genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.74.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81554553

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22050235--22050414	79	2.3	80	81	8	199	25	27	22	23	2.00
22052887--22052928	17	2.5	17	96	0	75	33	28	4	33	1.78
22057664--22057724	21	3.0	21	90	2	97	22	27	37	11	1.89
22058923--22059189	46	5.7	46	75	8	211	23	28	19	28	1.98
22062267--22062441	90	1.9	90	81	6	212	26	27	18	26	1.98
22062362--22062579	42	4.9	42	71	13	159	29	28	16	25	1.97
22062448--22062569	48	2.5	48	84	2	156	28	28	17	25	1.97
22066015--22066089	25	2.9	27	80	6	91	26	21	9	42	1.83
22072802--22073057	40	6.4	40	92	2	360	26	27	22	23	1.99
22080888--22081143	40	6.4	40	89	4	276	25	28	21	24	1.99
22080888--22081143	80	3.2	79	88	3	329	25	28	21	24	1.99
22080888--22081143	120	2.1	120	85	7	335	25	28	21	24	1.99
22090511--22090541	7	4.3	7	92	8	53	41	29	0	29	1.56
22094489--22094660	93	1.8	93	93	0	299	20	19	29	29	1.97
22094492--22094666	46	3.8	46	78	7	192	20	19	29	30	1.97
22102049--22102213	46	3.6	46	78	8	183	21	20	28	29	1.98
22102215--22102308	43	2.2	42	96	1	170	20	14	24	40	1.90
22108835--22108913	37	2.1	37	88	4	115	25	30	18	25	1.98
22109030--22109564	47	11.4	47	94	1	914	29	28	8	32	1.87
22109030--22109564	93	5.7	94	95	1	923	29	28	8	32	1.87
22109030--22109560	236	2.3	236	95	1	942	29	28	8	32	1.87
22120096--22120136	12	3.0	14	82	13	50	85	4	9	0	0.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22128640--22128685	22	2.1	22	100	0	92	50	4	4	41	1.42
22146343--22146512	46	3.7	46	73	14	161	29	27	20	22	1.98
22146348--22146518	93	1.8	93	89	2	272	28	28	20	22	1.98
22152002--22152178	40	4.4	40	87	4	214	24	22	27	26	2.00
22152077--22152206	40	3.2	40	90	0	143	23	23	27	25	2.00
22157451--22157620	46	3.7	46	73	14	161	30	27	18	22	1.98
22157456--22157626	93	1.8	93	89	2	272	29	28	19	22	1.98
22157491--22157642	46	3.3	46	72	14	134	29	28	19	23	1.98
22166026--22166141	50	2.4	48	82	5	137	27	21	14	36	1.93
22180333--22180476	40	3.6	40	79	9	134	23	20	27	28	1.99
22188157--22188246	40	2.3	40	88	1	137	23	20	28	27	1.99
22196897--22196935	1	39.0	1	94	0	60	94	0	0	5	0.29
22196891--22196935	11	3.8	12	88	11	58	91	0	2	6	0.50
22198448--22198519	38	1.9	38	91	2	119	27	26	22	23	1.99
22200001--22200330	47	7.1	46	86	11	419	33	7	28	30	1.85
22200001--22200330	91	3.5	92	85	11	403	33	7	28	30	1.85
22199992--22200346	46	7.6	46	82	13	223	32	8	29	29	1.87
22202408--22202481	29	2.6	29	84	4	96	25	14	32	27	1.95
22202864--22203056	40	4.9	40	85	4	241	24	21	27	25	1.99
22202864--22203056	77	2.5	77	83	3	235	24	21	27	25	1.99
22206231--22206727	47	10.4	47	90	2	670	32	9	28	28	1.88
22206843--22206921	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22212556--22212818	40	6.6	40	87	3	316	26	28	20	24	1.99
22214501--22214653	76	2.0	76	100	0	306	37	11	11	39	1.79
22216144--22216183	19	2.1	19	95	0	71	37	22	5	35	1.76
22222035--22222205	93	1.8	93	92	0	288	29	28	20	22	1.98
22222030--22222202	46	3.7	46	75	13	183	30	27	20	22	1.98
22229584--22229754	93	1.8	93	91	0	279	28	26	21	22	1.99
22229579--22229751	46	3.7	46	74	13	174	29	26	21	23	1.99
22230172--22230230	30	2.0	30	86	6	84	30	25	6	37	1.82
22234512--22234559	24	2.0	24	100	0	96	29	29	12	29	1.93
22234530--22234794	55	4.9	53	77	10	241	24	25	15	34	1.95
22234530--22234793	110	2.4	108	87	1	375	24	25	15	34	1.94
22242635--22242699	33	2.0	32	85	11	87	21	26	21	30	1.98
22265111--22265223	53	2.1	55	81	6	133	31	18	26	23	1.97
22268090--22268305	119	1.8	120	82	7	278	25	27	21	25	1.99
22268088--22268312	40	5.7	40	83	6	260	25	28	21	24	1.99
22276464--22276522	28	2.0	29	84	12	77	23	32	23	20	1.98
