genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.78.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81554553

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23471496--23471623	28	4.5	28	89	2	184	29	12	25	32	1.92
23471496--23471623	57	2.2	57	90	2	195	29	12	25	32	1.92
23480526--23480583	21	2.8	21	78	5	64	37	10	18	32	1.85
23483677--23483854	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
23483698--23483853	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
23491872--23492049	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
23491893--23492048	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
23494468--23494551	39	2.2	38	86	2	114	42	11	9	35	1.74
23496249--23496349	37	2.8	37	93	1	168	26	30	17	24	1.97
23496468--23497158	47	14.6	47	93	1	1139	29	28	8	33	1.87
23500336--23500466	49	2.7	49	82	7	167	21	29	22	27	1.99
23511339--23511425	37	2.4	37	92	0	138	22	33	20	22	1.97
23511575--23511721	50	3.0	50	91	3	226	30	23	7	38	1.83
23511680--23511824	47	3.1	47	84	5	188	26	28	11	33	1.90
23515947--23516252	39	7.8	40	93	4	525	25	29	21	23	1.99
23515947--23516252	79	3.9	80	95	3	525	25	29	21	23	1.99
23517520--23517591	37	1.9	37	94	0	126	27	30	19	22	1.98
23517741--23517873	48	2.7	49	93	4	216	30	25	7	36	1.84
23517741--23517924	98	1.9	97	83	9	241	28	26	9	35	1.87
23517741--23517885	50	3.0	50	91	5	226	29	24	8	37	1.85
23517844--23517988	47	3.1	47	90	2	222	26	29	11	32	1.92
23518584--23518678	47	2.0	47	100	0	190	35	16	12	34	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23521398--23521530	49	2.7	49	83	0	158	23	26	20	30	1.98
23521549--23521716	48	3.6	47	77	8	162	24	27	19	28	1.99
23522048--23522105	29	1.9	30	86	6	82	25	24	12	37	1.90
23526994--23527041	25	1.9	25	100	0	96	33	8	0	58	1.28
23528540--23528605	34	1.9	35	84	9	91	39	1	3	56	1.24
23528991--23529065	9	8.6	9	79	8	66	46	17	1	34	1.56
23529009--23529092	36	2.4	36	92	4	136	47	16	0	35	1.47
23536034--23536073	21	2.0	20	95	5	71	40	22	0	37	1.54
23539935--23539974	21	2.0	20	90	5	62	35	0	22	42	1.54
23539940--23539982	21	2.1	21	83	12	54	32	2	20	44	1.65
23545687--23545991	43	7.2	41	72	7	171	23	18	29	28	1.97
23545720--23545983	43	6.2	43	74	6	214	24	19	28	28	1.98
23545693--23545962	84	3.2	83	80	5	265	23	17	30	28	1.97
23545737--23545979	86	2.8	86	80	4	287	25	18	28	26	1.98
23550866--23550910	22	2.0	22	87	8	65	46	22	4	26	1.70
23551051--23551202	49	3.0	49	83	3	187	31	25	18	25	1.97
23552803--23552862	30	2.0	30	90	0	93	38	8	25	28	1.84
23559009--23559038	15	1.9	16	93	6	53	53	33	3	10	1.51
23559121--23559213	13	7.8	13	73	18	94	37	52	0	9	1.34
23559134--23559200	22	3.0	22	93	0	116	37	53	0	8	1.32
23559115--23559224	35	3.1	36	86	2	125	35	53	0	10	1.36
23559573--23559614	19	2.3	18	87	4	57	26	2	2	69	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23559599--23559680	33	2.3	39	83	12	104	35	12	0	52	1.39
23562472--23562514	19	2.3	19	88	8	61	30	23	6	39	1.81
23566893--23567017	61	2.0	60	87	7	178	33	17	12	36	1.87
23567162--23567650	205	2.4	205	92	0	816	31	18	21	29	1.97
23567946--23569477	132	11.6	130	91	1	2120	30	18	24	26	1.98
23567662--23569477	44	41.3	44	73	8	1293	30	18	24	26	1.97
23569484--23569571	45	2.0	45	88	2	133	32	15	27	23	1.95
23569758--23569803	15	3.0	15	83	3	56	50	36	6	6	1.54
23569878--23569913	13	2.8	13	86	0	54	38	50	0	11	1.38
23577404--23577559	29	5.3	29	78	5	172	38	14	24	22	1.92
23577409--23577559	58	2.6	58	90	2	241	39	13	24	22	1.91
23582860--23582894	18	1.9	18	88	0	52	54	34	0	11	1.37
23588677--23588952	140	2.0	140	94	0	480	32	13	24	30	1.93
23591021--23591093	29	2.5	28	84	10	94	27	13	30	28	1.94
23591051--23591378	174	1.9	174	96	0	611	29	14	24	31	1.94
23595308--23595380	34	2.2	34	85	2	94	30	23	23	23	1.99
