genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.50.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81554553

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13427319--13427370	26	2.0	26	92	0	86	40	13	5	40	1.68
13439615--13439665	14	3.7	14	78	5	50	58	3	7	29	1.44
13439790--13439838	19	2.6	18	87	6	62	40	10	0	48	1.37
13448700--13448751	20	2.6	20	90	0	77	21	32	30	15	1.94
13453730--13453779	19	2.6	19	87	6	75	24	16	4	56	1.57
13458462--13458630	46	3.7	45	85	7	182	27	20	30	22	1.98
13465916--13466096	46	3.9	46	80	11	183	27	18	29	24	1.98
13467018--13467048	12	2.5	13	94	5	55	25	25	41	6	1.79
13470501--13470555	27	2.0	27	100	0	110	45	3	18	32	1.67
13475344--13475509	40	4.2	40	85	3	147	34	19	29	15	1.93
13475344--13475412	20	3.5	20	77	0	75	36	24	28	10	1.88
13475375--13475501	20	6.3	20	66	1	67	36	18	28	16	1.93
13485124--13485190	34	2.0	34	85	5	91	29	16	16	37	1.91
13495448--13495473	11	2.4	11	100	0	52	69	15	7	7	1.35
13496959--13496988	5	6.0	5	100	0	60	0	80	0	20	0.72
13499087--13499125	7	5.4	7	84	3	51	0	17	12	69	1.19
13499085--13499125	14	2.8	15	92	7	75	0	21	12	65	1.25
13499184--13499209	4	6.5	4	100	0	52	23	0	0	76	0.78
13503082--13503136	28	1.9	29	82	10	69	34	0	7	58	1.26
13503496--13503591	7	13.3	7	75	5	66	25	1	41	32	1.62
13503488--13503557	29	2.4	29	85	4	88	24	1	38	35	1.64
13503506--13503550	22	2.0	22	86	0	63	24	0	35	40	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13503504--13503590	29	3.1	27	81	6	93	24	1	41	33	1.62
13503628--13503758	7	17.7	7	69	16	59	19	2	31	47	1.62
13503719--13503758	15	2.6	16	88	7	57	15	5	30	50	1.65
13504002--13504074	26	2.7	27	85	10	89	42	5	5	46	1.50
13505917--13505964	19	2.6	17	81	15	60	33	6	4	56	1.44
13507764--13507832	33	2.1	33	86	0	93	50	10	1	37	1.45
13507885--13508199	9	36.1	9	69	11	95	47	16	1	34	1.55
13507765--13508215	130	3.5	130	87	6	641	47	15	1	35	1.56
13507900--13507962	33	2.0	31	90	0	81	52	11	1	34	1.47
13507765--13508066	45	7.0	45	75	7	270	47	14	1	36	1.53
13508036--13508083	24	2.0	24	91	0	78	54	10	2	33	1.46
13513740--13513836	21	4.7	20	79	12	81	29	19	49	1	1.55
13513740--13513858	42	2.9	40	80	9	123	31	19	47	2	1.63
13514071--13514156	31	2.7	32	81	3	102	16	5	19	58	1.58
13515754--13515786	17	1.9	17	93	0	57	57	0	6	36	1.23
13515782--13515829	24	2.1	22	81	14	53	62	2	4	31	1.26
13517484--13518198	44	16.2	44	88	0	991	26	25	14	33	1.94
13528816--13528993	27	6.6	27	83	3	196	26	15	28	29	1.96
13528816--13528993	54	3.3	55	83	4	218	26	15	28	29	1.96
13536756--13536933	27	6.6	27	84	3	205	26	14	28	29	1.95
13536756--13536933	54	3.3	55	84	4	227	26	14	28	29	1.95
13541386--13541418	17	1.9	17	93	0	57	57	0	6	36	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13541414--13541458	24	2.0	22	82	8	54	64	0	4	31	1.13
13542783--13542827	20	2.2	20	84	7	56	22	0	0	77	0.76
13543954--13544006	15	3.6	14	78	12	54	3	18	1	75	1.05
13545621--13545949	164	2.0	164	96	0	613	42	21	10	25	1.85
13548024--13548055	12	2.7	12	100	0	64	28	28	6	37	1.81
13548024--13548064	15	3.0	14	83	13	50	24	29	7	39	1.82
13558553--13558590	20	2.0	20	94	5	69	50	7	10	31	1.66
13562043--13562067	9	2.8	9	100	0	50	80	0	0	20	0.72
13566274--13566336	23	2.8	22	73	22	67	57	6	0	36	1.24
13566924--13567008	21	3.9	21	75	11	89	45	24	1	28	1.60
13566908--13567001	46	2.0	46	93	0	161	44	23	2	29	1.65
13567180--13567269	41	2.2	40	82	11	103	18	21	17	42	1.90
13582333--13582412	40	2.0	41	85	7	110	45	11	0	43	1.39
13594916--13595211	152	1.9	153	93	0	513	37	9	23	29	1.86
13596885--13596935	25	2.0	25	96	0	93	37	11	13	37	1.82
13597416--13597452	18	2.1	18	89	0	56	51	13	8	27	1.69