22279088--22279265	46	3.8	46	79	10	200	20	20	29	29	1.98
22282106--22282198	40	2.3	41	85	3	118	32	12	23	31	1.92
22283332--22283374	21	2.1	21	86	4	61	25	2	23	48	1.62
22289175--22289271	28	3.5	27	73	16	99	27	16	26	28	1.97
22289175--22289308	56	2.4	56	93	2	223	26	14	29	29	1.95
22289201--22289296	28	3.4	28	71	16	99	22	15	33	28	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22290310--22290416	51	2.1	51	96	0	196	23	18	31	26	1.97
22294203--22294560	93	3.8	93	98	0	689	28	29	20	21	1.98
22294196--22294560	46	7.8	49	77	16	391	28	29	20	21	1.98
22297350--22297525	46	3.8	46	76	14	191	21	19	28	30	1.98
22297347--22297518	93	1.8	93	92	2	292	21	20	29	29	1.98
22308345--22308401	30	1.9	30	85	7	80	33	19	7	40	1.78
22316123--22316201	37	2.1	37	88	4	115	25	30	20	24	1.98
22316348--22316422	22	3.3	22	65	17	62	26	30	10	32	1.90
22316320--22317158	47	17.7	47	93	2	1143	28	29	9	32	1.88
22316417--22316494	25	3.2	24	66	23	65	34	30	6	28	1.82
22320434--22320815	40	9.6	40	82	3	337	25	27	21	25	2.00
22320638--22320815	79	2.2	80	82	9	213	24	28	23	24	2.00
22322673--22322751	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
22322870--22323870	47	21.3	47	93	2	1312	28	29	9	32	1.88
22328781--22328891	27	4.1	26	84	10	125	19	25	20	34	1.96
22331342--22331389	14	3.4	14	82	0	51	41	8	31	18	1.80
22337901--22337927	11	2.5	11	100	0	54	14	0	0	85	0.61
22337891--22337936	20	2.4	19	88	3	65	13	2	2	82	0.85
22337900--22337938	9	4.1	9	81	12	51	20	0	0	79	0.73
22338306--22338353	14	3.4	14	82	0	51	41	8	31	18	1.80
22343928--22344043	27	4.3	27	80	9	112	21	22	20	35	1.96
22346003--22346059	27	2.1	27	83	0	69	26	19	17	36	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22347916--22348254	40	8.6	38	78	11	246	26	21	26	25	1.99
22347916--22348211	118	2.5	119	91	2	463	26	21	27	25	2.00
22347916--22348256	79	4.3	78	77	12	315	26	21	26	25	1.99
22347916--22348254	118	2.9	117	85	6	452	26	21	26	25	1.99
22356266--22356625	40	9.1	39	81	7	372	26	21	27	25	1.99
22356266--22356580	79	4.0	80	82	6	358	26	21	27	25	1.99
22356266--22356580	119	2.7	119	94	1	544	26	21	27	25	1.99
22358268--22358334	28	2.3	29	87	2	100	31	31	11	25	1.92
22375623--22375674	26	2.0	25	92	3	86	38	17	9	34	1.82
22376491--22376738	68	3.6	67	82	4	248	27	22	16	33	1.95
22377427--22377478	21	2.5	21	80	0	59	51	1	26	19	1.57
22380467--22380524	27	2.2	26	79	14	64	39	1	18	39	1.61
22381794--22381827	16	2.2	16	90	10	54	17	0	35	47	1.48
22383143--22383250	43	2.5	43	90	0	171	25	13	24	37	1.92
22383143--22383277	43	3.1	42	83	6	164	24	14	25	35	1.93
22384182--22384212	12	2.6	12	100	0	62	25	35	19	19	1.95
22384514--22384552	18	2.2	18	86	9	53	41	2	15	41	1.61
22388742--22389005	40	6.6	40	89	2	354	25	27	23	24	2.00
22399447--22399541	5	18.8	5	76	18	67	76	1	4	17	1.00
22399447--22399542	12	8.9	11	76	16	71	77	1	4	17	0.99
22399447--22399544	37	2.5	39	79	16	112	76	1	4	18	1.00
22399477--22399543	21	3.2	20	80	17	66	80	1	2	14	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22399467--22399542	6	12.5	6	74	13	66	78	1	3	15	0.96
22404840--22404872	13	2.6	13	90	4	50	48	12	0	39	1.40
22406047--22406155	37	2.9	37	93	0	173	27	30	18	23	1.98
22406369--22406710	47	7.1	47	83	6	432	26	29	11	31	1.92
22406369--22406688	147	2.2	148	87	5	465	26	29	12	31	1.92
22406369--22406710	100	3.5	98	90	3	521	26	29	11	31	1.92
22408892--22409070	85	2.1	85	98	0	349	26	27	8	37	1.85
22410520--22410628	57	1.9	58	86	1	157	28	27	19	24	1.98
22410852--22411229	40	9.5	40	95	1	661	26	29	20	23	1.99
22412479--22412587	37	2.9	37	90	0	164	28	30	17	23	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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