23597617--23597822	40	5.2	40	83	1	245	26	26	21	25	1.99
23605624--23605829	40	5.2	40	84	4	265	26	28	21	23	1.99
23612061--23612266	27	7.6	27	85	3	216	29	29	15	26	1.96
23612061--23612265	54	3.8	54	83	3	250	29	29	15	25	1.96
23620218--23620422	27	7.6	27	85	3	205	29	29	15	26	1.96
23620218--23620421	54	3.8	54	84	3	257	29	29	15	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23620272--23620421	81	1.9	81	88	0	228	27	28	16	27	1.97
23625881--23625959	34	2.3	33	82	4	104	27	25	25	21	1.99
23627398--23627457	29	2.1	29	81	3	68	45	1	25	28	1.63
23630401--23630531	57	2.3	58	77	6	133	32	22	16	28	1.96
23632061--23632166	42	2.5	42	80	7	124	25	19	23	31	1.98
23632022--23632178	43	3.7	42	77	7	147	24	19	24	32	1.97
23633219--23633334	58	2.0	58	100	0	232	20	22	29	27	1.99
23638184--23638208	13	1.9	13	100	0	50	32	0	16	52	1.44
23642763--23642850	45	2.0	45	88	0	131	37	22	12	27	1.90
23644907--23645019	40	2.8	40	82	8	149	36	15	27	21	1.93
23652912--23652955	19	2.3	19	84	7	54	22	38	25	13	1.91
23667925--23668444	47	11.1	47	94	0	817	28	30	8	31	1.87
23672841--23672913	26	2.8	26	93	0	128	24	21	26	27	2.00
23680987--23681041	20	2.8	20	94	0	101	32	20	12	34	1.90
23680987--23681053	9	6.6	11	74	16	65	32	19	13	34	1.91
23680987--23681053	20	3.3	21	88	12	97	32	19	13	34	1.91
23686309--23686366	10	5.7	10	78	13	57	22	1	18	56	1.50
23686311--23686367	23	2.7	21	84	10	73	22	1	17	57	1.49
23686309--23686367	9	5.9	9	78	18	55	22	1	18	57	1.49
23687189--23687220	15	2.1	15	100	0	64	21	25	12	40	1.88
23696917--23696960	22	2.0	22	100	0	88	31	22	13	31	1.93
23696958--23697012	25	2.3	24	90	6	85	32	10	14	41	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23698206--23698415	53	3.9	53	77	3	222	21	22	17	38	1.93
23708551--23708610	27	2.3	26	85	2	75	35	20	23	21	1.96
23708649--23708700	27	2.0	26	88	3	77	38	23	23	15	1.92
23715685--23715786	29	3.6	29	76	6	100	26	29	15	28	1.96
23716010--23716040	16	1.9	16	93	0	53	12	19	22	45	1.84
23719209--23719283	29	2.6	28	83	8	87	28	26	18	26	1.98
23719516--23719546	16	1.9	16	93	0	53	12	19	22	45	1.84
23722168--23722237	27	2.6	27	95	2	113	31	28	12	27	1.93
23722168--23722265	28	3.5	28	90	2	135	31	28	13	26	1.94
23730223--23730292	27	2.6	27	95	2	113	31	28	12	27	1.93
23730223--23730320	28	3.5	28	90	2	135	31	28	13	26	1.94
23732226--23732330	53	2.0	53	86	0	147	22	23	17	36	1.95
23735227--23735305	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
23735472--23735642	47	3.7	47	95	3	301	30	29	8	31	1.86
23735472--23735642	93	1.8	94	93	3	301	30	29	8	31	1.86
23738850--23739032	40	4.6	40	81	4	192	24	26	22	26	2.00
23739338--23739416	29	2.7	29	82	5	97	27	31	16	24	1.96
23739398--23739500	43	2.4	43	96	0	197	25	35	16	22	1.94
23741295--23741373	37	2.1	37	88	0	113	25	30	18	25	1.98
23741542--23741760	47	4.7	47	97	1	404	30	29	8	31	1.86
23745038--23745074	4	9.0	4	88	5	56	75	0	0	24	0.80
23754183--23754207	10	2.5	10	100	0	50	36	0	36	28	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23755942--23756164	40	5.6	39	80	5	207	24	27	21	26	1.99
23756096--23756173	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
23762823--23763046	40	5.7	40	81	7	224	25	27	20	25	1.99
23762823--23762993	79	2.2	79	84	4	220	25	28	21	25	1.99
23772512--23772541	14	2.1	14	100	0	60	26	23	20	30	1.98
23778445--23778742	40	7.2	40	85	10	368	29	23	21	25	1.99
23778504--23778607	52	2.0	52	92	3	174	31	20	20	27	1.97
23780158--23780185	13	2.2	13	100	0	56	57	14	0	28	1.38
23783281--23783387	42	2.5	43	83	7	128	31	27	18	22	1.97
23784491--23784516	13	2.0	13	100	0	52	53	15	0	30	1.42

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
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