8	25	86	0	86	25	22	24	27	2.00
5635434--5635602	27	6.3	27	88	1	232	28	20	17	34	1.95
5635607--5635832	27	8.4	27	86	1	310	41	10	21	27	1.85
5635595--5635832	80	3.0	80	80	10	270	40	10	20	27	1.86
5635595--5635816	107	2.1	107	87	5	279	41	11	20	27	1.86
5635607--5635832	54	4.2	54	91	2	348	41	10	21	27	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5638173--5638230	25	2.3	25	88	5	82	29	18	17	34	1.94
5638186--5638255	25	2.8	24	84	4	77	27	20	22	30	1.98
5638458--5638626	27	6.3	27	85	0	185	24	19	18	36	1.94
5638635--5638857	27	8.3	27	86	3	306	43	8	20	26	1.81
5638621--5638882	81	3.2	80	82	4	296	41	9	20	28	1.84
5644505--5644573	17	4.2	16	75	18	70	73	1	2	21	1.04
5644863--5644896	11	3.2	11	87	8	52	70	0	0	29	0.87
5646394--5646670	86	3.2	86	68	18	228	26	18	19	35	1.95
5646353--5646758	88	4.6	88	66	18	245	26	19	19	34	1.96
5646353--5646895	175	3.1	175	92	0	872	26	19	19	34	1.96
5654904--5654953	15	3.5	15	79	15	52	42	12	24	22	1.87
5654917--5654953	15	2.5	16	87	12	53	43	10	24	21	1.84
5658836--5658876	12	3.6	12	80	12	59	53	0	14	31	1.41
5658829--5658878	22	2.3	22	100	0	100	56	0	12	32	1.36
5658922--5658954	6	5.7	6	85	7	50	84	0	3	12	0.72
5658923--5658955	17	1.9	17	100	0	66	84	0	3	12	0.72
5658923--5658964	18	2.4	18	88	11	61	80	2	4	11	0.95
5658908--5658990	17	4.8	17	72	24	57	73	1	2	22	1.02
5658959--5658990	12	2.6	12	95	5	55	68	0	0	31	0.90
5660721--5660797	38	2.0	38	94	0	136	28	19	9	42	1.81
5671105--5671130	12	2.2	12	100	0	52	61	23	0	15	1.33
5678546--5678609	30	2.1	31	94	2	112	29	3	9	57	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5679233--5679327	47	2.0	47	97	0	181	40	6	24	29	1.80
5681526--5681559	18	1.9	18	88	5	52	11	26	44	17	1.83
5686592--5686631	10	3.6	11	83	12	55	85	12	2	0	0.71
5686592--5686631	6	7.2	6	78	16	50	85	12	2	0	0.71
5691519--5691679	44	3.5	44	86	11	241	32	14	21	31	1.93
5691526--5691682	51	3.2	51	83	12	229	33	13	22	31	1.92
5704325--5704368	21	2.1	21	100	0	88	13	4	22	59	1.53
5704790--5704829	18	2.2	18	86	0	62	27	12	20	40	1.88
5708140--5708182	22	1.9	23	85	4	61	44	6	2	46	1.43
5708141--5708189	22	2.2	23	81	3	55	46	8	4	40	1.52
5713378--5713643	46	6.0	46	84	7	334	21	23	15	39	1.92
5713557--5713632	38	2.0	38	97	0	143	23	25	18	32	1.97
5715497--5715531	17	2.1	17	100	0	70	28	11	11	48	1.74
5719302--5719355	28	2.0	27	85	10	74	81	1	11	5	0.93
5719323--5719355	11	3.1	11	86	8	50	84	0	12	3	0.72
5722755--5722867	29	3.9	29	77	7	88	27	32	12	27	1.92
5722941--5722978	19	2.1	19	90	5	60	18	39	15	26	1.91
5722951--5722987	19	1.9	19	88	0	56	16	37	18	27	1.92
5723085--5723127	16	2.7	16	77	0	50	9	20	16	53	1.70
5724355--5724386	16	2.0	16	93	0	55	9	6	34	50	1.60
5726093--5726133	18	2.3	19	87	8	59	60	12	4	21	1.50
5728211--5728286	31	2.5	31	86	4	109	15	38	27	18	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5734693--5734766	33	2.3	33	80	2	87	41	10	20	27	1.85
5734750--5734830	33	2.5	33	83	2	92	33	17	23	25	1.96
5737110--5737146	14	2.6	15	83	12	51	67	0	5	27	1.12
5737391--5737426	17	2.1	18	89	5	56	33	0	0	66	0.92
5741567--5741694	25	5.0	25	69	17	82	57	3	7	30	1.45
5741595--5741636	22	1.9	22	95	0	75	61	4	2	30	1.29
5741648--5741706	25	2.4	25	83	5	77	57	1	5	35	1.31
5741736--5741786	27	1.9	27	88	11	79	62	0	1	35	1.06
5743551--5744321	387	2.0	387	92	0	1283	21	14	31	31	1.93
5745004--5745120	58	2.0	58	98	0	225	13	29	14	41	1.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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