13597494--13597555	30	2.1	30	87	6	90	20	38	0	40	1.53
13597743--13597801	28	2.1	29	80	3	66	27	32	0	40	1.56
13599881--13599941	21	2.9	21	79	13	63	34	0	18	47	1.49
13599935--13599965	6	5.3	6	96	3	55	48	0	16	35	1.46
13600130--13600167	20	2.0	20	89	5	60	71	0	5	23	1.07
13600744--13600887	45	3.3	45	92	3	224	20	19	19	40	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13601063--13601253	18	10.6	18	74	16	137	35	13	14	36	1.85
13601292--13601333	18	2.3	18	87	0	57	38	11	16	33	1.86
13601051--13601333	36	7.6	36	69	16	166	36	13	14	36	1.85
13613701--13613735	15	2.3	16	90	9	56	25	2	20	51	1.61
13614886--13616284	48	28.7	48	92	3	2287	30	26	6	36	1.81
13614886--13616284	146	9.6	146	93	2	2316	30	26	6	36	1.81
13616259--13616297	11	3.7	11	80	13	55	38	23	0	38	1.55
13616261--13616304	20	2.2	20	100	0	88	36	25	0	38	1.56
13616213--13616347	68	2.0	68	91	0	216	30	24	6	38	1.81
13618488--13618592	28	3.7	27	75	12	86	31	29	16	22	1.96
13618626--13618942	40	7.9	40	95	1	505	28	28	20	23	1.99
13620432--13620937	48	10.6	48	91	4	826	31	27	5	35	1.81
13620432--13620937	146	3.5	144	92	4	826	31	27	5	35	1.81
13623011--13623035	11	2.3	11	100	0	50	44	0	8	48	1.32
13623222--13623257	17	2.1	17	100	0	72	50	5	5	38	1.49
13627509--13627608	51	2.0	48	90	5	155	29	8	17	46	1.76
13634942--13634966	4	6.2	4	100	0	50	24	0	0	76	0.80
13642980--13643043	24	2.6	24	85	11	94	64	18	4	12	1.45
13644787--13644826	21	1.9	21	94	0	71	55	5	25	15	1.60
13653031--13653056	2	13.0	2	100	0	52	50	0	50	0	1.00
13654212--13654266	27	2.0	27	96	0	101	23	25	14	36	1.93
13654806--13654840	14	2.4	15	90	4	54	82	0	5	11	0.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13662173--13662232	28	2.1	28	82	11	70	43	5	13	38	1.66
13665033--13665086	24	2.2	24	100	0	108	53	12	3	29	1.56
13670332--13670384	21	2.5	21	84	0	70	20	39	18	20	1.92
13670344--13670389	21	2.3	20	88	7	67	23	32	19	23	1.97
13681808--13681919	35	3.2	35	77	5	118	41	20	10	26	1.85
13689621--13689724	35	3.0	35	77	5	120	42	19	11	26	1.85
13694919--13694950	3	10.7	3	93	0	55	62	0	3	34	1.11
13696554--13696588	13	2.6	13	90	4	52	34	0	11	54	1.37
13697928--13697960	17	1.9	17	88	11	50	78	0	21	0	0.75
13701568--13701625	30	1.9	30	82	0	71	24	25	34	15	1.95
13719613--13719824	41	5.2	41	77	5	205	35	14	27	22	1.93
13719613--13719788	82	2.2	82	86	1	237	34	14	29	21	1.93
13719631--13719824	82	2.4	82	82	1	237	36	14	27	21	1.92
13722220--13722305	43	2.0	43	95	0	154	32	16	18	32	1.93
13726359--13726419	26	2.3	26	77	22	65	34	1	3	60	1.23
13726921--13726967	21	2.2	20	82	10	58	53	4	2	40	1.32
13726953--13726998	9	4.9	9	79	10	56	65	4	2	28	1.23
13729039--13729193	43	3.6	43	75	8	145	27	15	26	30	1.96
13731658--13731832	46	3.8	45	76	15	171	27	19	30	22	1.98
13735271--13735324	28	1.9	28	92	0	90	35	7	16	40	1.77
13736317--13736456	71	2.0	70	95	1	253	32	10	19	37	1.86
13740178--13740566	50	7.9	50	84	5	465	23	30	18	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13746144--13746192	25	2.0	25	83	0	62	44	14	4	36	1.64
13754519--13754606	45	2.0	45	86	0	122	27	18	5	48	1.70
13759416--13759523	35	3.1	33	71	18	94	40	15	11	32	1.83
13759428--13759575	68	2.2	69	82	3	174	33	20	14	31	1.93
13762274--13762588	20	15.8	20	79	2	211	44	17	22	15	1.86
13762277--13762588	40	7.8	40	80	0	338	44	17	22	15	1.86
13762244--13762588	60	5.8	60	82	0	343	44	17	22	15	1.86
13773072--13773105	17	2.1	16	88	5	50	76	14	0	8	1.01
13775229--13775288	28	2.2	28	82	14	72	8	20	1	70	1.22
13778382--13778442	24	2.5	24	76	12	70	42	4	1	50	1.33

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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